デューデリジェンス費用と補助金｜DD費用が対象になる条件

DD費用は専門家活用枠の「委託費」として補助対象になる

デュー・ディリジェンス（DD）は、M&Aで相手方の実態を調べるための調査手続きです。買い手にとっては簿外債務や係争、労務リスクを買収前に把握する唯一の機会であり、売り手にとっても自社の課題を先に整理しておく手段になります。そして費用は決して小さくありません。

事業承継・M&A補助金では、このDD費用が専門家活用枠の補助対象経費に含まれています。専門家活用枠の対象経費は謝金・旅費・外注費・委託費・システム利用料・保険料の6区分で構成され、DD費用は委託費として計上します。委託費にはFA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等も含まれるため、M&A関連費用の大半がこの区分に集まります。

注意したいのは、「事業承継・M&A補助金ならDD費用は必ず対象」という単純な理解では実務が回らない点です。同じDD費用でも、申請する枠を誤ると全額が対象外になります。とくにPMI推進枠の事業統合投資類型では、M&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料がいずれも対象外と明記されています。設備投資とDDをまとめて1本の申請にしようとすると、この点でつまずきます。

16次公募（令和7年度補正予算）の公募要領は2026年9月4日に開示され、公募申請の受付期間は2026年10月2日（金）から2026年11月6日（金）17時までです。2026年9月11日時点では受付はまだ始まっていません。枠の全体像は4つの枠の違い、経費区分の全体像は対象経費の枠別整理で確認してください。

なぜDD費用が補助対象に位置づけられているのか

中小企業のM&Aでは、買い手が調査コストを惜しんだ結果、引き継いだ後に簿外債務や未払残業代が判明する、といった事故が起こり得ます。事業承継・M&A補助金がDD費用を補助対象に据え、さらに上乗せ枠まで用意しているのは、調査コストが理由でDDが省略されることを避けるためだと読み取れます。実際、PMI推進枠の概要チラシではDDの実施そのものが加点事由として明示されています。

DDは一般に、調べる領域ごとに専門家が分かれます。以下は一般的な分類であり、公募要領が区分を定めているものではありませんが、見積を分解するときの目安になります。

調査領域	主に見る内容	主な担当専門家（一般的な例）
財務	実態純資産、正常収益力、運転資本、簿外債務の有無	公認会計士・税理士
税務	申告内容の妥当性、繰越欠損金、過年度の税務リスク	税理士
法務	株主・株式の実態、契約関係、係争、許認可の承継可否	弁護士
労務	未払残業代、社会保険の加入状況、就業規則の整備	社会保険労務士
事業	取引先の継続性、キーパーソン依存、市場環境	中小企業診断士・コンサルタント

実務では、案件規模に応じて財務・税務DDだけを実施する、法務は論点を絞って確認する、といった設計をします。補助金の観点で重要なのは、どの領域を誰に依頼し、いくらの見積を取り、いつ契約するかを、交付決定のタイミングと整合させることです。金額の大きさよりも、契約と支払いの時期のほうが失敗の原因になりやすいという点は先に押さえておいてください。

類型別に見るDD費用の上乗せ（200万円）の仕組み

専門家活用枠には3系統の公募要領があり、それぞれ上限額の体系が異なります。DD費用の上乗せがあるのは通常版（買い手支援類型・売り手支援類型）です。

類型	補助率	補助下限額	補助上限額	DD費用の上乗せ
買い手支援類型（Ⅰ型・通常版）	2/3以内	50万円	600万円	+200万円（合計800万円）
売り手支援類型（Ⅱ型・通常版）	1/2または2/3以内	50万円	600万円	+200万円（合計800万円）
買い手支援類型（100億企業特例）	1,000万円以下は1/2、1,000万円超〜2,000万円は1/3	50万円	2,000万円	上乗せ区分なし（DD費用のみで申請するケースの規定あり）
小規模売り手支援類型	2/3以内	下限なし	450万円	上乗せ区分なし

売り手支援類型の補助率が2/3になるのは、①物価高等の影響で営業利益率が直近事業年度またはその前年同時期と比べて低下している、②直近決算期の営業利益または経常利益が赤字である、のいずれかに該当する場合です。いずれにも該当しない場合は1/2以内となります。

したがって、DD費用の200万円上乗せを取りにいくなら通常版、投資規模が大きく2,000万円の上限が必要なら100億企業特例、というように、DD費用の大きさだけでなく案件全体の費用構成で類型を選ぶことになります。各類型の詳細は専門家活用枠の対象と上限にまとめています。

モデルケースで見る、DD費用を計上した場合としない場合の差

買い手支援類型（通常版・補助率2/3）で、対象経費の総額が同じでも、DD費用を計上しているかどうかで上限が変わります。以下は計算の考え方を示すためのモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。

項目	ケースA（DD費用なし）	ケースB（DD費用あり）
登録M&A支援機関への仲介手数料	1,350万円	900万円
DD費用（財務・税務・法務）	0円	450万円
補助対象経費の合計	1,350万円	1,350万円
補助率2/3を乗じた額	900万円	900万円
適用される補助上限額	600万円	800万円（600万円＋DD上乗せ200万円）
補助見込額	600万円	800万円
自己負担の目安	750万円	550万円

対象経費の総額が同じでも、DD費用を専門家に依頼して計上しているケースBのほうが200万円多く補助を受けられる計算になります。自社の担当者だけでDDを行った場合、この200万円は取れません。ここが「DD費用は外部の専門家に依頼する前提で設計されている」と言われるゆえんです。

なお、補助金は精算払い（実費弁済）です。採択されても、まず自社で全額を支払い、実績報告と補助金額の確定を経てから交付されます。見積より安く済んだ場合は実費分のみが交付されますし、超過交付があれば返還命令の対象となり、未納の場合は年利10.95%の延滞金が課されます。手元資金の計画は、補助金が入る前提ではなく、立替が必要な前提で立ててください。

金額の全体像は補助率と上限額、精算の手順は実績報告と精算で扱っています。

買い手支援類型ではDDの実施が実質的に必須

16次公募の専門家活用枠では、買い手支援類型についてDDの実施が実質的に必須化されています。要領とよくある質問のいずれでも専門家を活用したDD実施の必要性が強調されており、専門家に依頼せず自社で実施した場合、DD費用を補助対象経費に計上することはできません。社内の経理担当者が決算書を読み込んだ、社長が現地を見て回った、といった作業は補助対象経費にはならないということです。

売り手側でもDDを実施し、その費用を計上すること自体は可能ですが、実務上のケースは限定的とされています。売り手が自社の課題を先に洗い出す目的でDD（いわゆるセルサイドDD）を行うケースはありますが、中小規模の案件では買い手側のDDが中心になるためです。売り手側の補助金の使い方は会社を売る側が使える補助金で整理しています。

もう一点、DDそのものの費用と、FA業務・仲介業務に係る費用は、同じ委託費でも扱いが異なります。要領で登録要件が明示されているのはFA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等であり、これらはM&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者への支払いに限り補助対象になります。DD費用の依頼先について同じ限定がかかるかどうかは、申請する類型の16次公募要領とよくある質問で必ず確認してください。本記事では要領に明示のない範囲まで踏み込んで断定はしません。

登録制度そのものの説明は登録M&A支援機関とは、手数料の扱いはFA・仲介手数料の扱いにまとめてあります。

クロージングしなかった場合はDD費用だけが残る

M&Aは、最終契約まで進んでも成立しないことがあります。専門家活用枠には、この場合の扱いが明記されています。補助事業期間内に経営資源引継ぎ（クロージング）が実現しなかった場合、補助上限額が縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費となります。

類型	クロージング成立時の上限	クロージング不成立時の上限	不成立時の対象経費
買い手支援類型（通常版）	600万円（DD上乗せで800万円）	300万円	原則DD費用のみ
売り手支援類型（通常版）	600万円（DD上乗せで800万円）	300万円	原則DD費用のみ
買い手支援類型（100億企業特例）	2,000万円	300万円	原則DD費用のみ
小規模売り手支援類型	450万円	50万円	原則DD費用のみ

この規定の意味するところは明確です。DDを実施していれば、案件が流れても調査に投じた費用の一部は補助対象として残ります。逆に言えば、DDを省略して仲介手数料の着手金だけを支払っていた場合、案件が流れたときに補助対象として残る経費がほとんどありません。

なお、クロージング不成立はあくまで結果であって、はじめから成立を前提としない申請が許されるわけではありません。審査では取組の目的・必要性、実現可能性、収益性、継続性が見られます。実現可能性の低い計画は、この段階で評価されません。

PMI推進枠ではDDが加点事由、ただし事業統合投資類型では対象外

DD費用の扱いで最も誤解が多いのがPMI推進枠です。PMI推進枠には2つの類型があり、DDの位置づけが異なります。

類型	補助率	補助下限額	補助上限額	DD費用の扱い
PMI専門家活用類型	1/2以内	50万円	150万円	DD実施は加点事由
事業統合投資類型	1/2以内（小規模事業者等は2/3以内）	100万円	800万円（賃上げ要件達成で1,000万円）	委託費のうちDD費用は対象外

事業統合投資類型では、M&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料のいずれもが対象外と明記されています。この類型の対象は、製造ラインやIT・会計システムの統合など、経営統合の効果を高める設備投資です。DD費用はPMI専門家活用類型または専門家活用枠側で申請する、という整理になっています。

一方、PMI推進枠の概要チラシではDDの実施が加点事由として挙げられています。つまり「DD費用そのものは事業統合投資類型では出ないが、DDを実施していること自体は審査で評価される」という構造です。ここを取り違えて、設備投資の見積にDD費用を混ぜて提出すると、その分が確定額から落ちます。

PMI推進枠の詳細はPMI推進枠の対象と要件を参照してください。

DD費用が対象外になる典型パターン

DD費用が認められなかったという相談の多くは、費用の性質ではなく手続きの順序に原因があります。よくあるパターンを整理します。

パターン	結果	回避の考え方
交付決定前にDDを発注・実施・支払いした	全額対象外	原則、交付決定日以降の契約・発注・支払いのみが対象。採択通知は交付決定ではない
自社の担当者だけでDDを実施した	計上不可	外部専門家への委託が前提
PMI推進枠の事業統合投資類型でDD費用を計上した	対象外	専門家活用枠またはPMI専門家活用類型で計上する
国の他の補助金で同一・類似内容の支援を受けている	対象外	重複が交付決定後に判明した場合は取消しの対象
証憑（見積書・契約書・請求書・振込記録）が不ぞろい	確定額から減額され得る	書類審査に加え現地調査等が行われる前提で整える
実績報告を期限までに提出しなかった	原則、交付決定の取消し	完了日から30日、または完了期限日から10日の早い方が期限

とくに1行目は毎回のように起こります。採択は交付申請をする権利の保障であって交付決定ではありません。16次公募では採択日が2026年12月下旬以降に順次、交付決定日が2027年1月下旬以降に順次と予定されています。この間に「もう採択されたから」とDDを発注してしまうと、その費用は補助対象になりません。

また、行政書士（行政書士法人を含む）以外の者が有償で申請書類の作成を代行することは行政書士法違反の可能性があり、交付決定後に発覚した場合は取消しの対象とされています。支援を受ける相手の資格も確認してください。詳しくは交付決定前の契約はどこまで許されるかと不採択になりやすい理由で扱っています。

見積取得から実績報告までの手順

DD費用を確実に補助対象として残すための実務手順を、時系列で整理します。

段階	やること	つまずきやすい点
1. 類型の決定	買い手支援類型・売り手支援類型・小規模売り手支援類型・100億企業特例のいずれかを選ぶ	同一公募回で重複申請はできない
2. GビズIDプライムの取得	Jグランツ以外からの申請は受け付けられない	取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度かかる
3. 認定経営革新等支援機関の確認書	計画内容の確認を受ける	締切直前は依頼が間に合わないことがある
4. 公募申請	2026年10月2日〜11月6日17時（16次公募）	受付開始前に書類をそろえておく
5. 採択・交付申請・交付決定	採択は2026年12月下旬以降、交付決定は2027年1月下旬以降の予定	採択と交付決定は別物
6. DDの契約・実施・支払い	交付決定日以降に契約・発注し、期間内に支払いを完了する	契約日と実施日と支払日のすべてが期間内である必要がある
7. 実績報告・額の確定・精算払請求	様式第6で報告し、確定後に様式第7で請求	実費弁済のため見積より安ければ実費分のみ

DDの契約書には、調査範囲・成果物・報酬の算定根拠を明記しておいてください。実績報告の審査では、支払った金額が補助対象の業務に対応しているかが確認されます。範囲が曖昧な包括契約は、どこまでがDD費用でどこからがコンサルティング費用かの切り分けができず、確定作業で難航します。

申請全体の流れは申請の流れ、電子申請の準備はJグランツとGビズIDにまとめています。

16次公募のスケジュールとDDの段取り

16次公募（令和7年度補正予算）の日程は次のとおりです。すべて事務局が公表している予定であり、確定次第更新されます。

項目	時期
公募要領開示・サイト開設	2026年9月4日（金）
説明会	2026年10月9日（金）14時からオンライン開催
公募申請受付期間	2026年10月2日（金）〜2026年11月6日（金）17時まで
採択日	2026年12月下旬以降 順次（予定）
交付申請受付期間	2027年1月上旬〜2027年11月中旬（予定）
交付決定日	2027年1月下旬以降 順次（予定）
事業実施期間	交付決定日〜2028年3月中旬（予定）
実績報告期間	2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定）
補助金交付手続き	2027年10月上旬以降 順次（予定）

補助事業期間は各枠の公募要領で2027年1月下旬予定から14か月以内と想定されています。DDは通常、数週間から数か月で完了する手続きですが、交付決定を待ってから着手するとM&Aの交渉スケジュールと合わないことがあります。相手方との交渉は進めつつ、費用の発生する契約は交付決定後に行う、という設計が必要です。

なお、FA業務・仲介業務の中間報酬・成功報酬については、基本合意書の締結や最終契約の締結が補助事業期間内かつ専門家契約の締結後に行われている必要があります。専門家契約の締結が交渉の進み具合より後になると、単なる契約の遅滞と判断されて対象外になり得ます。DDのタイミングもこの流れの中で考えてください。

採択率は現ブランドの11次から14次公募でいずれも60.7%から61.0%の範囲にあります。日程の詳細は16次公募のスケジュール、採択率の推移は採択率の推移で確認できます。

出典・参考情報

• 事業承継・M&A補助金事務局「令和7年度補正予算 事業承継・M&A補助金（14次公募〜）」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 専門家活用枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 専門家活用枠 よくある質問」（2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 PMI推進枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「令和6年度補正予算 事業承継・M&A補助金（11次公募〜）」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業庁「M&A支援機関登録制度」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業基盤整備機構「補助金活用ナビ 事業承継・M&A補助金」（2026年9月11日閲覧）

最終更新日: 2026年9月11日。本記事は16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局公表情報に基づいています。日程・要件は変更される場合がありますので、必ず各公式サイトで最新情報を確認してください。本記事のシミュレーションはモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。