事業承継・M&A補助金の実績報告と精算｜手順と期限
申請実務
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
補助金の相談で最も多い誤解が、採択されたらお金が振り込まれるというものです。事業承継・M&A補助金では、採択は交付申請をする権利の保障であって交付決定ではありません。
まず理解する：この補助金は「後払い」である
補助金の相談で最も多い誤解が、採択されたらお金が振り込まれるというものです。事業承継・M&A補助金では、採択は交付申請をする権利の保障であって交付決定ではありません。さらに交付決定を受けても、その時点で入金されるわけではありません。
この補助金は実費弁済方式による精算払いです。自社がいったん全額を支出し、事業完了後に実績を報告し、事務局が額を確定し、請求してから入金されます。したがって資金繰りは「補助金が入る前提」で組めません。ここを外すと、補助事業そのものが回らなくなります。
資金繰りで押さえる3点
- 補助対象になるのは原則、交付決定日以降の契約・発注・支払いです。交付決定前に着手した経費は対象外になります。
- 支払いは実績報告と額の確定の後です。16次公募では補助金交付手続きが2027年10月上旬以降順次（予定）と案内されています。
- 見積より安く済んだ場合は実費分のみが補助されます。上限額が保証されるわけではありません。
交付決定前の契約の扱いは交付決定前の契約は対象外で詳しく解説しています。制度全体の流れは申請の流れをご覧ください。
交付決定から入金までの全工程
交付規程に定められた流れを、実務の順序で並べます。実績報告はこの中の1工程にすぎませんが、ここでつまずくと入金されません。
| 段階 | やること | ポイント |
|---|
| 1. 採択 | 採択結果の通知を受ける | 採択は交付申請する権利の保障であり、交付決定ではない |
| 2. 交付申請 | 交付申請の書類を提出する | 16次公募の交付申請受付期間は2027年1月上旬から11月中旬（予定） |
| 3. 交付決定 | 交付決定通知書を受領する | 16次公募の交付決定日は2027年1月下旬以降順次（予定）。ここから経費が対象になる |
| 4. 補助事業の実施 | 契約・発注・納品・検収・支払いを行う | 証拠書類はこの間に集める。原則、補助事業期間内の契約・発注かつ支払い完了が条件 |
| 5. 補助事業の完了 | 事業を終える | 16次公募の事業実施期間は交付決定日から2028年3月中旬（予定） |
| 6. 実績報告 | 実績報告書（様式第6）を提出する | 完了日から30日経過した日、または完了期限日から10日経過した日の早い方まで |
| 7. 額の確定 | 事務局が書類審査・現地調査等を実施 | 交付すべき補助金の額が確定する。実費弁済方式 |
| 8. 精算払請求 | 精算払請求書（様式第7）を提出する | 提出後に補助金が支払われる |
| 9. 事業化状況報告 | 事業化状況報告（様式第12）を提出する | 毎事業年度終了後90日以内。枠ごとに報告年数が異なる |
16次公募の日程は次のとおり公表されています。いずれも予定であり、変更される場合があります。
| 項目 | 時期（16次公募） |
|---|
| 公募申請受付期間 | 2026年10月2日(金)〜2026年11月6日(金)17:00 |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） |
| 交付申請受付期間 | 2027年1月上旬〜2027年11月中旬（予定） |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜2028年3月中旬（予定） |
| 実績報告期間 | 2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定） |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） |
補助事業期間そのものは、事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠の各公募要領に「2027年1月（下旬予定）から14か月以内を想定」と記載されています。
実績報告の期限は「早い方」で決まる
交付規程では、実績報告書（様式第6）の提出期限を次のように定めています。
実績報告の提出期限
補助事業完了日から30日を経過した日、または交付決定通知書に記載された補助事業完了期限日から10日を経過した日の、いずれか早い方まで。
ここで事故が起きるのは、30日という数字だけを覚えてしまうケースです。補助事業を完了期限ぎりぎりまで引っ張った場合、後者の「完了期限日から10日」の方が先に来ることがあります。つまり実質10日しか猶予が無い状況が生まれます。次はモデルケースとしての計算例です（実際の日付は交付決定通知書の記載によります）。
| モデルケース | 完了日 | 完了日から30日 | 完了期限日から10日 | 実際の期限 |
|---|
| A：期限より十分早く完了 | 完了期限日の40日前 | 完了期限日の10日前 | 完了期限日の10日後 | 完了期限日の10日前（30日ルールが先） |
| B：期限ぎりぎりで完了 | 完了期限日と同日 | 完了期限日の30日後 | 完了期限日の10日後 | 完了期限日の10日後（10日ルールが先） |
| C：期限の5日前に完了 | 完了期限日の5日前 | 完了期限日の25日後 | 完了期限日の10日後 | 完了期限日の10日後（10日ルールが先） |
上表はルールの理解のためのモデルケースであり、実際の期限は交付決定通知書の記載に従ってください。
期限を守らないと交付決定が取り消される
交付決定後、正当な理由なく実績報告期限までに提出しない場合は原則として交付決定取消しの対象になります。事業をやり切っていても、報告が出ていなければ補助金は支払われません。完了時期を前倒しし、報告作業の時間を確保してください。
実績報告で問われるのは「支出の事実」の連続性
実績報告で事務局が確認するのは、補助事業として認められた内容が実際に行われ、その対価が実際に支払われたかです。つまり、契約から支払いまでの流れが書類でつながっている必要があります。1か所でも欠けると、その経費は認められないおそれがあります。
| 工程 | 典型的な証拠 | ありがちな欠落 |
|---|
| 比較・選定 | 見積書（相見積り）、選定理由 | 1社しか見積を取っていない、専門家活用枠で登録FA・仲介業者以外を比較対象にした |
| 契約・発注 | 契約書、発注書 | 口頭発注で書面が無い、契約日が交付決定日より前になっている |
| 履行 | 納品書、成果物、報告書 | 専門家の成果物が残っていない |
| 検収 | 検収書、受領の記録 | 検収の記録が無い |
| 請求 | 請求書 | 請求書の宛名が申請者と違う |
| 支払い | 振込明細、通帳の記録 | 現金払いで記録が弱い、補助事業期間内に支払いが完了していない |
専門家活用枠では、FA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象です。さらに相見積りの相手方も登録FA・仲介業者である必要があり、相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外とされています。実績報告の段階でこの点が問われると取り返しがつかないため、契約前に確認しておく必要があります。
証拠書類は5年間保存する
交付規程では、事業化状況報告に係る証拠書類を報告年度終了後5年間保存することが求められています。実績報告で提出したかどうかにかかわらず、関係書類は廃棄しないでください。
実績報告を「事後作業」にしないための実務
実績報告でつまずく会社に共通するのは、補助事業が終わってから書類を探し始めるという進め方です。専門家に依頼する費用が中心の専門家活用枠やPMI専門家活用類型では、成果物や報告書が電子データでやり取りされることが多く、担当者の個人端末やメールの中に散らばりがちです。設備投資が中心の事業承継促進枠や事業統合投資類型では、納品・据付・検収の記録が現場任せになり、書面が残っていないことがあります。次の3つを補助事業の開始時に決めておくと、報告時の作業が大幅に減ります。
- 保管場所を1か所に決める：補助事業の経費に関する見積書・契約書・発注書・納品書・検収書・請求書・支払記録を、案件ごとの1フォルダにまとめる運用にします。
- 支払いのたびに突合する：支払いが発生した時点で、対応する契約・発注・納品の書類が揃っているかを確認します。後からまとめて突合すると、欠落に気づいた時には相手方も記録を持っていないことがあります。
- 担当者を2名にする：補助事業の期間は交付決定日から2028年3月中旬（16次公募・予定）まで続きます。人事異動や退職で担当が空白になると、報告そのものが止まります。
なお、補助事業の内容を途中で変更する必要が生じた場合は、勝手に進めずに所定の変更手続きを確認してください。実績報告の段階で交付決定の内容と実際の事業が食い違っていると、その部分は認められないおそれがあります。
枠ごとの対象経費と対象外の整理は対象経費と対象外経費、FA・仲介手数料の扱いはM&A仲介手数料と補助金をご覧ください。
補助金の額の確定：上限額は「もらえる額」ではない
実績報告を受けて、事務局は書類審査・現地調査等を行い、交付すべき補助金の額を確定します。ここで確定した額が最終的な支払額です。交付決定額はあくまで上限であり、確定額がそれを下回ることは普通に起こります。
| 減額・不認定になりやすい典型 | 理由 |
|---|
| 見積より安く実施できた | 実費弁済方式のため、実際に支出した額が基準になる |
| 交付決定前に契約・発注・支払いをした経費 | 原則、補助事業期間内の契約・発注かつ支払い完了が条件 |
| 売上原価に相当する経費を計上した | 全枠共通で対象外 |
| 被承継者に支払う譲受費用（土地・資産購入費用等）を計上した | 事業承継促進枠で対象外 |
| 未登録のFA・仲介業者への支払いを計上した | 専門家活用枠で対象外 |
| 事業統合投資類型でM&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料を計上した | PMI推進枠の事業統合投資類型では対象外 |
| 在庫を売却して対価を得た分の処分費を計上した | 廃業費全般で対象外 |
| ファイナンスリースの解約金・違約金を計上した | 廃業費全般で対象外 |
| 国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複 | 全枠共通で対象外。交付決定後に判明した場合は取消しの対象 |
超過交付があった場合は返還と延滞金
確定額を超えて交付されていた場合は返還命令の対象になり、期限までに納付されない場合は年利10.95%の延滞金が発生します。額の確定は事後の話ではなく、支出の段階から効いてくるルールです。
精算払請求と入金までの実務
額が確定したら、精算払請求書（様式第7）を提出します。これを出さない限り支払いは行われません。実績報告を出した時点で満足してしまい、請求を失念するという事故が起こり得るため、社内では実績報告と精算払請求を1セットの工程として管理してください。
| 工程 | 提出物 | 提出しないとどうなるか |
|---|
| 実績報告 | 実績報告書（様式第6） | 正当な理由なく期限までに提出しない場合は原則、交付決定取消し |
| 額の確定 | （事務局が実施） | — |
| 精算払請求 | 精算払請求書（様式第7） | 補助金が支払われない |
| 事業化状況報告 | 事業化状況報告（様式第12） | 将来の補助金申請資格に影響する |
16次公募では、補助金交付手続きは2027年10月上旬以降 順次（予定）と案内されています。申請受付が2026年10月から11月であることを踏まえると、申請から入金まで1年前後の期間を見込むのが現実的です。この時間差が、この制度で最も資金繰りに効いてくる要素です。
入金までの資金をどう手当てするか
補助金は後払いであるため、支出時点の資金は自社で用意する必要があります。金融機関への相談は交付決定通知書を受け取った後の方が説明しやすくなります。融資との組み合わせは事業承継と融資で整理しています。
補助率から逆算した自己負担のモデルケース
補助率と上限額を自己負担の観点から見ると、必要な手元資金の規模が把握しやすくなります。次はルールの理解のためのモデルケースで、実際の補助額は額の確定によって変わります。
| モデルケース | 補助対象経費 | 補助率 | 補助金額（上限内の場合） | いったん必要な資金 |
|---|
| 事業承継促進枠・小規模事業者等 | 600万円 | 2/3以内 | 400万円 | 600万円（入金は事業完了後） |
| 事業承継促進枠・通常 | 600万円 | 1/2以内 | 300万円 | 600万円（同上） |
| 専門家活用枠・買い手支援類型 | 600万円 | 2/3以内 | 400万円 | 600万円（同上） |
| PMI推進枠・PMI専門家活用類型 | 300万円 | 1/2以内 | 150万円（上限150万円） | 300万円（同上） |
上表はモデルケースです。補助下限額（事業承継促進枠100万円、専門家活用枠50万円、PMI専門家活用類型50万円、事業統合投資類型100万円、廃業・再チャレンジ枠50万円）を下回る場合は補助されません。実績報告時に経費が縮小して下限を割り込むことがないよう注意してください。
消費税の仕入控除税額の扱い
交付規程では、消費税仕入控除税額が補助事業完了後に確定した場合、追加の報告・返還の対象になりうるとされています。補助金の交付を受けた経費について仕入税額控除を受けると、その分は実質的に負担していないことになるため、補助金から差し引く（あるいは返還する）という考え方です。
実務上は、次の点を経理担当と早めに共有しておくと混乱が減ります。
- 補助対象経費のうち、どの費目が課税仕入れに当たるのかを整理しておく
- 補助事業完了後の申告で仕入控除税額が確定するタイミングを把握しておく
- 確定した結果、返還が必要になる可能性があることを資金計画に織り込んでおく
| 論点 | 交付規程で確認できること |
|---|
| 報告の要否 | 消費税仕入控除税額が補助事業完了後に確定した場合、追加報告・返還の対象になりうる |
| 証拠書類の保存 | 事業化状況報告に係る証拠書類は報告年度終了後5年間保存 |
| 返還時の延滞 | 返還命令に対し未納の場合は年利10.95%の延滞金 |
具体的な税務処理は自社の課税事業者区分や申告方式によって異なります。顧問税理士に確認してください。
枠ごとに変わる実績報告の論点
実績報告で問われる内容は枠によって重心が違います。特に専門家活用枠は、M&Aが成立したかどうかで補助上限が変わるという特徴があります。
専門家活用枠：クロージングしなかった場合
補助事業期間内に経営資源引継ぎ（クロージング）が実現しなかった場合、補助上限額は縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費になります。
| 類型 | 通常の補助上限 | クロージングしなかった場合の上限 |
|---|
| 買い手支援類型・売り手支援類型（通常版） | 600万円（DD費用上乗せ+200万円で計800万円） | 300万円 |
| 買い手支援類型（100億企業特例） | 2,000万円 | 300万円 |
| 小規模売り手支援類型 | 450万円 | 50万円 |
M&Aは相手のある話であり、成立しないこともあります。この上限縮小のルールを知らずに資金計画を組むと、実績報告の段階で大きな差額が生じます。DD費用の扱いはデューデリジェンス費用の扱いで解説しています。
PMI推進枠：費目の切り分け
事業統合投資類型では、委託費のうちM&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料は対象外です。これらはPMI専門家活用類型または専門家活用枠側で計上します。請求書が一体になっていると実績報告で切り分けを求められるため、契約段階で費目を分けておくのが安全です。また、専門家活用枠側のM&Aがクロージングしなかった場合、同時申請しているPMI推進枠側も補助対象外になります。
廃業・再チャレンジ枠：対象外費目
在庫を売却して対価を得る場合の処分費、ファイナンスリース取引の解約金・違約金、リース資産の売買費用は対象外です。単独の再チャレンジ申請では補助対象経費が75万円未満の申請は受け付けられません（補助率2/3を掛けて下限50万円を下回るため）。実績報告時に経費が縮小して下限を割り込まないよう、事業の設計段階から余裕を持たせてください。
返還が発生するケースを先に知っておく
実績報告と精算が終わっても、その後の状況によって返還が生じる場合があります。制度を使う前に把握しておくべきものを整理します。
| ケース | 対象の枠 | 内容 |
|---|
| 承継が完了しなかった | 事業承継促進枠 | 事業承継対象期間（公募申請受付終了日から5年後まで）に承継完了が確認できない場合、原則返還 |
| 賃上げ要件が未達 | 事業承継促進枠・PMI事業統合投資類型 | 上限引き上げ額（最大200万円）の返還。事業計画期間中の各年度末で水準を維持できない場合も同様 |
| 従業員数が減少した | 専門家活用枠（100億企業特例） | 事業化状況報告で被承継者の従業員数が実績報告時より減少していた場合、減少率に応じた返還 |
| 超過交付 | 全枠共通 | 返還命令。未納の場合は年利10.95%の延滞金 |
| 他の補助金との重複が判明 | 全枠共通 | 交付決定取消しの対象 |
| 消費税仕入控除税額の確定 | 全枠共通 | 補助事業完了後に確定した場合、追加報告・返還の対象になりうる |
いずれも「天災など補助事業者の責めに帰することができない理由」がある場合は返還を求めないとされています。
加点が未達だと他の補助金にも影響する
加点事由を申請して交付決定を受けたのに、賃上げ等の要件が事業化状況報告の時点で未達だった場合、未達の報告から18か月間、中小企業庁が所管する他の補助金申請で正当な理由なく大幅減点されます。対象にはものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、IT導入支援事業、小規模事業者持続化補助金、事業承継・引継ぎ補助金、事業承継・M&A補助金、Go-Tech事業、事業再構築補助金、新事業進出補助金、中小企業省力化投資補助事業等が含まれます。
実績報告の後にまだ続くこと
精算払いを受けたら終わりではありません。事業化状況報告（様式第12）を毎事業年度終了後90日以内に提出する義務があり、報告する年数は枠によって異なります。
| 枠 | 提出期間 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 補助事業完了後5年間（合計6回） |
| 専門家活用枠（買い手・売り手・小規模売り手） | 補助事業完了後3年間（合計4回） |
| PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | 補助事業完了後3年間（合計4回） |
| PMI推進枠 事業統合投資類型 | 補助事業完了後5年間（合計6回） |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 補助事業完了後1年間（合計2回） |
証拠書類は報告年度終了後5年間の保存義務があります。また、過去の経営資源引継ぎ補助金・事業承継・引継ぎ補助金で事業化状況報告の義務を履行しなかった者は、本補助金への申請自体ができません。報告義務は将来の資金調達にも直結します。詳しくは事業化状況報告をご覧ください。
補助金で取得した財産には処分制限があり、計画を変更する場合には手続きが必要です。財産処分の制限と計画変更の手続きもあわせて確認してください。制度の全体像は事業承継・M&A補助金 完全ガイドで解説しています。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。16次公募要領はVer.1.0（2026年9月4日開示）、日程は事務局公表の予定に基づいています。様式・期限・手続きは変更される場合がありますので、必ず交付決定通知書の記載と公式サイトの最新情報を確認してください。本記事の計算例はモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。
