クリニックの事業承継・M&A補助金2026｜医療法人は対象外
申請実務
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
クリニックの承継は、開設者の高齢化を背景に相談が増えています。子が医師になって引き継ぐ、長年の勤務医が引き継ぐ、第三者へ譲渡する。
クリニックの承継と、この補助金が届く範囲
クリニックの承継は、開設者の高齢化を背景に相談が増えています。子が医師になって引き継ぐ、長年の勤務医が引き継ぐ、第三者へ譲渡する。いずれの道でも、譲渡先探しや契約交渉、資産の評価には専門家の費用がかかります。事業承継・M&A補助金は、その費用と、承継を機に行う投資を支える制度です。
ただしこの補助金は、中小企業者等を対象とする経済産業省系の制度であって、医療機関向けの制度ではありません。そのためクリニックの場合は、対象になるかどうかの入口で結論が大きく分かれます。記事の順序としても、まずそこから扱います。
最初に確認すること
本補助金の対象者は中小企業者等で、その定義から医療法人は除外されています。医療法人が開設するクリニックは、どの枠も利用できません。個人事業主として開設しているクリニック（法人化していない診療所）であれば、承継予定者の要件等を満たすことで対象になり得ます。
この記事の前提
- 数値・日程は16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）と事務局サイトの事業スケジュール欄によります。事務局が「予定」と注記している項目があります。
- 2026年9月11日時点で16次公募の申請受付は開始前です。受付開始は2026年10月2日(金)です。
- 診療所の開設に関する手続きや保険医療機関の指定は本補助金の公募要領に規定がありません。本記事では論点の所在を示すにとどめ、可否は保健所・地方厚生局等への確認をお願いする形にしています。
対象者の判定。開設形態と従業員規模
判定は2段階です。第1段階は法人格、第2段階は小規模事業者等への該当です。
| 開設形態 | 本補助金の対象 | 根拠 |
|---|
| 個人事業主として開設しているクリニック | 対象になり得る | 中小企業者等には個人事業主が含まれます |
| 医療法人が開設するクリニック | 対象外 | 医療法人は中小企業者等の定義から除外されています |
| 社会福祉法人が運営する診療部門 | 対象外 | 社会福祉法人も定義から除外されています |
| 一般社団法人・一般財団法人・学校法人 | 対象外 | いずれも定義から除外されています |
| 株式会社等が運営する医療関連事業（検査・物販等） | 対象になり得る | 中小企業者等に該当すれば対象。事業の実態で判断されます |
| 親会社が議決権の50%超を持つ法人 | 対象外 | みなし大企業・みなし同一法人は対象外です |
第2段階の小規模事業者等の判定は、業種別の従業員数で行われます。該当すると事業承継促進枠の補助率が1/2から2/3に上がり、専門家活用枠では小規模事業者等であること自体が加点事由になります。
| 区分 | 従業員数の基準 | クリニックでの考え方 |
|---|
| サービス業 | 従業員5人以下 | クリニックは一般にこの区分として扱われます。看護師・医療事務等を含む常時使用する従業員数で判断します |
| 商業（卸売業・小売業） | 従業員5人以下 | 物販が事業の主体である場合など、実態に応じて判断されます |
| 製造業その他 | 従業員20人以下 | 製造部門が主体の関連事業の場合です |
| 宿泊業・娯楽業 | 従業員20人以下 | クリニックでは通常該当しません |
開設形態や区分の判断に迷う場合は、事業計画を書き始める前に認定経営革新等支援機関へ確認してください。入口を誤ると、準備した書類ごと無駄になります。補助率と上限の全体像は補助率と上限額の記事にあります。
医療法人が対象外であることの意味と、医療手続きの切り分け
「医療法人は対象外」という一文の射程を、具体的に確認しておきます。
| よくある想定 | 本補助金での扱い |
|---|
| 医療法人が事業承継促進枠で設備投資したい | 利用できません。対象者の定義から除外されています |
| 医療法人が専門家活用枠でM&Aの仲介費用を補助してほしい | 利用できません。売り手側・買い手側のいずれでも同じです |
| 医療法人が廃業・再チャレンジ枠で閉院費用を補助してほしい | 利用できません |
| 個人開業のクリニックを医療法人が譲り受ける | 譲り受ける側が医療法人であれば、買い手として本補助金を利用することはできません |
| 個人開業のクリニックを、個人事業主として引き継ぐ医師へ譲渡する | 売り手・買い手それぞれが中小企業者等の要件を満たせば、専門家活用枠の対象になり得ます |
| 医療法人化を予定しているが、いまは個人開業である | 申請時点の形態で判断されます。法人化の時期と申請の順序は専門家に相談してください |
なお、医療法人が利用できる代替の補助制度については、本記事の情報源（16次公募要領および事務局サイト）では確認できていません。医業経営に詳しい税理士・専門家への相談を検討してください。
医療関係の手続きは補助金の審査対象ではない
本補助金の公募要領には、診療所の開設に関する届出・保険医療機関の指定・医師免許に関する規定は一切ありません。事務局はこれらを審査しません。逆に言えば、これらが整うことが補助の要件になっているわけでもありません。
| 論点 | 誰が判断するか | 補助金との関係 |
|---|
| 開設者が変わる場合の届出 | 保健所等の許可権者 | 要領に規定なし。事務局の審査対象外です |
| 保険医療機関としての指定の取扱い | 地方厚生局等の所管行政機関 | 要領に規定なし。事業の継続性を説明する前提条件にはなります |
| 診療所の建物・賃貸借契約の承継 | 貸主との合意。契約内容によります | 要領に規定なし |
| 患者情報（カルテ）の引継ぎ | 個人情報の取扱いに関する法令・契約による | 要領に規定なし。引継ぎ方法は計画に書く価値があります |
| 承継予定者の実務経験年数（継続3年以上の雇用等） | 事務局（認定経営革新等支援機関の確認を経る） | 事業承継促進枠の要件そのものです |
手続きの要否や方法は、所在地の保健所・地方厚生局等に必ず確認してください。本記事では論点の所在を示すにとどめています。
個人開業のクリニックが使える枠
個人開業であることを前提に、承継のかたちから枠を選びます。
| クリニックでよくある承継のかたち | 使う枠 | 主な要件 |
|---|
| 院長の子（医師）が引き継ぐ | 事業承継促進枠 | 承継予定者は被承継者の親族（六親等内の血族・配偶者・三親等内の姻族）で、対象の事業の代表経験が無いこと。個人事業主は共同申請が必須 |
| 長年勤めた勤務医が引き継ぐ | 事業承継促進枠 | 個人事業主の場合、承継予定者は継続3年以上の雇用経験者であること。共同申請が必須です |
| 他のクリニックを譲り受ける（買い手） | 専門家活用枠 買い手支援類型 | 補助率2/3以内・上限600万円、DD費用の上乗せで合計800万円まで |
| 後継者不在で第三者に譲渡する（売り手） | 専門家活用枠 売り手支援類型 | 補助率1/2または2/3以内・上限600万円、DD費用の上乗せで合計800万円まで |
| 小規模な個人クリニックが第三者に譲渡する | 専門家活用枠 小規模売り手支援類型 | 補助率2/3以内・補助下限額なし・上限450万円。通常の売り手支援類型との同時申請は不可 |
| 譲り受けたクリニックの電子カルテ・予約システムを統合する | PMI推進枠 事業統合投資類型 | 公募申請時点でM&Aのクロージング日から3年以内の取組であること（単独申請の場合） |
| 統合計画づくりを専門家に依頼する | PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | 補助率1/2以内・下限50万円・上限150万円 |
| 承継先が見つからず閉院して再挑戦する | 廃業・再チャレンジ枠（単独申請） | M&Aで事業を譲り渡せなかったことが要件。対象会社と支配株主等の共同申請が必要 |
事業承継促進枠はM&Aによる第三者承継を対象としていません
事業承継促進枠の対象は親族内承継・従業員承継等（事業再生を伴うものを含む）で、M&Aによる第三者承継は専門家活用枠の管轄です。「承継」という言葉が同じでも枠が異なります。また、事業承継促進枠と専門家活用枠・PMI推進枠を同一公募回で申請することはできません。
個人事業主の承継は、制度上は事業譲渡（被承継者の廃業と承継予定者の開業）として整理されます。加えて、公募申請時点で開業届の提出から5年が経過していることが要件です。枠の全体像は4つの枠の違いで扱っています。
補助率・上限額と、診療報酬との重複禁止
金額の条件を整理します。クリニックでは、この表と次の重複禁止の規定をセットで確認してください。
| 枠・類型 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 |
|---|
| 事業承継促進枠（小規模事業者等） | 2/3以内 | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 事業承継促進枠（通常） | 1/2以内 | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 専門家活用枠 買い手支援類型 | 2/3以内 | 50万円 | 600万円（DD費用上乗せで800万円） |
| 専門家活用枠 売り手支援類型 | 1/2または2/3以内 | 50万円 | 600万円（DD費用上乗せで800万円） |
| 専門家活用枠 小規模売り手支援類型 | 2/3以内 | なし | 450万円 |
| PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | 1/2以内 | 50万円 | 150万円 |
| PMI推進枠 事業統合投資類型 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 廃業・再チャレンジ枠（単独） | 2/3以内 | 50万円 | 300万円 |
診療報酬・介護報酬との重複は対象外です
本補助金は、国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業を対象としていません。これに加え、公的医療保険・介護保険の診療報酬・介護報酬との重複、固定価格買取制度等との重複も対象外とされています。ただし、報酬事業の対象設備と完全に別事業所で分離すれば重複としない扱いの例外があるとされています。保険診療に直結する設備の計上を考える場合は、事務局または認定経営革新等支援機関に事前確認してください。交付決定後に重複が判明した場合は取消しの対象になります。
事業承継促進枠で800万円を超え1,000万円までの部分は、補助率が一律1/2以内です。上限を引き上げる賃上げ要件は、補助事業完了日を含む事業年度（基準年度）から翌年度にかけて従業員1人当たり給与支給総額の上昇率3%以上を達成し、公募申請時までに全従業員・役員へ表明していることです。未達成の場合は引き上げ額（最大200万円）の返還を求められ、事業計画期間中の各年度末で水準を維持できない場合も同様です。
専門家活用枠にはクロージングしなかった場合の縮小規定があります。補助事業期間内に経営資源の引継ぎが実現しなかった場合、上限額は通常版で300万円、小規模売り手支援類型で50万円に縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費になります。
クリニックでの対象経費の当てはめと、対象外になるもの
承継の場面でクリニックに発生しがちな支出を、枠と費目に当てはめます。保険診療と直結する設備は、前節の重複禁止の観点で事前確認が必要です。
| クリニックでよくある支出 | 使う枠 | 対象経費としての位置づけ |
|---|
| 承継を機に更新する診療設備・検査機器 | 事業承継促進枠 | 設備投資として計上。交付決定日以降の契約・発注・支払いに限られます。診療報酬との重複可否は事前確認が必要です |
| 電子カルテ・予約管理・オンライン診療システムの導入 | 事業承継促進枠／PMI推進枠 事業統合投資類型 | 承継を機に新規導入するか、譲り受けた医院と統合するかで枠が分かれます |
| 承継を機に行う院内の改装 | 事業承継促進枠 | 承継後の患者受入体制の改善につながることを事業計画で説明します |
| 譲渡先・譲受先を探す仲介・FAへの報酬 | 専門家活用枠 | 委託費。M&A支援機関登録制度に登録された業者への支払いのみが対象です |
| デュー・ディリジェンス（DD）費用 | 専門家活用枠 | 買い手支援類型はDD実施が実質的に必須とされています。未収診療報酬・リース債務・労務状況の調査が典型です |
| 表明保証保険の保険料 | 専門家活用枠 | 保険料として対象。同一案件で買い手・売り手が重複加入することはできません |
| 統合計画づくりの専門家費用 | PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | 金融機関または弁護士・会計士・税理士・中小企業診断士・経営コンサルタント等への費用 |
| 閉院時の設備撤去・原状回復・登記手続き | 廃業・再チャレンジ枠 | 解体費・原状回復費・廃業支援費（司法書士への登記申請手続き経費）等 |
対象外になるもの
| 対象外になるもの | 根拠・注意点 |
|---|
| 医薬品・診療材料などの仕入れ | 売上原価に相当する経費は全枠共通で対象外です |
| 公的医療保険の診療報酬と同一・類似内容で重複する事業 | 対象外。別事業所で完全に分離した場合の例外があるとされています |
| 被承継者に支払う譲受費用（土地・資産購入費用等） | 事業承継促進枠では対象外。先代から診療設備や不動産を買い取る費用は計上できません |
| 交付決定日より前の契約・発注・支払い | 原則、交付決定日以降の契約・発注かつ支払い完了分のみが対象です |
| 診療設備や不動産のみを保有する事業の承継 | 物品・不動産等のみを保有する事業の承継（売買を含む）は実質的な事業承継とみなされない例です |
| ファイナンスリースの解約金・違約金 | 廃業費全般で対象外です |
| 登録M&A支援機関以外への仲介・FA費用 | 未登録業者への支払いは全額対象外。相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合も対象外です |
| 事業統合投資類型でのM&A仲介手数料・DD費用・PMI専門家手数料 | PMI推進枠 事業統合投資類型では対象外。専門家活用枠またはPMI専門家活用類型で申請します |
対象経費の考え方は対象経費の記事、DD費用はDD費用の記事、表明保証保険は表明保証保険の記事で扱っています。
患者基盤と診療体制を、審査の言葉に翻訳する
書面審査は外部有識者で構成される審査委員会が行い、着眼点は【取組の目的・必要性】【取組の実現可能性】【取組の収益性】【取組の継続性】の4つです。クリニックの計画では、この4つに診療の実態で答えます。
| 審査の着眼点 | クリニックの計画で書くこと |
|---|
| 取組の目的・必要性 | なぜ今の承継なのか。院長の年齢と診療可能な時間、地域の医療提供体制、設備の更新時期などを具体的に書きます |
| 取組の実現可能性 | 承継予定者の勤務年数と診療実績、開設形態が個人事業主であること、医療関係手続きの見通し、資金計画を書きます |
| 取組の収益性 | 承継を機に行う投資が、1日あたり受診者数・予約の埋まり方・待ち時間・スタッフ1人あたりの処理量のどこにどう効くのかを書きます |
| 取組の継続性 | 患者情報の引継ぎ方法、看護師・医療事務の残留、診療体制の維持、既存患者への告知計画を書きます |
事業承継促進枠では、さらに生産性向上要件があります。補助事業期間を含む5年間の計画で、付加価値額または1人当たり付加価値額の伸び率が年3%向上する計画であることです。付加価値額は営業利益と人件費と減価償却費の合計で定義されます。診療体制の拡充、診療時間の見直し、スタッフ配置の変更など、伸び率の根拠を言葉にしておく必要があります。
要件面では、経営権と所有権の両方が被承継者から承継者へ移ることが必要です。個人事業主は共同申請が必須で、事業承継対象期間は公募申請受付終了日から5年後まで、16次公募なら2026年11月6日から2031年11月5日までに承継を完了する蓋然性が高いことを、認定経営革新等支援機関が確認します。確認書の取り方は確認書の記事にあります。
加点事由には、経営力向上計画の認定、経営革新計画の承認、先端設備等導入計画の認定、（連携）事業継続力強化計画の認定、健康経営優良法人、サイバーセキュリティお助け隊サービス利用、ワーク・ライフ・バランス推進（えるぼし認定・くるみん認定等）、賃上げ表明などがあります。専門家活用枠では小規模事業者等に該当すること自体が加点事由、PMI推進枠ではDD実施が加点事由です。詳細は加点と審査の記事を参照してください。
クリニックの申請でつまずきやすい点
要領とFAQから、クリニックの承継で問題になりやすい箇所を抜き出します。
| つまずきやすい点 | 要領上の扱い |
|---|
| 医療法人であることに気づかず事業計画を書き上げた | 医療法人は中小企業者等の定義から除外されており、対象外です。入口の確認を先に行ってください |
| 保険診療に使う設備を補助対象経費に計上した | 公的医療保険の診療報酬と同一・類似内容で重複する事業は対象外です。別事業所で完全に分離した場合の例外があるとされています |
| 個人事業主なのに単独で申請した | 事業承継促進枠では、個人事業主は被承継者と承継予定者の共同申請が必須です |
| 開業から5年経っていない診療所で事業譲渡した | 個人事業主は開業届の提出から5年経過が要件です。開業直後の事業譲渡は正当性が確認できない場合に対象外の例です |
| 診療設備や不動産だけを引き継ぐ形にした | 物品・不動産等のみを保有する事業の承継（売買を含む）は対象外の例です |
| 採択の連絡ですぐ機器を発注した | 採択は交付申請する権利の保障であって交付決定ではありません。交付決定前に着手した経費は対象外です |
| 医業専門の仲介会社が登録M&A支援機関でなかった | 登録された業者への支払いのみが委託費の対象です |
| 相見積りを取ったが最低価格の業者を選ばなかった | 相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外とされています（16次公募 専門家活用枠FAQ） |
| 買い手なのにDDを自社だけで済ませた | 専門家に依頼せず自社で実施した場合、DD費用を補助対象経費に計上できません。買い手支援類型ではDD実施が実質的に必須とされています |
| 行政書士以外に有償で書類作成を代行させた | 行政書士法違反の可能性があり、交付決定後に発覚した場合は取消しの対象です |
採択率は、現ブランドの確定値で11次60.8%、12次61.0%、13次60.9%、14次60.7%と、4回連続して約6割です（出典：shoukei-mahojokin.go.jp）。事務局は不採択理由の個別問い合わせに応じないため、要件の取り違えは自力で潰しておく必要があります。よくある不備は不採択理由の記事にまとめています。
16次公募の日程と、いまクリニックがやること
16次公募のスケジュールは事務局サイトの事業スケジュール欄に掲載されています。2026年9月11日時点では要領のみが先行開示された状態です。
| 項目 | 時期 |
|---|
| 公募要領開示・サイト開設 | 2026年9月4日(金) |
| 説明会申込受付 | 2026年9月9日(水)〜10月7日(水) 17:00まで |
| 説明会 | 2026年10月9日(金) 14:00〜（オンライン、Microsoft Teamsタウンホール形式） |
| 公募申請受付期間 | 2026年10月2日(金)〜2026年11月6日(金) 17:00まで |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） |
| 交付申請受付期間 | 2027年1月上旬〜2027年11月中旬（予定） |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜2028年3月中旬（予定）。2027年1月下旬予定から14か月以内 |
| 実績報告期間 | 2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定） |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） |
受付開始までの準備
- 開設形態が個人事業主であることを確認する。医療法人であれば本補助金は使えません。
- GビズIDプライムアカウントを取得する。取得には1〜2週間、混雑時は3週間程度かかります。
- 開業届と直近の確定申告書を揃える。個人事業主は開業届の提出から5年経過が要件です。
- 承継予定者の勤務実績を確認できる資料を準備する。
- 認定経営革新等支援機関に確認書の発行を依頼する。締切直前は混雑します。
- 補助対象経費に診療報酬との重複がないかを事前に確認する。
採択後は、交付申請、交付決定、事業実施、実績報告、額の確定、精算払、事業化状況報告の順に進みます。補助金は実費弁済方式（精算払い）で、事業が完了し実績報告と額の確定を経てから支払われます。見積りより安く済んだ場合は実費分のみが支払われ、超過交付があれば返還命令の対象です。事業化状況報告は毎事業年度終了後90日以内で、事業承継促進枠は補助事業完了後5年間（合計6回）、専門家活用枠とPMI専門家活用類型は3年間（合計4回）、廃業・再チャレンジ枠は1年間（合計2回）です。全体像は申請の流れにあります。
クリニックの承継をどこに相談するか
クリニックの承継は、補助金・医療関係手続き・税務の3つが同時に動きます。窓口を役割で分けて考えると整理しやすくなります。
| 相談先 | 相談できること | 公式サイト |
|---|
| 事業承継・引継ぎ支援センター | 親族内承継・第三者承継（M&A）の両方。全国47都道府県に設置（東京都は本部と多摩地域の2拠点で計48拠点） | shoukei.smrj.go.jp |
| 登録M&A支援機関（FA・仲介） | 譲渡先・譲受先の探索と交渉。専門家活用枠の委託費は登録機関への支払いのみが対象 | ma-shienkikan.go.jp |
| 認定経営革新等支援機関（税理士・中小企業診断士等） | 対象要件の確認、確認書の発行、事業計画の組み立て | ー |
| 保健所・地方厚生局等 | 診療所の開設に関する届出、保険医療機関の指定に関する手続き | ー |
| 医業経営に詳しい専門家 | 医療法人の承継など、本補助金の対象外となるケースの選択肢 | ー |
| 事務局（公募要領・FAQ） | 要件の解釈。ただし不採択理由の個別問い合わせには応じません | shoukei-mahojokin.go.jp |
事業承継・引継ぎ支援センターまたは中小機構地域本部の支援を受けて事業承継計画書を策定することは、事業承継促進枠の加点事由でもあります。個人開業で親族内・従業員承継を考えているクリニックは、早めに接触しておく価値があります。使い方は支援センターの記事を参照してください。
第三者への譲渡では、依頼先が登録M&A支援機関かどうかをM&A支援機関登録制度のサイトで確認してください。登録機関からの報告ベースでは、中小M&Aの件数は2024年度で譲渡側4,940件・譲受側4,708件と公表されています（出典：ma-shienkikan.go.jp／登録支援機関からの報告ベースであり、日本の中小M&A全体の件数ではありません）。都道府県によっては、本補助金の採択事業者を対象に自己負担額の一部を上乗せ補助する制度があります。全都道府県を網羅した一次資料は確認できていないため、お住まいの県の公式サイトで確認してください。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。16次公募の日程は事務局が「予定」と注記しているものを含み、変更される場合があります。診療所の開設に関する届出・保険医療機関の指定・医師免許の取扱いは本補助金の公募要領の範囲外であり、本記事は一般的な論点の整理にとどめています。医療法人が利用できる代替制度については本記事の情報源では確認できていません。必ず各公式サイトおよび保健所・地方厚生局・専門家に最新の情報を確認してください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。
