認定支援機関の確認書｜事業承継・M&A補助金の取り方

認定支援機関の確認書とは何か

認定経営革新等支援機関（認定支援機関）による確認書は、事業承継・M&A補助金の申請にあたって第三者の専門家が計画や蓋然性を確認したことを示す書類です。16次公募では、事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠・廃業再チャレンジ枠の4枠いずれについても確認書の発行が必要とされています。

この確認書が制度上どういう位置づけかを理解しておくと、依頼のしかたが変わります。事業承継・M&A補助金は、申請時点ではまだ起きていない将来の出来事（これから承継する、これからM&Aを成立させる、これから統合する、これから廃業して再挑戦する）にお金を出す制度です。将来のことは書類で証明できません。そこで、経営の実情を知る立場にある専門家が「この計画は実現しそうだ」と確認する仕組みが挟まっています。

なお、確認書の正式な様式・記載事項・提出方法は枠ごとの公募要領に定められています。本記事は公募要領・交付規程・事務局のよくある質問で確認できた範囲から、依頼の段取りを組み立てるための解説です。実際の様式は必ず該当する枠の公募要領ダウンロードページで最新版を確認してください。申請全体の書類は必要書類の一覧で整理しています。

3つの「専門家」を混同しない

事業承継・M&A補助金には、役割の違う専門家が3種類登場します。ここを混同すると、依頼先を間違えて時間を失います。

役割	誰か	この補助金での役目
認定経営革新等支援機関	税理士・中小企業診断士等	確認書の発行（4枠共通で必要）
登録M&A支援機関（登録FA・仲介業者）	M&A支援機関登録制度に登録された事業者	専門家活用枠で、FA業務・仲介業務に係る委託費を補助対象経費にできる相手
PMI専門家	金融機関（関連会社を含む）または弁護士・公認会計士・税理士・中小企業診断士・経営コンサルタント等	PMI推進枠のPMI専門家活用類型で、費用が補助対象になる専門家

同じ税理士が認定支援機関であり、かつPMI専門家の要件も満たす、といったことは起こり得ます。しかし制度上の役割は別です。確認書は「補助対象経費を発生させる相手」ではなく「申請要件として第三者の確認を担う相手」です。M&Aの仲介を頼んでいる会社が登録M&A支援機関であっても、それだけで確認書を発行できるわけではありません。

依頼先の見つけ方

現実的な優先順位は次のとおりです。

• 顧問税理士に確認する：認定支援機関として認定を受けている税理士・税理士法人は多く、決算や株主構成を把握しているため事実確認が最短です。
• 取引金融機関に相談する：事業承継の相談を継続的に受けている場合、社内に対応窓口があることがあります。
• 中小企業診断士等に依頼する：計画づくりから伴走してもらう形になりやすく、事業計画の作成と確認をまとめて進められます。
• 事業承継・引継ぎ支援センターに相談する：全国47都道府県に設置された国の窓口です（東京都のみ本部と多摩地域の2拠点で計48拠点）。親族内承継も第三者承継（M&A）も相談でき、事業承継促進枠では同センターまたは中小機構地域本部の支援を受けた事業承継計画書の策定が加点事由にもなっています。

認定支援機関であるかどうかは、依頼先に直接確認するのが確実です。センターの一覧と使い方は事業承継・引継ぎ支援センターの使い方で解説しています。

枠ごとに「確認してもらう中身」が違う

確認書というひとつの言葉でまとめられがちですが、確認の対象は枠で変わります。依頼するときに「うちはどちらの確認をお願いする側なのか」を明示すると、専門家側の作業がぶれません。

枠	確認の対象	専門家が見る中心的な論点
事業承継促進枠	事業承継の蓋然性	事業承継対象期間内に承継を完了できる見込みがあるか
専門家活用枠（買い手・売り手・小規模売り手）	計画内容	M&Aの計画と経費の建て付けが妥当か
PMI推進枠（専門家活用類型・事業統合投資類型）	計画内容	統合により効果が出る計画になっているか
廃業・再チャレンジ枠	再チャレンジの蓋然性	廃業後の再チャレンジ事業計画が実行される見込みがあるか

「蓋然性」の確認と「計画内容」の確認は、専門家に求める視点が違います。蓋然性の確認は関係者の合意と時間軸が中心で、誰がいつ何をするかが具体的でなければ確認が難しくなります。計画内容の確認は数字と経費の妥当性が中心で、見積の根拠や統合後の効果の説明が問われます。

事業承継促進枠：5年以内の承継の蓋然性を確認してもらう

事業承継促進枠は、5年以内に親族内承継・従業員承継等（事業再生を伴うものを含む）を予定している中小企業者等が対象です。M&Aによる第三者承継はこの枠の対象外で、専門家活用枠の管轄になります。ここを取り違えたまま確認書を依頼しても、枠自体が合っていないため申請は通りません。

確認書で焦点になるのは、事業承継対象期間内に承継を完了する蓋然性が高いかです。事業承継対象期間は公募申請受付終了日から5年後までで、16次公募では次のとおりです。

項目	16次公募での日付
公募申請受付終了日	2026年11月6日(金)17:00
事業承継対象期間	2026年11月6日から2031年11月5日まで
この期間内に必要なこと	経営権と所有権（株式・持分等）の両方が被承継者から承継者へ移転していること

専門家が蓋然性を判断するには、承継予定者が要件を満たすかどうかの事実確認が前提になります。依頼前に自社で整理しておくと話が早い項目を挙げます。

確認項目	内容
承継予定者の経験（法人の場合）	①役員として3年以上の経験、②継続3年以上雇用され業務に従事、③役員経験と従業員経験の通算3年以上、④被承継者の親族（六親等内の血族・配偶者・三親等内の姻族）であり対象会社の代表経験が無い者、のいずれか
承継予定者の経験（個人事業主の場合）	継続3年以上の雇用経験者、または被承継者の親族（代表経験無し）
決算・申告	公募申請時点で対象会社が3期分の決算・申告を完了していること（個人事業主は開業届提出から5年経過）
申請単位	原則、被承継者を補助対象者として申請。個人事業主は被承継者と承継予定者の共同申請が必須
対象となる形	法人は代表者交代（同一法人内）、個人事業主は事業譲渡

ホールディングス承継の場合

承継予定者個人ではなく、承継予定者が所有する法人（HD会社）が株式を取得する場合も、①被承継者がHD会社に出資していない、②承継予定者がHD会社株式を議決権ベースで3分の2超保有、③HD会社が申請者法人株式を100%保有、の3要件を満たせば対象になります。スキームが複雑なほど確認に時間がかかるため、資本関係図を用意して依頼してください。

専門家活用枠・PMI推進枠：計画内容を確認してもらう

専門家活用枠とPMI推進枠では、確認の対象が計画内容になります。この2枠はお金の使い方に細かいルールがあるため、確認を依頼する段階で経費の建て付けが固まっていないと、確認書の作成が止まります。

専門家活用枠で先に固めておくこと

• 依頼先が登録M&A支援機関か：FA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象になります。未登録業者への支払いは対象外です。
• 相見積りの形：相見積りの相手方も登録FA・仲介業者である必要があり、相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外とされています。
• 契約と報酬発生の順序：中間報酬の根拠となる基本合意書の締結、成功報酬の根拠となる最終契約の締結は、いずれも補助事業期間内に、かつ専門家との契約締結の後に行われている必要があります。専門家契約より前に基本合意や最終契約を結んでいた場合は原則対象外で、覚書等で契約日を後ろ倒しする行為も原則認められません。
• どの類型で申請するか：通常版・100億企業特例・小規模売り手支援類型は同一公募回で重複申請できません。

類型	補助率	補助下限	補助上限
買い手支援類型（Ⅰ型・通常）	2/3以内	50万円	600万円（DD費用上乗せ+200万円で計800万円）
売り手支援類型（Ⅱ型・通常）	1/2または2/3以内	50万円	600万円（DD費用上乗せ+200万円で計800万円）
買い手支援類型（100億企業特例）	1,000万円以下は1/2、1,000万円超〜2,000万円は1/3	50万円	2,000万円
小規模売り手支援類型	2/3以内	下限なし	450万円

売り手支援類型で補助率2/3になるのは、①物価高等の影響で営業利益率が直近事業年度またはその前年同時期比で低下している、②直近決算期の営業利益または経常利益が赤字、のいずれかに該当する場合です。該当を主張するなら決算数値で示せる状態にしておきます。

PMI推進枠で先に固めておくこと

PMI推進枠は、対象となるM&Aの条件が厳格です。グループ内の事業再編、物品・不動産等のみの売買、親族間の事業承継、同族関係者間・支配関係のある法人間の取引は対象外で、事業譲渡なら設備・従業員・顧客等の有機的一体の経営資源の引継ぎが必要、不動産業以外でも原則として常時使用する従業員1名以上の引継ぎが求められます。時期についても、単独申請では公募申請時点でクロージング日から3年以内の取組であることが要件です。

廃業・再チャレンジ枠：再チャレンジ事業計画の確認

廃業・再チャレンジ枠には、単独の再チャレンジ申請と、他の枠に上乗せする併用申請の2つの形があります。確認書の意味合いは、この2つで大きく変わります。

申請形態	どんな場合	確認書まわりの追加要件
再チャレンジ申請（単独）	M&Aで事業を譲り渡せなかった中小企業者等の株主・個人事業主が、新たなチャレンジのため既存事業を廃業する場合	廃業後の再チャレンジ事業計画を作成し、認定支援機関の確認を受けていること。加えて、廃業する対象会社と議決権の過半数を有する支配株主または株主代表による共同申請が必要
併用申請	事業承継促進枠／専門家活用枠／PMI推進枠と同時に申請し、承継・M&A・PMIに伴い既存事業や譲り受けた事業の一部を廃業する場合	廃業・再チャレンジ枠への別申請は不要。主枠への上乗せとして処理されるため、主枠の確認書の枠組みの中で扱われる

単独申請では、補助対象経費が75万円未満の申請は受け付けられません（補助率2/3を掛けて下限50万円を下回るため）。また廃業費用のみで300万円を申請することはできず、事業費側の申請とセットになることが前提です。実質同一株主による複数申請で内容が実質同一の場合、合計補助額は300万円が上限になります。

確認を依頼するときは、「M&Aで譲り渡せなかった」経緯と廃業後に何をするのかの2点を説明できる状態にしておいてください。廃業費の範囲は廃業費用と補助金、枠の全体像は廃業・再チャレンジ枠で解説しています。

確認書を依頼する手順と、渡す材料

確認書は「頼めば出てくる紙」ではありません。専門家は自分の名前で確認する以上、事実関係を確かめます。次の順序で進めると、往復が減ります。

手順	やること	ポイント
1	申請する枠と類型を確定する	専門家活用枠は3系統、PMI推進枠は2類型ある。ここが決まらないと確認内容が決まらない
2	該当する枠の公募要領をダウンロードして様式を確認する	確認書の様式・記載事項は枠ごとの公募要領が正
3	依頼先が認定経営革新等支援機関か確認する	顧問税理士がそのまま該当することが多い
4	事実関係の資料を先に渡す	決算・登記・株主名簿・資本関係図・従業員数など
5	計画のドラフトを渡してすり合わせる	審査の4観点で書くと専門家の確認が早い
6	確認書を受領し、申請内容と齟齬が無いか照合する	数字や日付が計画側と食い違わないかを最終確認
7	Jグランツで申請する	GビズIDプライムが必要。取得に1〜2週間、混雑時3週間程度

渡すと話が早い材料

• 直近3期分の決算関係書類（事業承継促進枠は3期分の決算・申告完了が要件）
• 登記事項証明書・株主名簿・資本関係図（経営権と所有権の移転を説明するため）
• 従業員数がわかる資料（小規模事業者等の該当判定、PMI推進枠の従業員引継ぎ要件）
• 承継予定者の経歴（役員経験・雇用期間・被承継者との続柄）
• 見積書（専門家活用枠は登録FA・仲介業者からの相見積り）
• スケジュール表（いつ何をするか。事業承継対象期間や補助事業期間との整合を見せる）

小規模事業者等の定義は、製造業その他が従業員20人以下、商業（卸売・小売）およびサービス業が5人以下、宿泊業・娯楽業が20人以下です。該当すると補助率や加点で有利になる場面があるため、従業員数の根拠は明確にしておいてください。

いつ依頼するか：16次公募からの逆算

16次公募要領には、申請締切直前は確認依頼が間に合わない場合があるため余裕を持った依頼が必要である旨の注意書きがあります。公募回ごとに全国の申請者が同じ時期に確認を依頼するため、専門家側が繁忙になるのは構造的な問題です。

項目	時期
公募要領開示・サイト開設	2026年9月4日(金)
説明会申込受付	2026年9月9日(水)〜10月7日(水)17:00
説明会（オンライン）	2026年10月9日(金)14:00〜
公募申請受付期間	2026年10月2日(金)〜2026年11月6日(金)17:00
採択日	2026年12月下旬以降 順次（予定）
交付申請受付期間	2027年1月上旬〜2027年11月中旬（予定）
交付決定日	2027年1月下旬以降 順次（予定）

16次公募の日程の詳細は16次公募のスケジュール、電子申請の準備はJグランツとGビズIDをご覧ください。

費用の考え方と、申請代行との線引き

確認書の発行にかかる費用は、依頼先との取り決めによります。公募要領で一律の金額が定められているものではありませんので、依頼時に確認してください。ここで注意したいのは、確認書の依頼と申請書類の作成代行を混同しないことです。

また、専門家に支払う費用が補助対象経費になるかどうかは枠と費目によって異なります。専門家活用枠では、FA業務・仲介業務に係る費用は登録M&A支援機関への支払いに限って対象になります。PMI推進枠の事業統合投資類型では、M&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料は対象外です。費用相場や依頼範囲の考え方は申請代行の費用と注意点で詳しく整理しています。

支出の前に確認したい対象外ルール

対象外になるもの	範囲
交付決定前に発注・契約・支払いを行った経費	全枠共通
売上原価に相当する経費	全枠共通
事業承継に際して被承継者に支払う譲受費用（土地・資産購入費用等）	事業承継促進枠
M&A支援機関登録制度に未登録の業者へのFA・仲介費用	専門家活用枠
国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業	全枠共通

交付決定前の契約の扱いは交付決定前の契約は対象外で詳しく解説しています。

よくあるつまずきと対処

確認書まわりで実際に起きやすい問題と、その避け方を整理します。

つまずき	なぜ起きるか	対処
締切直前に依頼して間に合わない	公募回ごとに依頼が集中する。16次公募要領も注意喚起している	公募開始前に一報を入れ、資料を先に渡す
枠を間違えたまま依頼した	事業承継促進枠はM&Aによる第三者承継が対象外であることを知らなかった	枠と類型の確定を最初の工程にする
確認書と申請内容の数字が食い違う	計画を後から修正し、確認書に反映しなかった	受領後に日付・金額・従業員数を照合する
専門家活用枠で見積の取り方が要件から外れる	未登録業者を含めて比較した、最低価格でない業者を選んだ	登録FA・仲介業者どうしで比較し、最低価格の業者を選ぶ
賃上げの表明が申請に間に合わない	社内表明が公募申請時までに必要であることを見落とした	確認書の準備と並行して社内表明の手続きを進める
共同申請者の資料が揃わない	個人事業主の事業承継促進枠、廃業・再チャレンジ枠の単独申請は共同申請が必要	相手方にも早い段階で必要資料を伝える
GビズIDが間に合わない	取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度かかる	確認書の依頼と同時に取得手続きを開始する

計画書そのものの書き方は事業計画書の書き方、申請から入金までの全体像は申請の流れで解説しています。

出典・参考情報

• 事業承継・M&A補助金事務局「令和7年度補正予算 事業承継・M&A補助金」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「16次公募 事業承継促進枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「16次公募 専門家活用枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「16次公募 PMI推進枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「16次公募 廃業・再チャレンジ枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「16次公募 事業承継促進枠 よくある質問」（2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「16次公募 専門家活用枠 よくある質問」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業基盤整備機構「事業承継・引継ぎ支援センター一覧」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業基盤整備機構「補助金活用ナビ 事業承継・M&A補助金」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業庁「M&A支援機関登録制度」（2026年9月11日閲覧）

最終更新日: 2026年9月11日。16次公募要領はVer.1.0（2026年9月4日開示）に基づいています。確認書の様式・記載事項・提出方法は枠ごとの公募要領に定められており、変更される場合があります。必ず公式サイトで最新情報を確認してください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。