会社を買うときの補助金｜買い手が使える枠と上限額
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公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
事業承継・M&A補助金は4つの枠で構成されていますが、会社や事業を買う側が使えるのは専門家活用枠とPMI推進枠、そして廃業・再チャレンジ枠の併用です。事業承継促進枠は親族内承継・従業員承継を対象とした枠で、M&Aによる第三者承継は対象外なので、買い手は原則として使えません。
会社を買う側が使える補助金の全体像
事業承継・M&A補助金は4つの枠で構成されていますが、会社や事業を買う側が使えるのは専門家活用枠とPMI推進枠、そして廃業・再チャレンジ枠の併用です。事業承継促進枠は親族内承継・従業員承継を対象とした枠で、M&Aによる第三者承継は対象外なので、買い手は原則として使えません。
| 枠 | 買い手が使えるか | 使う場面 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 使えない | 親族内承継・従業員承継が対象。M&Aによる第三者承継は対象外 |
| 専門家活用枠（買い手支援類型） | 使える | 譲り受けの検討から最終契約までの専門家費用 |
| 専門家活用枠（100億企業特例） | 使える | 将来売上高100億円を目指す買い手。通常版と同時申請は不可 |
| PMI推進枠（PMI専門家活用類型） | 使える | 買収後の統合計画の策定・実行に係る専門家費用 |
| PMI推進枠（事業統合投資類型） | 使える | 製造ラインやIT・会計システムの統合等の設備投資 |
| 廃業・再チャレンジ枠（併用） | 使える | 譲り受けた事業の一部を廃業する場合の上乗せ |
買い手支援類型は、M&Aの検討から成約までに外部の専門家へ支払う費用を補助する枠です。買収代金そのものが補助されるわけではない点が、最初に押さえるべきポイントになります。
買収代金は補助対象ではありません
補助対象になるのは謝金・旅費・外注費・委託費・システム利用料・保険料といった専門家費用です。株式の取得価額や事業譲渡の対価そのもの、譲受資産の購入費用は補助対象経費になりません。資金計画は補助金とは別に立てる必要があります。
枠の全体像は4つの枠の違い、制度そのものの概要は完全ガイドで整理しています。
買い手支援類型（通常）の補助率と上限額
買い手支援類型（Ⅰ型・通常版）の金額条件は次のとおりです。16次公募の専門家活用枠 公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）に基づきます。
| 項目 | 内容 |
|---|
| 対象者 | 経営資源を譲り受ける予定の中小企業者等 |
| 補助率 | 補助対象経費の3分の2以内 |
| 補助下限額 | 50万円 |
| 補助上限額 | 600万円 |
| DD費用の上乗せ | 200万円（合計で最大800万円） |
| 廃業費の併用 | 300万円を上乗せ |
| 対象経費 | 謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料（表明保証保険） |
補助下限額50万円は「補助金額が50万円に満たない申請は受け付けない」という意味です。補助率3分の2で計算すると、補助対象経費が75万円に届かない案件は申請の土俵に乗りません。小規模な案件では、そもそも下限を満たすかどうかを先に確認してください。
クロージングに至らなかった場合の縮小規定
M&Aは必ず成立するとは限りません。公募要領では、補助事業期間内に経営資源の引継ぎ（クロージング）が実現しなかった場合、補助上限額は300万円に縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費になると定められています。着手金や中間報酬を支払っていても、成約しなければ対象範囲が大きく狭まる仕組みです。
上限額は「使える枠」であって支給額ではありません
補助金は精算払い（実費弁済方式）です。実際に支払った額が見積より安く済めば、確定するのは実費分だけです。上限額まで必ず受け取れるわけではありません。
モデルケースで補助額の考え方を確認する
補助率と上限額の関係は、実際に数字を当てはめると分かりやすくなります。以下は制度の計算方法を説明するためのモデルケースであり、実在の案件ではありません。また採択や補助額を保証するものでもありません。
| モデルケース | 補助対象経費 | 補助率を掛けた額 | 上限との関係 |
|---|
| ケースA（DDなし・小規模案件） | 90万円 | 60万円 | 補助下限額50万円を満たし、上限600万円の範囲内 |
| ケースB（DDなし・下限未達） | 60万円 | 40万円 | 補助下限額50万円に届かず申請できない |
| ケースC（DDなし・上限超過） | 1,200万円 | 800万円 | DD費用を除く部分の上限は600万円のため、600万円までとなる |
| ケースD（DDあり） | DD以外900万円＋DD費用300万円 | 600万円＋200万円 | DD以外は上限600万円、DD上乗せは200万円が上限で合計800万円 |
| ケースE（クロージング不成立） | ケースDと同じ支出 | ー | 上限額300万円に縮小され、原則DD費用のみが対象 |
ケースBのように、補助対象経費が小さいと下限額に届かず申請の土俵に乗りません。逆にケースCのように経費が大きくても、上限額を超える部分は自己負担です。補助率を掛ける前の経費の総額と、上限・下限の両方を見て判断してください。
100億企業特例（補助上限2,000万円）との選択
専門家活用枠には、買い手向けの特例として「買い手支援類型 100億企業特例」があります。将来売上高100億円を目指す買い手を対象とし、通常版とは別の公募要領（requirements_experts_10bn_16.pdf）が用意されています。
| 項目 | 買い手支援類型（通常） | 買い手支援類型（100億企業特例） |
|---|
| 補助率 | 3分の2以内 | 1,000万円以下の部分は2分の1、1,000万円超〜2,000万円の部分は3分の1 |
| 補助下限額 | 50万円 | 50万円 |
| 補助上限額 | 600万円 | 2,000万円 |
| DD費用の上乗せ | 200万円（合計800万円） | DD費用のみで申請するケースの規定あり |
| 廃業費の併用 | 300万円 | 300万円 |
| 同一公募回での同時申請 | 通常版と100億企業特例は同時に申請できません |
注意すべきなのは補助率です。100億企業特例は上限額こそ2,000万円と大きいものの、補助率は通常版の3分の2より低く設定されています。補助対象経費が小さい案件では、通常版のほうが受け取れる額が大きくなる場合があります。
不採択でも通常版へは自動で移らない
100億企業特例で不採択となっても、通常の買い手支援類型（800万円枠）へ自動的に移行されることはありません。改めて申請し直す必要があります。どちらで出すかは申請前に固める判断事項です。
なお、専門家活用枠には売り手側の類型（売り手支援類型・小規模売り手支援類型）もあり、同一案件で買い手と売り手がそれぞれ申請することも制度上あり得ます。売り手側の条件は売り手の使い方で解説しています。
デュー・ディリジェンス費用の扱い（買い手特有の論点）
買い手支援類型ではデュー・ディリジェンス（DD）の扱いが特に重要です。公募要領・FAQでは買い手のDD実施の必要性が強調されており、実質的に必須の位置づけになっています。
| 論点 | 16次公募での扱い |
|---|
| DD費用の上乗せ | 補助上限額600万円に200万円を上乗せ（合計800万円） |
| 自社でDDを実施した場合 | 専門家に依頼していないため、DD費用を補助対象経費に計上できない |
| クロージング不成立の場合 | 上限額300万円に縮小され、原則DD費用のみが対象 |
| PMI推進枠での位置づけ | DDの実施が加点事由（PMI推進枠 概要チラシに明記） |
| 事業統合投資類型でのDD費用 | 対象外（専門家活用枠側で申請する経費） |
DDは財務・税務・法務・事業など複数の領域に分かれ、依頼先も会計士・税理士・弁護士・コンサルタントなど複数になることが一般的です。どの費用をどの枠で申請するかを、契約前に整理しておく必要があります。
DDをやらない選択は補助金の面でも不利
DDを実施しなければDD費用の上乗せ200万円は使えず、PMI推進枠の加点も得られません。買収リスクの把握という本来の目的に加えて、補助金の設計上もDDを前提にした制度になっています。
費用区分ごとの詳しい考え方はDD費用の扱い、経費区分の全体像は枠別の対象経費を参照してください。
FA・仲介手数料は登録M&A支援機関に限られる
買い手にとって費用の中心を占めるのは、FA（ファイナンシャル・アドバイザー）や仲介業者への手数料です。ここには登録M&A支援機関でなければ補助対象にならないという強い制約がかかります。
| 費用 | 補助対象になる条件 |
|---|
| 相談料・着手金 | M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者への支払いであること |
| 中間報酬 | 根拠となる基本合意書の締結が補助事業期間内かつ専門家契約の締結後であること |
| 成功報酬 | 根拠となる最終契約の締結が補助事業期間内かつ専門家契約の締結後であること |
| 相見積り | 相見積りの相手も登録FA・仲介業者であること。最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外 |
| 表明保証保険の保険料 | 買い手支援類型では買い手が手配した保険料が対象。買い手と売り手の重複加入は不可 |
| システム利用料 | M&Aマッチングプラットフォーム等の利用料 |
契約の順序を間違えると全額が対象外になる
専門家契約の締結前にすでに基本合意や最終契約を結んでいた場合、中間報酬・成功報酬は原則として補助対象外です。覚書等で契約日を補助事業期間内に延長する行為も原則として認められません。「先に話を進めてから補助金を探す」という順序は、この枠では機能しません。
表明保証保険については、買い手支援類型では買い手が手配した保険料が対象になります。同一の案件で買い手と売り手の双方が重複して加入することはできないため、どちらが手配するかを交渉の早い段階で整理しておく必要があります。保険の扱いは表明保証保険と補助金で解説しています。
登録状況の確認方法は登録M&A支援機関とは、手数料そのものの扱いはFA・仲介手数料の扱いで詳しく解説しています。
PMI推進枠をセットで考える
買い手にとって、買収は成約がゴールではありません。買収後の統合（PMI）を支援するのがPMI推進枠で、買い手支援類型（Ⅰ型）とPMI推進枠のPMI専門家活用類型は同一公募回での同時申請が可能です。補助上限は別立てで積み上がります。
| 類型 | 対象 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 |
|---|
| PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用費用 | 2分の1以内 | 50万円 | 150万円 |
| 事業統合投資類型 | 製造ラインやIT・会計システムの統合等の設備投資 | 2分の1以内（小規模事業者等は3分の2以内） | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
PMI推進枠の対象となるM&Aには要件があります。単独で申請する場合は、公募申請時点でM&Aのクロージング日から3年以内の取組であることが必要です。専門家活用枠と同一回で同時申請する場合は、交付申請時点で対象のM&Aが最終契約済みであることが求められます。
本体のM&Aが流れるとPMI側も対象外
同時申請の場合、専門家活用枠側のM&Aがクロージングしなかったときは、PMI推進枠側も補助対象外になります。統合作業だけが残ることはありません。
また、事業統合投資類型ではM&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料は対象外です。これらはPMI専門家活用類型または専門家活用枠側で申請する経費であり、同じ費用を二重に計上することはできません。枠の詳細はPMI推進枠で解説しています。
対象外になりやすいM&Aのパターン
形式的にM&Aに見えても、補助金の対象にならない取引があります。PMI推進枠の公募要領では「実質的な事業再編・事業統合が行われたとみなされない」例が列挙されており、買い手はここを事前に確認しておく必要があります。
| パターン | なぜ対象外か |
|---|
| グループ内の事業再編 | 第三者間の経営資源の移転にあたらない |
| 物品・不動産等のみの売買 | 事業の引継ぎではなく資産の売買 |
| 親族間の事業承継 | 第三者承継にあたらない（事業承継促進枠の領域） |
| 同族関係者・支配関係にある法人間の取引 | 実質的な支配の移転がない |
| 承継後に承継者側の議決権が過半数に達しない場合 | 経営権の移転が確認できない（吸収分割・事業譲渡を除く） |
| 承継前から承継者側が議決権の過半数を保有していた場合 | 支配の移転がない |
| 譲渡価格0円や株価1円など取引価格の合理性が確認できない取引 | 取引の実体が確認できない |
| 事業譲渡で有機的一体の経営資源の引継ぎがない場合 | 設備・従業員・顧客等の引継ぎが必要 |
| 休眠会社・事業実態が無い会社でのM&A | 承継すべき事業が存在しない |
事業譲渡の場合は、不動産業以外でも原則として常時使用する従業員1名以上の引継ぎが必要とされています。「設備だけを買う」「屋号だけを引き継ぐ」といった形は、この補助金が想定する事業の引継ぎには該当しません。
補助対象者そのものの要件も確認を
補助対象は中小企業基本法第2条に準拠する中小企業者等で、みなし大企業・みなし同一法人（親会社が議決権の50%超を持つ子会社等）は対象外です。社会福祉法人・医療法人・一般社団法人・一般財団法人・学校法人・農事組合法人・組合等の法人格、および法人格のない任意団体も対象外とされています。
16次公募のスケジュールと買い手の動き方
16次公募（令和7年度補正予算）の日程は次のとおりです。2026年9月11日時点で公募要領は開示済みですが、申請受付はまだ始まっていません。
| 項目 | 時期 |
|---|
| 公募要領開示・サイト開設 | 2026年9月4日（金） |
| 説明会申込受付 | 2026年9月9日（水）〜10月7日（水）17:00 |
| 説明会 | 2026年10月9日（金）14:00〜（オンライン） |
| 公募申請受付期間 | 2026年10月2日（金）〜2026年11月6日（金）17:00 |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） |
| 交付申請受付期間 | 2027年1月上旬〜2027年11月中旬（予定） |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜2028年3月中旬（予定） |
| 実績報告期間 | 2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定） |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） |
補助事業期間は2027年1月（下旬予定）から14か月以内と各枠の公募要領に明記されています。買い手としては、この期間内に専門家契約を結び、DDを実施し、最終契約を締結し、支払いまで完了させる段取りを逆算することになります。
交付決定前の契約・発注・支払いは対象外
採択と交付決定は別のステップです。採択は「交付申請をする権利の保障」であり、交付決定ではありません。原則として交付決定日以降の契約・発注かつ支払いが完了しているものだけが補助対象経費になります。詳しくは交付決定前の契約を参照してください。
日程の全体像は16次公募のスケジュールにまとめています。日程はいずれも予定であり、事務局の発表で変わる可能性があります。
専門家活用枠の申請件数と採択件数
買い手が気にするのは「通るのか」という点です。事務局が公表している直近4回の実績は次のとおりで、全体の採択率はおおむね6割で安定しています。
| 公募回 | 全体 申請件数 | 全体 採択件数 | 全体 採択率 | うち専門家活用枠 申請 | うち専門家活用枠 採択 |
|---|
| 11次（専門家活用枠のみ実施） | 590件 | 359件 | 60.8% | 590件 | 359件 |
| 12次 | 742件 | 453件 | 61.0% | 436件 | 266件 |
| 13次 | 481件 | 293件 | 60.9% | 267件 | 163件 |
| 14次 | 512件 | 311件 | 60.7% | 299件 | 180件 |
審査は資格審査（対象者・対象事業・補助上限額等の適合確認）と、外部有識者で構成される審査委員会による書面審査の2段階です。書面審査の着眼点は【取組の目的・必要性】【取組の実現可能性】【取組の収益性】【取組の継続性】の4点とされています。
専門家活用枠の採択者は非公表
複数の公募回で「補助事業の特性に鑑み、採択者を非公表とする」と事務局が明記しています。採択企業の一覧を探しても見つからないのは、公表されていないためです。また、不採択理由についての個別の問い合わせには事務局は応じないとされています。
買い手にとっての加点事由としては、PMI推進枠でのDD実施、専門家活用枠での小規模事業者等への該当、経営力向上計画の認定や事業継続力強化計画の認定などがあります。加点の詳細は加点と審査、採択率の推移は採択率の推移を参照してください。
申請から精算までの流れとチェックリスト
買い手が実際に動く順序を整理します。準備の起点はGビズIDの取得と、登録M&A支援機関の確認です。
| 順序 | やること | 注意点 |
|---|
| 1 | GビズIDプライムアカウントを取得 | 取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度。Jグランツ以外からの申請は受け付けられない |
| 2 | FA・仲介業者の登録状況を確認 | M&A支援機関登録制度の登録有無を自分で確認して記録を残す |
| 3 | 登録業者から相見積りを取得 | 最低価格を提示していない業者を選ぶと補助対象外 |
| 4 | 認定経営革新等支援機関へ確認書を依頼 | 締切直前は依頼が間に合わない場合がある |
| 5 | 公募申請（2026年10月2日〜11月6日17:00） | Jグランツから電子申請 |
| 6 | 採択後、交付申請を行い交付決定を受ける | 採択は交付決定ではない |
| 7 | 交付決定日以降に専門家契約・DD・最終契約・支払い | 交付決定前の契約・発注・支払いは対象外 |
| 8 | 実績報告を提出 | 補助事業完了日から30日経過した日、または交付決定通知書記載の完了期限日から10日経過した日のいずれか早い方まで |
| 9 | 補助金額の確定後、精算払請求書を提出 | 実費弁済方式。見積より安く済んだ場合は実費分のみ |
| 10 | 事業化状況報告を提出 | 専門家活用枠は補助事業完了後3年間（合計4回） |
申請書類の有償代行は行政書士以外できません
行政書士（行政書士法人を含む）以外の者が有償で申請書類の作成を代行することは行政書士法違反の可能性があり、交付決定後に発覚した場合は取消しの対象になります。支援を受ける場合は、誰が何をするのかを契約書で明確にしてください。
精算の場面では、実費弁済方式という点に注意が必要です。事務局が書類審査や現地調査等を行って交付すべき補助金の額を確定するため、見積より安く済んだ場合は実費分のみが交付されます。超過交付があった場合は返還命令の対象となり、未納の場合は年利10.95%の延滞金が課されます。消費税の仕入控除税額が事業完了後に確定した場合も、追加報告や返還の対象になり得ます。
また、100億企業特例で採択された場合は、事業化状況報告で被承継者の従業員数が実績報告時より減少していたときに、減少率に応じた返還を求められる規定があります。買収後の人員計画も含めて申請内容を組み立ててください。
実務の流れは申請の流れ、報告と精算は実績報告と精算、報告義務は事業化状況報告で解説しています。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事は16次公募の公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局公表情報に基づいて作成しています。スケジュールはいずれも予定であり、要件・金額を含めて変更される場合があります。申請にあたっては必ず事務局の公式サイトで最新の公募要領をご確認ください。本記事のシミュレーションはモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。
