登録M&A支援機関とは｜補助金の対象になる仲介会社の探し方
制度・仕組み
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
登録M&A支援機関とは、中小企業庁が運営する「M&A支援機関登録制度」に登録されたM&A支援機関のことです。中小企業のM&Aを支援するFA（ファイナンシャル・アドバイザー）や仲介業者が対象で、登録された機関の情報は公式サイトの登録支援機関データベースで公開されています。
登録M&A支援機関とは何か
登録M&A支援機関とは、中小企業庁が運営する「M&A支援機関登録制度」に登録されたM&A支援機関のことです。中小企業のM&Aを支援するFA（ファイナンシャル・アドバイザー）や仲介業者が対象で、登録された機関の情報は公式サイトの登録支援機関データベースで公開されています。
この制度が事業承継・M&A補助金にとって重要なのは、補助金の対象経費と直接つながっているからです。専門家活用枠でM&Aを進める場合、費用の中心を占めるのはFA・仲介業者への委託費ですが、この委託費は登録M&A支援機関へ支払ったものだけが補助対象経費になります。登録されていない業者に依頼した場合、どれだけ丁寧な支援を受けても補助金の対象にはなりません。
順序を間違えると取り返しがつかない
「良さそうな仲介会社を見つけて契約した。あとから補助金を申請しよう」という順序では、その業者が未登録だった場合に委託費が全額対象外になります。しかも交付決定前に締結した契約は、そもそも補助対象外です。仲介会社を選ぶ前に登録状況を確認する、というのが正しい順序です。
制度の名称は「M&A支援機関登録制度」、登録された機関を指す呼び方が「登録M&A支援機関」または「登録FA・仲介業者」です。公募要領やFAQでは後者の表現も使われます。
補助金との関係（どの費用が登録要件に縛られるか）
専門家活用枠の対象経費は謝金・旅費・外注費・委託費・システム利用料・保険料の6区分です。このうち登録M&A支援機関の要件がかかるのは委託費のFA業務・仲介業務部分です。
| 費用 | 登録M&A支援機関である必要 | 補足 |
|---|
| FA業務・仲介業務の相談料 | 必要 | 未登録業者への支払いは対象外 |
| FA業務・仲介業務の着手金 | 必要 | 同上 |
| FA業務・仲介業務の中間報酬 | 必要 | 基本合意書の締結が補助事業期間内かつ専門家契約締結後であること |
| FA業務・仲介業務の成功報酬 | 必要 | 最終契約の締結が補助事業期間内かつ専門家契約締結後であること |
| DD（デュー・ディリジェンス）費用 | 専門家への依頼が前提 | 自社で実施した場合は計上不可 |
| 表明保証保険の保険料 | ー | 買い手・売り手の重複加入は不可 |
| システム利用料 | ー | M&Aマッチングプラットフォーム等の利用料 |
相見積りの相手も登録業者でなければならない
16次公募 専門家活用枠 よくある質問 Q9では、相見積りを取る相手も登録FA・仲介業者である必要があり、相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外とされています。「登録業者から2社見積を取り、安い方を選ぶ」という手順を踏まないと、費用が認められません。
専門家活用枠は買い手支援類型（通常）が補助率3分の2以内・補助上限額600万円（DD費用上乗せで最大800万円）、売り手支援類型（通常）が補助率2分の1または3分の2以内で同じ上限、100億企業特例が上限2,000万円、小規模売り手支援類型が補助率3分の2以内・上限450万円です。金額の詳細は補助率と上限額、経費区分は枠別の対象経費で解説しています。
登録支援機関データベースでの探し方
登録されているかどうかは、中小企業庁の登録支援機関データベースで確認します。データベースは公式サイト上の検索画面から利用でき、機関の情報が公開されています。
| 手順 | やること | 確認するポイント |
|---|
| 1 | M&A支援機関登録制度の公式サイトを開く | URLがma-shienkikan.go.jpであること |
| 2 | 登録支援機関データベースの検索画面に進む | 検索画面はブラウザ上で動的に表示される |
| 3 | 検討している業者の名称で検索する | 法人名の表記ゆれに注意する |
| 4 | 該当機関の詳細を確認する | 中小M&Aガイドライン第3版対応の表示があるか |
| 5 | 契約前に登録状況の記録を残す | 後日の実績報告で説明できるようにしておく |
検索画面はブラウザで開く必要がある
登録支援機関データベースの検索結果はブラウザ上で動的に読み込まれる仕組みになっています。そのため、検索結果の件数や一覧を静的なページとして取得することはできません。本記事でも登録機関の総数は掲載していません。実際の登録状況は必ず公式サイトの検索画面でご確認ください。
なお、業者側から「うちは登録支援機関です」と説明があった場合も、鵜呑みにせず自分でデータベースを検索して確認することをおすすめします。補助金の対象になるかどうかは、契約書ではなく登録の事実で判定されます。
検索時に気をつけたいのは法人名の表記です。株式会社の位置（前株か後株か）、アルファベット表記とカタカナ表記の違い、屋号と法人名の違いなどで、検索に引っかからないことがあります。名刺やホームページに記載された正式な法人名を確認したうえで検索し、見つからない場合は業者に登録番号や登録名義を確認してください。グループ会社のうち別法人が登録されているというケースもあり、その場合は契約の相手方がどの法人になるのかが判定の分かれ目になります。
中小M&Aガイドライン（第3版）遵守宣言と第3版対応の表示
M&A支援機関登録制度は「中小M&Aガイドライン」と一体で運用されています。公式サイトでは、中小M&Aガイドライン（第3版）の遵守を宣言した登録機関に「第3版対応」の表示がなされていることが確認できます。
この表示は、支援機関を選ぶうえでの一つの目安になります。ガイドラインは中小企業のM&Aにおける支援機関の行動指針を示したもので、遵守を宣言している機関は、その内容に沿った対応をすると表明していることになります。
| 確認項目 | 見るべきポイント |
|---|
| 登録の有無 | 登録支援機関データベースに掲載されているか |
| ガイドライン対応 | 中小M&Aガイドライン第3版対応の表示があるか |
| 支援の形態 | FA（一方の当事者に付く）か仲介（双方の間に立つ）か |
| 報酬の体系 | 着手金・中間報酬・成功報酬の有無と算定方法 |
| 補助金への理解 | 交付決定前の契約が対象外であることを理解しているか |
FAと仲介の違いも押さえておくべき点です。FAは売り手または買い手の一方に付いて助言・交渉支援を行い、仲介は双方の間に立って成約を目指します。どちらを選ぶかで利益相反の構造が変わるため、ガイドラインでもこの点の説明が重視されています。売り手として条件面を強く交渉したい場合はFA、相手探しから成約までを一貫して任せたい場合は仲介、という整理が一般的ですが、どちらが適切かは案件の規模や相手候補の有無によって変わります。契約前に、その支援機関がどちらの立場で関与するのかを明示してもらってください。
登録要件の詳細は公式サイトで確認する
登録の要件・手続き・更新の扱いは制度の運用に伴って変わり得ます。本記事では2026年9月11日時点で公式サイト上に確認できた内容のみを記載しています。登録要件の全文は中小企業庁のM&A支援機関登録制度の公式サイトでご確認ください。
不適切な譲受側に関する情報共有の仕組み
M&A支援機関登録制度の公式サイトでは、登録支援機関データベースの概要説明のなかで、不適切な譲受側（買い手）に関する情報共有の仕組みについても案内されています。中小企業のM&Aでは、売り手側が買い手の実態を十分に確認できないまま交渉が進むことがあり、譲渡後にトラブルが生じるケースが問題として認識されてきました。
売り手として事業を譲り渡す側にとって、この点は補助金の可否よりも重要な論点になり得ます。譲渡後に従業員の雇用や取引先との関係がどうなるかは、価格以上に経営者の関心事だからです。支援機関を選ぶ際には、買い手候補の実態確認をどのように行うのかを具体的に聞いておくとよいでしょう。
| 売り手が確認しておきたいこと | なぜ重要か |
|---|
| 買い手候補の事業実態をどう確認するか | 譲渡後の事業継続と従業員の雇用に直結する |
| 譲渡後の従業員の処遇をどう交渉に織り込むか | 売り手にとって価格と並ぶ判断材料になる |
| 取引先・金融機関への説明の段取り | 情報開示のタイミングを誤ると取引に影響が出る |
| 成約に至らなかった場合の費用負担 | クロージング未成立時は補助上限額も縮小される |
最後の行は補助金にも直結します。専門家活用枠では、補助事業期間内にクロージングが実現しなかった場合、補助上限額が通常版・100億企業特例で300万円、小規模売り手支援類型で50万円に縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費となります。成約しなかったときにいくら自己負担が残るのかを、契約前に確認しておいてください。
売り手側の進め方は会社を売るときに使える補助金、買い手側は会社を買うときに使える補助金で扱っています。
登録支援機関を通じた中小M&Aの報告件数
中小企業庁は、登録支援機関からの報告に基づく中小M&Aの集計結果を公表しています。ここでいう中小M&Aは、資本金1億円以下の法人または個人事業主が当事者となったM&Aを指します。
| 年度 | 譲渡側の報告件数 | 譲受側の報告件数 |
|---|
| 2022年度 | 4,036件 | 3,871件 |
| 2023年度 | 4,681件 | 4,505件 |
| 2024年度 | 4,940件 | 4,708件 |
この数字は日本の中小M&A全体ではない
事業承継・M&A補助金の交付を受けた案件については登録支援機関からの報告が必須ですが、それ以外の案件は任意報告です。したがって上の件数は「登録支援機関経由で報告されたM&A」の集計であり、日本国内で行われた中小M&Aの総数ではありません。市場規模を示す数字として引用する際は、この前提を明示してください。
数字の読み方として意味があるのは、譲渡側と譲受側の件数が近い水準で推移していること、そして年度を追って増加していることです。譲渡側と譲受側で件数が一致しないのは、同一案件でも報告する機関が片側のみである場合などがあるためと考えられます。
この集計が公表されている意味は、中小M&Aが一部の大規模案件だけの話ではなく、資本金1億円以下の企業や個人事業主の間で毎年数千件の規模で行われているという事実が、公的な統計として記録されている点にあります。後継者が見つからずに廃業を検討している経営者にとって、第三者への引継ぎが例外的な選択肢ではないことを示す材料になります。
あわせて押さえておきたいのは、報告が必須となるのが事業承継・M&A補助金の交付を受けた案件である、という点です。補助金を使うということは、案件の情報が制度の枠組みの中で扱われるということでもあります。守秘の範囲や報告の内容については、支援機関との契約前に確認しておくとよいでしょう。
報酬体系の考え方（レーマン方式）と補助金での扱い
M&A支援機関登録制度の公式サイトでは、報酬体系の目安として一般的なレーマン方式の例が示されています。レーマン方式は、譲渡額または移動総資産額に応じて料率が段階的に下がる算定方法です。
| 基準となる金額 | 料率の目安 |
|---|
| 5億円以下の部分 | 5% |
| 5億円超〜10億円以下の部分 | 4% |
| 10億円を超える部分 | 段階的に逓減（詳細は公式サイトを参照） |
これはあくまで一般的な例として示されているものであり、実際の報酬は各支援機関との契約によって決まります。着手金の有無、中間報酬の有無、最低報酬額の設定などは機関ごとに異なるため、相見積りで比較する際は総額だけでなく内訳を並べて確認してください。
補助金の対象になるタイミング
| 報酬の種類 | 根拠となる出来事 | 補助対象になる条件 |
|---|
| 相談料・着手金 | 専門家との契約締結 | 登録M&A支援機関との契約であり、交付決定日以降であること |
| 中間報酬 | 交渉相手との基本合意書の締結 | 補助事業期間内、かつ専門家契約の締結後に行われていること |
| 成功報酬 | 最終契約の締結 | 補助事業期間内、かつ専門家契約の締結後に行われていること |
専門家契約の締結前にすでに基本合意や最終契約を結んでいた場合、その報酬は原則として補助対象外です。覚書等で契約日を補助事業期間内に延長する行為も原則として認められません。交渉が進んでから補助金を思い出す、という順序では間に合わないという点を、支援機関側とも共有しておく必要があります。手数料の扱いはM&A仲介手数料と補助金でも詳しく扱っています。
支援機関に依頼してからクロージングまでの流れ
登録M&A支援機関に依頼した場合、どの段階でどの費用が発生し、それが補助金のどのタイミングと噛み合うのかを整理しておくと、契約時期の設計がしやすくなります。専門家活用枠の要領・FAQで補助対象の判定に使われる節目は、専門家契約の締結、基本合意書の締結、最終契約の締結、そしてクロージングの4つです。
| 段階 | 主な内容 | 発生しやすい費用 | 補助金との関係 |
|---|
| 相談・提案 | 支援機関に相談し、進め方の提案を受ける | 相談料 | 登録機関であること、交付決定日以降であることが前提 |
| 専門家契約の締結 | FAまたは仲介契約を結ぶ | 着手金 | この締結時期が、後続の報酬が対象になるかどうかの基準になる |
| 相手探し・マッチング | 譲渡先・譲受先の候補を探索する | システム利用料 | M&Aマッチングプラットフォーム等の利用料は対象経費の区分にある |
| 基本合意書の締結 | 主要条件について当事者間で合意する | 中間報酬 | 補助事業期間内かつ専門家契約の締結後であることが必要 |
| DD（デュー・ディリジェンス） | 対象会社の財務・税務・法務等を調査する | DD費用 | 専門家に依頼した場合のみ計上可。上乗せは最大200万円 |
| 最終契約の締結 | 株式譲渡契約・事業譲渡契約等を締結する | 成功報酬、表明保証保険料 | 補助事業期間内かつ専門家契約の締結後であることが必要 |
| クロージング | 対価の支払いと経営資源の引継ぎを実行する | ー | 期間内に実現しないと補助上限額が縮小される |
| PMI | 統合作業を進める | PMI専門家費用、統合のための設備投資 | PMI推進枠の管轄。専門家活用枠の買い手支援類型とは同時申請が可能 |
この表で最も注意すべきは、専門家契約の締結が基本合意や最終契約より先でなければならない点です。実務では「自分たちで相手を見つけて話がまとまってきたので、契約書の作成だけ専門家に頼む」という進め方が起こりがちですが、その場合の報酬は原則として補助対象外になります。
PMIまで見据える場合
専門家活用枠の買い手支援類型（Ⅰ型）とPMI推進枠のPMI専門家活用類型は、同一公募回で同時に申請でき、補助上限額が別立てで積み上がります。ただし専門家活用枠側のM&Aがクロージングしなかった場合は、PMI推進枠側も補助対象外になります。PMI推進枠の詳細はPMI推進枠とはで解説しています。
支援機関を選ぶときのチェックリスト
補助金を使う前提でM&A支援機関を選ぶ場合、確認すべき項目は通常の業者選定より多くなります。契約前に次の項目を順番に確認してください。
| 順序 | 確認項目 | 確認方法 |
|---|
| 1 | M&A支援機関登録制度に登録されているか | 登録支援機関データベースを自分で検索する |
| 2 | 中小M&Aガイドライン第3版対応の表示があるか | データベースの詳細表示を確認する |
| 3 | FAか仲介か | 契約書の記載と説明を確認する |
| 4 | 報酬の内訳（着手金・中間報酬・成功報酬・最低報酬額） | 見積書に区分別に記載してもらう |
| 5 | 相見積りの相手も登録業者か | 比較先も同じくデータベースで確認する |
| 6 | 最低価格を提示した業者を選んでいるか | 選定理由と価格の比較を記録に残す |
| 7 | 交付決定後に契約できる日程か | 16次公募の交付決定は2027年1月下旬以降に順次の予定 |
| 8 | クロージング未成立時の費用負担 | 契約条項と補助上限額の縮小を照合する |
16次公募のスケジュール
- 公募要領開示: 2026年9月4日（金）
- 公募申請受付期間: 2026年10月2日（金）〜2026年11月6日（金）17時
- 採択日: 2026年12月下旬以降 順次（予定）
- 交付決定日: 2027年1月下旬以降 順次（予定）
- 事業実施期間: 交付決定日〜2028年3月中旬（予定）
契約のタイミングを設計するには、公募スケジュールから逆算する必要があります。日程の詳細は16次公募の締切と過去回の日程にまとめています。
誤解しやすい点と、公的窓口との使い分け
登録M&A支援機関について調べるときに誤解しやすい点を整理します。
- 登録されていることは品質の保証ではありません。登録は制度への参加を示すものであり、成約や条件の良さを保証するものではありません。
- 採択企業の一覧から実績を調べることはできません。事業承継・M&A補助金の専門家活用枠は、複数の公募回で「補助事業の特性に鑑み、採択者を非公表とする」と事務局が明記しています。
- 登録機関の総数は本記事では扱っていません。データベースの検索結果はブラウザ上で動的に読み込まれるため、静的な情報として確認できないためです。
- 補助金の申請書類作成を有償で代行できるのは行政書士に限られます。行政書士（行政書士法人を含む）以外の者による有償の申請書類作成代行は行政書士法違反の可能性があり、交付決定後に発覚した場合は取消しの対象です。
公的窓口との使い分け
M&Aの相手探しや進め方について、まず公的な窓口に相談したいという場合は、事業承継・引継ぎ支援センターがあります。全国47都道府県に設置されており（東京都のみ本部と多摩地域の2拠点で計48拠点）、親族内承継も第三者承継（M&A）も相談できる国の窓口です。
| 状況 | 向かう先 |
|---|
| 承継の方向性がまだ決まっていない | 事業承継・引継ぎ支援センター |
| M&Aの相手を探したい | 登録M&A支援機関、事業承継・引継ぎ支援センター |
| 補助金の申請書類を準備したい | 認定経営革新等支援機関（確認書の発行が必要） |
| 親族内承継・従業員承継を予定している | 認定経営革新等支援機関。枠は事業承継促進枠 |
支援センターの使い方は事業承継・引継ぎ支援センターへの相談、認定支援機関の確認書は認定支援機関の確認書で解説しています。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事は中小企業庁のM&A支援機関登録制度の公開情報および16次公募 専門家活用枠の公募要領・よくある質問に基づいています。登録機関の一覧・登録要件は公式サイトで随時更新されますので、契約前に必ず最新情報をご確認ください。本記事は特定の支援機関を推奨するものではありません。
