この記事の結論
後継者が親族にも社内にもいない場合、事業を第三者へ引き継ぐM&Aが選択肢になります。事業承継・M&A補助金にはこのM&Aを支援する枠がありますが、名前の似た事業承継促進枠ではありません。
第三者承継は「事業承継促進枠」では申請できない
後継者が親族にも社内にもいない場合、事業を第三者へ引き継ぐM&Aが選択肢になります。事業承継・M&A補助金にはこのM&Aを支援する枠がありますが、名前の似た事業承継促進枠ではありません。事業承継促進枠は親族内承継・従業員承継のための枠であり、M&Aによる第三者承継は対象外です。
| 承継形態 | 使う枠 | 主な内容 |
|---|
| 親族内承継 | 事業承継促進枠 | 承継予定者は六親等内の血族等。M&Aは対象外 |
| 従業員承継 | 事業承継促進枠 | 役員3年以上または継続3年以上の雇用経験が必要 |
| 第三者承継（M&A） | 専門家活用枠 | 買い手支援類型・売り手支援類型・小規模売り手支援類型。登録M&A支援機関の利用が経費計上の前提 |
| M&A後の統合（PMI） | PMI推進枠 | PMI専門家活用類型と事業統合投資類型の2類型 |
| 譲り渡せなかった場合の廃業 | 廃業・再チャレンジ枠（単独申請） | M&Aで事業を譲り渡せなかったことが要件 |
| 承継・M&A・PMIに伴う一部廃業 | 廃業・再チャレンジ枠（併用申請） | 該当する主枠への上乗せ。別申請は不要 |
この整理は制度の沿革とも関係しています。令和2年度から令和5年度（1次から10次公募）の頃は「経営革新事業」のなかに創業支援型・経営者交代型・M&A型の3類型があり、M&Aによる承継も経営革新事業で扱われていました。令和6年度の改称（11次公募から「事業承継・M&A補助金」）と同時に経営革新事業は事業承継促進枠へ再編され、M&Aによる承継は専門家活用枠の管轄に整理されています。古い解説記事を参考にすると枠の選択を誤るので注意してください。
枠の全体像は4つの枠の違い、制度の沿革は名称変更の経緯で扱っています。
専門家活用枠の4系統と上限額
専門家活用枠は、公募要領のPDF自体が3種類に分かれており、上限額の体系も独立しています。「専門家活用枠は○○万円」と一括りにすると必ず不正確になります。
| 類型 | 対象 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | DD費用の上乗せ | 廃業費の併用 |
|---|
| 買い手支援類型（Ⅰ型・通常版） | 経営資源を譲り受ける予定の中小企業等 | 2/3以内 | 50万円 | 600万円 | +200万円（合計800万円） | +300万円 |
| 売り手支援類型（Ⅱ型・通常版） | 経営資源を譲り渡す予定の中小企業等 | 1/2または2/3以内 | 50万円 | 600万円 | +200万円（合計800万円） | +300万円 |
| 買い手支援類型（100億企業特例） | 将来売上高100億円を目指す買い手 | 1,000万円以下は1/2、1,000万円超〜2,000万円は1/3 | 50万円 | 2,000万円 | 上乗せ区分なし | +300万円 |
| 小規模売り手支援類型 | 小規模事業者等の売り手 | 2/3以内 | 下限なし | 450万円 | 上乗せ区分なし | +150万円 |
売り手支援類型の補助率が2/3になるのは、①物価高等の影響で営業利益率が直近事業年度またはその前年同時期と比べて低下している、②直近決算期の営業利益または経常利益が赤字である、のいずれかに該当する場合です。いずれにも該当しない場合は1/2以内です。小規模事業者等の定義は、製造業その他が従業員20人以下、商業（卸売業・小売業）・サービス業が従業員5人以下、宿泊業・娯楽業が従業員20人以下です。
同一公募回での重複申請はできない
専門家活用枠の3系統（通常版・100億企業特例・小規模売り手支援類型）は、互いに同一公募回で重複して申請することができません。買い手支援類型の800万円枠と100億企業特例は同時申請不可で、100億企業特例で不採択になっても通常の買い手支援類型には自動的に移行しません（再申請が必要です）。小規模売り手支援類型と通常の売り手支援類型も、どちらか一方を選びます。
また、事業承継促進枠は専門家活用枠・PMI推進枠と同一公募回で申請することができません。M&Aを伴わない枠と伴う枠を同時に出すことはできない、という整理です。
買い手と売り手、それぞれの立場での使い方
同じM&A案件でも、買い手と売り手では申請する類型も見るべき論点も異なります。買い手側・売り手側それぞれが独立して申請することができ、制度上は同一案件で双方が申請することもあり得ます。
| 論点 | 買い手側 | 売り手側 |
|---|
| 使う類型 | 買い手支援類型（通常版または100億企業特例） | 売り手支援類型（通常版）または小規模売り手支援類型 |
| 費用の中心 | 仲介・FA手数料、DD費用 | 仲介・FA手数料 |
| DDの位置づけ | 実施が実質必須。自社実施では費用を計上できない | 実施と費用計上は可能だが実務上のケースは限定的 |
| 表明保証保険 | 買い手が手配した保険料が対象 | 売り手が手配した保険料が対象 |
| PMI推進枠の同時申請 | PMI専門家活用類型と同一公募回で同時申請が可能 | 統合後の取組は買い手側の論点 |
| 不成立時 | 上限300万円に縮小、原則DD費用のみ | 通常版は300万円、小規模売り手支援類型は50万円に縮小 |
表明保証保険については、同一案件で買い手と売り手が重複して加入することはできません。どちらが手配するかを当事者間で決め、手配した側が該当する類型で保険料を計上します。
買い手側の全体設計は会社を買う側が使える補助金、売り手側は会社を売る側が使える補助金で扱っています。保険料の扱いは表明保証保険と補助金にまとめました。
FA・仲介手数料は登録M&A支援機関への支払いだけが対象
専門家活用枠の対象経費は、謝金・旅費・外注費・委託費・システム利用料・保険料の6区分です。M&Aの費用の中心を占めるのは委託費ですが、この区分にはもっとも厳しい条件がかかっています。
委託費のうちFA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象経費になります。未登録の業者に支払った費用は、金額の大小にかかわらず全額が対象外です。
相見積りにも条件がある
相見積りを取る相手も登録FA・仲介業者である必要があります。さらに、相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外とされています（16次公募 専門家活用枠 よくある質問 Q9）。付き合いがあるという理由で高い方を選ぶと、その費用は補助対象になりません。
中間報酬・成功報酬については、支払いの根拠となる出来事の時期も問われます。交渉相手との基本合意書の締結（中間報酬の根拠）や最終契約の締結（成功報酬の根拠）が、補助事業期間内かつ専門家契約の締結後に行われている必要があります。専門家契約の締結前にすでに基本合意や最終契約を結んでいた場合は原則として対象外で、覚書等で契約日を期間内に延長する行為も原則として認められません。
M&A支援機関登録制度は中小企業庁が運営する制度で、登録支援機関のデータベースが公開されています。中小M&Aガイドライン（第3版）の遵守宣言をした登録機関には第3版対応の表示があります。なお、登録支援機関からの報告ベースでの中小M&A件数は、譲渡側が2022年度4,036件、2023年度4,681件、2024年度4,940件、譲受側が2022年度3,871件、2023年度4,505件、2024年度4,708件と推移しています。これは事業承継・M&A補助金の交付案件では報告が必須、それ以外は任意報告という前提の数値であり、日本の中小M&A全体の件数ではありません。
登録制度の詳細は登録M&A支援機関とは、手数料の扱いはFA・仲介手数料の扱いで扱っています。
モデルケースで見る補助額の考え方
買い手支援類型（通常版・補助率2/3）で申請した場合の計算の考え方を示します。以下はモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。
| 項目 | 金額 | 計上区分 |
|---|
| 登録M&A支援機関への仲介手数料 | 900万円 | 委託費 |
| 財務・税務・法務のDD費用 | 450万円 | 委託費 |
| 補助対象経費の合計 | 1,350万円 | — |
| 補助率2/3を乗じた額 | 900万円 | — |
| 適用される補助上限額 | 800万円（600万円＋DD上乗せ200万円） | — |
| 補助見込額 | 800万円 | — |
| 自己負担の目安 | 550万円 | — |
DD費用を計上していない場合、上限は600万円にとどまります。DDを専門家に依頼するかどうかで200万円の差が出る設計になっています。買い手支援類型ではDDの実施が実質的に必須とされており、専門家に依頼せず自社で実施した場合はDD費用を補助対象経費に計上できません。
補助金は精算払い（実費弁済）
採択されても、まず自社で全額を支払い、実績報告と補助金額の確定を経てから交付されます。見積より安く済んだ場合は実費分のみが交付され、超過交付があれば返還命令の対象となり、未納の場合は年利10.95%の延滞金が課されます。M&Aの費用は成功報酬の比重が大きいため、立替の資金計画が必要です。
DD費用の詳細はデューデリジェンス費用と補助金、金額の全体像は補助率と上限額で扱っています。
クロージングしなかった場合の扱い
M&Aは最終契約まで進んでも成立しないことがあります。専門家活用枠には、この場合の規定が置かれています。補助事業期間内に経営資源引継ぎ（クロージング）が実現しなかった場合、補助上限額が縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費となります。
| 類型 | クロージング成立時の上限 | クロージング不成立時の上限 | 不成立時の対象経費 |
|---|
| 買い手支援類型（通常版） | 600万円（DD上乗せで800万円） | 300万円 | 原則DD費用のみ |
| 売り手支援類型（通常版） | 600万円（DD上乗せで800万円） | 300万円 | 原則DD費用のみ |
| 買い手支援類型（100億企業特例） | 2,000万円 | 300万円 | 原則DD費用のみ |
| 小規模売り手支援類型 | 450万円 | 50万円 | 原則DD費用のみ |
この規定があるため、DDを実施していれば案件が流れても調査費の一部は補助対象として残ります。一方、仲介手数料の着手金だけを支払っていた場合、残る経費はほとんどありません。
専門家活用枠の買い手支援類型とPMI推進枠のPMI専門家活用類型を同時申請している場合、専門家活用枠側のM&AがクロージングしなかったときはPMI推進枠側も補助対象外になります。同時申請は補助上限が別立てで積み上がる反面、不成立のリスクは連動します。
M&Aで事業を譲り渡せなかった場合には、廃業・再チャレンジ枠の再チャレンジ申請（単独申請）という選択肢もあります。これはM&Aで事業を譲り渡せなかった中小企業者等の株主・個人事業主が、新たなチャレンジのため既存事業を廃業する場合の枠で、補助率2/3以内、補助下限額50万円、補助上限額300万円です。廃業する対象会社と、議決権の過半数を有する支配株主または株主代表による共同申請が必要で、廃業後の再チャレンジ事業計画について認定支援機関の確認を受けている必要があります。詳細は廃業・再チャレンジ枠を参照してください。
統合後を支えるPMI推進枠
M&Aは契約して終わりではありません。買収後の統合作業（PMI）でつまずくと、期待した効果が出ないまま終わります。PMI推進枠はこの局面を支える枠です。
| 類型 | 対象 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | 廃業費の併用 |
|---|
| PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用費用 | 1/2以内 | 50万円 | 150万円 | +300万円（単独申請のみ） |
| 事業統合投資類型 | 製造ラインやIT・会計システムの統合等、経営統合効果を高める設備投資 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） | +300万円 |
PMI専門家の要件は、金融機関（関連会社を含む）または弁護士・会計士・税理士・中小企業診断士・経営コンサルタント等です。不正が発覚した場合は所属先名称に加えて専門家個人名が公表されます。
事業統合投資類型では、M&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料はいずれも対象外です。これらはPMI専門家活用類型または専門家活用枠側で申請します。設備投資とM&A費用を1本の申請にまとめようとすると、この点でつまずきます。
PMI推進枠の対象にならないM&A
グループ内の事業再編、物品・不動産等のみの売買、親族間の事業承継、被承継者や株主と承継者が同族関係者・支配関係にある法人間の取引は対象外です。また、承継後に承継者側の議決権が過半数に達しない場合（吸収分割・事業譲渡を除く）、承継前から承継者側が既に議決権の過半数を保有していた場合、譲渡価格0円や株価1円など取引価格の合理性が確認できない取引、事業譲渡で有機的一体の経営資源（設備・従業員・顧客等）の引継ぎが行われていない場合、休眠会社や事業実態が無い会社でのM&Aも対象になりません。
クロージング期限にも条件があります。単独申請の場合は、公募申請時点でM&Aのクロージング日から3年以内の取組であることが必要です。専門家活用枠と同一回で申請する場合は、交付申請時点で対象M&Aが最終契約済みであることが要件になります。事業譲渡であれば有機的一体の経営資源の引継ぎが必要で、不動産業以外でも原則として常時使用する従業員1名以上の引継ぎが求められます。詳細はPMI推進枠の対象と要件を参照してください。
申請の要件と手順
第三者承継で専門家活用枠に申請する場合の手順を整理します。
| 段階 | やること | つまずきやすい点 |
|---|
| 1. 類型の決定 | 買い手支援類型・売り手支援類型・小規模売り手支援類型・100億企業特例のいずれかを選ぶ | 同一公募回で重複申請はできない |
| 2. 支援機関の確認 | 依頼するFA・仲介業者がM&A支援機関登録制度に登録されているか確認する | 未登録業者への支払いは全額対象外 |
| 3. 相見積りの取得 | 登録FA・仲介業者から相見積りを取る | 最低価格を提示していない業者を選ぶと対象外 |
| 4. GビズIDプライムの取得 | Jグランツ以外からの申請は受け付けられない | 取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度かかる |
| 5. 認定経営革新等支援機関の確認書 | 計画内容の確認を受ける | 締切直前は依頼が間に合わないことがある |
| 6. 公募申請 | 2026年10月2日〜11月6日17時（16次公募） | 受付開始前に書類をそろえておく |
| 7. 採択・交付申請・交付決定 | 採択は2026年12月下旬以降、交付決定は2027年1月下旬以降の予定 | 採択は交付申請の権利の保障であり交付決定ではない |
| 8. 補助事業の実施 | 交付決定日以降に契約・発注し、期間内に支払いを完了する | 補助事業期間は2027年1月下旬予定から14か月以内 |
| 9. 実績報告・額の確定・精算払請求 | 様式第6で報告し、確定後に様式第7で請求 | 実費弁済のため見積より安ければ実費分のみ |
| 10. 事業化状況報告 | 専門家活用枠は補助事業完了後3年間（合計4回） | 毎事業年度終了後90日以内に様式第12で提出 |
審査は資格審査と書面審査の2段階で、書面審査の着眼点は取組の目的・必要性、取組の実現可能性、取組の収益性、取組の継続性の4点です。専門家活用枠では、小規模事業者等に該当すること自体が加点事由とされています。一方、アトツギ甲子園・地域おこし協力隊・成長加速マッチング・事業承継引継ぎ支援センターの支援は、専門家活用枠の加点事由には含まれていません。
なお、100億企業特例では、事業化状況報告で被承継者の従業員数が実績報告時より減少していた場合、減少率に応じた返還が求められます。申請全体の流れは申請の流れで扱っています。
16次公募のスケジュールと採択の実績
16次公募（令和7年度補正予算）の日程は次のとおりです。すべて事務局が公表している予定であり、確定次第更新されます。
| 項目 | 時期 |
|---|
| 公募要領開示・サイト開設 | 2026年9月4日（金） |
| 説明会申込受付 | 2026年9月9日（水）〜10月7日（水）17時まで |
| 説明会 | 2026年10月9日（金）14時からオンライン開催 |
| 公募申請受付期間 | 2026年10月2日（金）〜2026年11月6日（金）17時まで |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜2028年3月中旬（予定） |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） |
専門家活用枠の申請・採択の実績は次のとおりです。
| 公募回 | 専門家活用枠 申請件数 | 専門家活用枠 採択件数 | 全枠合計の採択率 |
|---|
| 11次（2025年5月9日〜6月6日受付・専門家活用枠のみ実施） | 590件 | 359件 | 60.8% |
| 12次（2025年8月22日〜9月19日受付） | 436件 | 266件 | 61.0% |
| 13次（2025年10月31日〜11月28日受付） | 267件 | 163件 | 60.9% |
| 14次（2026年2月27日〜4月3日受付） | 299件 | 180件 | 60.7% |
専門家活用枠については、補助事業の特性に鑑み採択者を非公表とする扱いが複数の公募回で明記されています。採択された企業の一覧を確認することはできません。日程の詳細は16次公募のスケジュール、採択率の推移は採択率の推移で確認できます。
相談先と、補助金以外の選択肢
第三者承継を考え始めた段階では、まず公的な相談窓口を使うのが安全です。事業承継・引継ぎ支援センターは全国47都道府県（東京都のみ本部と多摩地域の2拠点で計48拠点）に設置された国の公的相談窓口で、親族内承継・第三者承継（M&A）のどちらにも対応しています。
| 相談先・制度 | 役割 |
|---|
| 事業承継・引継ぎ支援センター | 全国48拠点の公的窓口。親族内承継・第三者承継の両方に対応 |
| M&A支援機関登録制度の登録支援機関 | FA・仲介業務の委託先。補助対象経費とするには登録が前提 |
| 認定経営革新等支援機関 | 税理士・中小企業診断士等。申請に必要な確認書を発行する |
| 都道府県の上乗せ補助金 | 本補助金の採択事業者を対象に自己負担額の一部を追加補助する制度がある都道府県がある |
都道府県の上乗せ制度については、熊本県の中小・小規模事業者生産性・売上げ向上後押し事業補助金（自己負担額の最大1/10を上限200万円まで軽減、令和7年9月4日以降に最低賃金を超える賃上げをしていること等が条件）や、高知県の事業承継等推進事業費補助金・事業承継奨励給付金といった例が中小機構の紹介ページで挙げられています。ただし全都道府県を網羅した一次資料は確認できていないため、お住まいの都道府県に上乗せ制度があるかどうかは各県の公式サイトで確認してください。
他制度との関係
事業承継税制（相続税・贈与税の納税猶予制度）は本補助金とは別の制度で、経営承継円滑化法に基づく都道府県知事の認定が必要です。本補助金の公募要領・よくある質問には併用を制限する記述は見当たりませんでしたが、断定はできないため、必ず中小企業庁・国税庁の一次情報で確認してください。日本政策金融公庫の事業承継関連融資についても同様です。
センターの使い方は事業承継・引継ぎ支援センター、後継者がいない場合の選択肢の整理は後継者不在のときの選択肢で扱っています。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事は16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局公表情報に基づいています。日程・要件は変更される場合がありますので、必ず各公式サイトで最新情報を確認してください。事業承継税制・日本政策金融公庫の融資については一次情報を確認できていないため、具体的な数値には触れていません。本記事のシミュレーションはモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。
