事業承継補助金の不採択理由｜よくある不備と自己点検
申請実務
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
事業承継・M&A補助金の審査は、資格審査（対象者・対象事業・補助上限額等の適合確認）と書面審査（外部有識者で構成される審査委員会）の2段階で行われます。そして審査結果（不採択理由）についての個別の問い合わせには事務局は一切応じないとされています。
不採択理由は開示されない。だから事前の自己点検しかない
事業承継・M&A補助金の審査は、資格審査（対象者・対象事業・補助上限額等の適合確認）と書面審査（外部有識者で構成される審査委員会）の2段階で行われます。そして審査結果（不採択理由）についての個別の問い合わせには事務局は一切応じないとされています。選考に係る審査料は徴収されません。
つまり、不採択になっても「どこがダメだったか」は分かりません。次回に向けて改善したくても、手がかりは自分で見つけるしかない構造です。しかし幸いなことに、何が対象外になるのかは公募要領とよくある質問にかなり具体的に書かれています。実務で見かける不採択の多くは、この公表されている「対象外リスト」に当たってしまっているケースです。
不採択を招く4つの層
- 資格の層：そもそも補助対象者・対象事業に該当していない
- 枠の層：承継の形と枠の組み合わせが合っていない
- 計画の層：書面審査の4観点に答えていない
- 手続きの層：確認書・電子申請・期限などの不備
この4層を順に点検すれば、公表情報から避けられる不採択はかなり減らせます。制度の全体像は事業承継・M&A補助金 完全ガイド、申請の段取りは申請の流れをご覧ください。
採択率の実データ：およそ4割が不採択
現在の名称「事業承継・M&A補助金」になってからの公募回（11次以降）の実績です。事務局サイトのニュース欄で公表されている確定値です。
| 公募回 | 申請件数 | 採択件数 | 採択率 |
|---|
| 11次（2025年5月9日〜6月6日受付・専門家活用枠のみ実施） | 590件 | 359件 | 60.8% |
| 12次（2025年8月22日〜9月19日受付） | 742件 | 453件 | 61.0% |
| 13次（2025年10月31日〜11月28日受付） | 481件 | 293件 | 60.9% |
| 14次（2026年2月27日〜4月3日受付） | 512件 | 311件 | 60.7% |
12次から14次については枠別の内訳も公表されています。
| 公募回 | 事業承継促進枠 | 専門家活用枠 | PMI推進枠 | 廃業・再チャレンジ枠 |
|---|
| 12次 申請 | 250件 | 436件 | 55件 | 1件 |
| 12次 採択 | 152件 | 266件 | 34件 | 1件 |
| 13次 申請 | 182件 | 267件 | 32件 | — |
| 13次 採択 | 111件 | 163件 | 19件 | — |
| 14次 申請 | 169件 | 299件 | 43件 | 1件 |
| 14次 採択 | 103件 | 180件 | 27件 | 1件 |
旧名称「事業承継・引継ぎ補助金」の時代（5次から10次公募）の実績も公表されています。枠の構成が現在と異なる（経営革新枠・専門家活用枠・廃業再チャレンジ枠の3本立て）ため単純比較はできませんが、傾向として大きな断絶は見られません。
| 公募回 | 経営革新枠 申請から採択 | 専門家活用枠 申請から採択 |
|---|
| 5次（2023年3月20日〜5月12日） | 309件から186件 | 453件から275件 |
| 6次（2023年6月16日〜8月10日） | 357件から218件 | 468件から282件 |
| 7次（2023年9月15日〜11月17日） | 313件から190件 | 498件から299件 |
| 8次（2024年1月9日〜2月16日） | 334件から201件 | 374件から229件 |
| 9次（2024年4月1日〜4月30日） | 388件から233件 | 440件から275件 |
| 10次（2024年7月1日〜7月31日・専門家活用枠のみ） | — | 518件から318件 |
15次公募（受付2026年6月19日〜7月24日）の採択結果は、採択日が2026年9月中旬以降（予定）とされており、本記事作成時点では未確認です。都道府県別の採択件数は事務局サイトに一覧がありません。また専門家活用枠・廃業再チャレンジ枠は、複数の公募回で「補助事業の特性に鑑み採択者を非公表とする」と明記されています。採択率の詳細は採択率の推移をご覧ください。
層1：資格審査で落ちる
書面審査の前に行われるのが資格審査です。ここは資格審査と呼ばれ、対象者・対象事業・補助上限額等の適合が確認されます。ここで外れると、計画の中身は一切見てもらえません。
| 点検項目 | 不適格になる例 |
|---|
| 法人格 | 社会福祉法人・医療法人・一般社団法人・一般財団法人・学校法人・農事組合法人・各種組合・法人格のない任意団体は対象外 |
| 規模 | 中小企業基本法第2条の基準（業種別の資本金・従業員数）を超えている |
| 資本関係 | みなし大企業・みなし同一法人（親会社が議決権50%超を持つ子会社等）に該当する |
| 過去の報告義務 | 過去に経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金の交付を受けており、事業化状況報告の実施義務を履行していない場合は申請自体が不可 |
| 他の補助金との重複 | 国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業は対象外。公的医療保険・介護保険の診療報酬・介護報酬、固定価格買取制度等との重複も不可 |
| 補助下限額 | 事業承継促進枠は100万円、専門家活用枠は50万円、PMI専門家活用類型は50万円、事業統合投資類型は100万円、廃業・再チャレンジ枠は50万円が下限。廃業・再チャレンジ枠の単独申請は補助対象経費75万円未満だと受け付けられない |
| 類型の重複 | 専門家活用枠の通常版・100億企業特例・小規模売り手支援類型は同一公募回で重複申請できない |
医療法人・社会福祉法人は法人格の段階で対象外
クリニックや介護事業所の事業承継の相談では、この点でつまずくことが多くあります。個人開業か法人格かによって扱いが変わるため、まず自社の法人格を確認してください。クリニックの事業承継や介護事業所の事業承継でも触れています。
層2：枠の選び方を間違えている
この補助金で最も多い勘違いが、事業承継促進枠でM&Aによる第三者承継を申請してしまうことです。事業承継促進枠の対象は、5年以内に親族内承継・従業員承継等（事業再生を伴うものを含む）を予定している中小企業者等であり、M&Aによる第三者承継は対象外です。M&Aは専門家活用枠の管轄です。
| 承継の形 | 使う枠 | ポイント |
|---|
| 親族内承継 | 事業承継促進枠 | 承継予定者は被承継者の親族（六親等内の血族・配偶者・三親等内の姻族）で代表経験が無いこと。経営権と所有権の両方の移転が必要 |
| 従業員承継 | 事業承継促進枠 | 承継予定者は役員として3年以上、または継続3年以上雇用され業務に従事した経験が必要 |
| 第三者承継（M&A） | 専門家活用枠（買い手／売り手／小規模売り手支援類型） | 登録M&A支援機関の利用が経費計上の前提。統合後のPMIはPMI推進枠 |
| M&Aで譲り渡せなかった場合の廃業 | 廃業・再チャレンジ枠（単独） | 「M&Aで譲り渡せなかった」ことが要件 |
| 承継・M&A・PMIに伴う一部廃業 | 廃業・再チャレンジ枠（併用） | 該当する主枠への上乗せ申請 |
なお、事業承継促進枠は専門家活用枠・PMI推進枠と同一公募回での申請ができません（性質上、事業承継促進枠はM&Aを伴わないため）。一方、専門家活用枠の買い手支援類型（Ⅰ型）とPMI推進枠のPMI専門家活用類型は同時申請が可能です。枠ごとの比較は4つの枠の違いで整理しています。
補足として、旧世代（1次から10次公募）にあった「経営革新事業」には創業支援型・経営者交代型・M&A型の3類型がありました。現行の事業承継促進枠は令和6年度の改称と同時に再編されており、当時の創業支援型に相当する区分は現行の事業承継促進枠には存在しません。古い情報を参照して枠を選ぶと外れます。
層2の続き：実質的な事業承継とみなされない形
事業承継促進枠では、形式的に代表者が変わっていても実質的な事業承継が行われたとみなされないケースが具体的に列挙されています。ここに当たると対象外です。
| みなされない形 | なぜ問題か |
|---|
| 経営権と所有権のいずれの移転も伴わない代表者交代のみ | この枠は経営権と所有権の両方の移転を求めている |
| グループ内の事業再編 | 実質的な支配が変わらない |
| 物品・不動産等のみを保有する事業の承継（売買を含む） | 事業の承継とはみなされない |
| フランチャイズ契約またはそれに準ずるもの | 事業の承継とはみなされない |
| 従業員等へののれん分け（またはそれに準ずるもの） | 事業の承継とはみなされない |
| 休眠会社・事業実態が無い状態での代表者交代 | 承継する事業の実態が無い |
| 設立間もない法人での代表者交代、開業直後の事業譲渡で正当性が確認できない場合 | 承継の実態・正当性が確認できない |
| 合同会社の社員間での代表社員交代で、経営者交代とみなされない場合 | 経営者の交代と評価できない |
あわせて、事業承継促進枠には期限の要件もあります。事業承継対象期間（公募申請受付終了日から5年後まで。16次公募では2026年11月6日から2031年11月5日）に承継を完了する蓋然性が高いことを、認定経営革新等支援機関が確認します。承継の時期があいまいなままでは、この確認が取れません。
また、要件として公募申請時点で対象会社が3期分の決算・申告を完了していること（個人事業主は開業届提出から5年経過）が求められます。設立間もない法人が申請できないのはこのためです。確認書の取り方は認定支援機関の確認書をご覧ください。
誤解されがちな点
事業承継促進枠について、事業承継計画書に補助対象設備の投資計画を明示する必要は無いとよくある質問で明確に否定されています。設備の話を書かないと落ちる、という誤解に基づいて計画を歪める必要はありません。
PMI推進枠で「再編・統合」とみなされない形
PMI推進枠にも同様の列挙があります。M&Aとしては成立していても、この枠の対象になる再編・統合とはみなされない類型です。
| みなされない形 |
|---|
| グループ内の事業再編 |
| 物品・不動産等のみの売買 |
| 親族間の事業承継 |
| 被承継者や株主と承継者が同族関係者・支配関係にある法人間の取引 |
| 承継後に承継者側の議決権が過半数に達しない場合（吸収分割・事業譲渡を除く） |
| 承継前から承継者側が既に議決権の過半数を保有していた場合 |
| 譲渡価格0円や株価1円など、取引価格の合理性が確認できない取引 |
| 事業譲渡で、有機的一体の経営資源（設備・従業員・顧客等）の引継ぎが行われていない場合 |
| 休眠会社・事業実態が無い会社でのM&A |
時期の要件もあります。単独申請では公募申請時点で対象M&Aのクロージング日から3年以内の取組であること、専門家活用枠との同時申請では交付申請時点で対象M&Aが最終契約済みであることが必要です。さらに専門家活用枠側のM&Aがクロージングしなかった場合、PMI推進枠側も補助対象外になります。
不動産業以外でも、事業譲渡の場合は原則として常時使用する従業員1名以上の引継ぎが求められます。PMI推進枠の詳細はPMI推進枠をご覧ください。
層3：書面審査の4観点に答えていない
資格審査を通過すると、外部有識者で構成される審査委員会による書面審査に進みます。着眼点は【取組の目的・必要性】【取組の実現可能性】【取組の収益性】【取組の継続性】の4つです。計画書はこの4つに答える文書として組み立てるのが基本です。
| 観点 | 審査で問われること | 弱くなりがちな書き方 |
|---|
| 取組の目的・必要性 | なぜこの承継・M&A・統合・廃業が必要なのか | 一般論だけで、自社固有の事情が書かれていない |
| 取組の実現可能性 | 誰が、いつ、何を、どうやって実行するのか | スケジュールが無い、担当者が特定されていない、承継の時期があいまい |
| 取組の収益性 | その取組が数字にどうつながるのか | 売上や利益の見通しが示されていない、根拠のない伸び率だけを書いている |
| 取組の継続性 | 補助事業が終わった後も続くのか | 補助金で買うところまでしか書かれていない |
事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型では、生産性向上要件として、補助事業期間を含む5年間の計画で付加価値額または1人当たり付加価値額の伸び率が年3%向上する計画であることが求められます（付加価値額＝営業利益＋人件費＋減価償却費）。この計算が計画書と整合していないと、収益性・継続性の評価に響きます。
また、補助上限を800万円から1,000万円へ引き上げる賃上げ要件は、補助事業完了日を含む事業年度（基準年度）から翌年度にかけて従業員1人当たり給与支給総額の上昇率3%以上を達成し、公募申請時までに全従業員・役員へ表明していることが条件です。表明が申請時点で済んでいない場合、この要件は使えません。
計画書の組み立て方は事業計画書の書き方、加点事由の一覧は加点と審査の考え方で解説しています。
層3の続き：経費の建て付けで落ちる
計画の中身が良くても、計上した経費が対象外なら評価は下がります。特に専門家活用枠は、誰に頼むか・どう見積を取るかが要件そのものです。
| 経費まわりの不備 | ルール |
|---|
| 未登録のFA・仲介業者への支払いを計上した | FA業務・仲介業務に係る費用は、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者への支払いのみが対象 |
| 相見積りの相手方に未登録業者を混ぜた | 相見積りの相手方も登録FA・仲介業者である必要がある |
| 最低価格でない業者を選んだ | 相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外 |
| 専門家契約より前に基本合意・最終契約を締結していた | 中間報酬・成功報酬の根拠となる締結は、補助事業期間内かつ専門家契約締結の後であることが必要。覚書等で契約日を後ろ倒しする行為も原則不可 |
| 交付決定前に契約・発注・支払いをした | 原則、交付決定日以降の契約・発注かつ補助事業期間内の支払い完了が条件 |
| 被承継者に支払う譲受費用（土地・資産購入費用等）を計上した | 事業承継促進枠で対象外 |
| 売上原価に相当する経費を計上した | 全枠共通で対象外 |
| 事業統合投資類型にM&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料を入れた | これらはPMI専門家活用類型または専門家活用枠側の管轄 |
| 売却して対価を得る在庫の処分費、ファイナンスリースの解約金・違約金を計上した | 廃業費全般で対象外 |
| DDを自社で実施して費用計上した | 買い手支援類型では専門家に依頼せず自社で実施した場合、DD費用を補助対象経費に計上できない |
交付決定前の契約の詳細は交付決定前の契約は対象外、経費区分の全体像は対象経費と対象外経費をご覧ください。
層4：手続き・書類の不備
最後は手続きです。ここで落ちるのは最ももったいないパターンです。
| 不備 | 対策 |
|---|
| GビズIDプライムが間に合わない | 取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度かかる。申請を検討した時点で着手する。Jグランツ以外からの申請は受け付けられない |
| 認定支援機関の確認書が締切に間に合わない | 16次公募要領も注意喚起している。公募開始前に依頼の一報を入れる |
| 共同申請者の書類が揃わない | 個人事業主の事業承継促進枠、廃業・再チャレンジ枠の単独申請は共同申請が必要 |
| 賃上げの社内表明が申請時までに済んでいない | 事業承継促進枠は公募申請時までに全従業員・役員へ表明していることが要件 |
| 申請書類の作成を行政書士以外に有償で代行させた | 行政書士法違反となる可能性があり、交付決定後に発覚した場合は取消しの対象 |
| 締切直前にシステムへアクセスして間に合わない | 16次公募の締切は2026年11月6日(金)17:00。数日前の提出を推奨 |
16次公募の締切
公募申請受付期間は2026年10月2日(金)から2026年11月6日(金)17:00までです。説明会は2026年10月9日(金)14:00からオンラインで開催され、申込受付は2026年9月9日(水)から10月7日(水)17:00までです。日程の詳細は16次公募のスケジュールをご覧ください。
不採択だったときにどう動くか
不採択理由は開示されないため、次回に向けた改善は自己点検で進めるしかありません。次の順序で見直すと、論点が絞り込めます。
- 枠と類型が合っているかを再確認する：承継の形（親族内・従業員・第三者）と枠の対応を確認します。特に事業承継促進枠でM&Aを計画していた場合は、枠そのものを変える必要があります。
- 対象外リストに当たっていないかを潰す：本記事の「みなされない形」の表と照合します。
- 4観点で計画を書き直す：目的・必要性、実現可能性、収益性、継続性のどれが薄いかを見ます。
- 経費の建て付けを見直す：登録業者か、相見積りの形が要件に沿っているか、費目の切り分けが正しいかを確認します。
- 加点事由を増やせないか検討する：ただし達成できない水準の賃上げを表明するのは逆効果です。
達成できない加点は将来の足かせになる
加点事由を申請して交付決定を受けたのに、賃上げ等の要件が事業化状況報告の時点で未達だった場合、未達の報告から18か月間、中小企業庁が所管する他の補助金申請で正当な理由なく大幅減点されます。対象にはものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、IT導入支援事業、小規模事業者持続化補助金、事業承継・引継ぎ補助金、事業承継・M&A補助金、Go-Tech事業、事業再構築補助金、新事業進出補助金、中小企業省力化投資補助事業等が含まれます。
また、100億企業特例で不採択となっても通常の買い手支援類型（800万円枠）には自動的に移行されません。再申請が必要です。次回公募の枠選びから組み直してください。
第三者に相談したい場合は、全国47都道府県に設置された事業承継・引継ぎ支援センター（東京都のみ本部と多摩地域の2拠点で計48拠点）が利用できます。親族内承継も第三者承継（M&A）も相談でき、事業承継促進枠では同センターまたは中小機構地域本部の支援を受けた事業承継計画書の策定が加点事由にもなっています。使い方は事業承継・引継ぎ支援センターの使い方をご覧ください。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。採択件数・採択率は事務局が公表した確定値です。15次公募の採択結果は本記事作成時点で未確認です。16次公募要領はVer.1.0（2026年9月4日開示）に基づいており、変更される場合があります。本記事は不採択の傾向を公表情報から整理したものであり、採択を保証するものではありません。
