事業承継・M&A補助金は交付決定前の契約が対象外
申請実務
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
事業承継・M&A補助金では、原則として交付決定日以降の契約・発注かつ支払いが完了しているものだけが補助対象経費になります。これは4枠すべてに共通するルールで、公募要領・交付規程・事務局のよくある質問で繰り返し示されています。
原則：交付決定前の契約・発注・支払いは補助対象外
事業承継・M&A補助金では、原則として交付決定日以降の契約・発注かつ支払いが完了しているものだけが補助対象経費になります。これは4枠すべてに共通するルールで、公募要領・交付規程・事務局のよくある質問で繰り返し示されています。逆にいえば、交付決定前に発注書を出した、契約書に署名した、着手金を振り込んだ、といった行為があるとその経費は全額が対象外になります。
この原則が厳しく運用される理由は、補助金が実費弁済方式による精算払いだからです。国は「この事業に対してこの範囲で補助する」と決めてから支出を認める建て付けになっており、決定より前の支出は「補助が無くても実施した支出」と整理されます。
3つの行為すべてが交付決定日以降であること
- 契約：契約書の締結日が交付決定日以降であること
- 発注：発注書・注文書の日付が交付決定日以降であること
- 支払い：補助事業期間内に支払いが完了していること
どれか1つでも交付決定前にさかのぼると、その経費は原則として認められません。
この原則を外してしまう典型的な場面は、次の3つに集約されます。いずれも「悪意」ではなく「善意のスピード感」から起きます。
- 採択の連絡で安心してしまう：採択通知は良い知らせですが、経費を発生させてよいという通知ではありません。交付決定通知書が届くまで待つ必要があります。
- 相手のスケジュールに引っ張られる：M&Aの相手方、設備の納期、後継者の就任時期など、こちらの都合で止められない要素があります。補助金を使うと決めた時点で、相手方にも交付決定を待つ期間があることを伝えておく必要があります。
- すでに動いている取引を後から補助対象にしようとする：先に契約や支払いが済んでいる取引を、後から補助金の対象に組み込むことはできません。
この記事では、16次公募の日程に沿って「いつから動いてよいのか」を整理します。実績報告や精算の実務は実績報告と精算の手順、制度全体は事業承継・M&A補助金 完全ガイドをご覧ください。
採択と交付決定は別物である
実務で最も多い誤解がここです。採択は「交付申請をする権利の保障」であって、交付決定ではありません。採択の通知を受け取った時点では、まだ補助金の交付が決まっていません。採択の後に交付申請を行い、事務局が審査して交付決定通知書が出て、はじめて経費の発生が認められる状態になります。
| 段階 | 何が確定するか | この時点で契約してよいか |
|---|
| 公募申請 | 審査の対象になる | 不可 |
| 採択 | 交付申請をする権利が保障される | 不可（ここでの発注が典型的な事故） |
| 交付申請 | — | 不可 |
| 交付決定 | 補助対象経費・補助金額の上限が確定する | 可（ここから） |
| 補助事業の実施 | — | 可（補助事業期間内） |
| 実績報告・額の確定 | 実際に支払われる補助金額が確定する | — |
採択率は現ブランドの11次公募から14次公募まで60.7%から61.0%で推移しており、およそ4割は不採択になります。採択される前に契約を進めてしまうと、不採択のときには全額自己負担、採択されたときには交付決定前の契約として対象外という、どちらに転んでも損な状態になります。採択率の推移は採択率の推移で詳しく整理しています。
16次公募でいつから動けるのか
16次公募の日程は事務局サイトで公表されています。いずれも予定であり、変更される場合があります。
| 項目 | 時期（16次公募） | 契約・発注の可否 |
|---|
| 公募要領開示 | 2026年9月4日(金) | 不可 |
| 公募申請受付期間 | 2026年10月2日(金)〜11月6日(金)17:00 | 不可 |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） | 不可 |
| 交付申請受付期間 | 2027年1月上旬〜11月中旬（予定） | 不可 |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） | ここから可 |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜2028年3月中旬（予定） | 可 |
| 実績報告期間 | 2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定） | — |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） | — |
補助事業期間そのものは、事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠の各公募要領に「2027年1月（下旬予定）から14か月以内を想定」と記載されています。つまり、16次公募で申請した場合、動けるようになるのは申請から3か月ほど後ということになります。
「承継の実行時期」と「経費の発生時期」は別のルール
事業承継促進枠では、事業承継対象期間（公募申請受付終了日から5年後まで。16次公募では2026年11月6日から2031年11月5日）に承継を完了する蓋然性が求められます。一方で補助対象経費の発生は交付決定日以降・補助事業期間内という別のルールが働きます。承継そのものの時期と、補助金で賄う支出の時期を混同しないでください。
専門家活用枠：基準は「専門家との契約締結日」
専門家活用枠には、交付決定前ルールに加えてもう一段の時間の縛りがあります。中間報酬の根拠となる基本合意書の締結、成功報酬の根拠となる最終契約の締結は、いずれも補助事業期間内に、かつ専門家との契約締結の後に行われている必要があるというものです。
この意味を実務に落とすと、次のようになります。M&Aの交渉が先に進んでしまい、基本合意や最終契約を締結した後になってから仲介会社と正式契約を結んだ場合、その報酬は専門家契約締結前に発生した成果と整理され、原則として補助対象になりません。公募要領・よくある質問では、このような形は単なる契約の遅滞と判断され対象外になり得るとされています。
| 報酬の種類 | 発生の根拠 | タイミングの要件 |
|---|
| 相談料・着手金 | 専門家との契約 | 契約が交付決定日以降・補助事業期間内であること |
| 中間報酬 | 基本合意書の締結 | 基本合意書の締結が補助事業期間内、かつ専門家契約締結の後 |
| 成功報酬 | 最終契約の締結 | 最終契約の締結が補助事業期間内、かつ専門家契約締結の後 |
さらに、支払先そのものにも要件があります。FA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象で、未登録業者への支払いは全額対象外です。加えて相見積りの相手方も登録FA・仲介業者である必要があり、相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外とされています。
M&Aの交渉スピードと補助金は相性が悪い
M&Aは相手のある取引で、交渉が動き出すと止められません。一方で補助金は交付決定を待つ制度です。この2つを両立させるには、補助金を使う前提でスケジュールを設計するか、補助金を諦めて先に進めるかの判断を早い段階で行う必要があります。判断を先送りすると、どちらも中途半端になります。
仲介手数料の扱いはM&A仲介手数料と補助金、登録の確認方法は登録M&A支援機関とはで解説しています。
覚書で契約日を動かすことは認められない
タイミングを外してしまったときに考えつくのが、覚書を交わして契約日を補助事業期間内に付け替えるという処理です。これは16次公募のよくある質問で原則不可とされています。契約書の日付を形式的に整えても、実態として補助事業期間前に成果が発生していれば対象になりません。
| やりがちな処理 | 結果 |
|---|
| 覚書で契約日を補助事業期間内に延長・変更する | 原則不可。契約日の形式的な付け替えは認められない |
| 採択通知を受けてすぐ発注し、交付決定後に発注書を作り直す | 交付決定前の発注として対象外になるおそれ |
| 先に基本合意を結び、後から仲介会社と正式契約する | 単なる契約の遅滞と判断され、中間報酬が対象外になり得る |
| 1社だけの見積で契約し、後から他社の見積を集める | 相見積りの要件を満たさず対象外になるおそれ |
| 未登録業者と契約した後に、登録業者へ契約を付け替える | 実態が未登録業者による支援であれば対象外 |
書類の辻褄合わせは最も重いリスク
交付決定後に不適切な処理が判明した場合、交付決定の取消しや返還命令の対象になります。返還命令に対して期限までに納付されない場合は年利10.95%の延滞金が発生します。また、行政書士（行政書士法人を含む）以外の者が有償で申請書類の作成を代行することは行政書士法違反となる可能性があり、交付決定後に発覚した場合は取消しの対象です。目先の数百万円のために、会社としての信用と将来の補助金申請資格を失う判断はおすすめできません。
設備投資型の枠での発注タイミング
事業承継促進枠やPMI推進枠の事業統合投資類型では、設備投資が経費の中心になります。設備は納期が長く、年度末に近づくほど確保が難しくなるため、「先に押さえておきたい」という誘惑が強い領域です。しかしここでも原則は同じで、交付決定日以降の契約・発注かつ補助事業期間内の支払い完了が条件です。
| 行為 | 交付決定前 | 交付決定後 |
|---|
| 仕様の検討・情報収集 | 可 | 可 |
| 見積の取得（相見積りを含む） | 可 | 可 |
| 納期・在庫状況の確認 | 可 | 可 |
| 発注書の発行・契約の締結 | 不可 | 可 |
| 着手金・前払金の支払い | 不可 | 可 |
| 納品・検収 | — | 補助事業期間内に完了させる |
| 支払いの完了 | — | 補助事業期間内に完了させる |
16次公募では事業実施期間が交付決定日から2028年3月中旬（予定）とされています。納期が長い設備ほど、交付決定後すぐに発注しても期間内の納品・検収・支払いが間に合うかを事前に確認しておく必要があります。見積を取る段階で、納期と支払い条件を書面で確認しておくと、交付決定後の動きが速くなります。
また、事業承継促進枠では被承継者に支払う譲受費用（土地・資産購入費用等）は補助対象経費になりません。PMI推進枠の事業統合投資類型では、委託費のうちM&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料は対象外です。タイミングを守っても費目が対象外なら意味がないため、対象経費と対象外経費もあわせて確認してください。
PMI推進枠に固有のタイミング要件
PMI推進枠は、M&Aの成立時期そのものに条件が付いています。交付決定前ルールとは別の軸なので、両方を満たす必要があります。
| 申請の形 | 時期の要件 |
|---|
| 単独申請 | 公募申請時点で、対象M&Aのクロージング日から3年以内の取組であること |
| 専門家活用枠との同時申請 | 交付申請時点で対象M&Aが最終契約済みであること |
同時申請の場合、専門家活用枠側のM&AがクロージングしなかったときはPMI推進枠側も補助対象外になります。M&Aの成否がPMIの補助にも連動する構造です。
加えて、PMI推進枠には対象とならないM&Aの類型があります。グループ内の事業再編、物品・不動産等のみの売買、親族間の事業承継、被承継者や株主と承継者が同族関係者・支配関係にある法人間の取引は対象外です。また承継後に承継者側の議決権が過半数に達しない場合（吸収分割・事業譲渡を除く）、承継前から既に議決権の過半数を保有していた場合、譲渡価格0円や株価1円など取引価格の合理性が確認できない取引、事業譲渡で有機的一体の経営資源（設備・従業員・顧客等）の引継ぎが行われていない場合、休眠会社や事業実態が無い会社でのM&Aも対象外とされています。
なお、専門家活用枠の買い手支援類型（Ⅰ型）とPMI推進枠のPMI専門家活用類型は、同一公募回での同時申請が可能です。枠ごとの詳細はPMI推進枠をご覧ください。
ケース別：どの順番で動けばよいか
タイミングのルールは、自分の立場に置き換えないと実感が湧きません。代表的な3つのケースで、16次公募を前提とした動き方を並べます。日程は事務局公表の予定に基づくもので、変更される場合があります。
ケースA：親族内承継で、承継に合わせて設備投資も行いたい
| 時期 | やること |
|---|
| 2026年9月〜10月 | 事業承継促進枠で申請することを決める。GビズIDプライムを取得（1〜2週間、混雑時3週間程度）。認定支援機関に確認書を依頼。設備の見積を取得（発注はしない）。賃上げを表明する場合は公募申請時までに全従業員・役員へ表明 |
| 2026年11月6日17:00まで | Jグランツから公募申請 |
| 2026年12月下旬以降 | 採択の通知。ここではまだ発注しない |
| 2027年1月上旬以降 | 交付申請 |
| 2027年1月下旬以降 | 交付決定通知書を受領。ここから発注・契約が可能 |
| 交付決定後〜2028年3月中旬（予定） | 納品・検収・支払いまでを補助事業期間内に完了させる |
| 2026年11月6日〜2031年11月5日 | この事業承継対象期間内に、経営権と所有権の両方の承継を完了させる |
ケースB：会社を譲り渡したい（専門家活用枠 売り手支援類型）
売り手側で気をつけたいのは、相談だけ先に進めて、契約と報酬発生の順序を崩さないことです。仲介会社への相談自体は交付決定前でも可能ですが、有償の契約締結と、基本合意・最終契約の締結時期が要件に関わります。
| 順序 | 内容 | 注意 |
|---|
| 1 | 相談・情報収集、登録FA・仲介業者からの相見積り取得 | 相見積りの相手方も登録業者であること。最低価格を提示していない業者を選ぶと対象外 |
| 2 | 公募申請（2026年10月2日〜11月6日17:00） | 売り手支援類型の補助率が2/3になるのは、営業利益率の低下または直近決算期の営業利益・経常利益が赤字の場合 |
| 3 | 交付決定（2027年1月下旬以降・予定） | ここから専門家との契約を締結 |
| 4 | 基本合意書の締結 | 補助事業期間内、かつ専門家契約締結の後であること |
| 5 | 最終契約の締結・クロージング | 補助事業期間内に成立しなければ上限が縮小され、原則DD費用のみが対象 |
ケースC：会社を譲り受けたい（買い手支援類型＋PMI推進枠）
買い手支援類型（Ⅰ型）とPMI推進枠のPMI専門家活用類型は、同一公募回での同時申請が可能で、補助上限が別立てで積み上がります。ただし専門家活用枠側のM&Aがクロージングしなかった場合、PMI推進枠側も補助対象外になります。また同時申請の場合、交付申請時点で対象M&Aが最終契約済みであることが要件です。買い手支援類型ではDD実施が実質必須化されており、専門家に依頼せず自社で実施した場合はDD費用を補助対象経費に計上できません。費目の切り分けと契約の順序を、最初に設計しておいてください。
ルールを外したときに何が起きるか
交付決定前の契約が判明するタイミングは、多くの場合実績報告です。事務局は書類審査・現地調査等を行って交付すべき補助金の額を確定するため、契約書や発注書の日付は必ず確認されます。
| 発覚のタイミング | 起きること |
|---|
| 交付申請の審査時 | 該当経費が補助対象から除かれ、交付決定額が縮む |
| 実績報告・額の確定時 | 該当経費が認められず、確定額が減る |
| 交付決定後に重複や不適切な処理が判明 | 交付決定の取消し。既に交付されていれば返還命令、未納は年利10.95%の延滞金 |
| 事業化状況報告の時点で要件未達 | 賃上げ加点の未達は上限引き上げ額（最大200万円）の返還。未達報告から18か月間、中小企業庁所管の他の補助金申請で正当な理由なく大幅減点 |
18か月の減点措置の対象には、ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、IT導入支援事業、小規模事業者持続化補助金、事業承継・引継ぎ補助金、事業承継・M&A補助金、Go-Tech事業、事業再構築補助金、新事業進出補助金、中小企業省力化投資補助事業等が含まれます。1つの補助金でのつまずきが、他の補助金にも波及する設計になっています。
また、過去に経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金の交付を受けており、事業化状況報告の実施義務を履行していない場合は、本補助金への申請自体ができません。過去の補助金の後始末が現在の申請資格に効いてくるという点でも、手続きを軽く扱わないことが結果的に有利になります。
判断に迷ったら事務局に確認する
個別の経費が補助対象になるかどうかは、契約の実態や書類の内容によって判断が分かれます。自己判断で進めて実績報告で否認されるより、契約前に事務局へ確認する方が損失は小さいです。なお審査結果（不採択理由）についての個別の問い合わせには事務局は一切応じないとされていますが、これは審査結果に関する話であり、制度の解釈に関する問い合わせとは別です。
交付決定を待つ間にできること
交付決定まで動けないからといって、何もできないわけではありません。契約・発注・支払いを伴わない準備は自由に進められます。むしろこの期間の使い方で、交付決定後のスピードが決まります。
| できること | できないこと |
|---|
| 専門家への相談、情報収集 | 専門家との有償契約の締結 |
| 見積の取得（登録FA・仲介業者からの相見積りを含む） | 発注書の発行 |
| 仕様・納期・支払い条件の確認 | 着手金・前払金の支払い |
| 社内の意思決定、稟議の準備 | 契約書への署名・押印 |
| 賃上げの社内表明（事業承継促進枠は公募申請時までに全従業員・役員へ表明していることが要件） | — |
| 証拠書類の保管ルールづくり | — |
| 資金繰りの手当て（補助金は後払いのため） | — |
契約前のセルフチェック
- 交付決定通知書を受け取っているか（採択通知ではないか）
- 契約日・発注日が交付決定日以降になるか
- 支払いが補助事業期間内に完了する見込みか
- 専門家活用枠なら、相手はM&A支援機関登録制度の登録業者か
- 相見積りは登録FA・仲介業者どうしで比較し、最低価格を提示した業者を選んでいるか
- 基本合意・最終契約が専門家契約の締結より後になるか
- 費目が枠の対象経費に該当するか（事業統合投資類型でDD費用や仲介手数料を混ぜていないか）
申請から入金までの全体像は申請の流れ、必要な準備物は必要書類の一覧、不採択の傾向は不採択の理由とよくある不備で解説しています。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。16次公募要領はVer.1.0（2026年9月4日開示）、日程は事務局公表の予定に基づいており変更される場合があります。個別の経費が補助対象になるかどうかは、該当する枠の公募要領および交付決定通知書の記載に従い、判断に迷う場合は事務局に確認してください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。
