熊本県の事業承継・M&A補助金2026｜窓口と16次公募
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公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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公募中 9件
熊本県の事業承継・M&A補助金 2026年最新情報
この記事の結論
熊本県で事業承継・M&A補助金を使うなら、承継の型（親族内・従業員・第三者M&A・廃業）で申請する枠が決まります。補助率は1/3〜2/3、電子申請はJグランツのみです。16次公募の申請締切は2026年11月6日。まずは熊本県の事業承継・引継ぎ支援センターで無料相談するのが近道です。
熊本県では半導体関連企業の進出を背景に、部品や設備を担う地場の中小企業でも事業承継やM&Aへの関心が高まっています。事業承継・M&A補助金は、親族内・従業員承継を支える事業承継促進枠、M&Aの専門家費用を補助する専門家活用枠、統合後の体制づくりを支えるPMI推進枠、事業をたたむ際の廃業・再チャレンジ枠の4つで構成され、半導体関連や製造業、農業、観光に携わる事業者が状況に応じて使い分けられます。相談窓口は熊本県事業承継・引継ぎ支援センター（熊本市中央区、熊本商工会議所内）のほか、熊本・八代・荒尾・人吉・水俣・本渡の各商工会議所、熊本県商工会連合会です。16次公募の申請受付は2026年10月2日から11月6日17時までの予定です。なお熊本県では採択事業者の自己負担額を軽減する県独自の上乗せ制度が案内されていますが、対象条件や最新の実施状況は熊本県の公式情報でご確認ください。申請にはGビズIDプライムアカウントの取得と、認定経営革新等支援機関による確認書の準備が必要です。
16次公募の申請締切
16次公募の申請締切は2026年11月6日です。電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行に時間がかかるため、締切から逆算して早めに準備してください。
事業承継・M&A補助金は令和7年度補正で4つの申請枠に分かれています。熊本県の事業者がどの枠に当てはまるかは、承継の相手と時期で決まります。
| 申請枠 | 補助上限 | 補助率 | 主な対象 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 上限800万〜1,000万円 | 1/3〜2/3 | 親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。 |
| 専門家活用枠 | 上限600万〜800万円（要件を満たす場合は最大2,000万円） | 1/3〜2/3 | 第三者へのM&A（譲渡・譲受）に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。 |
| PMI推進枠 | 公募要領で確認 | 1/3〜2/3 | M&Aの成立後に行う経営統合（PMI）の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 原則300万円 | 1/3〜2/3 | 事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。 |
熊本県の相談窓口（事業承継・引継ぎ支援センターほか）
熊本県で事業承継やM&Aの相談ができる公的な窓口です。事業承継・M&A補助金の申請前に、承継の型と使える枠をここで確認しておくと手戻りがありません。
事業承継・引継ぎ支援センターとは
国が全国の都道府県に設置している公的な相談窓口です。親族内承継の進め方から第三者への引継ぎ（M&A）の相手探しまで、無料で相談できます。全国の窓口は事業承継・引継ぎポータルサイトに一覧があります。
事業承継・引継ぎポータルサイト（中小企業庁）
事業承継・引継ぎ支援センターを探す
採択の状況と熊本県の実績
全国の直近の実績として、14次公募では申請512件に対して311件が採択され、採択率は60.7%でした（2026年5月15日発表）。
| 項目 | 値 |
|---|
| 公募回 | 14次 |
| 申請件数 | 512件 |
| 採択件数 | 311件 |
| 採択率 | 60.7% |
| 発表日 | 2026年5月15日 |
熊本県別の採択件数について
都道府県ごとの採択件数は、公募回ごとに公式サイトで採択者一覧が公表されます。本ページ作成時点で熊本県分の内訳を公式に確認できたものはありません。最新の採択者一覧は公式サイトでご確認ください。
事業承継・M&A補助金 公式サイト
4つの申請枠と熊本県での使い分け
4つの枠は「誰に引き継ぐか」「いつの費用か」で分かれます。承継前後の設備投資なら事業承継促進枠、M&Aの専門家費用なら専門家活用枠、成立後の経営統合ならPMI推進枠、たたむ費用なら廃業・再チャレンジ枠です。
専門家活用枠を使う前に
専門家活用枠では、M&A支援機関登録制度に登録された事業者（登録M&A支援機関）への費用であることが要件になる場合があります。契約前に登録の有無を公式の登録リストで確認してください。
事業承継促進枠の対象と熊本県での使いどころ
補助上限：上限800万〜1,000万円 補助率：1/3〜2/3
親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。
熊本県の事業者では、半導体・製造業を中心に相談が寄せられる枠です。対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わるため、申請前に公募要領で確認してください。
専門家活用枠の対象と熊本県での使いどころ
補助上限：上限600万〜800万円（要件を満たす場合は最大2,000万円） 補助率：1/3〜2/3
第三者へのM&A（譲渡・譲受）に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。
熊本県の事業者では、半導体・製造業を中心に相談が寄せられる枠です。対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わるため、申請前に公募要領で確認してください。
PMI推進枠の対象と熊本県での使いどころ
補助上限：公募要領で確認 補助率：1/3〜2/3
M&Aの成立後に行う経営統合（PMI）の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。
熊本県の事業者では、半導体・製造業を中心に相談が寄せられる枠です。対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わるため、申請前に公募要領で確認してください。
廃業・再チャレンジ枠の対象と熊本県での使いどころ
補助上限：原則300万円 補助率：1/3〜2/3
事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。
熊本県の事業者では、半導体・製造業を中心に相談が寄せられる枠です。対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わるため、申請前に公募要領で確認してください。
熊本県の業種別 事業承継のポイント
熊本県の主要産業（半導体・製造業・農業）で、事業承継・M&Aのときに問題になりやすい点と、対応する枠をまとめます。
熊本県の半導体：事業承継で使える枠
半導体関連の部品・装置メーカーでは、M&A後に生産ラインや検査工程を統合し、取引先の求める品質水準に合わせて設備を刷新する場面があります。PMI推進枠の事業統合投資類型は、補助率1/2以内（小規模事業者等は2/3以内）、上限800万円（賃上げ要件達成で1,000万円）を補助します。M&A仲介手数料やデュー・ディリジェンス費用、PMI専門家への手数料はこの類型の対象外です。M&A仲介手数料やデュー・ディリジェンス費用、PMI専門家への手数料はこの類型の対象外で、専門家活用枠側で別途申請する必要があります。
熊本県の製造業：事業承継で使える枠
製造業では、取引先の増産要請に単独で応えられない事業者を同業が譲り受け、生産能力を確保する動きが見られます。専門家活用枠（買い手支援類型）は経営資源を譲り受ける中小企業者等が対象で、補助対象経費の2/3以内、上限600万円（デュー・ディリジェンス費用の上乗せで最大800万円）です。デュー・ディリジェンスは専門家への依頼が実質必須とされ、自社実施分の費用は対象になりません。経営資源を譲り受ける際の表明保証保険料も補助対象に含まれますが、同一案件で買い手・売り手の双方が加入することはできません。詳細な要件は各公募要領で確認できます。
熊本県の農業：事業承継で使える枠
農業では家族経営の中で子や親族への承継を計画する事業者が多く見られます。事業承継促進枠は5年以内の親族内・従業員承継を予定する中小企業者等が対象で、小規模事業者等は補助対象経費の2/3以内・上限800万円（賃上げ要件を満たせば1,000万円）です。承継予定者には対象事業での3年以上の従事経験、または被承継者の親族であることなどの要件があります。また、対象会社は公募申請時点で3期分の決算・申告を終えていることが必要で、事業承継対象期間（申請受付終了日から5年後まで）に承継を終える見込みが高いことも要件になります。
熊本県の観光：事業承継で使える枠
観光関連の宿泊業では、後継者不在のまま外部の事業者へ事業を譲り渡す相談が増えています。専門家活用枠（売り手支援類型）は経営資源を譲り渡す中小企業者等が対象で、直近の営業利益率低下や赤字であれば補助対象経費の2/3以内、それ以外は1/2以内、上限600万円（デュー・ディリジェンス費用の上乗せで最大800万円）です。クロージングが実現しなければ上限額は縮小されます。クロージングが補助事業期間内に実現しなければ上限額は縮小され、原則デュー・ディリジェンス費用のみが補助対象になります。詳細な要件は各公募要領で確認できます。
熊本県での対象経費の使い方
対象経費の区分ごとに、熊本県の事業者からよくある使い方をまとめます。区分名は公募要領の表記に合わせています。
| 対象経費の区分 | 使い方 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 親族や従業員への承継を計画する事業者向けの枠です。経営権と所有権の両方を移転し、事業承継計画書について認定経営革新等支援機関の確認を受けることが前提になります。補助上限は800万円で、賃上げ要件（給与総額の伸び率3%以上）を満たせば1,000万円まで引き上げられます。 |
| 専門家活用枠 | M&Aで経営資源を譲り受ける、または譲り渡す際のFA・仲介費用やデュー・ディリジェンス費用を補助します。委託費のうちFA・仲介業務の報酬は、M&A支援機関登録制度に登録された業者への支払いに限り対象になります。専門家契約は交渉の進み具合（基本合意・最終契約）より前に結んでおく必要があり、契約が遅れると対象外になることがあります。 |
| PMI推進枠 | M&A成立後、生産設備やシステムを統合するための専門家費用や設備投資を補助します。PMI専門家活用類型は上限150万円、設備投資を伴う事業統合投資類型は上限800万円（賃上げ要件達成で1,000万円）です。対象となるM&Aはクロージングから原則3年以内の取組であることが要件で、グループ内の事業再編などは対象になりません。 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | M&Aで事業を譲り渡せなかった場合などに廃業費用を補助します。単独申請は上限300万円で、他の枠と併用する場合は主枠への上乗せとして申請でき、別枠への申請は不要です。廃業費用のみで単独に300万円を申請することはできず、再チャレンジ事業計画や事業費側の申請とセットであることが前提です。 |
交付決定の前に契約・発注した費用は対象外になります。見積の取得までは進めて構いませんが、契約は交付決定を待ってください。
熊本県独自の上乗せ制度
熊本県独自の上乗せ制度について
県独自の上乗せ制度は本ページ作成時点で公式に確認できたものはありません。
自治体の制度は年度ごとに新設・終了・要件変更があります。最新の状況は熊本県公式サイトの商工・産業振興担当課のページ、または熊本県の事業承継・引継ぎ支援センターでご確認ください。
熊本県で申請するときのコツ
熊本県で申請する事業者からよく出る論点をまとめました。
- 早期の相談は熊本県事業承継・引継ぎ支援センター（〒860-0022 熊本県熊本市中央区横紺屋町10 熊本商工会議所5階、096-311-5030）へ。承継計画づくりの支援を受けることは事業承継促進枠の加点事由にもなります。
- 専門家活用枠でFA・仲介費用を補助対象にするには、M&A支援機関登録制度に登録された業者への依頼が条件です。相見積りで最低価格を提示していない業者を選ぶと対象外になります。
- 16次公募の申請受付は2026年10月2日から11月6日17時までの予定です。公募要領は2026年9月4日に先行開示されており、受付開始前から準備を進められます。
- 申請にはGビズIDプライムアカウントが必須です。取得に1〜2週間、混雑期は3週間程度かかるため、早めの取得をおすすめします。
- どの枠も認定経営革新等支援機関による確認書が必要です。申請締切直前は依頼が集中し間に合わないことがあるため、熊本商工会議所など窓口に早めに相談しましょう。
申請前に必ず確認すること
- 電子申請はJグランツのみです。GビズIDプライムのアカウントを先に取得してください。
- 交付決定の前に契約・発注した費用は対象外です。
- 補助上限と対象経費は公募回ごとに変わります。数字は必ず最新の公募要領で確認してください。
