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農業法人の事業承継・M&A補助金|対象経費と申請のポイント

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農業法人の事業承継・M&A補助金 2026年ガイド

この記事の結論

農業法人の事業承継・M&Aでは、承継の相手と費用の時期で使う枠が変わります。補助率は1/3〜2/3、電子申請はJグランツのみ、16次公募の申請締切は2026年11月6日です。対象経費の区分は公募要領の表記どおりに整理してから申請してください。

農業法人は経営者の高齢化と後継者不在が全国的な課題となっている分野で、農地の利用権・所有権の整理や、JA・卸先との取引関係の維持が承継の実務上の焦点になります。法人の役員・従業員として実務経験を積んだ後継者が経営を引き継ぐ場合は事業承継促進枠、後継者不在で廃業を検討する近隣法人の農地利用権や設備を譲り受ける場合は専門家活用枠が選択肢になります。老朽化した農業機械やハウス設備の更新は、生産性向上要件の達成に向けた投資として事業計画に位置づけられます。ただし、譲り受ける農地・施設そのものの購入費用は補助対象外であり、農地法に基づく権利移転手続きは農業委員会や専門家への確認が別途必要です。また、専門家活用枠を利用する場合はFA・仲介業務に係る委託費の対象が登録M&A支援機関に限られるため、取引先の選定段階から登録状況を確認しておくことが実務上のポイントです。

申請枠補助上限補助率主な対象
事業承継促進枠上限800万〜1,000万円1/3〜2/3親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。
専門家活用枠上限600万〜800万円(要件を満たす場合は最大2,000万円)1/3〜2/3第三者へのM&A(譲渡・譲受)に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。
PMI推進枠公募要領で確認1/3〜2/3M&Aの成立後に行う経営統合(PMI)の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。
廃業・再チャレンジ枠原則300万円1/3〜2/3事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。

農業法人で使える対象経費と申請枠

農業法人の事業承継・M&Aで実際に相談の多い対象経費と、その使い方です。区分名は公募要領の表記に合わせています。金額は公募回ごとに変わるため、最新の公募要領で確認してください。

事業承継促進枠:農業法人での使い方

農業法人の役員として3年以上従事してきた家族外の従業員が代表を引き継ぐ

審査で効く理由

経営権・所有権の両方を移転する要件に沿った計画として整理しやすくなります

承継前の設備投資:農業法人での使い方

老朽化した農業機械やハウス設備を更新し、承継後の生産性を高める

審査で効く理由

付加価値額の伸び率3%/年の達成に向けた具体的な取り組みとして示せます

専門家活用枠(買い手支援):農業法人での使い方

後継者不在で廃業を検討する近隣の農業法人の農地利用権や設備を譲り受ける

審査で効く理由

買い手支援類型のDD費用で、農地の権利関係や契約状況を事前に確認できます

デューデリジェンス費用:農業法人での使い方

譲り受け予定の農業法人が保有する取引先(JA・卸先等)との契約状況を専門家に確認する

審査で効く理由

出荷契約の継続可否は承継後の収益性に直結するため重点確認事項になります

廃業費(原状回復・在庫処分):農業法人での使い方

統合に伴い不要となる倉庫の原状回復や在庫農産物の処分を行う

審査で効く理由

主枠と併用申請することで廃業に伴う費用を上乗せで計上できます

農業法人の事業計画で書くべき観点

農業法人で審査を通す事業計画には、次の観点を数字と根拠つきで書き込んでください。

  1. 農地の利用権・所有権の承継をどのように整理するか(専門家確認前提)
  2. 農業機械・施設への投資でどのように生産性・付加価値額を高めるか
  3. 承継予定者が対象法人での役員・従業員経験をどう積んできたか
  4. JA・卸先等との取引関係を承継後どう維持するか
  5. 農業法人としての要件(農地所有適格法人等)を承継後も満たし続けられるか
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農業法人で対象外になりやすい経費・不備

農業法人の申請で対象外と判断されやすい経費・書類の不備です。事前に潰しておくと差し戻しを避けられます。

つまずきやすい点

  • 譲り受ける農地・農業用施設そのものの購入費用は補助対象外
  • 交付決定前に発注・契約・支払いした農業機械の費用は対象外
  • 在庫農産物を売却して対価を得る場合、その処分費は廃業費の対象外
  • ファイナンスリース契約の中途解約金・違約金は対象外

共通の注意点

交付決定の前に契約・発注した費用は対象外です。見積の取得までは進めて構いませんが、契約は交付決定を待ってください。

専門家活用枠では、M&A支援機関登録制度に登録された事業者(登録M&A支援機関)への費用であることが要件になる場合があります。契約前に登録の有無を公式の登録リストで確認してください。

農業法人の申請前チェックリスト

農業法人で申請するときに揃えるものです。書類の不足は差し戻しの最大の原因です。

申請前チェックリスト

  • GビズIDプライムアカウント
  • 認定経営革新等支援機関による確認書
  • 直近3期分の決算書・申告書
  • 農地の利用権・所有関係を示す資料
  • 承継予定者の役員・従業員としての実績を示す書類
  • 農業機械・施設投資の見積書

GビズIDプライムは最初に取得する

電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行には時間がかかるため、16次公募の申請締切(2026年11月6日)から逆算して最初に手続きしてください。

農業法人の申請の流れ

農業法人が事業承継・M&A補助金を申請するときの一般的な流れです。詳細は公募回ごとの公募要領に従ってください。

  1. 事業承継・引継ぎ支援センターや顧問税理士に相談し、承継の型(親族内・従業員・第三者M&A・廃業)を固める
  2. 承継の型と費用の時期から、4つの枠のどれで申請するかを決める
  3. GビズIDプライムのアカウントを取得する
  4. 公募要領を読み、対象経費の区分ごとに見積を取得する
  5. 事業計画・必要書類を作成し、Jグランツから電子申請する
  6. 採択・交付決定を受けてから契約・発注する
  7. 事業を実施し、実績報告書を提出して補助金を受け取る

直近の採択実績

14次公募では申請512件に対して311件が採択され、採択率は60.7%でした(2026年5月15日発表)。

農業法人でよく使われる枠と経費については、それぞれの解説ページもあわせてご覧ください。

制度の全体像と申請の手順は、以下の記事で詳しく解説しています。

出典・参考リンク

本ページの制度情報は以下の公式情報にもとづいています(2026-09-10 確認)。補助上限・対象経費・締切は公募回ごとに変わるため、申請前に必ず公式の公募要領をご確認ください。

よくある質問(FAQ)

A農地の権利移転そのものにかかる譲受費用は補助対象経費ではありません。農地法に基づく手続きは農業委員会など所管窓口や専門家に確認してください。
A個人事業主も対象になり得ますが、開業届提出から5年経過していることなど個人事業主特有の要件があります。詳細は公募要領で確認してください。
A承継前の設備投資は事業承継促進枠、統合後の設備投資はPMI推進枠(事業統合投資類型)の対象になり得ます。時期と目的に応じて枠を選ぶ必要があります。
AM&Aで譲り渡せなかった場合の再チャレンジ申請として廃業・再チャレンジ枠(単独)が対象になり得ます。廃業費のみでの申請はできません。
A契約の継続可否は取引先(JA等)との協議事項であり本補助金の審査対象ではありませんが、事業計画で取引継続の見通しを示すことは実現可能性の説明に役立ちます。
A電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行には時間がかかるため、16次公募の申請締切(2026年11月6日)から逆算して早めに取得してください。
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本記事の監修

齊木祐介(株式会社ASI 代表取締役)

AI・ロボティクスの導入支援、補助金・助成金の活用支援、専門メディアの運営など複数事業を統括。実務で得た知見をもとに、本サイトの情報を監修しています(運営:株式会社ASI)。

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