事業承継・M&A補助金の加点事由と審査の観点
制度・仕組み
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
事業承継・M&A補助金の審査は、まず資格審査で対象者・対象事業・補助上限額等が要領に適合しているかを確認し、そのうえで書面審査に進みます。書面審査は外部有識者で構成される審査委員会が行います。
審査は2段階。加点の前に「対象かどうか」で決まる
事業承継・M&A補助金の審査は、まず資格審査で対象者・対象事業・補助上限額等が要領に適合しているかを確認し、そのうえで書面審査に進みます。書面審査は外部有識者で構成される審査委員会が行います。つまり、加点事由をいくつ持っていても、資格審査で不適合となれば書面審査の土俵に上がりません。
審査についての基本的な取扱い
- 審査結果（不採択理由）についての個別の問い合わせに、事務局は一切応じないとされています。
- 選考に係る審査料は徴収されません。
- 加点事由は申請時の自己申告です。該当するのに申告しなければ考慮されません。
この構造を理解すると、準備の優先順位が変わります。第一に自社が申請する枠の対象要件を満たしているかを詰め、第二に事業計画を4つの着眼点に沿って書き、第三に取りこぼしのないよう加点事由を棚卸しする、という順番です。加点だけを追いかけて枠の選択を誤ると、労力が無駄になります。
本記事の数値・制度名はすべて事業承継・M&A補助金事務局が開示した16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局サイトの採択結果告知にもとづきます。
資格審査と書面審査でチェックされること
2段階の審査で見られる内容は性質が異なります。資格審査は「該当するかしないか」の判定で、書面審査は「内容の説得力」の評価です。
| 段階 | 実施主体 | 見られること | 性質 |
|---|
| 資格審査 | 事務局 | 対象者に該当するか、対象事業に該当するか、補助上限額・下限額の範囲に収まっているか | 要件への適合の可否判定 |
| 書面審査 | 外部有識者で構成される審査委員会 | 取組の目的・必要性、実現可能性、収益性、継続性 | 相対的な評価 |
資格審査でつまずく代表例が、事業承継促進枠でM&Aによる第三者承継を計画しているケースです。事業承継促進枠は親族内承継・従業員承継等が対象で、M&Aによる第三者承継は対象外です。M&Aは専門家活用枠の管轄になります。枠の違いは4つの枠の違いで整理しています。
また、中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠しており、みなし大企業・みなし同一法人（親会社が議決権の50%超を持つ子会社等）は対象外です。社会福祉法人、医療法人、一般社団法人・一般財団法人、学校法人、農事組合法人、組合等の法人格、および法人格のない任意団体も対象外とされています。医療・介護分野の事業者は、この法人格の要件を最初に確認してください。
書面審査の4つの着眼点
16次公募要領は、書面審査の着眼点として次の4つを挙げています。事業計画書はこの4項目に答える文書だと考えると、書くべき内容が定まります。
| 着眼点 | 問われていること | 書き方の方向性 |
|---|
| 取組の目的・必要性 | なぜこの承継・M&A・投資が必要なのか | 現状の課題を具体的な事実で示し、その解決手段として今回の取組を位置づける |
| 取組の実現可能性 | 本当に実行できる体制と計画になっているか | 担当者、スケジュール、資金手当て、外部の支援者を具体的に書く |
| 取組の収益性 | 投資に見合う成果が出るか | 売上・原価・利益の見込みを、根拠となる数量や単価まで分解して示す |
| 取組の継続性 | 補助事業が終わった後も続くか | 承継後の体制、人材の確保、設備の維持・更新の考え方を書く |
事業承継促進枠とPMI推進枠 事業統合投資類型では、これに加えて生産性向上要件が課されます。補助事業期間を含む5年間の計画で、付加価値額または1人当たり付加価値額の伸び率が年3%以上向上する計画であることが求められます。付加価値額は営業利益・人件費・減価償却費の合計として定義されています。
この要件は「収益性」「継続性」の記述と直結します。5年間の数値計画を後付けで作ると、本文の説明と数字が噛み合わずに説得力を失います。計画の作り方は事業計画書の書き方で詳しく扱っています。
加点事由の一覧（枠によって使えるものが違う）
加点事由は枠ごとに一部異なります。特に事業承継促進枠にしかないもの、専門家活用枠やPMI推進枠に固有のものがあるため、自社が申請する枠の要領で確認してください。以下は16次公募要領から確認できる加点事由です。
| 加点事由 | 使える枠 | 準備にかかる目安 |
|---|
| 中小企業の会計に関する基本要領・指針の適用 | 各枠 | 会計処理の運用と証明 |
| 経営力向上計画の認定 | 各枠 | 計画作成と主務大臣の認定手続き |
| 経営革新計画の承認 | 各枠 | 計画作成と都道府県の承認手続き |
| 先端設備等導入計画の認定 | 各枠 | 計画作成と市区町村の認定手続き |
| （連携）事業継続力強化計画の認定 | 各枠 | 計画作成と経済産業局の認定手続き |
| 地域未来牽引企業 | 各枠 | 選定済みであること |
| 健康経営優良法人 | 各枠 | 認定済みであること |
| サイバーセキュリティお助け隊サービスの利用 | 各枠 | サービスの契約・利用 |
| ワーク・ライフ・バランス推進（えるぼし認定・くるみん認定等） | 各枠 | 認定済みであること |
| 賃上げ表明 | 各枠（率と効果が枠で異なる。次節参照） | 公募申請時までの社内表明 |
| 地域おこし協力隊 | 事業承継促進枠のみ | 該当者であること |
| アトツギ甲子園出場者（代表者予定者を含む） | 事業承継促進枠のみ | 出場実績 |
| 成長加速マッチングサービスの会員登録と挑戦課題登録 | 事業承継促進枠のみ | 登録手続き |
| 事業承継・引継ぎ支援センターまたは中小機構地域本部の支援を受けた事業承継計画書の策定 | 事業承継促進枠のみ | 支援機関への相談と計画策定 |
| 米国の追加関税措置により大きな影響を受けていること | 事業承継促進枠のみ（16次で新規追加） | 影響の説明 |
| 小規模事業者等に該当すること | 専門家活用枠 | 従業員数の要件確認のみ |
| デュー・ディリジェンス（DD）の実施 | PMI推進枠 | 専門家によるDDの実施 |
専門家活用枠では、アトツギ甲子園、地域おこし協力隊、成長加速マッチングサービス、事業承継・引継ぎ支援センターの支援による計画策定は加点事由に含まれていません。その代わり、小規模事業者等に該当すること自体が加点事由とされています。小規模事業者等の定義は、製造業その他が従業員20人以下、商業（卸売・小売）・サービス業が従業員5人以下、宿泊業・娯楽業が従業員20人以下です。
PMI推進枠では、DDの実施が加点事由として概要チラシに明記されています。買い手側でDDを外部の専門家に依頼する予定があるなら、加点と補助対象経費の両面で意味を持ちます。DD費用の扱いはデューデリジェンス費用の扱いを参照してください。
賃上げは「加点」と「上限引き上げ」で意味が変わる
加点事由のなかで最も扱いが複雑なのが賃上げです。枠によって、求められる率と、達成したときの効果が違います。
| 枠・類型 | 賃上げの率 | 効果 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 3%以上 | 補助上限額が800万円から1,000万円に引き上げ（加点と連動） |
| PMI推進枠 事業統合投資類型 | 3%以上 | 補助上限額が800万円から1,000万円に引き上げ（加点と連動） |
| 上記以外の枠 | 2%以上 | 加点事由 |
上限額の引き上げを狙う場合の要件は次のとおりです。補助事業完了日を含む事業年度（基準年度）から翌年度にかけて、従業員1人当たり給与支給総額の上昇率3%以上を達成すること。そして公募申請時までに全従業員および役員へ表明していること。この表明のタイミングが重要で、採択後や交付決定後に社内表明しても要件を満たしません。
未達だと引き上げ分は返還
- 賃上げ要件を達成できなかった場合、引き上げ額（最大200万円）の返還を求められます。
- 事業計画期間中の各年度末に水準を維持できない場合も同様の取扱いです。
- 800万円を超えて1,000万円までの部分は、補助率が一律1/2以内になります。
賃上げの対象となる従業員の範囲には細かい定義があります。パート・アルバイトを含む非正規雇用者は対象に含まれる一方、役員、同居の親族である従業員、30日未満の解雇予告で足りる者などは除外されるとされています。人数の数え方ひとつで上昇率が変わるため、要領の定義を読んだうえで試算してください。
賃上げを申告するかどうかは、200万円の上乗せと返還リスクを天秤にかける経営判断です。承継直後は人件費の見通しが立てにくい局面でもあります。上限額の全体像は補助率と上限額で確認できます。
採択率は4回連続で約6割
「事業承継・M&A補助金」の名称になった11次公募以降、採択率は安定しています。事務局が公表した申請件数と採択件数は次のとおりです。
| 公募回 | 申請件数 | 採択件数 | 採択率 |
|---|
| 11次（2025年5月9日〜6月6日受付・専門家活用枠のみ実施） | 590件 | 359件 | 60.8% |
| 12次（2025年8月22日〜9月19日受付） | 742件 | 453件 | 61.0% |
| 13次（2025年10月31日〜11月28日受付） | 481件 | 293件 | 60.9% |
| 14次（2026年2月27日〜4月3日受付） | 512件 | 311件 | 60.7% |
| 15次（2026年6月19日〜7月24日受付） | 採択日は2026年9月中旬以降（予定）。2026年9月11日時点で公式サイトに掲載を確認できません |
枠別の内訳も公表されています。枠によって申請件数の規模がかなり違うことが分かります。
| 公募回 | 事業承継促進枠 | 専門家活用枠 | PMI推進枠 | 廃業・再チャレンジ枠 |
|---|
| 12次 申請 | 250件 | 436件 | 55件 | 1件 |
| 12次 採択 | 152件 | 266件 | 34件 | 1件 |
| 13次 申請 | 182件 | 267件 | 32件 | — |
| 13次 採択 | 111件 | 163件 | 19件 | — |
| 14次 申請 | 169件 | 299件 | 43件 | 1件 |
| 14次 採択 | 103件 | 180件 | 27件 | 1件 |
約6割という水準は、他の中小企業向け補助金と比べて低いわけではありません。ただし裏を返せば、4割は不採択になっているということでもあります。件数の規模も、1回あたり数百件と決して大きくありません。採択率の推移は採択率の推移で詳しく扱っています。
なお、専門家活用枠は複数の公募回で「補助事業の特性に鑑み、採択者を非公表とする」と事務局が明記しています。採択企業の一覧を確認できる枠とできない枠があるため、「採択事例を調べる」というアプローチには限界があります。
点数以前に落ちる。資格審査でつまずく典型パターン
16次公募要領とFAQには、「実質的な事業承継が行われたとみなされない」例が具体的に列挙されています。加点を積む前に、この列挙に自社が当たっていないかを確認してください。
| 枠 | 対象とみなされない例 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 経営権と所有権のいずれの移転も伴わない代表者交代のみ |
| グループ内の事業再編 |
| 物品・不動産等のみを保有する事業の承継（売買を含む） |
| フランチャイズ契約またはそれに準ずるもの |
| 従業員等へののれん分け（またはそれに準ずるもの） |
| 休眠会社・事業実態が無い状態での代表者交代 |
| 設立間もない法人での代表者交代、開業直後の事業譲渡でその正当性が確認できない場合 |
| 合同会社の社員間での代表社員交代で経営者交代とみなされない場合 |
| PMI推進枠 | グループ内の事業再編 |
| 物品・不動産等のみの売買 |
| 親族間の事業承継 |
| 被承継者・株主と承継者が同族関係者・支配関係にある法人間の取引 |
| 承継後に承継者側の議決権が過半数に達しない場合（吸収分割・事業譲渡を除く） |
| 承継前から承継者側が既に議決権の過半数を保有していた場合 |
| 譲渡価格0円や株価1円など、取引価格の合理性が確認できない取引 |
| 事業譲渡で有機的一体の経営資源（設備・従業員・顧客等）の引継ぎが行われていない場合 |
事業承継促進枠にはさらに、公募申請時点で対象会社が3期分の決算・申告を完了していること（個人事業主は開業届の提出から5年経過していること）という要件があります。承継予定者にも、法人であれば役員として3年以上の経験、継続3年以上の雇用と業務従事、役員経験と従業員経験の通算3年以上、または被承継者の親族（六親等内の血族・配偶者・三親等内の姻族）で対象会社の代表経験が無い者、といういずれかの条件が課されます。
過去の補助金との関係でも失格になり得ます。経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金の交付を受け、かつ事業化状況報告の実施義務を履行していない場合は、本補助金への申請自体ができません。心当たりがあるなら、準備を始める前に確認してください。
16次公募に間に合う加点と、間に合わない加点
加点事由は、今から動いて間に合うものと、認定手続きに時間がかかって次回以降でないと使えないものに分かれます。16次公募の申請受付終了日は2026年11月6日(金)17:00です。ここから逆算して、現実的に手が届くものを優先してください。
| 加点事由 | 16次公募に向けた現実性 | 考え方 |
|---|
| 賃上げ表明 | 間に合う可能性が高い | 公募申請時までに全従業員・役員へ表明することが条件。社内の合意形成と表明の記録を残す |
| 小規模事業者等に該当すること（専門家活用枠） | 該当すれば即時 | 従業員数の要件を確認するだけで足ります |
| 成長加速マッチングサービスの会員登録と挑戦課題登録 | 登録手続きの所要期間による | 事業承継促進枠のみ。登録と課題登録の両方が必要 |
| 事業承継・引継ぎ支援センター等の支援を受けた事業承継計画書の策定 | 相談開始の時期による | 事業承継促進枠のみ。センターは全国47都道府県（東京都のみ2拠点で計48拠点）に設置 |
| サイバーセキュリティお助け隊サービスの利用 | 契約次第 | サービスを契約・利用していることが前提 |
| DDの実施（PMI推進枠） | 案件の進み方による | 専門家に依頼することが前提。自社で実施した場合は費用を計上できません |
| 経営力向上計画・経営革新計画・先端設備等導入計画・事業継続力強化計画の認定 | 認定手続きの期間を要する | それぞれ所管が異なり、申請から認定まで時間がかかります。次回以降を見据えて着手する選択肢もあります |
| 健康経営優良法人・えるぼし認定・くるみん認定 | 短期では困難 | 年間の申請サイクルがある認定制度です |
| 地域未来牽引企業・地域おこし協力隊・アトツギ甲子園出場者 | 該当していれば使える | 直前に作れる属性ではありません。該当の有無の確認が中心です |
センター支援は加点だけの話ではない
事業承継・引継ぎ支援センターは国が全国に設置した公的な相談窓口で、親族内承継と第三者承継（M&A）の双方に対応します。事業承継促進枠では、センターまたは中小機構地域本部の支援を受けた事業承継計画書の策定が加点事由とされています。加点のためだけでなく、承継の設計そのものを第三者の目で点検してもらえる点に価値があります。
加点を積み増すことに時間を使いすぎて、事業計画の中身が薄くなるのは本末転倒です。書面審査は4つの着眼点で計画そのものを評価します。加点は同点圏内での差であり、計画の説得力を代替するものではありません。センターの使い方は事業承継・引継ぎ支援センターの相談で扱っています。
経費の不備は加点で取り返せない
審査を通っても、経費の組み方が要領と合っていなければ補助対象額が削られます。横断的に対象外とされているものを整理します。
| 対象外となるもの | 該当する枠 |
|---|
| 事業承継に際して被承継者に支払う譲受費用（土地・資産の購入費用等） | 事業承継促進枠 |
| 売上原価に相当する経費 | 全枠共通 |
| M&A支援機関登録制度に未登録の業者へのFA・仲介手数料 | 専門家活用枠 |
| 相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合の当該費用 | 専門家活用枠 |
| M&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料 | PMI推進枠 事業統合投資類型 |
| 商品在庫等を売却して対価を得る場合の処分費 | 廃業費全般 |
| ファイナンスリース取引の解約に伴う解約金・違約金、リース資産の売買費用 | 廃業費全般 |
| 国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業 | 全枠共通 |
| 交付決定前に契約・発注した経費 | 全枠共通 |
専門家活用枠では、委託費のうちFA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象とされています。相見積りを取る相手も登録業者である必要があります。契約前に登録の有無を確認しておかないと、後から取り返しがつきません。手数料の扱いは仲介手数料の扱いにまとめています。
中間報酬・成功報酬については、その根拠となる基本合意書の締結や最終契約の締結が、補助事業期間内かつ専門家契約の締結後に行われている必要があります。専門家契約より前に基本合意・最終契約を結んでいた場合は原則として対象外で、覚書等で契約日を期間内に延長する行為も原則できません。
加点を申告した後に効いてくるルール
加点事由は申告して終わりではありません。特に賃上げは、事業化状況報告の時点で達成状況が確認されます。
| 状況 | 取扱い |
|---|
| 賃上げ加点を申告して交付決定を受けたが、事業化状況報告時点で未達 | 未達の報告から18か月間、中小企業庁が所管する他の補助金の申請で正当な理由なく大幅に減点 |
| 上限引き上げ（800万円から1,000万円）の要件が未達 | 引き上げ額（最大200万円）の返還 |
| 事業計画期間中の各年度末に賃上げ水準を維持できない | 同様に返還の対象 |
| 事業承継促進枠で、事業承継対象期間までに承継完了が確認できない | 原則として返還 |
| 専門家活用枠（100億企業特例）で、事業化状況報告時に被承継者の従業員数が実績報告時より減少 | 減少率に応じた返還 |
| 天災など補助事業者の責めに帰することができない理由がある場合 | 返還を求められません |
18か月の減点措置の対象として要領が挙げているのは、ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、IT導入支援事業、小規模事業者持続化補助金、事業承継・引継ぎ補助金、事業承継・M&A補助金、Go-Tech事業、事業再構築補助金、新事業進出補助金、中小企業省力化投資補助事業などです。1つの補助金での未達が、他の補助金の申請にまで影響する設計になっています。
事業承継促進枠の事業承継対象期間は、公募申請受付終了日から5年後までです。16次公募であれば2026年11月6日から2031年11月5日までとなり、この期間内に承継を完了する蓋然性が高いことを認定経営革新等支援機関が確認します。承継のスケジュールに無理があると、採択後に返還のリスクを抱えることになります。
加点を積むこと自体は有効ですが、維持できる約束だけを申告するのが結果的に安全です。事業化状況報告の実務は事業化状況報告、不採択時の考え方は不採択の理由で扱っています。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事の数値・要件は16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局サイトの公表内容にもとづきます。制度内容は変更される場合がありますので、申請前に各公式サイトで最新情報をご確認ください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。
