事業承継・M&A補助金の補助率と上限額｜4枠を一覧比較
制度・仕組み
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
事業承継・M&A補助金について調べていると、「上限800万円」「上限2,000万円」「上限450万円」といった数字がばらばらに出てきて混乱しがちです。原因ははっきりしていて、この補助金は4つの補助枠のうち2つが、さらに複数の類型に分かれているためです。
補助率と上限額を読み違えないための前提
事業承継・M&A補助金について調べていると、「上限800万円」「上限2,000万円」「上限450万円」といった数字がばらばらに出てきて混乱しがちです。原因ははっきりしていて、この補助金は4つの補助枠のうち2つが、さらに複数の類型に分かれているためです。とくに専門家活用枠は、16次公募でも3種類の公募要領PDFが別々に用意されています。「専門家活用枠は上限いくら」と一括りにした説明は、その時点で不正確になります。
この補助金の金額を語るときの3つの落とし穴
- 枠ではなく類型で決まる: 専門家活用枠は通常版・100億企業特例・小規模売り手支援類型で上限額が3系統ある
- 補助下限額がある: 事業承継促進枠とPMI推進枠 事業統合投資類型は100万円、その他の類型は50万円。少額の取組では使えない
- 上限額は精算後に確定する: 実費弁済の精算払いのため、見積より安く済めば実費分しか支払われない
本記事は16次公募（令和7年度補正予算）の公募要領Ver.1.0（2026年9月4日開示）に記載された数値を整理したものです。16次公募の申請受付期間は2026年10月2日（金）から2026年11月6日（金）17時までで、2026年9月11日時点では受付前です。枠そのものの違いは4つの枠の違い、制度全体は2026年 完全ガイドで解説しています。
全類型の補助率・補助下限額・補助上限額 一覧
16次公募の全類型を1枚の表にまとめます。数値はすべて各枠の公募要領（Ver.1.0）に記載されたものです。
| 枠・類型 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | 上乗せ |
|---|
| 事業承継促進枠（小規模事業者等以外） | 2分の1以内 | 100万円 | 800万円 | 賃上げ要件達成で1,000万円／廃業費併用+300万円 |
| 事業承継促進枠（小規模事業者等） | 3分の2以内 | 100万円 | 800万円 | 賃上げ要件達成で1,000万円／廃業費併用+300万円 |
| 専門家活用枠 買い手支援類型（通常） | 3分の2以内 | 50万円 | 600万円 | DD費用+200万円（合計800万円）／廃業費併用+300万円 |
| 専門家活用枠 売り手支援類型（通常） | 2分の1または3分の2以内 | 50万円 | 600万円 | DD費用+200万円（合計800万円）／廃業費併用+300万円 |
| 専門家活用枠 買い手支援類型（100億企業特例） | 1,000万円以下は2分の1、1,000万円超〜2,000万円は3分の1 | 50万円 | 2,000万円 | 廃業費併用+300万円 |
| 専門家活用枠 小規模売り手支援類型 | 3分の2以内 | なし | 450万円 | 廃業費併用+150万円 |
| PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | 2分の1以内 | 50万円 | 150万円 | 廃業費併用+300万円（単独申請の場合） |
| PMI推進枠 事業統合投資類型（小規模事業者等以外） | 2分の1以内 | 100万円 | 800万円 | 賃上げ要件達成で1,000万円／廃業費併用+300万円 |
| PMI推進枠 事業統合投資類型（小規模事業者等） | 3分の2以内 | 100万円 | 800万円 | 賃上げ要件達成で1,000万円／廃業費併用+300万円 |
| 廃業・再チャレンジ枠 再チャレンジ申請（単独） | 3分の2以内 | 50万円 | 300万円 | ー |
| 廃業・再チャレンジ枠 併用申請 | 他の補助事業枠の補助率に従う | 50万円 | 300万円 | ー |
この表だけで自社に当てはまる行が特定できない場合は、まず承継の形（親族内・従業員・第三者）から枠を絞り込んでください。親族内承継・従業員承継は事業承継促進枠、M&Aによる第三者承継は専門家活用枠、M&A後の統合はPMI推進枠が担当します。
事業承継促進枠の補助率と上限額（800万円超の扱い）
事業承継促進枠は、5年以内に親族内承継・従業員承継等を予定している中小企業者等が対象です。M&Aによる第三者承継は対象外で、その場合は専門家活用枠の管轄になります。
| 区分 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 |
|---|
| 通常（小規模事業者等以外） | 補助対象経費の2分の1以内 | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 小規模事業者等 | 補助対象経費の3分の2以内 | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 廃業・再チャレンジ枠との併用 | 事業費側の補助率に従う | ー | +300万円 |
見落とされやすいのが、800万円を超えて1,000万円までの部分は補助率が一律2分の1以内になるという規定です。小規模事業者等であっても、800万円を超える部分については3分の2ではなく2分の1が適用されます。したがって「小規模事業者等が賃上げ要件を達成して1,000万円を受け取る」ためには、単純に1,000万円を3分の2で割り戻した1,500万円の経費では足りません。
| 段階 | 補助金額 | 適用される補助率 | 必要な補助対象経費（小規模事業者等の場合） |
|---|
| 下限 | 100万円 | 3分の2 | 150万円 |
| 通常上限 | 800万円 | 3分の2 | 1,200万円 |
| 賃上げ上乗せ部分 | 800万円超〜1,000万円（最大200万円分） | 2分の1（一律） | 追加で400万円（合計1,600万円） |
また、事業承継促進枠には生産性向上要件があります。補助事業期間を含む5年間の計画で、付加価値額または従業員1人当たり付加価値額の伸び率を年3%以上向上させる計画であることが求められます。ここでいう付加価値額は「営業利益＋人件費＋減価償却費」で計算します。金額の大きさだけでなく、この計画が成り立つかどうかが枠の使いどころを左右します。
専門家活用枠は3系統（600万円・2,000万円・450万円）
専門家活用枠は16次公募でも3種類の公募要領PDFに分かれており、上限額の体系がそれぞれ独立しています。同一公募回で複数の類型に重複して申請することはできません。
| 類型 | 対象 | 補助率 | 補助上限額 |
|---|
| 買い手支援類型（Ⅰ型・通常） | 経営資源を譲り受ける予定の中小企業者等 | 3分の2以内 | 600万円（DD費用上乗せで最大800万円） |
| 売り手支援類型（Ⅱ型・通常） | 経営資源を譲り渡す予定の中小企業者等 | 2分の1または3分の2以内 | 600万円（DD費用上乗せで最大800万円） |
| 買い手支援類型（100億企業特例） | 将来売上高100億円を目指す買い手 | 1,000万円以下2分の1、1,000万円超〜2,000万円は3分の1 | 2,000万円 |
| 小規模売り手支援類型 | 小規模事業者等に該当する売り手 | 3分の2以内 | 450万円 |
売り手支援類型の補助率が3分の2になる条件
売り手支援類型（通常）は、次のいずれかに該当すれば補助率3分の2以内、非該当なら2分の1以内です。
- 物価高等の影響で営業利益率が直近事業年度またはその前年同時期と比べて低下している者
- 直近決算期の営業利益または経常利益が赤字の者
DD費用の200万円上乗せ
DD（デュー・ディリジェンス）費用は、通常版の買い手・売り手支援類型で600万円の上限に対して最大200万円が上乗せされ、合計800万円まで拡大します。ただし買い手支援類型ではDDの実施が実質的に必須化されており、専門家に依頼せず自社で実施した場合はDD費用を補助対象経費に計上できません。DD費用の扱いはデューデリジェンス費用と補助金で詳しく扱っています。
クロージングしなかった場合は上限が縮小する
補助事業期間内に経営資源の引継ぎ（クロージング）が実現しなかった場合、補助上限額は通常版で300万円、100億企業特例で300万円、小規模売り手支援類型で50万円に縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費となります。M&Aが成立しない可能性を前提に資金計画を立ててください。
なお、100億企業特例で不採択となっても、通常の買い手支援類型（800万円枠）に自動的に移行することはありません。改めて次回以降の公募で申請する必要があります。
PMI推進枠の2類型（150万円と800万円）
PMI推進枠は、M&A後の統合作業を支援する枠で、専門家に払う費用の類型と設備投資の類型に分かれています。上限額が10倍近く違うため、どちらで申請するかが金額に直結します。
| 類型 | 対象となる費用 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 |
|---|
| PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用費用 | 2分の1以内 | 50万円 | 150万円 |
| 事業統合投資類型 | 製造ラインやIT・会計システムの統合等、経営統合効果を高める設備投資 | 2分の1以内（小規模事業者等は3分の2以内） | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
事業統合投資類型で注意が必要なのは対象外経費です。委託費のうちM&A仲介手数料、DD費用、M&Aコンサルティング費用、PMI専門家への手数料は事業統合投資類型では対象外とされています。これらはPMI専門家活用類型または専門家活用枠側で申請する費用であり、設備投資の類型に混ぜて計上することはできません。
専門家活用枠との同時申請
専門家活用枠の買い手支援類型（Ⅰ型）とPMI推進枠のPMI専門家活用類型は、同一公募回で同時に申請できます。この場合、補助上限額は別立てで積み上がります。一方、専門家活用枠側のM&Aがクロージングしなかった場合はPMI推進枠側も補助対象外になる点には注意してください。
PMI推進枠の対象となるM&Aには要件があり、グループ内の事業再編、物品・不動産等のみの売買、親族間の事業承継、同族関係者間・支配関係のある法人間の取引は対象外です。単独申請の場合、公募申請時点でM&Aのクロージング日から3年以内の取組であることも要件になります。
廃業・再チャレンジ枠の上乗せ（最大300万円）
廃業・再チャレンジ枠は、単独で使う場合と他の枠に上乗せする場合で位置づけが変わります。上限額を計算するうえでは「上乗せ」の側を理解しておくことが重要です。
| 上乗せ先の枠・類型 | 主枠の補助上限額 | 廃業費の上乗せ額 | 合計の目安 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） | +300万円 | 最大1,300万円 |
| 専門家活用枠 買い手支援類型（通常） | 600万円（DD費用上乗せで800万円） | +300万円 | 最大1,100万円 |
| 専門家活用枠 売り手支援類型（通常） | 600万円（DD費用上乗せで800万円） | +300万円 | 最大1,100万円 |
| 専門家活用枠 買い手支援類型（100億企業特例） | 2,000万円 | +300万円 | 最大2,300万円 |
| 専門家活用枠 小規模売り手支援類型 | 450万円 | +150万円 | 最大600万円 |
| PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | 150万円 | +300万円（単独申請の場合） | 最大450万円 |
| PMI推進枠 事業統合投資類型 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） | +300万円 | 最大1,300万円 |
併用申請の場合、廃業・再チャレンジ枠として別に申請書を提出する必要はありません。主となる枠の申請の中で廃業費を計上します。補助率は上乗せ先の枠の補助率に従います。詳細は廃業・再チャレンジ枠の使い方で解説しています。
単独の再チャレンジ申請では補助率3分の2以内・補助下限額50万円・補助上限額300万円ですが、補助率3分の2をかけて50万円を下回る申請は受け付けられないため、実質的に補助対象経費75万円未満の申請はできません。
賃上げ要件で上限額が800万円から1,000万円になる仕組み
事業承継促進枠とPMI推進枠 事業統合投資類型では、賃上げ要件を満たすことで補助上限額が800万円から1,000万円に引き上げられます。ただし、これは「後から確認され、未達なら返還される」タイプの上乗せです。
| 項目 | 内容 |
|---|
| 要件の中身 | 補助事業完了日を含む事業年度（基準年度）から翌年度にかけて、従業員1人当たり給与支給総額の上昇率3%以上を達成すること |
| 事前の手続き | 公募申請時までに全従業員・役員へ賃上げを表明していること |
| 引き上げ幅 | 補助上限額が800万円から1,000万円へ（最大200万円） |
| 800万円超の部分の補助率 | 一律2分の1以内 |
| 未達の場合 | 引き上げ額（最大200万円）の返還を求められる |
| 維持義務 | 事業計画期間中の各年度末で水準を維持できない場合も返還の対象 |
賃上げ加点が未達だと他の補助金にも影響する
加点事由を申請して交付決定を受けたにもかかわらず、賃上げ等の要件が事業化状況報告で未達だった場合、未達の報告から18か月間、中小企業庁が所管する他の補助金の申請で正当な理由なく大幅に減点される取扱いがあります。対象にはものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、IT導入支援事業、小規模事業者持続化補助金、事業再構築補助金、新事業進出補助金、中小企業省力化投資補助事業などが挙げられています。
なお、賃上げ表明は事業承継促進枠とPMI推進枠 事業統合投資類型では3%以上で上限額引き上げと連動しますが、それ以外の枠では2%以上が加点事由として扱われます。加点事由の全体像は加点と審査の観点で整理しています。
補助率が上がる「小規模事業者等」の判定
事業承継促進枠とPMI推進枠 事業統合投資類型では、小規模事業者等に該当すると補助率が2分の1から3分の2に上がります。専門家活用枠では、小規模事業者等に該当すること自体が加点事由になっており、さらに小規模売り手支援類型という専用の類型も用意されています。判定基準は従業員数です。
| 業種 | 常時使用する従業員数の基準 |
|---|
| 製造業その他 | 20人以下 |
| 商業（卸売業・小売業） | 5人以下 |
| サービス業 | 5人以下 |
| 宿泊業・娯楽業 | 20人以下 |
従業員数が基準の境目にある企業では、判定を誤ると補助率が変わり、受け取れる金額が大きく動きます。数え方の細部は公募要領および中小企業基本法第2条の定義に従うため、認定経営革新等支援機関に確認したうえで申請してください。
そもそも申請できる法人格かどうか
中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠します。みなし大企業・みなし同一法人（親会社が議決権の50%超を持つ子会社等）は対象外です。また、社会福祉法人・医療法人・一般社団法人・一般財団法人・学校法人・農事組合法人・組合等の法人格、および法人格のない任意団体は対象外とされています。補助率を検討する前に、この入口を確認してください。
業種別の使い方は製造業の事業承継と補助金や飲食店の事業承継と補助金などで個別に整理しています。
実際に受け取れる金額の計算（モデルケース）
補助率と上限額から受取額を計算する手順を、モデルケースで確認します。以下は計算方法を示すための例であり、採択や補助額を保証するものではありません。
| ケース | 枠・類型 | 補助対象経費 | 補助率 | 計算上の補助金額 |
|---|
| A | 事業承継促進枠（小規模事業者等） | 900万円 | 3分の2 | 600万円 |
| B | 事業承継促進枠（小規模事業者等以外） | 900万円 | 2分の1 | 450万円 |
| C | 事業承継促進枠（小規模事業者等） | 1,500万円 | 3分の2だが上限適用 | 800万円（賃上げ要件未達成の場合） |
| D | 専門家活用枠 買い手支援類型（通常） | 750万円（うちDD費用150万円） | 3分の2 | 500万円 |
| E | 専門家活用枠 小規模売り手支援類型 | 600万円 | 3分の2 | 400万円 |
| F | PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | 400万円 | 2分の1 | 200万円だが上限適用で150万円 |
| G | 事業承継促進枠（小規模事業者等） | 120万円 | 3分の2 | 80万円。補助下限額100万円に届かず申請不可 |
計算の順序は「補助対象経費 × 補助率」を求め、その額を補助上限額と比べて低い方を採用し、補助下限額を下回っていないかを確認する、という3ステップです。ケースGのように、経費が小さいと下限額に届かず申請そのものができません。
上限額は入金額ではない
事業承継・M&A補助金は実費弁済（精算払い）です。交付決定後に事業を実施し、実績報告を提出し、事務局の書類審査・現地調査等を経て補助金額が確定してから支払われます。見積より安く済んだ場合は実費分のみが支払われ、超過交付があれば返還命令の対象となり、未納の場合は年利10.95%の延滞金が発生します。
実績報告から入金までの流れは実績報告と精算の進め方にまとめています。
上限額が縮小・返還されるケース
公募要領には、いったん決まった上限額が縮小されたり、支払われた補助金の返還を求められたりするケースが明記されています。金額を計画に織り込む前に、必ず確認しておくべき項目です。
| ケース | 該当する枠・類型 | 結果 |
|---|
| 補助事業期間内にクロージングが実現しなかった | 専門家活用枠（通常版・100億企業特例） | 上限額300万円に縮小。原則DD費用のみが補助対象経費 |
| 補助事業期間内にクロージングが実現しなかった | 専門家活用枠 小規模売り手支援類型 | 上限額50万円に縮小 |
| 事業承継対象期間までに承継完了が確認できない | 事業承継促進枠 | 原則返還 |
| 賃上げ要件が未達 | 事業承継促進枠、PMI推進枠 事業統合投資類型 | 引き上げ額（最大200万円）の返還 |
| 事業化状況報告で被承継者の従業員数が実績報告時より減少 | 専門家活用枠（100億企業特例） | 減少率に応じた返還 |
| 専門家活用枠側のM&Aがクロージングしなかった | PMI推進枠（同時申請の場合） | PMI推進枠側も補助対象外 |
| 実績報告を正当な理由なく期限までに提出しない | 全枠 | 原則、交付決定の取消し |
事業承継促進枠の「事業承継対象期間」は、公募申請受付終了日から5年後までを指します。16次公募であれば2026年11月6日から2031年11月5日までです。この期間内に承継を完了する蓋然性が高いことについて、認定経営革新等支援機関の確認が必要です。
なお、いずれのケースでも「天災など補助事業者の責めに帰することができない理由」がある場合には返還を求めないとされています。
事業化状況報告の期間は枠で異なる
- 事業承継促進枠: 補助事業完了後5年間（合計6回）
- PMI推進枠 事業統合投資類型: 補助事業完了後5年間（合計6回）
- 専門家活用枠（買い手・売り手・小規模売り手）: 補助事業完了後3年間（合計4回）
- PMI推進枠 PMI専門家活用類型: 補助事業完了後3年間（合計4回）
- 廃業・再チャレンジ枠: 補助事業完了後1年間（合計2回）
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事の数値は16次公募の各枠公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）に基づいています。制度内容・金額・日程は変更される場合がありますので、申請前に必ず各公式サイトで最新情報をご確認ください。本記事の計算例はモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。
