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クリニック・医療法人の事業承継・M&A補助金2026|対象範囲

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クリニック・医療法人の事業承継・M&A補助金 2026年ガイド

この記事の結論

クリニック・医療法人の事業承継・M&Aでは、承継の相手と費用の時期で使う枠が変わります。補助率は1/3〜2/3、電子申請はJグランツのみ、16次公募の申請締切は2026年11月6日です。対象経費の区分は公募要領の表記どおりに整理してから申請してください。

クリニックの事業承継では、開設者の高齢化により後継者を探す動きが増えていますが、事業承継・M&A補助金は中小企業者等を対象とする制度であり、医療法人格を持つ医療法人はこの中小企業者等の定義から除外されているため、本補助金の対象にはなりません。個人事業主として開業しているクリニック(法人化していない診療所)であれば、承継予定者の要件を満たすことで事業承継促進枠や専門家活用枠の対象になり得ます。医療法人の事業承継・M&Aをお考えの場合は、本補助金以外の制度の活用や、医業経営に詳しい専門家への相談を検討してください。本ページでは、個人開業クリニックが承継・M&Aを行う際に本補助金をどう使えるかを中心に解説します。開設形態の判断に迷う場合は、申請前に認定経営革新等支援機関へ確認することをお勧めします。

申請枠補助上限補助率主な対象
事業承継促進枠上限800万〜1,000万円1/3〜2/3親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。
専門家活用枠上限600万〜800万円(要件を満たす場合は最大2,000万円)1/3〜2/3第三者へのM&A(譲渡・譲受)に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。
PMI推進枠公募要領で確認1/3〜2/3M&Aの成立後に行う経営統合(PMI)の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。
廃業・再チャレンジ枠原則300万円1/3〜2/3事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。

クリニック・医療法人で使える対象経費と申請枠

クリニック・医療法人の事業承継・M&Aで実際に相談の多い対象経費と、その使い方です。区分名は公募要領の表記に合わせています。金額は公募回ごとに変わるため、最新の公募要領で確認してください。

事業承継促進枠:クリニック・医療法人での使い方

個人開業のクリニックで、院長の子や長年勤務した後継医師が開設者としての地位を引き継ぐ場面

審査で効く理由

個人事業主の承継として、被承継者と承継予定者の共同申請要件や実務経験要件を満たせることを具体的に示しやすいため

専門家活用枠(売り手支援類型):クリニック・医療法人での使い方

後継者不在の個人開業クリニックを、法人化せず個人事業主として引き継ぐ意思のある医師に譲渡する場面

審査で効く理由

患者基盤や診療設備など経営資源の引継ぎ内容を具体的に説明できるため

DD費用:クリニック・医療法人での使い方

譲渡・譲受にあたり、未収診療報酬やリース債務、労務状況を専門家に確認してもらう場面

審査で効く理由

買い手支援類型ではDD実施が実質的に必須とされ、取組の実現可能性を裏付ける材料になるため

委託費:クリニック・医療法人での使い方

クリニックの譲渡先探しや契約交渉を登録M&A支援機関のFAに依頼する場面

審査で効く理由

登録支援機関への支払いのみが対象経費となるため、専門性の高い交渉の必要性を説明しやすいため

廃業支援費:クリニック・医療法人での使い方

承継先が見つからず閉院する個人開業クリニックが、診療設備の廃棄や内装の原状回復を行う場面

審査で効く理由

廃業・再チャレンジ枠の対象経費として、閉院に伴う実費の必要性を具体的に説明できるため

クリニック・医療法人の事業計画で書くべき観点

クリニック・医療法人で審査を通す事業計画には、次の観点を数字と根拠つきで書き込んでください。

  1. クリニックの開設形態が個人事業主であること(医療法人でないこと)を明確にし、対象要件を満たすことを事業計画の前提として示す。
  2. 承継予定者(医師等)の勤務年数・診療実績を具体的に書く。
  3. 患者基盤・診療設備・スタッフの引継ぎ計画を事業計画に明記する。
  4. 承継後5年間の付加価値額の伸び率3%/年を、診療体制の維持・拡充計画とあわせて示す。
  5. 開設者変更にともなう保健所等への届出手続きは、本補助金の申請要件とは別に専門家に確認したうえで計画に反映する。
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クリニック・医療法人で対象外になりやすい経費・不備

クリニック・医療法人の申請で対象外と判断されやすい経費・書類の不備です。事前に潰しておくと差し戻しを避けられます。

つまずきやすい点

  • 医療法人格を持つ医療法人は中小企業者等の定義から除外されており、本補助金の対象外である。
  • 交付決定前に医療機器やシステムを発注・契約すると対象外になる。
  • 診療設備や不動産のみを保有する事業の譲渡は実質的な事業承継と認められない場合がある。
  • 未登録のFA・仲介業者への委託費は対象外になる。

共通の注意点

交付決定の前に契約・発注した費用は対象外です。見積の取得までは進めて構いませんが、契約は交付決定を待ってください。

専門家活用枠では、M&A支援機関登録制度に登録された事業者(登録M&A支援機関)への費用であることが要件になる場合があります。契約前に登録の有無を公式の登録リストで確認してください。

クリニック・医療法人の申請前チェックリスト

クリニック・医療法人で申請するときに揃えるものです。書類の不足は差し戻しの最大の原因です。

申請前チェックリスト

  • 開設形態が個人事業主であることを示す開業届・確定申告書の写し
  • 直近3期分の決算書・確定申告書
  • 承継予定者(医師等)の勤務実績を確認できる資料
  • 認定経営革新等支援機関による確認書
  • GビズIDプライムアカウント
  • 対象経費の見積書(医療機器・システム・委託費・保険料等)

GビズIDプライムは最初に取得する

電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行には時間がかかるため、16次公募の申請締切(2026年11月6日)から逆算して最初に手続きしてください。

クリニック・医療法人の申請の流れ

クリニック・医療法人が事業承継・M&A補助金を申請するときの一般的な流れです。詳細は公募回ごとの公募要領に従ってください。

  1. 事業承継・引継ぎ支援センターや顧問税理士に相談し、承継の型(親族内・従業員・第三者M&A・廃業)を固める
  2. 承継の型と費用の時期から、4つの枠のどれで申請するかを決める
  3. GビズIDプライムのアカウントを取得する
  4. 公募要領を読み、対象経費の区分ごとに見積を取得する
  5. 事業計画・必要書類を作成し、Jグランツから電子申請する
  6. 採択・交付決定を受けてから契約・発注する
  7. 事業を実施し、実績報告書を提出して補助金を受け取る

直近の採択実績

14次公募では申請512件に対して311件が採択され、採択率は60.7%でした(2026年5月15日発表)。

クリニック・医療法人でよく使われる枠と経費については、それぞれの解説ページもあわせてご覧ください。

制度の全体像と申請の手順は、以下の記事で詳しく解説しています。

出典・参考リンク

本ページの制度情報は以下の公式情報にもとづいています(2026-09-10 確認)。補助上限・対象経費・締切は公募回ごとに変わるため、申請前に必ず公式の公募要領をご確認ください。

よくある質問(FAQ)

A医療法人は中小企業者等の定義から除外されており、本補助金の対象外です。
A個人事業主として開業しているクリニックであれば、承継予定者の要件等を満たすことで対象になり得ます。
A本ページの情報源では確認できていません。税理士や医業経営に詳しい専門家にご相談ください。
A専門家活用枠にはDD費用が対象経費として含まれ、買い手支援類型ではDD実施が実質的に必須とされています。
A廃業・再チャレンジ枠の対象経費に廃業支援費・原状回復費が含まれます。
A電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行には時間がかかるため、16次公募の申請締切(2026年11月6日)から逆算して早めに取得してください。
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本記事の監修

齊木祐介(株式会社ASI 代表取締役)

AI・ロボティクスの導入支援、補助金・助成金の活用支援、専門メディアの運営など複数事業を統括。実務で得た知見をもとに、本サイトの情報を監修しています(運営:株式会社ASI)。

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