この記事の結論
IT・ソフトウェア分野の会社がこの補助金を使う場面は、おおむね3つに整理できます。受託開発会社の社長が引退して社内の役員に譲るケース、技術と人材を求めて他社を買収するケース、そして事業を大手やファンドに譲渡するケースです。
IT企業がこの補助金を検討する3つの場面
IT・ソフトウェア分野の会社がこの補助金を使う場面は、おおむね3つに整理できます。受託開発会社の社長が引退して社内の役員に譲るケース、技術と人材を求めて他社を買収するケース、そして事業を大手やファンドに譲渡するケースです。それぞれ使う枠が違います。
| 場面 | 使う枠 | 補助率 | 補助上限額 |
|---|
| 創業者が子・親族に会社を継がせる | 事業承継促進枠 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 創業者が役員・従業員に会社を継がせる | 事業承継促進枠 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 他社を買収して技術・人材を取り込む | 専門家活用枠 買い手支援類型 | 2/3以内 | 600万円（DD費用上乗せで800万円） |
| 売上高100億円を目指す買い手として買収する | 専門家活用枠 買い手支援類型（100億企業特例） | 1,000万円以下は1/2、1,000万円超2,000万円までは1/3 | 2,000万円 |
| 自社または一事業を譲渡する | 専門家活用枠 売り手支援類型 | 1/2または2/3以内 | 600万円（DD費用上乗せで800万円） |
| 買収後に開発・会計システムを統合する | PMI推進枠 | 1/2以内（事業統合投資類型の小規模事業者等は2/3以内） | 専門家活用類型150万円／事業統合投資類型800万円 |
枠選びで間違えやすい点
- 事業承継促進枠はM&Aによる第三者承継を対象外としています。親族でも自社の従業員でもない相手に譲る場合は専門家活用枠です。
- 事業承継促進枠は、専門家活用枠・PMI推進枠との同一公募回での申請ができません。
- 専門家活用枠の3種（通常版・100億企業特例・小規模売り手支援類型）は、互いに同一公募回での重複申請ができません。
- 専門家活用枠の買い手支援類型とPMI推進枠のPMI専門家活用類型は、同一公募回での同時申請が可能です。
買い手として使う場合の上限額と100億企業特例
IT企業がエンジニアの確保や技術の取り込みを目的に他社を買う場合、専門家活用枠の買い手支援類型が該当します。ここには通常版と100億企業特例の2つの体系があります。
| 類型 | 対象 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | DD費用上乗せ |
|---|
| 買い手支援類型（Ⅰ型・通常） | 経営資源を譲り受ける予定の中小企業等 | 2/3以内 | 50万円 | 600万円 | 200万円（合計800万円） |
| 買い手支援類型（100億企業特例） | 将来売上高100億円を目指す買い手 | 1,000万円以下は1/2、1,000万円超2,000万円までは1/3 | 50万円 | 2,000万円 | DD費用のみで申請するケースの規定あり |
100億企業特例を選ぶときの注意
- 通常版の800万円枠と100億企業特例は、同一公募回での同時申請ができません。どちらか一方を選ぶ必要があります。
- 100億企業特例で不採択になっても、通常の買い手支援類型（800万円枠）へ自動的に移行しません。次回以降に改めて申請することになります。
- 100億企業特例では、事業化状況報告で被承継者の従業員数が実績報告時より減少していた場合、減少率に応じた返還が定められています。買収した会社のエンジニアが離職した場合の影響を、事前に想定しておく必要があります。
補助率の違いも実額に効きます。通常版は2/3以内で上限600万円（DD費用の上乗せを含めて800万円）、100億企業特例は1,000万円以下の部分が1/2、1,000万円超2,000万円までの部分が1/3です。仲介手数料を含めた総額の見込みが小さいなら通常版の2/3のほうが有利になることもあります。想定される補助対象経費の総額を先に置いてから、どちらを選ぶかを決めてください。
専門家活用枠の対象経費とIT企業での当てはめ
専門家活用枠の対象経費は、謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料（表明保証保険）の6区分です。IT企業のM&Aでは、この6区分それぞれに現実的な当てはめがあります。
| 区分 | IT企業での典型的な内容 | 注意点 |
|---|
| 委託費 | FA・仲介業者への相談料・着手金・中間報酬・成功報酬 | M&A支援機関登録制度に登録された業者への支払いのみが対象 |
| 委託費・外注費 | 財務・法務・税務のデュー・ディリジェンス | 買い手支援類型ではDD実施が実質必須化されており、自社実施ではDD費用を計上できない |
| 謝金 | 専門家への相談・助言に対する謝礼 | 要領の単価・上限の規定にしたがう |
| 旅費 | 相手先の拠点訪問等に要する交通費 | 要領の規定にしたがう |
| システム利用料 | M&Aのマッチングや手続きに用いるシステムの利用料 | 要領の規定にしたがう |
| 保険料 | 表明保証保険の保険料 | 買い手支援類型では買い手が手配した保険料、売り手支援類型では売り手が手配した保険料が対象。同一案件で買い手・売り手が重複加入することは不可 |
IT企業のM&Aでは、対象資産の多くが無形です。ソースコードの権利関係、オープンソースライセンスの取扱い、受託契約に含まれる知的財産の帰属、業務委託で参加していた開発者の権利処理。これらはデュー・ディリジェンス（DD）で洗い出す論点です。
DDは買い手にとって実質的に必須
- 買い手支援類型ではDDの実施が実質必須化されており、専門家に依頼せず自社で実施した場合はDD費用を補助対象経費に計上できません。社内の法務担当が調査する形では、その工数を経費にできないということです。
- DD費用の上乗せにより、通常版の上限は600万円から800万円になります。
- PMI推進枠では、DDの実施が加点事由とされています。
- 売り手側でもDDの実施と費用の計上は可能ですが、実務上のケースは限定的とされています。
DD費用の扱いはデューデリジェンス費用と補助金、表明保証保険は表明保証保険の扱いで詳しく整理しています。
仲介手数料が1円も認められないパターン
IT企業のM&Aでは、マッチングプラットフォームや仲介会社を使う例が多くあります。ここには厳格な条件があり、外すと手数料が全額対象外になります。
| 条件 | 内容 | 外した場合 |
|---|
| 業者の登録 | FA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象 | 未登録業者への支払いは全額対象外 |
| 相見積りの相手 | 相見積りの相手も登録FA・仲介業者である必要がある | 要件を満たさない |
| 相見積りの選定 | 相見積りで最低価格を提示した業者を選ぶ必要がある | 最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外 |
| 契約の順序 | 中間報酬の根拠となる基本合意書の締結、成功報酬の根拠となる最終契約の締結が、補助事業期間内に、かつ専門家契約の締結後に行われていること | 専門家契約より前に基本合意・最終契約を結んでいた場合は原則対象外。覚書等で契約日を期間内に延長する行為も原則不可 |
とくに4つ目が曲者です。IT業界では、経営者同士がすでに話を進めていて、あとから仲介会社を立てるという順序が起こりがちです。しかしその場合、専門家契約の締結前に基本合意や最終契約が成立していると、報酬は原則として補助対象になりません。補助金を使うなら、専門家との契約を先に、交渉の節目を後にという順序を守る必要があります。
登録の有無はM&A支援機関登録制度のサイトで検索できます。同制度に登録した機関からの報告ベースの中小M&A件数は、2022年度が譲渡側4,036件・譲受側3,871件、2023年度が譲渡側4,681件・譲受側4,505件、2024年度が譲渡側4,940件・譲受側4,708件と公表されています。この数字は登録支援機関経由の報告ベースであり、日本の中小M&A全体の件数ではない点に注意してください。報酬体系の目安としては、譲渡額（または移動総資産額）5億円以下が5%、5億円超10億円以下が4%、以降段階的に逓減するレーマン方式が同ページで示されています。
また、補助事業期間内に経営資源引継ぎ（クロージング）が実現しなかった場合、上限額は通常版と100億企業特例で300万円、小規模売り手支援類型で50万円に縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費になります。手数料の全体像はM&A仲介手数料と補助金、登録制度そのものは登録M&A支援機関とはをご覧ください。
システム統合はPMI推進枠の中心的な用途
PMI推進枠の事業統合投資類型は、要領が対象として製造ラインやIT・会計システムの統合等、経営統合効果を高める設備投資を挙げています。IT企業の買収後に発生する、開発環境・ソースコード管理・勤怠と原価管理・会計システムの統合は、この類型の想定にそのまま当てはまります。
| 類型 | 対象 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | 事業化状況報告 |
|---|
| PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用費用 | 1/2以内 | 50万円 | 150万円 | 補助事業完了後3年間（合計4回） |
| 事業統合投資類型 | 製造ラインやIT・会計システムの統合等、経営統合効果を高める設備投資 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） | 補助事業完了後5年間（合計6回） |
事業統合投資類型に入れてはいけない費用
- M&A仲介手数料、DD費用、M&Aコンサルティング費用、PMI専門家への手数料は対象外です。これらはPMI専門家活用類型または専門家活用枠の側で申請します。
- 同じ「M&A関連費用」でも、申請する類型を間違えると認められません。見積を取る前に、どの区分で計上するかを決めてください。
PMI推進枠で対象となるM&Aには要件があります。公募申請時点でクロージング日から3年以内の取組であること（単独申請の場合）、同時申請（専門家活用枠と同一回で申請）の場合は交付申請時点で対象M&Aが最終契約済みであることです。そして次のものは対象外とされています。
- グループ内の事業再編
- 物品・不動産等のみの売買
- 親族間の事業承継
- 同族関係者間・支配関係のある法人間の取引
- 承継後に承継者側の議決権が過半数に達しない場合（吸収分割・事業譲渡を除く）
- 譲渡価格0円や株価1円など取引価格の合理性が確認できない取引
- 事業譲渡で有機的一体の経営資源（設備・従業員・顧客等）の引継ぎが行われていない場合
- 休眠会社・事業実態が無い会社でのM&A
IT業界で特に気をつけたいのが、事業譲渡では不動産業以外でも原則として常時使用する従業員1名以上の引継ぎが必要とされている点と、譲渡価格0円や株価1円など取引価格の合理性が確認できない取引が対象外とされている点です。赤字のプロダクトを実質無償で引き取る、コードとドメインだけを買って開発者は引き継がない、といった取引はいずれの規定にも触れる可能性があります。
PMI専門家の要件も定められています。金融機関（関連会社を含む）または弁護士・公認会計士・税理士・中小企業診断士・経営コンサルタント等です。不正が発覚した場合は所属先名称に加えて専門家個人名が公表されます。なお、専門家活用枠側のM&Aがクロージングしなかった場合、PMI推進枠側も補助対象外になります。詳細はPMI推進枠の解説をご覧ください。
IT企業は小規模事業者等に当たりにくい
補助率が1/2か2/3かを分ける小規模事業者等の定義は、次の3区分です。
| 業種区分 | 常時使用する従業員の基準 |
|---|
| 製造業その他 | 20人以下 |
| 商業（卸売業・小売業）・サービス業 | 5人以下 |
| 宿泊業・娯楽業 | 20人以下 |
情報サービス業・ソフトウェア業はサービス業の区分で判定されるのが一般的で、その場合は常時使用する従業員5人以下という基準になります。エンジニア10人規模の受託開発会社は該当しません。事業承継促進枠やPMI推進枠の事業統合投資類型では補助率1/2以内、上限800万円（賃上げ要件達成で1,000万円）という前提で資金計画を立ててください。自社がどの区分に当たるかの判定は公募要領の記載にしたがってください。
逆に、代表とエンジニア数名という小規模な会社であれば、小規模事業者等として補助率2/3が適用される可能性があります。売り手側では上限450万円・補助率2/3の小規模売り手支援類型も選択肢になります（通常の売り手支援類型との同時申請は不可）。また専門家活用枠では、小規模事業者等に該当すること自体が加点事由とされています。
なお、申請資格である中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠しており、業種別に資本金・従業員数の基準が定められています。親会社が議決権の50%超を持つ子会社等（みなし大企業・みなし同一法人）は対象外です。ベンチャーキャピタルや事業会社からの出資を受けているIT企業は、資本構成と議決権比率を先に確認してください。出資比率によっては申請そのものができません。
創業者から社内へ引き継ぐ場合の事業承継促進枠
M&Aではなく、創業者が社内の役員や子に会社を引き継ぐ場合は事業承継促進枠です。5年以内に親族内承継・従業員承継等を予定している中小企業者等が対象となります。
| 項目 | 要件 |
|---|
| 承継予定者（法人の場合） | ①対象会社の役員として3年以上の経験、②対象会社に継続3年以上雇用され業務に従事、③役員経験と従業員経験の通算3年以上、④被承継者の親族（六親等内の血族・配偶者・三親等内の姻族）であり対象会社の代表経験が無い者、のいずれか |
| 会社の決算 | 公募申請時点で3期分の決算・申告を完了していること（個人事業主は開業届提出から5年経過） |
| 移転する権利 | 経営権と所有権（株式・持分等）の両方が被承継者から承継者へ譲渡されること |
| 承継の期限 | 公募申請受付終了日から5年後まで（16次公募なら2031年11月5日まで）に承継を完了する蓋然性が高いこと |
| 生産性向上要件 | 5年間の計画で付加価値額または1人当たり付加価値額の伸び率を年3%向上させる計画であること |
| 賃上げ要件（上限引き上げ） | 補助事業完了日を含む事業年度から翌年度にかけて従業員1人当たり給与支給総額の上昇率3%以上を達成し、公募申請時までに全従業員・役員へ表明 |
IT企業の従業員承継では、CTOや開発責任者が後継者になるケースがよくあります。その場合、役員としての在任期間または従業員としての勤務期間が3年以上あるかを確認してください。また創業者が株式の大半を持ったまま代表だけを交代する形は、経営権と所有権の両方の移転という要件を満たしません。株式の移転方法と資金手当てを、承継計画の中で設計する必要があります。
対象外になりやすい形
- 経営権と所有権のいずれもの移転を伴わない代表者交代のみ
- グループ内の事業再編
- 設立間もない法人での代表者交代、開業直後の事業譲渡でその正当性が確認できない場合
- 合同会社の社員間での代表社員交代で経営者交代とみなされない場合
- 休眠会社・事業実態が無い状態での代表者交代
合同会社の項目は、IT業界では見過ごせません。少人数のソフトウェア開発会社が合同会社を選んでいることは珍しくなく、その場合の代表社員の交代が経営者交代とみなされるかは個別の判断になります。事前に認定経営革新等支援機関や事務局へ確認してください。
どの枠でも共通する手続きと落とし穴
枠が決まったら、次は手続きです。IT企業からよく出る質問を、共通ルールの側から整理します。
| 論点 | ルール |
|---|
| 申請方法 | Jグランツによる電子申請のみ。GビズIDプライムアカウントが必須で、取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度かかる |
| 確認書 | 認定経営革新等支援機関による確認書の発行が必要。締切直前は依頼が集中して間に合わない場合がある |
| 着手時期 | 原則として交付決定日以降の契約・発注かつ支払いが完了しているものだけが補助対象。交付決定前に着手した経費は対象外 |
| 重複 | 国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業は対象外。交付決定後に判明した場合は取消し |
| 申請代行 | 行政書士（法人を含む）以外の者が有償で申請書類作成を代行することは行政書士法違反の可能性があり、交付決定後に発覚した場合は取消しの対象 |
| 支払い | 実費弁済方式（精算払い）。実績報告と額の確定を経た後払いで、見積より安く済めば実費分のみ、超過交付があれば返還命令（未納の場合は年利10.95%の延滞金） |
IT分野には国のIT関連の補助事業が複数あります。同じシステム・同じ開発を別の補助事業でも申請していないかを、申請前に必ず棚卸ししてください。重複は交付決定後に判明した場合も取消しの対象です。
また、加点事由として賃上げ表明が設定されており、事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型は3%以上で上限額引き上げと連動し、それ以外の枠は2%以上が加点事由です。加点を申請して交付決定を受けたものの、賃上げ等の要件が事業化状況報告で未達だった場合、未達報告から18か月間、中小企業庁所管の他の補助金申請で正当な理由なく大幅減点されます。対象となる補助金には、ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、IT導入支援事業、小規模事業者持続化補助金、事業承継・M&A補助金、Go-Tech事業、事業再構築補助金、新事業進出補助金、中小企業省力化投資補助事業等が挙げられています。IT導入補助金を継続して使いたい会社にとっては、無視できないリスクです。
過去に経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金の交付を受けており、事業化状況報告の義務を履行していない場合は、今回の申請自体ができません。以前に補助金を受けたことがある会社は、報告の提出状況を先に確認してください。
16次公募の日程と申請までの段取り
16次公募（令和7年度補正予算）のスケジュールは次のとおりです。公募要領は2026年9月4日に先行開示されており、2026年9月11日時点で申請受付はまだ始まっていません。
| 項目 | 時期 |
|---|
| 公募要領開示・サイト開設 | 2026年9月4日(金) |
| 説明会申込受付 | 2026年9月9日(水)〜10月7日(水)17:00まで |
| 説明会（オンライン） | 2026年10月9日(金)14:00〜 |
| 公募申請受付期間 | 2026年10月2日(金)〜11月6日(金)17:00まで |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） |
| 交付申請受付期間 | 2027年1月上旬〜11月中旬（予定） |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜2028年3月中旬（予定） |
| 実績報告期間 | 2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定） |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） |
補助事業期間は2027年1月（下旬予定）から14か月以内を想定と各枠の要領に明記されています。M&Aの交渉から統合までをこの期間に収める設計が必要です。「予定」と注記された項目は変更される場合があります。日程の詳細は16次公募のスケジュールをご覧ください。
採択実績は、11次が申請590件に対し採択359件で60.8%、12次が742件に対し453件で61.0%、13次が481件に対し293件で60.9%、14次が512件に対し311件で60.7%と、4回続けておおむね6割で推移しています。ただし専門家活用枠は複数の公募回で「補助事業の特性に鑑み、採択者を非公表とする」と明記されており、採択企業の一覧は公開されていません。業種別・都道府県別の採択件数を示す一次データもありません。推移は採択率の推移で整理しています。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事の金額・日程・要件は16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局サイトの記載にもとづきます。スケジュールには事務局が「予定」と注記しているものが含まれ、変更される場合があります。中小M&Aの件数はM&A支援機関登録制度に登録した機関からの報告ベースであり、国内の中小M&A全体の件数ではありません。申請前に必ず各公式サイトで最新情報をご確認ください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。
