長崎県の事業承継・M&A補助金2026｜造船と4つの枠
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公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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公募中 9件
長崎県の事業承継・M&A補助金 2026年最新情報
この記事の結論
長崎県で事業承継・M&A補助金を使うなら、承継の型（親族内・従業員・第三者M&A・廃業）で申請する枠が決まります。補助率は1/3〜2/3、電子申請はJグランツのみです。16次公募の申請締切は2026年11月6日。まずは長崎県の事業承継・引継ぎ支援センターで無料相談するのが近道です。
長崎県は造船業の集積地として知られ、関連する中小の協力企業でも経営者の高齢化と後継者不在が課題になっています。事業承継・M&A補助金は、親族内・従業員承継を支える事業承継促進枠、M&Aによる第三者承継を支える専門家活用枠、統合後の体制づくりを支えるPMI推進枠、事業をたたむ際の廃業・再チャレンジ枠の4つで構成され、造船や製造業、観光、水産加工に携わる事業者が状況に応じて使い分けられます。相談窓口は長崎県事業承継・引継ぎ支援センター（長崎市桜町、長崎商工会館内）のほか、長崎・佐世保・島原・諫早・大村・福江の各商工会議所、長崎県商工会連合会です。16次公募は2026年9月4日に要領が先行開示され、公募申請の受付は2026年10月2日から11月6日17時までの予定です。県独自の上乗せ制度は、本ページ作成時点で公式に確認できたものはありません。申請にはGビズIDプライムアカウントの取得と、認定経営革新等支援機関による確認書の準備が必要です。
16次公募の申請締切
16次公募の申請締切は2026年11月6日です。電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行に時間がかかるため、締切から逆算して早めに準備してください。
事業承継・M&A補助金は令和7年度補正で4つの申請枠に分かれています。長崎県の事業者がどの枠に当てはまるかは、承継の相手と時期で決まります。
| 申請枠 | 補助上限 | 補助率 | 主な対象 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 上限800万〜1,000万円 | 1/3〜2/3 | 親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。 |
| 専門家活用枠 | 上限600万〜800万円（要件を満たす場合は最大2,000万円） | 1/3〜2/3 | 第三者へのM&A（譲渡・譲受）に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。 |
| PMI推進枠 | 公募要領で確認 | 1/3〜2/3 | M&Aの成立後に行う経営統合（PMI）の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 原則300万円 | 1/3〜2/3 | 事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。 |
長崎県の相談窓口（事業承継・引継ぎ支援センターほか）
長崎県で事業承継やM&Aの相談ができる公的な窓口です。事業承継・M&A補助金の申請前に、承継の型と使える枠をここで確認しておくと手戻りがありません。
事業承継・引継ぎ支援センターとは
国が全国の都道府県に設置している公的な相談窓口です。親族内承継の進め方から第三者への引継ぎ（M&A）の相手探しまで、無料で相談できます。全国の窓口は事業承継・引継ぎポータルサイトに一覧があります。
事業承継・引継ぎポータルサイト（中小企業庁）
事業承継・引継ぎ支援センターを探す
採択の状況と長崎県の実績
全国の直近の実績として、14次公募では申請512件に対して311件が採択され、採択率は60.7%でした（2026年5月15日発表）。
| 項目 | 値 |
|---|
| 公募回 | 14次 |
| 申請件数 | 512件 |
| 採択件数 | 311件 |
| 採択率 | 60.7% |
| 発表日 | 2026年5月15日 |
長崎県別の採択件数について
都道府県ごとの採択件数は、公募回ごとに公式サイトで採択者一覧が公表されます。本ページ作成時点で長崎県分の内訳を公式に確認できたものはありません。最新の採択者一覧は公式サイトでご確認ください。
事業承継・M&A補助金 公式サイト
4つの申請枠と長崎県での使い分け
4つの枠は「誰に引き継ぐか」「いつの費用か」で分かれます。承継前後の設備投資なら事業承継促進枠、M&Aの専門家費用なら専門家活用枠、成立後の経営統合ならPMI推進枠、たたむ費用なら廃業・再チャレンジ枠です。
専門家活用枠を使う前に
専門家活用枠では、M&A支援機関登録制度に登録された事業者（登録M&A支援機関）への費用であることが要件になる場合があります。契約前に登録の有無を公式の登録リストで確認してください。
事業承継促進枠の対象と長崎県での使いどころ
補助上限：上限800万〜1,000万円 補助率：1/3〜2/3
親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。
長崎県の事業者では、造船・製造業を中心に相談が寄せられる枠です。対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わるため、申請前に公募要領で確認してください。
専門家活用枠の対象と長崎県での使いどころ
補助上限：上限600万〜800万円（要件を満たす場合は最大2,000万円） 補助率：1/3〜2/3
第三者へのM&A（譲渡・譲受）に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。
長崎県の事業者では、造船・製造業を中心に相談が寄せられる枠です。対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わるため、申請前に公募要領で確認してください。
PMI推進枠の対象と長崎県での使いどころ
補助上限：公募要領で確認 補助率：1/3〜2/3
M&Aの成立後に行う経営統合（PMI）の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。
長崎県の事業者では、造船・製造業を中心に相談が寄せられる枠です。対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わるため、申請前に公募要領で確認してください。
廃業・再チャレンジ枠の対象と長崎県での使いどころ
補助上限：原則300万円 補助率：1/3〜2/3
事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。
長崎県の事業者では、造船・製造業を中心に相談が寄せられる枠です。対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わるため、申請前に公募要領で確認してください。
長崎県の業種別 事業承継のポイント
長崎県の主要産業（造船・製造業・観光）で、事業承継・M&Aのときに問題になりやすい点と、対応する枠をまとめます。
長崎県の造船：事業承継で使える枠
造船関連の協力企業では、M&Aによる統合後に生産設備や受発注システムを一体化させる投資を行う場面があります。PMI推進枠の事業統合投資類型は、補助率1/2以内（小規模事業者等は2/3以内）、上限800万円（賃上げ要件達成で1,000万円）を補助します。M&A仲介手数料やデュー・ディリジェンス費用、PMI専門家への手数料はこの類型の対象外で、専門家活用枠やPMI専門家活用類型側で別途申請します。対象となるM&Aは、クロージングから原則3年以内の取組であることが要件で、グループ内の事業再編や親族間の取引は対象になりません。
長崎県の製造業：事業承継で使える枠
製造業では、単独での存続が難しくなった事業者を同業が譲り受け、雇用や技術を維持する動きが見られます。専門家活用枠（買い手支援類型）は経営資源を譲り受ける中小企業者等が対象で、補助対象経費の2/3以内、上限600万円（デュー・ディリジェンス費用の上乗せで最大800万円）です。FA・仲介業務に係る委託費は、M&A支援機関登録制度に登録された業者への支払いに限り補助対象となります。経営資源を譲り受ける際の表明保証保険料も補助対象に含まれますが、同一案件で買い手・売り手の双方が加入することはできません。
長崎県の観光：事業承継で使える枠
観光関連の宿泊業では、後継者が見つからないまま外部の事業者へ事業を譲り渡す相談が増えています。専門家活用枠（売り手支援類型）は経営資源を譲り渡す中小企業者等が対象で、直近の営業利益率低下や赤字であれば補助対象経費の2/3以内、それ以外は1/2以内、上限600万円（デュー・ディリジェンス費用の上乗せで最大800万円）です。クロージングが実現しなければ上限額は縮小されます。直近決算期の営業利益や経常利益が赤字であれば補助率は2/3以内、そうでなければ1/2以内となり、業績の状況によって補助率が変わります。
長崎県の水産加工：事業承継で使える枠
水産加工業は家族経営の色合いが強く、子や親族、長年勤めた従業員への承継を計画する事業者が多く見られます。事業承継促進枠は5年以内の親族内・従業員承継を予定する中小企業者等が対象で、小規模事業者等は補助対象経費の2/3以内・上限800万円（賃上げ要件を満たせば1,000万円）です。経営権と所有権の双方を移転する計画であることが前提になります。個人事業主が申請する場合は、被承継者と承継予定者の共同申請が必須で、経営権と所有権の両方を承継者へ移転する計画であることが前提です。詳細な要件は事業承継促進枠の公募要領で確認できます。
長崎県での対象経費の使い方
対象経費の区分ごとに、長崎県の事業者からよくある使い方をまとめます。区分名は公募要領の表記に合わせています。
| 対象経費の区分 | 使い方 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 後継者への引継ぎを進める事業者を支える枠です。経営権・所有権の双方が被承継者から承継者へ移転する計画であることが必須で、法人は代表者交代、個人事業主は事業譲渡（廃業・開業）の形で申請します。上限は800万円（賃上げ要件達成で1,000万円）です。 |
| 専門家活用枠 | 第三者承継（M&A）に伴う専門家費用を補助する枠です。将来売上高100億円を目指す買い手向けの特例は上限2,000万円、小規模事業者等の売り手向けの類型は上限450万円と、対象・上限が3系統に分かれています。これら3系統は同一公募回での重複申請ができないため、自社の規模や目的に合わせてどの類型で申請するかを事前に選ぶ必要があります。 |
| PMI推進枠 | M&A後の事業統合を後押しする枠です。事業統合投資類型は生産ラインや会計・受発注システムの統合など設備投資が対象で上限800万円、PMI専門家活用類型は計画策定の専門家費用が対象で上限150万円です。専門家活用枠の買い手支援類型とPMI専門家活用類型は、同一公募回での同時申請も可能です。 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 承継やM&Aに伴い既存事業の一部をたたむ場合に使える枠です。事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠と併用するときは該当枠への上乗せとして処理され、廃業・再チャレンジ枠への別申請は不要です。単独で再チャレンジ申請をする場合は、廃業する会社と支配株主等との共同申請、認定支援機関の確認を受けた事業計画の作成が必要です。 |
交付決定の前に契約・発注した費用は対象外になります。見積の取得までは進めて構いませんが、契約は交付決定を待ってください。
長崎県独自の上乗せ制度
長崎県独自の上乗せ制度について
県独自の上乗せ制度は本ページ作成時点で公式に確認できたものはありません。
自治体の制度は年度ごとに新設・終了・要件変更があります。最新の状況は長崎県公式サイトの商工・産業振興担当課のページ、または長崎県の事業承継・引継ぎ支援センターでご確認ください。
長崎県で申請するときのコツ
長崎県で申請する事業者からよく出る論点をまとめました。
- 早期の相談は長崎県事業承継・引継ぎ支援センター（〒850-0031 長崎県長崎市桜町4-1 長崎商工会館1F、095-895-7080）へ。承継計画づくりの支援を受けることは事業承継促進枠の加点事由にもなります。
- 委託費のうちFA・仲介業務の報酬は登録M&A支援機関への支払いに限り対象になります。専門家契約は交渉（基本合意・最終契約）より前に結んでおく必要があります。
- 申請受付期間は2026年10月2日〜11月6日17時（予定）です。説明会は10月9日にオンラインで開催され、申込は9月9日〜10月7日17時まで受け付けられます。
- GビズIDプライムアカウントが無いと申請できません。取得までの期間は1〜2週間が目安ですが、混雑時は3週間程度見込んでおきましょう。
- どの枠も認定経営革新等支援機関による確認書が必要です。申請締切直前は依頼が集中し間に合わないことがあるため、長崎商工会議所など窓口に早めに相談しましょう。
申請前に必ず確認すること
- 電子申請はJグランツのみです。GビズIDプライムのアカウントを先に取得してください。
- 交付決定の前に契約・発注した費用は対象外です。
- 補助上限と対象経費は公募回ごとに変わります。数字は必ず最新の公募要領で確認してください。
