長崎市の事業承継・M&A補助金2026｜申請準備

長崎市の事業承継・M&A補助金 2026年最新情報

長崎市で後継者として事業を引き継ぐ予定がある方や、第三者としてM&Aで経営資源を譲り受ける予定がある方にとって、事業承継・M&A補助金は準備段階から検討できる制度です。親族内・従業員承継の場合は事業承継促進枠、M&Aによる第三者承継の場合は専門家活用枠が対象になります。造船・製造業や観光など長崎市の事業者が対象になりうるほか、統合後のPMI推進枠、廃業を伴う廃業・再チャレンジ枠の併用も選択肢です。相談先は長崎商工会議所のほか、長崎県事業承継・引継ぎ支援センターも利用できます。16次公募の申請受付は2026年10月2日〜11月6日17:00の予定で、2026年9月11日時点ではまだ始まっていません。

長崎市の相談窓口

長崎市の事業者が事業承継・M&Aの相談に使える窓口です。事業承継・M&A補助金の申請前に、承継の型と使える枠をここで確認しておくと手戻りがありません。

4つの申請枠と長崎市での使い分け

4つの枠は「誰に引き継ぐか」「いつの費用か」で分かれます。承継前後の設備投資なら事業承継促進枠、M&Aの専門家費用なら専門家活用枠、成立後の経営統合ならPMI推進枠、たたむ費用なら廃業・再チャレンジ枠です。

事業承継促進枠を長崎市で使う場合

補助上限：上限800万〜1,000万円　補助率：1/3〜2/3

親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。

対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わります。申請前に公募要領で確認し、判断に迷う場合は長崎県の事業承継・引継ぎ支援センターに相談してください。

専門家活用枠を長崎市で使う場合

補助上限：上限600万〜800万円（要件を満たす場合は最大2,000万円）　補助率：1/3〜2/3

第三者へのM&A（譲渡・譲受）に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。

対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わります。申請前に公募要領で確認し、判断に迷う場合は長崎県の事業承継・引継ぎ支援センターに相談してください。

PMI推進枠を長崎市で使う場合

補助上限：公募要領で確認　補助率：1/3〜2/3

M&Aの成立後に行う経営統合（PMI）の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。

対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わります。申請前に公募要領で確認し、判断に迷う場合は長崎県の事業承継・引継ぎ支援センターに相談してください。

廃業・再チャレンジ枠を長崎市で使う場合

補助上限：原則300万円　補助率：1/3〜2/3

事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。

対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わります。申請前に公募要領で確認し、判断に迷う場合は長崎県の事業承継・引継ぎ支援センターに相談してください。

長崎市の業種別 事業承継のポイント

長崎市の主要産業（造船・製造業・観光・水産加工）で、事業承継・M&Aのときに問題になりやすい点をまとめます。

長崎市の造船・製造業：事業承継で使える枠

長崎市の造船・製造業で承継を検討する際は、現在の事業の状況と後継者の有無を整理しましょう。親族内・従業員承継であれば、事業承継促進枠が対象です。承継予定者には役員としての在任期間や継続的な雇用の実績、または被承継者の親族であることなどの要件があります。経営権と所有権の両方を移す計画が必要です。M&Aによる第三者承継は、この枠の対象外です。事業の実現可能性や収益性を説明できるよう準備し、契約や発注は交付決定後に行うことが原則です。採択と交付決定は別の手続きである点も押さえておきましょう。

長崎市の観光：事業承継で使える枠

長崎市の観光で第三者への譲渡・譲受を検討する場合は、専門家活用枠を確認しましょう。買い手支援類型は補助率2/3以内で上限600万円、DD費用の上乗せで800万円まで対象になります。売り手支援類型は条件により1/2または2/3以内です。FA・仲介業務の委託費は、M&A支援機関登録制度に登録された業者による支援に限り対象になります。相見積りも登録業者から取る必要があり、最低価格を提示していない業者を選ぶと補助対象外です。専門家との契約時期にも注意しましょう。

長崎市の水産加工：事業承継で使える枠

長崎市の水産加工でM&A後の統合に取り組む場合は、PMI推進枠を確認しましょう。PMI専門家活用類型は上限150万円・補助率1/2以内で、計画策定や実行を専門家に依頼する費用が対象です。設備やシステムの統合投資は事業統合投資類型で、上限800万円・補助率1/2以内（小規模事業者等は2/3以内）です。賃上げ要件を満たすと上限1,000万円になります。M&A仲介手数料やDD費用はこの枠の対象外で、専門家活用枠側で申請する経費です。承継に伴う一部廃業には、廃業・再チャレンジ枠の併用も検討できます。

長崎市独自の中小企業支援制度（公式サイトで確認済み）

長崎市が実施している中小企業向けの支援制度のうち、公式サイトで内容を確認できたものです。事業承継・M&A補助金とは別制度ですが、承継後の投資に使えることがあります。

国の補助金と自治体の制度は、同一の経費に重ねて受けることはできません。経費を分けて申請できるかどうかは、それぞれの窓口に事前に確認してください。

長崎市で申請するときのコツ

長崎市で申請する事業者からよく出る論点をまとめました。

1. 長崎県事業承継・引継ぎ支援センターへ早期に相談しましょう。後継者の有無や承継方法が未定でも、事業と経営の課題を整理して伝えることが出発点です。
2. 専門家活用枠のFA・仲介業務の委託費は、M&A支援機関登録制度の登録業者による支援に限り対象です。依頼前に登録状況を確認しましょう。
3. 16次公募の申請受付は2026年10月2日〜11月6日17:00の予定です。公募要領は公開済みですが、2026年9月11日時点では受付前です。
4. 電子申請はJグランツのみです。GビズIDプライムを準備しましょう。取得は1〜2週間、混雑時は3週間程度が目安のため、早めに手続きを進めます。

長崎県全体の事業承継・M&A補助金情報

長崎県全体の窓口一覧、県独自の上乗せ制度、採択の状況は都道府県別ガイドで解説しています。

長崎市の主要業種別ガイド

長崎市の主要産業（造船・製造業・観光・水産加工）向けの事業承継ガイドです。

長崎県の他の市区町村ガイド

長崎県内の他の市区町村のガイドもあわせてご覧ください。

長崎市での申請に役立つ記事

制度の全体像と申請の手順は、以下の記事で詳しく解説しています。

出典・参考リンク

本ページの制度情報は以下の公式情報にもとづいています（2026-09-10 確認）。補助上限・対象経費・締切は公募回ごとに変わるため、申請前に必ず公式の公募要領をご確認ください。

• 事業承継・M&A補助金 公式サイト
• 事業承継・引継ぎポータルサイト（中小企業庁）
• 長崎商工会議所
• 長崎市省エネ・省力化推進事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連）（長崎市公式）
• 長崎市省エネ・省力化推進事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連）（長崎市公式）
• 長崎市省エネ設備等更新支援補助金（令和8年物価高騰対策関連）（長崎市公式）
• 職場環境改善事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連）（長崎市公式）
• 長崎市チャレンジ企業応援事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連）（長崎市公式）
• 長崎市チャレンジ企業応援事業費補助金（令和8年物価高騰対策関連）（長崎市公式）
• 長崎市創業者成長支援補助金（長崎市公式）
• 長崎市イノベーション創出支援実証事業等推進費補助金（長崎市公式）
• 令和8年度長崎市伴走型DX化支援費補助金（長崎市公式）
• 先端設備等導入計画の認定に基づく固定資産税の特例（中小企業等経営強化法）（長崎市公式）
• 令和8年度長崎県デジタル力向上支援事業費補助金（長崎市公式）
• 長崎県AI活用力向上支援事業費補助金（長崎市公式）
• ながさき造船サプライチェーン強靭化補助金（長崎市公式）
• ながさき造船サプライチェーン強靭化補助金（長崎市公式）