事業承継・M&A補助金と小規模事業者持続化補助金の違い 2026年版
この記事の結論
事業承継・M&A補助金と小規模事業者持続化補助金は、目的も対象経費も違う制度です。事業承継・M&A補助金は補助率1/3〜2/3、電子申請はJグランツのみ、16次公募の申請締切は2026年11月6日です。同じ経費に両方を受けることはできないため、どちらで申請するかを先に決めてください。
事業承継・M&A補助金は後継者への引継ぎやM&A、統合後のPMI、廃業といった事業承継に関わる取り組みを支援する制度です。一方、小規模事業者持続化補助金は販路開拓や業務効率化の取り組みを支援する制度で、対象となる経費や審査の観点が大きく異なります。どちらも中小企業庁が所管する補助金ですが、事業承継・M&A補助金は事業の引継ぎそのものに焦点があり、持続化補助金は日々の営業活動の強化に焦点があります。承継を控えた小規模事業者が、承継前の販路開拓には持続化補助金を、承継そのものや専門家費用には事業承継・M&A補助金を、と場面によって使い分けるケースもあります。以下では対象者・補助率・上限額・申請窓口の違いを整理します。
事業承継・M&A補助金と小規模事業者持続化補助金の比較表
事業承継・M&A補助金と小規模事業者持続化補助金を項目ごとに並べました。比較先の値は公式で確認できたものだけを載せています。
| 項目 | 事業承継・M&A補助金 | 小規模事業者持続化補助金 |
|---|---|---|
| 制度の目的 | 後継者への引継ぎ・M&A・PMI・廃業など事業承継に関わる取り組みを支援 | 販路開拓・業務効率化など小規模事業者の営業活動の取り組みを支援 |
| 対象者 | 事業承継・M&Aを予定または実施する中小企業者等（枠により要件が異なる） | 商業・サービス業は常時使用する従業員5人以下等の小規模事業者 |
| 補助率 | 1/2〜2/3（枠・類型により異なる） | 2/3（賃金引上げ特例のうち赤字事業者は3/4） |
| 補助上限額 | 150万円〜2,000万円（枠・類型により異なる） | 50万円（インボイス特例・賃金引上げ特例の上乗せで最大250万円） |
| 補助下限額 | 50万円〜100万円（枠により異なる、小規模売り手支援類型は下限なし） | 公募要領に下限額の記載はありません |
| 受付期間（直近回） | 2026年10月2日〜2026年11月6日17:00（16次公募） | 2026年11月5日〜2026年12月15日17:00（第20回公募） |
| 申請前の確認書類 | 認定経営革新等支援機関による確認書 | 商工会・商工会議所発行の事業支援計画書（様式4） |
| 電子申請 | Jグランツ（GビズIDプライムアカウントが必須） | 専用の電子申請システム（Jグランツではありません） |
| 主な対象経費 | 謝金・旅費・外注費・委託費・システム利用料・保険料・設備費等（枠による） | 機械装置等費・広報費・ウェブサイト関連費・展示会等出展費・旅費・新商品開発費・借料・委託外注費の8区分 |
| 賃上げ未達時のペナルティ | 未達報告から18か月間、小規模事業者持続化補助金を含む中小企業庁所管補助金で大幅減点 | 未達報告から18か月間、事業承継・M&A補助金を含む中小企業庁所管補助金で大幅減点 |
事業承継・M&A補助金の4つの申請枠
事業承継・M&A補助金は4つの枠に分かれており、承継の相手と費用の時期で使う枠が変わります。小規模事業者持続化補助金と比べる前に、自社がどの枠に当てはまるかを確認してください。
| 申請枠 | 補助上限 | 補助率 | 主な対象 |
|---|---|---|---|
| 事業承継促進枠 | 上限800万〜1,000万円 | 1/3〜2/3 | 親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。 |
| 専門家活用枠 | 上限600万〜800万円（要件を満たす場合は最大2,000万円） | 1/3〜2/3 | 第三者へのM&A（譲渡・譲受）に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。 |
| PMI推進枠 | 公募要領で確認 | 1/3〜2/3 | M&Aの成立後に行う経営統合（PMI）の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 原則300万円 | 1/3〜2/3 | 事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。 |
