事業承継補助金と持続化補助金の併用｜重複判定と使い分け
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公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
結論は「同じ事業・同じ経費では不可、別の事業・別の経費なら制度上の余地はある」です。どちらの制度も、国の他制度との重複を禁止する規定を置いています。
併用できるのか、まず結論から
結論は「同じ事業・同じ経費では不可、別の事業・別の経費なら制度上の余地はある」です。どちらの制度も、国の他制度との重複を禁止する規定を置いています。
| 組み合わせ | 扱い |
|---|
| 同一・類似内容の事業で両方に申請する | 両制度とも対象外。事業承継・M&A補助金では交付決定後に判明した場合は取消しの対象 |
| 同じ経費を両方で計上する | 不可 |
| 取り組む事業も経費も明確に分かれている | 制度上それぞれに申請する余地はある。判断は各事務局 |
| 同じ公募回の持続化補助金に2件申請する | 不可（同一事業者・同一受付締切回への応募は1件のみ） |
| 持続化補助金の通常枠と創業型に同時に申請する | 不可 |
| 事業承継促進枠と専門家活用枠・PMI推進枠を同一公募回で申請する | 不可 |
| 事業承継・M&A補助金の主枠と廃業・再チャレンジ枠 | 併用可能（併用時は別申請不要。主枠への上乗せとして処理） |
ここで言う重複は、単に「同じ年に2つの補助金を使った」という意味ではありません。判断の軸は事業の内容が同一・類似かどうかです。
後から発覚すると取消しになります
事業承継・M&A補助金では、国の他の補助金・助成金との重複が交付決定後に判明した場合、取消しの対象とされています。判断に迷う場合は、申請前に両方の事務局に確認してください。
両制度が置いている重複禁止の規定
それぞれの公募要領がどう定めているかを並べます。表現は異なりますが、狙いは同じです。
| 制度 | 重複に関する規定 |
|---|
| 事業承継・M&A補助金 | 国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業は対象外。公的医療保険・介護保険の診療報酬・介護報酬、固定価格買取制度等との重複も対象外。交付決定後に判明した場合は取消しの対象 |
| 小規模事業者持続化補助金 | 国の他制度（委託費・公的医療保険や介護保険の診療報酬・固定価格買取制度等）と同一・類似内容の事業は対象外の例として明記。共通の対象外経費にも「国の他制度と重複する経費」が挙げられている |
持続化補助金は中小企業生産性革命推進事業の一環として実施されている国の補助金です。したがって、事業承継・M&A補助金から見れば「国の他の補助金」に該当します。逆に持続化補助金から見ても、事業承継・M&A補助金は国の他制度です。
禁止されているのは重複であって併存ではありません
両制度の規定はいずれも「同一・類似内容の事業」を対象外としています。会社として2つの補助金を使うこと自体を一律に禁じているわけではありません。ただし、どこまでを別の事業と見るかは事務局の判断になります。
2つの制度を並べて比べる
そもそも狙いも規模も違う制度です。並べて確認します。
| 項目 | 事業承継・M&A補助金（16次公募） | 小規模事業者持続化補助金（一般型 通常枠 第20回） |
|---|
| 目的 | 事業承継・M&A・PMI・廃業に伴う取組の支援 | 小規模事業者等の販路開拓等の取組と、それに併せて行う業務効率化の支援 |
| 対象者 | 中小企業基本法第2条準拠の中小企業者等 | 小規模事業者等（商業・サービス業は常時使用する従業員5人以下、宿泊業・娯楽業と製造業その他は20人以下） |
| 補助率 | 枠により2分の1以内・3分の2以内など | 3分の2（賃金引上げ特例のうち赤字事業者は4分の3） |
| 補助上限額 | 枠により150万円〜2,000万円 | 50万円（インボイス特例で50万円、賃金引上げ特例で150万円を上乗せ。両特例で最大250万円） |
| 補助下限額 | 枠により50万円・100万円（小規模売り手支援類型は下限なし） | 設定なし |
| 申請方法 | Jグランツ（GビズIDプライムが必要） | 電子申請システムのみ。郵送不可。GビズID（プライムまたはメンバー）が必要 |
| 窓口の関与 | 認定経営革新等支援機関による確認書の発行が必須 | 商工会・商工会議所による事業支援計画書（様式4）の発行が必須 |
| 審査 | 資格審査と外部有識者による書面審査 | 非公開の書面審査。ヒアリングなし。基礎審査・計画審査・加点審査の3段階 |
| 直近の規模 | 14次は申請512件に対し採択311件 | 採択件数は第17回11,927件、第18回8,229件、第19回7,819件（商工会地区と商工会議所地区の合算） |
持続化補助金の実施体制は地区で分かれています。商工会地区は株式会社ニューズベース・全国商工会連合会・各地商工会が、商工会議所地区は株式会社日本経営データ・センター・日本商工会議所・各地商工会議所が担当します。どちらの地区になるかは、本社所在地ではなく事業を営む場所の市区町村で決まります。
事業承継・M&A補助金の枠ごとの金額は補助率と上限額、枠の違いは4つの枠の違いで解説しています。
対象経費はどこで重なるか
重複の判断で実務上ポイントになるのが経費区分です。両制度の対象経費を並べると、重なりやすい領域が見えてきます。
| 経費の種類 | 事業承継・M&A補助金 | 持続化補助金（一般型 通常枠 第20回） |
|---|
| 設備・機械の購入 | 事業承継促進枠・PMI推進枠 事業統合投資類型で計上する余地がある | 機械装置等費として計上できる（単価50万円税抜以上は処分制限財産、取替え更新のみは対象外） |
| ウェブサイト制作 | 枠ごとの対象経費の範囲による | ウェブサイト関連費。補助金交付申請額の上限は30万円（税込）。単独申請不可 |
| 広告・チラシ | 枠ごとの対象経費の範囲による | 広報費。補助金交付申請額の上限は30万円（税込）。単独申請不可 |
| 店舗改装 | 枠ごとの対象経費の範囲による | 委託・外注費に含まれる |
| FA・仲介手数料 | 専門家活用枠の委託費（登録M&A支援機関への支払いに限る） | 対象外（コンサルティング・アドバイス費用は対象外） |
| デュー・ディリジェンス費用 | 専門家活用枠で上乗せ対象 | 対象外 |
| 廃業に伴う原状回復・在庫処分 | 廃業・再チャレンジ枠の対象 | 対象外 |
| 申請書類の作成費用 | 対象外（行政書士以外の有償代行は行政書士法違反の可能性） | 応募書類作成費は対象外 |
重なりやすいのは、設備投資・ウェブサイト・広報・店舗改装といった販路開拓寄りの経費です。一方、FA・仲介手数料やDD費用、廃業費は事業承継・M&A補助金にしかない領域で、持続化補助金では対象外です。
同じ設備を両方で計上することはできません
1台の機械を事業承継促進枠と持続化補助金の両方に計上することはできません。経費が重なる場合は、どちらか一方の補助金でのみ計上してください。
重複と判定されやすいケース、分けられるケース
判断の軸は「取り組む事業の内容が同一・類似か」です。考え方の整理として、典型的なパターンを並べます。実際の判定は各事務局が行いますので、迷う場合は必ず事前に確認してください。
| パターン | 重複と見られやすいか | 理由 |
|---|
| 同じ設備を両方の補助金で計上する | 重複 | 同一の経費を二重に補助することになる |
| 同じ販路開拓の取組を、名前を変えて両方に出す | 重複 | 事業内容が同一・類似 |
| 事業承継に伴う設備投資（事業承継促進枠）と、承継とは無関係の販路開拓（持続化補助金） | 分けられる可能性がある | 事業の目的・内容が異なる。ただし判断は事務局 |
| M&Aの専門家費用（専門家活用枠）と、既存事業の販路開拓（持続化補助金） | 分けられる可能性がある | 経費区分が完全に分かれている。ただし判断は事務局 |
| 持続化補助金で採択された取組の追加投資を事業承継・M&A補助金で出す | 重複の疑いが強い | 同一事業の延長と見られやすい |
| 同じ時期に持続化補助金を2件申請する | 不可 | 同一事業者・同一受付締切回への応募は1件のみ |
判断を分ける材料になるのは、事業計画に書く目的と、計上する経費の明細です。両方に申請する場合は、それぞれの計画書で扱う取組と経費が重ならないことを、自分で説明できる形に整理しておく必要があります。
迷ったら申請前に確認を
事業承継・M&A補助金では、不採択理由についての個別の問い合わせに事務局は応じないとされています。判断が必要な事項は、申請してから聞くのではなく、申請前に確認してください。持続化補助金については商工会・商工会議所の窓口が相談先になります。
2つの日程は重なっています
2026年から2027年にかけて、両制度の日程は近接しています。どちらも電子申請で、事前準備に時間がかかる点は共通です。
| 時期 | 事業承継・M&A補助金（16次公募） | 持続化補助金（一般型 通常枠 第20回） |
|---|
| 2026年5月27日 | ー | 公募要領公開 |
| 2026年9月4日 | 公募要領開示・サイト開設 | ー |
| 2026年10月2日〜11月6日 17:00 | 公募申請受付期間 | ー |
| 2026年11月5日 | ー | 申請受付開始 |
| 2026年12月4日 | ー | 事業支援計画書（様式4）発行の受付締切 |
| 2026年12月15日 17:00 | ー | 申請受付締切 |
| 2026年12月下旬以降 順次 | 採択日（予定） | ー |
| 2027年1月下旬以降 順次 | 交付決定日（予定） | ー |
| 2027年3月頃 | ー | 採択発表予定 |
| 2028年3月中旬（予定） | 事業実施期間の終期 | ー |
| 2028年3月31日 | ー | 補助事業実施期限 |
| 2028年4月10日 | ー | 実績報告書提出期限（第20回受付締切分） |
両方を検討する場合、先に締切が来るのは事業承継・M&A補助金です。ただし持続化補助金には、申請とは別に様式4の発行受付締切（2026年12月4日）という関門があり、この日を過ぎるといかなる理由でも発行されません。窓口での面談が必要なため、申請締切から逆算して余裕を持って動く必要があります。
どちらも交付決定前の発注は対象外
事業承継・M&A補助金は原則として交付決定日以降の契約・発注かつ支払いが完了しているものだけが補助対象です。持続化補助金も交付決定日以降に発生し補助事業期間内に支払いが完了した経費のみが対象で、採択通知だけでは着手できません。両方で同じ考え方です。
持続化補助金の側にある固有ルール
事業承継・M&A補助金にはない、持続化補助金だけのルールがあります。両方を検討する場合は、こちらも確認が必要です。
| ルール | 内容 |
|---|
| 事業支援計画書（様式4） | 商工会・商工会議所の支援を受けながら取り組む事業であることが要件。様式4の発行が必須で、発行受付締切は2026年12月4日 |
| 応募件数の制限 | 同一事業者・同一受付締切回への応募は1件のみ。代表者が同じ複数法人、個人事業主と兼務する法人での重複申請、複数屋号での重複応募はすべて不可 |
| 創業型との関係 | 創業型に申請中または採択済みの事業者は通常枠に申請できない |
| 過去採択者の再申請 | 過去に採択・実施し様式第14（事業効果および賃金引上げ等状況報告書）が未提出の事業者は対象外。提出済みでも一定期間の経過が必要 |
| 広報費・ウェブサイト関連費の上限 | 第20回はいずれも補助金交付申請額の上限が30万円（税込）。単独申請は不可 |
| 相見積り | 発注総額（1件あたり）50万円（税込）超は原則2者以上。中古品は金額を問わず全件2者以上 |
| 支払方法 | 銀行振込が原則。1取引10万円（税抜）超の現金払い、小切手・手形・相殺は不可 |
| 対象外の事業形態 | 医師・歯科医師・助産師、医療法人、社会福祉法人、学校法人、宗教法人、一般社団・財団法人、農事組合法人、任意団体、申請時点で開業していない創業予定者など |
過去回の情報には注意が必要です。広報費・ウェブサイト関連費の上限は、第19回までは補助金交付申請額の4分の1という按分ルールでしたが、第20回では30万円（税込）という固定額に変わっています。古い解説を参照すると誤ります。
持続化補助金の詳細は、商工会地区はofficial.jizokukanb.com、商工会議所地区はr6.jizokukahojokin.infoで確認してください。
事業承継・M&A補助金の側にある固有ルール
逆に、事業承継・M&A補助金の側にも固有のルールがあります。特に、他の補助金の申請に影響する規定は見落とされがちです。
| ルール | 内容 |
|---|
| 認定支援機関の確認書 | 認定経営革新等支援機関による確認書の発行が必須。締切直前の依頼は間に合わない場合がある |
| 枠の間の同時申請制限 | 事業承継促進枠と専門家活用枠・PMI推進枠は同一公募回で申請不可。専門家活用枠の通常版と100億企業特例、小規模売り手支援類型と通常の売り手支援類型も同一公募回での重複申請不可 |
| 廃業・再チャレンジ枠の併用 | 事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠のいずれとも併用可能。併用時は別申請不要で主枠への上乗せとして処理される |
| 事業化状況報告 | 毎事業年度終了後90日以内に提出。事業承継促進枠は補助事業完了後5年間（合計6回）、専門家活用枠は3年間（合計4回）、廃業・再チャレンジ枠は1年間（合計2回） |
| 過去の報告義務 | 経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金で事業化状況報告の義務を履行していない場合は申請自体が不可 |
| 加点未達による他補助金への影響 | 加点事由を申請して交付決定を受けたが事業化状況報告で未達だった場合、未達報告から18か月間、中小企業庁所管の他の補助金申請で正当な理由なく大幅に減点される |
減点措置の対象に持続化補助金も含まれます
18か月の減点措置について、公募要領の注記で対象として挙げられているのは、ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、IT導入支援事業、小規模事業者持続化補助金、事業承継・引継ぎ補助金、事業承継・M&A補助金、Go-Tech事業、事業再構築補助金、新事業進出補助金、中小企業省力化投資補助事業等です。つまり、事業承継・M&A補助金で賃上げ加点を取って未達になると、その後の持続化補助金の申請にも影響します。
加点の詳細は加点と審査、報告義務は事業化状況報告で解説しています。
持続化補助金にも事業承継に関する加点があります
あまり知られていませんが、持続化補助金の側にも事業承継に関係する加点項目があります。承継を控えた小規模事業者にとっては、こちらを使う選択肢もあります。
| 加点項目 | 内容 |
|---|
| 事業承継加点（政策加点） | 代表者が満60歳以上で、後継者候補が補助事業を中心的に実施すること。事業承継診断票（様式10）の提出が必要 |
| 後継者支援加点（政策加点） | アトツギ甲子園のファイナリスト・準ファイナリスト |
| 賃金引上げ加点（政策加点） | 年平均2.0%以上の賃上げ目標。賃金引上げ特例の3.0%とは基準が異なる |
| 経営力向上計画加点（政策加点） | 基準日までの認定が必要 |
| 事業継続力強化計画策定加点（政策加点） | ー |
| 赤字賃上げ加点（重点政策加点） | 賃金引上げ特例の赤字事業者に自動適用 |
持続化補助金の加点は、重点政策加点と政策加点からそれぞれ最大1種類ずつ、合計2種類までしか選べません。3種類以上を選ぶと加点の対象外になるため、選び方に注意が必要です。
一方、事業承継・M&A補助金の事業承継促進枠では、アトツギ甲子園出場者（代表者予定を含む）、事業承継・引継ぎ支援センターまたは中小機構地域本部の支援を受けた事業承継計画書の策定、地域おこし協力隊などが加点事由とされています。制度によって評価される要素が異なる点を押さえておくと、どちらで申請するかの判断材料になります。
規模によって現実的な選択肢が変わります
持続化補助金の対象は小規模事業者等（商業・サービス業は常時使用する従業員5人以下、宿泊業・娯楽業と製造業その他は20人以下）に限られます。この基準を超える事業者は持続化補助金を使えないため、事業承継・M&A補助金が中心になります。
両方を検討する場合の進め方
両制度を視野に入れる場合の手順を整理します。準備の重複を避けられる部分と、それぞれ別に用意する必要がある部分があります。
| 順序 | やること | 共通か個別か |
|---|
| 1 | GビズIDを取得する | 共通（事業承継・M&A補助金はプライムが必須、持続化補助金はプライムまたはメンバー） |
| 2 | 自社が小規模事業者等に該当するか確認する | 持続化補助金の対象可否の判定に必要 |
| 3 | 取り組む事業を2つに切り分ける | 重複と見られないよう、目的と内容を明確に分ける |
| 4 | 経費を2つに切り分ける | 同じ経費を両方で計上しない |
| 5 | 認定経営革新等支援機関へ確認書を依頼する | 事業承継・M&A補助金の個別要件 |
| 6 | 商工会・商工会議所へ様式4の発行を依頼する | 持続化補助金の個別要件。発行受付締切は2026年12月4日 |
| 7 | 事業承継・M&A補助金に申請する | 2026年10月2日〜11月6日17:00 |
| 8 | 持続化補助金に申請する | 受付開始2026年11月5日、締切2026年12月15日17:00 |
| 9 | それぞれの交付決定を待ってから発注する | 共通。交付決定前の契約・発注・支払いはどちらも対象外 |
無理に両方を狙わない判断もあります
2つの申請を同時期に進めると、確認書と様式4の両方を期限内に取得する必要があり、事務の負担は小さくありません。承継に伴う設備投資が事業承継促進枠の補助下限額100万円を超える規模なら、そちらに集中したほうが結果的に効率が良い場合もあります。
申請手続きの全体像は申請の流れ、電子申請の準備はJグランツとGビズID、他の補助金との併用は省力化投資・新事業進出補助金との併用で解説しています。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事は事業承継・M&A補助金 16次公募の公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回公募 公募要領 第8版に基づいて作成しています。スケジュールはいずれも予定であり、要件・金額を含めて変更される場合があります。重複の該当性は個別の事業内容により判断されますので、申請前に必ず各事務局および窓口へご確認ください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。
