事業承継・M&A補助金 申請の流れ｜準備から入金まで

申請から入金までの全体像（9工程）

まず全体像を押さえます。事業承継・M&A補助金の手続きは9つの工程に分かれ、16次公募の場合は2026年秋から2028年春まで、その後の報告義務を含めると数年にわたります。

工程	やること	16次公募での時期
1. 準備	枠の決定、GビズIDプライム取得、相談先の確保	2026年9月〜10月
2. 確認書の取得	認定経営革新等支援機関に確認書を依頼	2026年10月（締切直前は混雑）
3. 公募申請	Jグランツで事業計画等を提出	2026年10月2日(金)〜11月6日(金)17:00
4. 採択	資格審査と書面審査を経て採択の可否が通知される	2026年12月下旬以降 順次（予定）
5. 交付申請	Jグランツで補助対象経費の内訳等を提出	2027年1月上旬〜11月中旬（予定）
6. 交付決定	交付決定通知書の受領。ここから経費の支出が可能	2027年1月下旬以降 順次（予定）
7. 補助事業の実施	契約・発注・履行・支払い	交付決定日から14か月以内を想定（2028年3月中旬まで）
8. 実績報告・額の確定・精算払	様式第6の提出、事務局の審査、様式第7の提出	実績報告 2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定）
9. 事業化状況報告	様式第12を毎事業年度終了後90日以内に提出	枠により補助事業完了後1〜5年間

2026年9月11日時点では、16次公募の申請受付はまだ始まっていません。要領だけが先に開示されている状態です。この時期にやるべきことは、工程1と工程2にあたる準備です。

工程1：枠を決める。ここを間違えると全部やり直し

最初の分岐が枠の選択です。承継のしかたによって、使える枠が決まります。ここを間違えると資格審査の段階で不適合となり、準備した書類ごと無駄になります。

承継の形態	使う枠	主なポイント
親族内承継	事業承継促進枠	承継予定者は被承継者の親族（六親等内の血族・配偶者・三親等内の姻族）で、対象会社の代表経験が無いこと。経営権と所有権の両方が移転すること
従業員承継	事業承継促進枠	承継予定者は役員として3年以上、または継続3年以上雇用され業務に従事した経験が必要
第三者承継（M&A）の買い手	専門家活用枠 買い手支援類型	通常版と100億企業特例があり、同一公募回での同時申請は不可
第三者承継（M&A）の売り手	専門家活用枠 売り手支援類型／小規模売り手支援類型	両方に同時申請することはできず、どちらか一方を選ぶ
M&A後の統合（PMI）	PMI推進枠	専門家費用ならPMI専門家活用類型、設備投資なら事業統合投資類型
M&Aで譲り渡せず廃業して再挑戦	廃業・再チャレンジ枠（単独申請）	対象会社と議決権の過半数を有する支配株主または株主代表による共同申請が必要
承継・M&A・PMIに伴う一部の廃業	廃業・再チャレンジ枠（併用申請）	主となる枠への上乗せ。廃業・再チャレンジ枠への別申請は不要

併用の可否も申請前に確認してください。廃業・再チャレンジ枠は事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠のいずれとも併用できます。専門家活用枠の買い手支援類型（Ⅰ型）とPMI推進枠のPMI専門家活用類型は、同一公募回で同時に申請できます。一方、事業承継促進枠と専門家活用枠・PMI推進枠を同一公募回で申請することはできません。枠ごとの詳細は4つの枠の違いを参照してください。

工程1（続き）：GビズIDの取得と対象要件の確認

枠が決まったら、並行してGビズIDプライムアカウントを取得します。申請から使える状態になるまで1〜2週間、混雑時は3週間程度かかると要領に記載されています。16次公募の締切（2026年11月6日17:00）から逆算すると、10月上旬までには手続きを始めておきたいところです。

同じ時期に、自社が対象事業者に該当するかを確認します。中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠しており、次のような場合は対象外です。

確認事項	対象外となる場合
法人格	社会福祉法人、医療法人、一般社団法人・一般財団法人、学校法人、農事組合法人、組合等の法人格、法人格のない任意団体
資本関係	みなし大企業・みなし同一法人（親会社が議決権の50%超を持つ子会社等）
決算の実績（事業承継促進枠）	公募申請時点で対象会社が3期分の決算・申告を完了していない（個人事業主は開業届提出から5年未経過）
過去の補助金	経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金の交付を受け、事業化状況報告の実施義務を履行していない
他の補助金との重複	国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業

事務局は16次公募について、2026年10月9日(金)14:00からオンライン説明会を開催します（Microsoft Teamsタウンホール形式。申込受付は2026年9月9日から10月7日17:00まで）。専門家活用枠、PMI推進枠、事業承継促進枠、廃業・再チャレンジ枠の順に、各15分から55分程度で説明されます。ただし説明会は10月9日で、申請受付の開始は10月2日です。説明会を聞いてから準備を始めると、実質的な作業期間は1か月を切ります。

電子申請の具体的な流れはJグランツとGビズIDで扱っています。

工程2：認定経営革新等支援機関の確認書を取る

すべての枠で、認定経営革新等支援機関による確認書が必要です。確認する内容は枠によって異なります。

枠	支援機関が確認すること
事業承継促進枠	事業承継対象期間（公募申請受付終了日から5年後まで。16次公募なら2026年11月6日から2031年11月5日）に承継を完了する蓋然性が高いこと
廃業・再チャレンジ枠	廃業後の再チャレンジ事業計画の内容（単独申請の場合）
専門家活用枠	計画内容
PMI推進枠	計画内容

認定経営革新等支援機関には税理士や中小企業診断士などが認定されています。顧問税理士が認定支援機関であれば話が早いのですが、そうでない場合は探すところから始まります。この探索と依頼にかかる時間を工程に組み込んでおいてください。

あわせて注意したいのが、書類作成の代行についての規定です。行政書士（行政書士法人を含む）以外の者が有償で申請書類の作成を代行することは行政書士法違反となる可能性があり、交付決定後に発覚した場合は交付決定の取消し対象とされています。支援を受ける場合は、助言なのか作成代行なのか、誰がどこまでを担うのかを契約時に整理してください。詳しくは認定支援機関の確認書と申請代行の費用と注意点で扱っています。

工程3：事業計画をまとめる（書面審査の4着眼点）

審査は資格審査と書面審査の2段階です。資格審査で対象者・対象事業・補助上限額等の適合が確認され、そのうえで外部有識者で構成される審査委員会が書面審査を行います。書面審査の着眼点は次の4つです。

着眼点	計画に書くこと
取組の目的・必要性	現状の課題と、その解決手段としての承継・M&A・投資の位置づけ
取組の実現可能性	体制、スケジュール、資金手当て、外部の支援者
取組の収益性	売上・原価・利益の見込みと、その根拠となる数量・単価
取組の継続性	承継後の体制、人材の確保、設備の維持・更新の考え方

事業承継促進枠とPMI推進枠 事業統合投資類型では、生産性向上要件が課されます。補助事業期間を含む5年間の計画で、付加価値額または1人当たり付加価値額の伸び率が年3%以上向上する計画であることが求められます。付加価値額は営業利益・人件費・減価償却費の合計として定義されています。

この段階で加点事由の棚卸しもしておきます。経営力向上計画の認定、経営革新計画の承認、先端設備等導入計画の認定、（連携）事業継続力強化計画の認定、地域未来牽引企業、健康経営優良法人、サイバーセキュリティお助け隊サービスの利用、ワーク・ライフ・バランス推進、賃上げ表明などがあり、枠によって使えるものが違います。事業承継促進枠にはアトツギ甲子園出場者、地域おこし協力隊、成長加速マッチングサービスの登録、事業承継・引継ぎ支援センター等の支援を受けた事業承継計画書の策定、米国の追加関税措置の影響（16次で新規追加）があります。

賃上げによる上限引き上げを狙う場合は、公募申請時までに全従業員および役員へ表明していることが条件です。採択後の表明では要件を満たしません。事業承継促進枠とPMI推進枠 事業統合投資類型で従業員1人当たり給与支給総額の上昇率3%以上を達成すると、上限額が800万円から1,000万円になります。計画の書き方は事業計画書の書き方、加点は加点と審査の観点で扱っています。

工程4〜5：公募申請と採択

16次公募の申請受付期間は2026年10月2日(金)から2026年11月6日(金)17:00までです。当日中ではなく17:00が期限である点に注意してください。申請はJグランツから行います。

採択日は2026年12月下旬以降 順次（予定）とされています。参考として、直近の採択率は次のとおりです。

公募回	申請件数	採択件数	採択率
11次（専門家活用枠のみ実施）	590件	359件	60.8%
12次	742件	453件	61.0%
13次	481件	293件	60.9%
14次	512件	311件	60.7%

審査結果（不採択理由）についての個別の問い合わせに、事務局は一切応じないとされています。選考に係る審査料は徴収されません。また専門家活用枠は複数の公募回で「補助事業の特性に鑑み、採択者を非公表とする」と事務局が明記しており、採択企業の一覧を確認できる枠とできない枠があります。

不採択になった場合の考え方は不採択の理由で整理しています。

工程5〜6：交付申請と交付決定

採択後、あらためてJグランツから交付申請を行います。16次公募の交付申請受付期間は2027年1月上旬から2027年11月中旬（予定）、交付決定は2027年1月下旬以降 順次（予定）です。

交付申請では補助対象経費の内訳を提出します。ここで対象経費の考え方が要領と合っているかが確認されるため、対象外とされているものを混ぜないよう注意してください。

対象外となるもの	該当する枠
被承継者に支払う譲受費用（土地・資産の購入費用等）	事業承継促進枠
売上原価に相当する経費	全枠共通
M&A支援機関登録制度に未登録の業者へのFA・仲介手数料	専門家活用枠
相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合の当該費用	専門家活用枠
M&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料	PMI推進枠 事業統合投資類型
商品在庫等を売却して対価を得る場合の処分費	廃業費全般
ファイナンスリース取引の解約金・違約金、リース資産の売買費用	廃業費全般

交付申請の受付期間には幅がありますが、先延ばしにするメリットはありません。事業実施期間の終わりは2028年3月中旬（予定）で固定されているため、交付決定が遅れればその分だけ事業に使える時間が短くなります。補助事業期間は各枠の要領に「2027年1月（下旬予定）から14か月以内を想定」と記載されています。

交付決定通知書を受け取った日が、経費支出の起点です。ここから先の契約・発注・支払いが補助対象になります。詳しくは交付決定前の契約で扱っています。

工程7：補助事業の実施。順序を崩さない

交付決定後、補助事業を実施します。この段階で最も多い失敗が、契約・発注・支払いの順序と時期です。

専門家活用枠では、補助事業期間内に経営資源の引継ぎ（クロージング）が実現しなかった場合の扱いも定められています。上限額は通常版と100億企業特例で300万円、小規模売り手支援類型で50万円に縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費になります。買い手支援類型ではDDの実施が実質的に必須化されており、専門家に依頼せず自社で実施した場合はDD費用を補助対象経費に計上できません。

PMI推進枠では、公募申請時点でM&Aのクロージング日から3年以内の取組であることが単独申請の要件です。専門家活用枠と同一回で申請する場合は、交付申請時点で対象のM&Aが最終契約済みであることが要件になります。専門家活用枠側のM&Aがクロージングしなかった場合、PMI推進枠側も補助対象外になります。

途中で計画を変更する必要が生じた場合は、事前に変更の手続きが必要です。無断で内容を変えて実績報告に載せると、その部分が対象外と判断されることがあります。計画変更の手続きを確認してください。

工程8：実績報告・額の確定・精算払

補助事業が完了したら実績報告です。提出期限は交付規程に定められています。

手続き	様式	期限・内容
実績報告	様式第6	補助事業完了日から30日を経過した日、または交付決定通知書記載の補助事業完了期限日から10日を経過した日のいずれか早い方まで
額の確定	—	事務局が書類審査・現地調査等を行い、交付すべき補助金の額を確定
精算払請求	様式第7	額の確定後に提出し、補助金の支払いを受ける

補助金は実費弁済方式（精算払い）です。見積より安く済んだ場合は実費分のみが交付されます。超過交付があった場合は返還命令の対象で、未納の場合は年利10.95%の延滞金が定められています。また、消費税の仕入控除税額が事業完了後に確定した場合は、追加の報告や返還の対象になり得ます。

16次公募の実績報告期間は2027年6月上旬から2028年3月下旬（予定）、補助金交付手続きは2027年10月上旬以降 順次（予定）です。正当な理由なく実績報告を期限までに提出しない場合、原則として交付決定は取り消されます。

資金繰りの観点では、補助対象経費はいったん全額を自社で負担する前提になります。「採択されたら補助金で払う」という組み立てはできません。実務の詳細は実績報告と精算で扱っています。

工程9：事業化状況報告と、その後に効く義務

補助金を受け取った後も手続きは続きます。事業化状況報告（様式第12）を毎事業年度終了後90日以内に提出し、証拠書類は報告年度終了後5年間保存します。

枠・類型	提出期間
事業承継促進枠	補助事業完了後5年間（合計6回）
PMI推進枠 事業統合投資類型	補助事業完了後5年間（合計6回）
専門家活用枠（買い手・売り手・小規模売り手）	補助事業完了後3年間（合計4回）
PMI推進枠 PMI専門家活用類型	補助事業完了後3年間（合計4回）
廃業・再チャレンジ枠	補助事業完了後1年間（合計2回）

この報告を怠ると、将来の申請資格に影響します。過去に経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金の交付を受け、事業化状況報告の実施義務を履行していない場合は、本補助金への申請自体ができません。

後から効いてくる条件	内容
事業承継促進枠の事業承継対象期間	公募申請受付終了日から5年後まで（16次公募なら2031年11月5日）に承継完了が確認できない場合は原則返還
賃上げ要件	未達の場合、上限引き上げ額（最大200万円）の返還。事業計画期間中の各年度末に水準を維持できない場合も同様
賃上げ加点の未達	未達の報告から18か月間、中小企業庁所管の他の補助金の申請で正当な理由なく大幅に減点
専門家活用枠（100億企業特例）	事業化状況報告時に被承継者の従業員数が実績報告時より減少していた場合、減少率に応じた返還
取得財産の処分	処分制限があり、無断の処分は返還等の対象になり得ます
天災など責めに帰することができない理由	返還を求められません

報告の実務は事業化状況報告、財産の扱いは財産処分の制限で扱っています。

出典・参考情報

• 事業承継・M&A補助金事務局「令和7年度補正予算 事業承継・M&A補助金（14次公募〜）」（2026年9月4日更新・2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 事業承継促進枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 専門家活用枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 PMI推進枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 廃業・再チャレンジ枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 専門家活用枠 よくある質問」（2026年9月11日閲覧）
• 同「令和6年度補正予算 事業承継・M&A補助金（11次公募〜）」（採択結果・2026年9月11日閲覧）
• 中小企業庁「M&A支援機関登録制度」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業基盤整備機構「補助金活用ナビ 事業承継・M&A補助金」（2026年9月11日閲覧）

最終更新日: 2026年9月11日。本記事の日程・金額・手続きは16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）、交付規程および事務局サイトの事業スケジュール欄にもとづきます。スケジュールには事務局が「予定」と注記しているものが含まれ、変更される場合があります。申請前に各公式サイトで最新情報をご確認ください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。