事業承継補助金の申請代行費用｜補助対象外の理由と依頼先

申請代行の費用は補助金でまかなえるのか

補助金の申請書づくりを誰かに手伝ってもらうと費用が発生します。その費用自体を補助金で回収できるのか、という質問は非常に多く寄せられます。事業承継・M&A補助金についての答えははっきりしています。補助対象になりません。

ここでいう申請代行は、事業計画書や添付書類の作成そのものを外部が担うことを指します。公募要領は、これに要する費用を補助対象外と定めるだけでなく、誰が行えるのかについても制限を置いています。この記事では、その根拠、法令上の位置づけ、依頼するときに確認すべきこと、そして補助対象になる専門家費用との線引きを整理します。

分けて考えるべき2つの問い

この話題は、次の2つの問いが混ざりやすいところに難しさがあります。ひとつは「申請代行費用は補助対象経費になるか」という経費の問題、もうひとつは「誰に頼めるのか」という資格の問題です。両方とも公募要領に答えが書かれており、それぞれ別の箇所に記載されています。順に見ていきます。

補助対象外である根拠（公募要領の記載）

16次公募の公募要領は、別紙として補助対象経費の例示を掲載しています。そこに申請代行に関わる費用が「対象とならない経費の一部」として繰り返し登場します。

経費区分	対象とならない経費として明記されているもの	掲載されている要領
謝金	本補助金に関する書類作成代行費用	専門家活用枠 別紙 補助対象経費（事業費）
委託費	申請の作成を行政書士（または行政書士法人）に委任した際に要する費用	専門家活用枠 別紙 補助対象経費（事業費）
委託費	申請の作成を行政書士（または行政書士法人）に委任した際に要する費用	PMI推進枠 PMI専門家活用類型 別紙 補助対象経費
廃業支援費	本補助金に関する書類作成代行費用	専門家活用枠 別紙 補助対象経費（廃業費）

つまり、行政書士に正しく委任した場合であっても、その委任費用は補助対象経費になりません。「資格のある人に頼めば経費にできる」という理解は誤りです。逆に、資格の有無にかかわらず補助対象外である以上、費用は全額が自己負担になります。

審査そのものに費用はかからない

公募要領は、選考に係る審査料は徴収しないとしています。また、GビズIDプライムとJグランツの利用にも料金は発生しません（将来にわたって無料であることを約束するものではない、との注記があります）。制度側に支払う費用はなく、発生するのは民間の支援事業者に依頼した場合の費用と、印鑑証明書等の取得実費です。

誰が申請書類を作成できるのか（行政書士法との関係）

公募要領12.2（Jグランツについて）は、次のように明記しています。「行政書士（又は行政書士法人）でない者が、申請者に代わって有償で申請の作成をおこなうことは、行政書士法違反に該当する可能性があるほか、交付決定後に行政書士（又は行政書士法人）以外が申請の作成を行ったことが判明した場合、交付決定の取消となる可能性がある」。

関わり方	取扱い	根拠
事業者自身が申請書類を作成する	原則の形。内容を理解し確認したうえで申請する責任を負う	公募要領 申請を行う上での注意事項（事業者本人による申請）
行政書士または行政書士法人に有償で作成を委任する	可能。ただし証票の写しと委任契約書等の写しの提出が必要。費用は補助対象外	公募要領 12.2・14 必要書類
行政書士以外の者が有償で申請の作成を行う	行政書士法違反に該当する可能性。判明した場合は交付決定の取消しとなる可能性	公募要領 12.2
申請者自身による申請と認められない場合	正当な事由がなければ不採択または交付決定の取消し	公募要領 12.2
事業者本人の理解が著しく不足している場合	交付決定後であっても交付決定取消等の措置を講ずる場合がある	公募要領 申請を行う上での注意事項

「書いてもらう」ではなく「一緒に整理する」

公募要領の記載を素直に読むと、この補助金が想定しているのは、事業者が自ら事業計画を考え、その表現や制度理解の部分で専門家の助言を受けるという形です。書面審査の着眼点は【取組の目的・必要性】【取組の実現可能性】【取組の収益性】【取組の継続性】の4点で、いずれも事業者自身しか語れない中身が問われます。承継後にどう稼ぐのかを外部が代筆しても、実現可能性と継続性の説得力は上がりません。

行政書士に委任する場合に必要な書類

公募要領の必要書類一覧には、行政書士（または行政書士法人）に委任する場合の項目が独立して設けられています。委任すること自体は認められていますが、その事実を書類で示す必要があります。

提出書類	内容	確認ポイント
日本行政書士会連合会が発行する行政書士証票の写し	受任者が行政書士であることの証明	氏名・登録番号が読み取れること
委任契約書等の写し	委任の事実と範囲を示す契約書	委任範囲が明記されていること

委任範囲が明記されていることという条件は、実務上の意味があります。どこまでを委任し、どこからを事業者自身が行うのかを契約書で線引きしておけば、事務局から確認を受けたときにも説明ができます。範囲があいまいな契約書は、この要件を満たさないおそれがあります。

申請そのものに必要な準備

準備物	内容	所要期間・注意
GビズIDプライムアカウント	Jグランツを利用するために必須。利用料は無料	申請・発行に1週間程度、混雑時は3週間程度
印鑑証明書または印鑑登録証明書の原本	GビズIDプライムの取得に必要（発行日より3か月以内）	法務局または地方公共団体で取得（実費）
法人代表者印または個人事業主の実印を押印した申請書	GビズIDプライムの取得に必要	代表者本人の対応が必要
法人代表者または個人事業主本人のメールアドレス	GビズIDプライムの取得に必要	担当者の個人アドレスでは不可
認定経営革新等支援機関の確認書	枠に応じて事業承継や計画内容の確認を受ける	締切直前は依頼が間に合わないおそれがあるため余裕を持って依頼する
決算書等の財務資料	法人は直近期の決算書の損益計算書、個人事業主は確定申告書Bと青色申告決算書	枠・類型により求められる範囲が異なる

必要書類の全体像は必要書類の記事、認定支援機関の確認書の取り方は認定支援機関の確認書の記事で解説しています。

費用はどのような形で提示されるか

公的機関が公表している相場データはありません。ここでは、民間の支援事業者が費用を提示する際に用いられる一般的な形と、それぞれで確認すべき点を整理します。金額の水準については記載しません。

費用の形	内容	契約前に確認すること
着手金	契約時に支払う費用。採択の可否にかかわらず発生するのが通常	返金の条件、不採択時の扱い、再申請の際に再度発生するか
成功報酬	採択された場合に支払う費用。交付決定額に対する割合で設定されることがある	基準となる金額（採択額か、額の確定後の交付額か）、支払時期
月額の顧問料	継続的な支援に対する定額の費用	本補助金の申請支援が含まれるのか、別料金か
実費	印鑑証明書の取得費用、郵送費など	どちらが負担するか

資金繰りの前提を共有する

補助金の入金は補助事業が完了したあとです。16次公募の予定では、補助金交付手続きは2027年10月上旬以降 順次とされています。設備の支払いや専門家への報酬は、それより前に自己資金または借入でまかなう必要があります。事業承継促進枠の公募要領も「補助金交付までの間の事業資金に対するつなぎ融資の利用を検討する者は、できるだけ早めに金融機関等に対して相談すること」と記載しています。支援を依頼する際は、この資金繰りの前提を依頼先と共有しておいてください。

補助対象になる専門家費用との線引き

申請代行費用が対象外である一方で、この補助金は専門家の費用を補助することを目的とした枠を持っています。混同しないよう、対象になるものとならないものを並べて整理します。

費用	補助対象	区分・条件
本補助金の申請書類の作成代行	ならない	謝金・委託費・廃業支援費のいずれでも対象外
申請の作成を行政書士に委任した費用	ならない	委託費の対象外として明記
FA・M&A仲介の着手金・中間報酬・成功報酬等	なる	委託費。M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限る
デュー・ディリジェンス費用	なる	委託費。仲介者が行うものを除く
最終契約書等の作成・レビューを弁護士に委任した費用	なる	委託費
最終契約書に基づき取得すべき許認可等の取得に係る費用（行政書士）	なる	委託費。本補助金の申請作成とは別
不動産売買・定款変更・根抵当権の登記に係る司法書士への事務費用	なる	委託費。最終契約書に基づくもの
表明保証保険の保険料（引受審査料を含む）	なる	保険料
FA・仲介契約締結前のコンサルティング費用	ならない	委託費の対象外として明記
M&A成立後の経営改善等のコンサルティング費用	ならない	委託費の対象外として明記

ここで注目したいのは、同じ行政書士への支払いでも、本補助金の申請作成を委任した費用は対象外、最終契約書に基づき取得すべき許認可等の取得に係る費用は委託費として対象、と扱いが分かれる点です。「誰に払ったか」ではなく「何に対して払ったか」で判断されます。契約書と請求書の記載を業務内容ごとに分けておくことが、実績報告での立証につながります。

FA・仲介手数料の扱いはFA・仲介手数料の記事、DD費用はデュー・ディリジェンス費用の記事で詳しく解説しています。

依頼先の種類と、契約前に確認すること

事業承継・M&A補助金では、性格の異なる3種類の外部支援者が登場します。役割が違うため、必要な相手を必要な場面で使い分けることが大切です。

種類	役割	費用の補助対象
認定経営革新等支援機関	事業承継や再チャレンジの蓋然性、計画内容の確認書を発行する	確認書発行に関する費用は補助対象経費として要領に規定なし
行政書士・行政書士法人	申請書類の作成を有償で受任できる唯一の資格者	対象外（委託費の対象外として明記）
登録M&A支援機関（登録FA・仲介業者）	M&Aのマッチング・交渉・手続進行を支援する	対象（専門家活用枠の委託費。登録されていることが条件）

公的な相談窓口

費用をかけずに相談できる先もあります。事業承継・引継ぎ支援センターは全国47都道府県に設置された国の公的相談窓口で、親族内承継と第三者承継（M&A）のどちらにも対応しています。東京都のみ本部と多摩地域の2拠点があり、全国で48拠点です。事業承継促進枠では、事業承継・引継ぎ支援センターまたは中小機構地域本部の支援を受けた事業承継計画書の策定が加点事由にもなっています。窓口の使い方は事業承継・引継ぎ支援センターの記事で解説しています。

自社で進める場合の工程

公募要領が求めているのは事業者本人の理解です。外部の支援を受ける場合も、次の工程を自社が主導する前提で組み立ててください。

工程	やること	時期の目安（16次公募）
1. 枠を選ぶ	親族内・従業員承継なら事業承継促進枠、M&Aなら専門家活用枠、統合後の取組はPMI推進枠、廃業を伴うなら廃業・再チャレンジ枠	公募要領開示後すぐ（2026年9月4日以降）
2. GビズIDプライムを取得する	印鑑証明書等を準備して申請。1週間程度、混雑時は3週間程度	受付開始前に完了させる
3. 認定支援機関に確認書を依頼する	締切直前は間に合わないおそれがあるため早めに依頼	公募申請受付期間の前半までに
4. 事業計画を自社の言葉で書く	目的・必要性、実現可能性、収益性、継続性の4観点を意識する	受付期間中
5. 見積を取得する	1件50万円以上（税抜）は原則2者以上。専門家活用枠の外注費・委託費・システム利用料・保険料は50万円未満でも原則必須	受付期間中
6. Jグランツで提出する	提出完了を確認する。差し戻し・再提出依頼には速やかに対応する	2026年10月2日から11月6日17:00まで

申請の全工程は申請の流れの記事、事業計画書の書き方は事業計画書の書き方の記事、Jグランツの使い方はJグランツとGビズIDの記事にまとめています。

採択後にも続く手続きを見落とさない

申請サポートを依頼する際、支援範囲が公募申請までで終わっている契約は少なくありません。しかし、この補助金は採択されてからのほうが手続きが長く続きます。

段階	やること	期限
交付申請	採択後に交付申請を行い、交付決定通知を受ける	2027年1月上旬から2027年11月中旬（予定）
補助事業の実施	交付決定日以降の契約・発注・支払いのみが対象	交付決定日から2028年3月中旬（予定）
計画変更	該当する変更は事前に様式第3で承認を受ける	変更を実行する前
実績報告	様式第6を提出し、額の確定を受ける	完了日から30日を経過した日、または完了期限日から10日を経過した日のいずれか早い日
精算払請求	様式第7の精算払請求書を提出する	額の確定後
事業化状況報告	様式第12を提出する。枠により報告期間が異なる	各事業年度終了後90日以内

不採択となった場合の考え方は不採択の理由の記事、実績報告の実務は実績報告と精算の記事で扱っています。

まとめとチェックリスト

出典・参考情報

• 事業承継・M&A補助金事務局「専門家活用枠 16次公募要領・様式ダウンロード」（12.2 Jグランツについて／申請を行う上での注意事項／別紙 補助対象経費・2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「事業承継促進枠 16次公募要領・様式ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「PMI推進枠 16次公募要領・様式ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「専門家活用枠 16次公募 よくある質問」（2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「事業承継・M&A補助金 交付規程」（2026年9月11日閲覧）
• 中小機構「事業承継・引継ぎ支援センター一覧」（2026年9月11日閲覧）

最終更新日: 2026年9月11日。本記事は16次公募の公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および交付規程の記載に基づいています。制度の内容・様式・スケジュールは変更される場合があります。申請サポートの費用相場については公的に公表されたデータがないため、本記事では金額を記載していません。依頼にあたっては複数の依頼先から見積を取得し、契約内容を確認してください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。