M&A仲介手数料は補助金の対象｜登録支援機関と報酬の条件
申請実務
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
会社を譲り渡す、あるいは譲り受けるとき、多くの案件でM&A仲介会社やファイナンシャルアドバイザー（FA）が関与します。その報酬は決して小さくありません。
M&A仲介手数料は補助金の対象になるのか
会社を譲り渡す、あるいは譲り受けるとき、多くの案件でM&A仲介会社やファイナンシャルアドバイザー（FA）が関与します。その報酬は決して小さくありません。事業承継・M&A補助金の専門家活用枠は、まさにこの費用を補助対象とする枠です。ただし「M&Aで払った手数料なら何でも補助される」という制度ではありません。
公募要領は、委託費のうちFA業務または仲介業務に係る、相談料、着手金、中間報酬および成功報酬等の中小M&Aの手続進行に関する総合的な支援に関する経費等については、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象経費となる、と定めています。要件確認のタイミングは交付決定時です。
3つの落とし穴
- 依頼先が登録FA・仲介業者でなければ、支払った手数料は全額が補助対象外になる
- 専門家と契約する前に基本合意や最終契約を結んでいると、中間報酬・成功報酬が対象外になる
- 相見積を取らずに委託先を決めると、免除条件に当たらない限り補助対象として認められない
対象になるのは専門家活用枠
FA・仲介費用が補助対象になるのは専門家活用枠です。買い手支援類型（Ⅰ型）、売り手支援類型（Ⅱ型）、買い手支援類型の100億企業特例、小規模売り手支援類型の4つの類型があり、それぞれ独立した公募要領が存在します。一方、PMI推進枠の事業統合投資類型では、委託費のうちM&A仲介手数料、DD費用、M&Aコンサルティング費用、PMI専門家への手数料は対象外とされています。また、PMI専門家活用類型でもFA業務・仲介業務手数料やDD費用等のM&A成約に向けた業務委託費用は対象外です。枠ごとの役割分担を理解しておくことが第一歩です。
M&A支援機関登録制度への登録が前提
M&A支援機関登録制度は中小企業庁が運営する制度です。専門家活用枠は、この登録制度と直結しています。公募要領は次の3点を明記しています。
| 項目 | 公募要領の記載 |
|---|
| 対象の限定 | 委託費のうちFA・M&A仲介費用については、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者によるFAまたはM&A仲介費用のみを補助対象経費とする |
| 要件確認の時点 | 登録された FA・M&A仲介業者かの要件確認は、交付決定時とする |
| 情報提供 | 本補助金を利用した場合、事務局から利用した登録FA・仲介業者に関する情報をM&A支援機関登録事務局に対して情報提供し、登録FA・仲介業者に関する制度運用に利用することがある |
登録されているかどうかは、中小企業庁のホームページまたはM&A支援機関登録制度事務局のホームページで公表されています。公募要領も「補助対象事業においてFAまたはM&A仲介業者の利用を検討する場合は必ず参照すること」と求めています。依頼先を決める前に、必ず自分で確認してください。口頭の説明だけを根拠にしないことが重要です。
登録が必要な経費と不要な経費
- 登録が必要：FA業務または仲介業務に係る着手金、マーケティング費用、リテーナー費用、基本合意時報酬、成功報酬、価値算定費用等の中小M&Aの手続進行に関する総合的な支援の手数料等
- 登録が必要：デュー・ディリジェンスが契約の主な内容であるものの、支援内容にマッチング支援や中小M&Aの手続進行に関するものを含み、実質的にFA業務または仲介業務と同等と認められる場合のDD費用
- 登録が必要：マッチングサイトの提供と併せてFA業務または仲介業務のサポートを行うと認められる場合の、M&Aマッチングサイトの登録等に係るシステム利用料等
- 登録が不要：財務、法務等のデュー・ディリジェンスに係るDD費用
- 登録が不要：M&Aマッチングサイトの登録等に係るシステム利用料等（FA・仲介業務のサポートを伴わない場合）
自社が登録業者である場合の制限
公募要領は「M&A支援機関登録制度に登録されたFA・仲介業者若しくはFA・仲介業者（法人）の代表者が補助事業者となる場合、自己又はその関連会社をFA・M&A仲介等の委託先としない事業であること」と定めています。公募申請時に、他のFA・仲介業者へ委託する理由を求められる場合があるとも記載されています。M&A業界の当事者が自ら補助金を使う場合の自己取引を排除する規定です。
委託費に区分される費用形態の一覧
公募要領の別紙は、委託費を「業務の遂行が義務であり、結果責任を負わず業務受託者の裁量が許される契約形態」と定義し、対象となる費用形態を一覧で示しています。自社が支払う予定の報酬がどの形態に当たるかを確認してください。
| 費用形態 | 支払相手（例） | 概要 |
|---|
| 着手金 | FA・仲介 | アドバイザリー契約に基づき支払う着手金、情報提供に係る費用（情報提供料） |
| マーケティング費用 | FA・仲介 | 承継候補先、被承継候補先の選定およびアプローチに係る費用 |
| リテーナー費用 | FA・仲介 | アドバイザリー契約に基づき支払う月額報酬 |
| 基本合意時報酬 | FA・仲介 | アドバイザリー契約に基づき支払う基本合意時報酬 |
| 成功報酬 | FA・仲介 | アドバイザリー契約に基づき支払う成功報酬 |
| 価値算定費用 | FA・仲介・各専門家 | 企業価値・事業価値・株式価値等の価値算定に係る費用 |
| デュー・ディリジェンス費用 | 各専門家 | DD実施に係る費用（仲介者が行うものを除く）、環境調査・信用調査等、クロージング前に実施したプレPMIに係る費用 |
| 契約書等の作成・レビュー | 弁護士 | 最終契約書等の作成・レビューを弁護士に委任した場合の費用 |
| クロージングに向けた手続き費用 | 弁護士 | クロージング手続き等に関する弁護士への依頼費用 |
| クロージングに向けたアドバイス費用 | コンサルティング会社等 | カーブアウト財務諸表の作成等の専門家への依頼費用 |
| 不動産鑑定評価書の取得費用 | 不動産鑑定士 | 不動産の時価評価に係る費用 |
| 不動産売買・定款変更・根抵当権等の登記費用 | 司法書士 | 最終契約書に基づき登記する際の事務費用 |
| 許認可等申請費用 | 行政書士 | 最終契約書に基づき取得すべき許認可等の取得に係る費用 |
| 社会保険労務士への費用 | 社会保険労務士 | 最終契約に基づき労務関連手続きをする際に係る費用 |
| セカンドオピニオンの費用 | M&A支援機関 | 選任専門家以外のM&A支援機関から意見を求めるセカンドオピニオン費用 |
このうち、登録FA・仲介業者であることが求められるのは、FA業務・仲介業務に係る費用です。弁護士・司法書士・不動産鑑定士・社会保険労務士に支払う費用は、それぞれの業務内容に即した委託費として整理されます。契約書と請求書は、業務内容ごとに金額が分かる形にしておいてください。
中間報酬・成功報酬が対象になる時期の条件
もっとも間違いが起きやすいのがこの論点です。公募要領は、中間報酬と成功報酬について次のように定めています。
| 報酬 | 必要な要件 | 支払時期 |
|---|
| 中間報酬（基本合意に基づく） | AとBを補助事業期間内に行う | 補助事業期間内に支払った経費 |
| 成功報酬（最終契約に基づく） | AとCを補助事業期間内に行う | 補助事業期間中に支払った経費 |
| 記号 | 内容 | 注記 |
|---|
| A | 選任専門家と契約書を締結 | FA・M&A仲介費用に係る委託契約書 |
| B | 交渉相手と基本合意書を締結 | 意向表明書は不可。FA・仲介業者との契約書に、基本合意書締結時に申請した委託費における中間報酬支払の旨の記載があること |
| C | 交渉相手と最終契約書を締結 | FA・仲介業者との契約書に、最終契約書締結時に申請した委託費における成功報酬支払の旨の記載があること |
時期別の該当可否（公募要領の整理）
公募要領は、成功報酬を例にケースごとの可否を表で示しています。中間報酬については、成功報酬を中間報酬、最終契約を基本合意契約に読み替えます。
| ケース | 補助事業期間開始前 | 補助事業期間中 | 補助事業期間終了後 | 補助対象経費の該当可否 |
|---|
| 1 | なし | 専門家契約、最終契約、成功報酬支払 | なし | 対象になる |
| 2 | 専門家契約 | 最終契約、成功報酬支払 | なし | 対象にならない |
| 3 | 専門家契約、最終契約 | 成功報酬支払 | なし | 対象にならない |
| 4 | なし | 専門家契約、最終契約 | 成功報酬支払 | 対象にならない |
覚書で日付を動かすことはできません
公募要領は「補助事業期間開始前に経営資源引継ぎの交渉相手と最終契約書を締結しているにも関わらず、覚書等によって最終契約日を補助事業期間内に延長する行為は、原則補助事業期間内の最終契約とはみなさない」と明記しています。すでに話が固まっている案件を、補助金に合わせて書類上だけ後ろにずらす対応は認められません。補助金の活用を検討するなら、専門家との契約を結ぶ前の段階で制度を確認しておく必要があります。
ケース2が対象外になる点は特に注意が必要です。専門家契約そのものが補助事業期間の開始前、すなわち交付決定前に締結されていると、その後の最終契約と支払いが期間内であっても対象になりません。交付決定前の契約の扱いは交付決定前の契約の記事で詳しく解説しています。
相見積の原則と、その厳しさ
公募要領は、補助対象経費は1件（案件・発注）50万円以上（税抜）の支払いを要するものについて、原則として2者以上から見積（相見積）を取得することが必須であり、相見積の中で最低価格を提示した者を選定するよう求めています。さらに専門家活用枠では、外注費、委託費、システム利用料、保険料について、1件50万円未満の場合においても原則として相見積の取得が必須です。
| ルール | 内容 |
|---|
| 原則 | 2者以上から見積を取得し、最低価格を提示した者を選定する |
| 委託費の特則 | 1件50万円未満でも原則として相見積の取得が必須 |
| 見積書の要件 | 発行者、見積金額（申請経費の内訳記載）、業務受託期間、受託業務の範囲、その他見積の前提条件の記載があるもの |
| 1社から複数業務の見積を取る場合 | 各費用形態別の金額がわかる見積にする（例：成功報酬、価値算定費用、DD費用をそれぞれ分けて記載）。合計額のみの見積は、同条件の見積がないと相見積未取得と判断される |
| 業務外への依頼 | 明らかに業務外の専門家・業者に見積を依頼している場合（FA・仲介費用の見積を建設会社に依頼する等）は見積として認められない |
| 取得しない場合 | 相見積の取得が不要な場合を除き、相見積を取得しない場合には補助対象経費として認められない |
| 免除される場合でも | 相見積取得が不要な場合においても、選定先1社からの見積取得は必須 |
選定理由書は相見積の代わりになりません
公募要領は「選定理由書」および「関与専門家選定理由書」について、提出することで必ずしも相見積の代替として認められるものではなく、公募要領が定める相見積取得が不要な条件以外の選定理由は認められないと明記しています。「以前から付き合いがあるから」「この業者しか自社の業界を分かっていないから」といった理由は、条件に当てはまらない限り通りません。
相見積が不要になる条件
公募要領（専門家活用枠）は、相見積取得が不要な条件を3つに限定しています。条件2は委託費のうちFA・仲介費用のみ、条件3はシステム利用料のみに該当します。
| 条件 | 内容 | 必要な書類 |
|---|
| 条件1 | 選定先以外の2者以上に見積を依頼したが、すべての専門家・業者から見積を作成できないと断られた場合 | 2者以上から見積を断られたことが確認できる書面（電子メールの写し等） |
| 条件2 | FA・仲介費用において、専門家費用が移動総資産額または譲渡額に基づくレーマン表により算出された金額以下である場合 | 関与専門家選定理由書（レーマン表での報酬総額の試算額を記載） |
| 条件3 | システム利用料において、成功報酬（成約手数料）のみのM&Aマッチングサイトに複数登録する場合 | 対象サービスの概要および報酬体系が確認できる資料等 |
レーマン表による例外と、補助額の決まり方
条件2は、FA・仲介費用の実務に即した規定です。公募要領は、FA・仲介の選定専門家の見積額（着手金を含む報酬総額）が、次のレーマン表により算出される金額よりも低い金額または同額の場合は、相見積の取得が不要になるとしています。
| 譲渡額または移動総資産 | 乗じる割合 |
|---|
| 5億円以下の部分 | 5パーセント |
| 5億円超10億円以下の部分 | 4パーセント |
| 10億円超50億円以下の部分 | 3パーセント |
| 50億円超100億円以下の部分 | 2パーセント |
| 100億円超の部分 | 1パーセント |
移動総資産とは、譲渡額に負債額を加えた額です。公募要領は、このレーマン表について「中小企業庁が定めたものではなく、参照用としての一般的なものであり、M&A市場の実態および政策の観点から更新しうるものである」と注記しています。ただし、相見積の提出に代えてレーマン表を適用する場合には、原則としてこのレーマン表を算定根拠として補助対象経費を算出するとされています。
条件2を使うために必要な対応
| 対応事項 | 内容 |
|---|
| 試算額の記載 | 関与専門家選定理由書に、譲渡額または移動総資産に基づくレーマン表での報酬総額の試算額を記載する |
| 未定の場合 | 譲渡額または移動総資産が未定の場合は想定金額を記載する。FA・仲介専門家に確認のうえ、想定金額の根拠理由を詳細に記載する。根拠理由が未記載または不明確な場合は条件に該当しない |
| 比較の基準をそろえる | 見積額が譲渡額ベースなら譲渡額に基づくレーマン表と、移動総資産ベースなら移動総資産に基づくレーマン表と比較する（見積書と委託契約書の算出方法が同じであることが前提） |
| 最低報酬額がある場合 | FA・仲介費用の最低報酬額が記載されている場合は、相見積の提出を求められる |
| 少額案件の場合 | 譲渡額または移動総資産が少額で、レーマン表での報酬総額を最低報酬額が上回る場合は相見積を取得する |
公募要領が示す該当例と非該当例
- 該当する例：想定譲渡額5億円の前提で、FA専門家の見積額が成功報酬2,000万円と着手金500万円。合計2,500万円はレーマン表による算出額2,500万円（5億円の5パーセント）を上回らないため、相見積の取得は不要
- 該当しない例：想定譲渡額5億円の前提で、見積額が成功報酬2,500万円と着手金500万円。合計3,000万円はレーマン表による算出額2,500万円を上回るため、相見積の取得が必要
補助対象経費として認められる額
公募要領は、FA・仲介費用の補助対象経費の補助額について次のように定めています。いずれの場合も、見積額に補助率を掛け合わせた金額が補助上限額を超える場合には、補助上限額が補助額になります。
| 状況 | 補助対象経費の基礎となる額 |
|---|
| 相見積を取得している場合 | 見積の中で一番低い見積価格 |
| 相見積を取得していない場合（条件2に該当し、関与専門家選定理由書が整備されている場合） | レーマン表により算出される価格。事務局が理由書の記載内容を不十分と判断した場合は条件が充足されない |
参考として、M&A支援機関登録制度事務局が公表している登録支援機関を通じた中小M&Aの集計結果によれば、報告された中小M&A件数は2022年度が譲渡側4,036件・譲受側3,871件、2023年度が譲渡側4,681件・譲受側4,505件、2024年度が譲渡側4,940件・譲受側4,708件です。ただしこれは登録支援機関からの報告ベースの数字であり、日本の中小M&A全体の件数ではありません（本補助金の交付案件は報告が必須、それ以外は任意報告です）。
M&Aマッチングプラットフォームを使う場合、費用の区分が委託費とシステム利用料に分かれます。区分を誤ると、登録制度の要否が変わってしまいます。
| 内容 | 経費区分 | 登録制度の要否 |
|---|
| M&Aマッチングサイト等プラットフォーマーの登録料、利用料、成約手数料 | システム利用料 | プラットフォーマーは登録不要 |
| プラットフォーマーが付加的に提供するFAまたは仲介業務に関するサービス | 委託費 | 登録FA・仲介業者による支援に限り補助対象 |
| ファイル共有サービス、データストレージ等の使用料（バーチャルデータルームの使用料を含む） | 対象外 | 該当なし |
交付決定前の加入は成約手数料が対象外
公募要領は「M&Aマッチングプラットフォームへの加入は、交付決定以降に実施されたもののみが補助対象となります。交付決定前にM&Aマッチングプラットフォームに加入（利用契約の締結）を行い、補助事業期間中のM&A成約に伴ってM&Aマッチングプラットフォーマーへの成約手数料が発生した場合は、補助の対象外となります」と明記しています。すでにマッチングサイトに登録している状態で補助金を検討する場合は、この点を必ず確認してください。
なお、システム利用料についても原則として2者以上の見積が必要ですが、見積（相見積）に相当する資料として、対象サービスの概要および報酬体系が確認できるスクリーンショット等の提出が認められています。ただし、どのように価格を比較し対象サービスを選定したかについて説明を求められる場合があります。成約手数料のみが経費となるマッチングプラットフォームに複数契約する場合に限り、相見積は不要です。
対象外になる費用
公募要領の別紙は、委託費の「対象とならない経費の一部」を列挙しています。M&Aの前後に発生しがちな費用が並んでいるため、契約前に確認しておく価値があります。
| 対象とならない費用 | 典型的な場面 |
|---|
| 再生計画書の作成等のコンサルティング費用 | 事業再生を伴う案件で再生計画を専門家に作らせる |
| 経営資源引継ぎに伴う債務整理（法的整理および私的整理を含む）手続に係る費用 | 譲渡に先立って債務を整理する |
| FA・仲介契約締結前のコンサルティング費用 | 契約前の相談・下見的な検討に費用を払う |
| バリューアップのためのコンサルティング費用 | 譲渡価格を上げるための事前改善支援 |
| M&A成立後の経営改善等のコンサルティング費用 | クロージング後の改善支援 |
| 経営資源引継ぎを伴わない不動産売買に係る費用 | 不動産だけを切り出して売買する |
| PMI費用等、M&Aのクロージング後に発生する各種費用 | 統合後の作業（PMI推進枠の管轄） |
| 補助事業期間内に着手または実施されたと確認できない場合の経費 | 着手＝専門家等との補助対象経費に係る契約締結日、実施＝相手方との基本合意書または最終契約書の締結 |
| 申請の作成を行政書士（または行政書士法人）に委任した際に要する費用 | 本補助金の申請書類の作成委任 |
DD費用とFA・仲介費用は明確に区別する
公募要領は「デュー・ディリジェンス費用とFA業務又は仲介業務に係る費用は、明確にわかるように区別する必要があります。デュー・ディリジェンス費用とFA業務又は仲介業務に係る費用の分類が不明確な場合は、登録制度に登録されたFA・仲介業者の支援のみが補助対象となります」と記載しています。区分があいまいだと、DD費用まで登録要件の網にかかり、結果として対象外になり得ます。契約書・請求書の段階から分けておいてください。DD費用の詳細はデュー・ディリジェンス費用の記事で解説しています。
全枠に共通する重複の禁止
同一・類似の内容で国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金の交付を受けている、または受けることが決まっている場合は、本補助金を利用できません。交付決定後に判明した場合は取消しの対象です。この点はFAQでも明記されています。
類型別の補助率・上限と、クロージングに至らなかった場合
専門家活用枠は類型ごとに上限が異なります。「専門家活用枠は◯◯万円」と一括りにすると誤ります。
| 類型 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | DD費用の上乗せ | 廃業費の併用 |
|---|
| 買い手支援類型（Ⅰ型・通常） | 補助対象経費の3分の2以内 | 50万円 | 600万円 | プラス200万円 | プラス300万円 |
| 売り手支援類型（Ⅱ型・通常） | 2分の1または3分の2以内 | 50万円 | 600万円 | プラス200万円 | プラス300万円 |
| 買い手支援類型（100億企業特例） | 1,000万円以下の部分は2分の1、1,000万円超2,000万円までの部分は3分の1 | 50万円 | 2,000万円 | 設定なし | プラス300万円（補助率2分の1以内） |
| 小規模売り手支援類型 | 補助対象経費の3分の2以内 | なし | 450万円 | 設定なし | プラス150万円 |
売り手支援類型の補助率が3分の2になるのは、次のいずれかに該当する場合です。該当しない場合は2分の1以内になります。
| 要件 | 内容 |
|---|
| 要件1 | 物価高等の影響により営業利益率が低下している者。直近の事業年度（申告済み）と2期前の事業年度（通年）の比較、または直近の事業年度および進行中の事業年度のうち任意の連続する3か月（前年度同時期）の平均の比較で、営業利益率が低下していること |
| 要件2 | 直近決算期の営業利益または経常利益が赤字の者 |
成約しなかった場合、FA・仲介費用は原則対象外
補助事業期間内に経営資源の引継ぎ（クロージング）が実現しなかった場合、補助上限額が変更されます。買い手支援類型・売り手支援類型（通常版）と100億企業特例では上限が300万円に変更され、原則としてDD費用のみが補助対象経費として認められます（売り手支援類型ではDD費用およびシステム利用料）。小規模売り手支援類型では上限が50万円に変更され、着手金、システム利用料、DD費用が認められます。つまり成約に至らなかった場合、成功報酬はもちろん、多くのFA・仲介費用が補助対象から外れることになります。
また、100億企業特例で不採択となっても、補助上限額800万円の通常の買い手支援類型には自動的に移行しません。通常版と100億企業特例、小規模売り手支援類型と通常の売り手支援類型は、同一公募回での重複申請ができません。枠の全体像は専門家活用枠の記事、4枠の比較は4つの枠の違いの記事で整理しています。
実務チェックリスト
依頼先を決める前に
- M&A支援機関登録制度の公表情報で、依頼先が登録FA・仲介業者かを自分で確認する
- 自社が登録FA・仲介業者またはその代表者である場合、自己や関連会社を委託先にしない
- 2者以上から見積を取得し、最低価格を提示した者を選定する（委託費は50万円未満でも原則必須）
- 1社に複数業務を頼む場合、費用形態別に金額が分かる見積をもらう
- レーマン表による免除条件を使うなら、関与専門家選定理由書に試算額と根拠を詳細に書く
契約と支払いの順序
- 交付決定通知を受けてから専門家との委託契約を締結する
- 委託契約書に、中間報酬・成功報酬の支払いの旨を明記してもらう
- 基本合意書・最終契約書の締結を、専門家契約の締結後かつ補助事業期間内に行う
- 意向表明書は基本合意書として扱われないことを、交渉スケジュールに織り込む
- 支払いまでを補助事業期間内に完了させる
- 実績報告に備え、契約書、請求書、振込明細、専門家の成果物を業務ごとに整理する
16次公募の日程（2026年9月11日時点）
公募要領開示は2026年9月4日、申請受付は2026年10月2日から2026年11月6日17:00まで、採択日は2026年12月下旬以降 順次（予定）、交付決定日は2027年1月下旬以降 順次（予定）、補助事業期間は2027年1月下旬から14か月以内を想定しています。2026年9月11日時点では申請受付は始まっていません。専門家との契約は交付決定後という順序を守る必要があるため、案件の交渉スケジュールとこの日程の整合を早めに確認してください。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事は16次公募の公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）の記載に基づいています。レーマン表は公募要領の注記のとおり中小企業庁が定めたものではなく、参照用としての一般的なもので更新され得ます。制度の内容・スケジュールは変更される場合がありますので、必ず事業承継・M&A補助金事務局の公式サイトで最新の公募要領を確認してください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。
