事業承継・M&A補助金の対象経費｜枠別の区分と対象外
制度・仕組み
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
事業承継・M&A補助金の対象経費を調べるときにまず理解しておきたいのは、4つの補助枠それぞれに別々の公募要領があり、対象経費の区分もそれぞれに定められているという構造です。16次公募（令和7年度補正予算）では、事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠・廃業・再チャレンジ枠で公募要領のPDFが分かれており、専門家活用枠
対象経費は「枠ごとに別の表」で決まっている
事業承継・M&A補助金の対象経費を調べるときにまず理解しておきたいのは、4つの補助枠それぞれに別々の公募要領があり、対象経費の区分もそれぞれに定められているという構造です。16次公募（令和7年度補正予算）では、事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠・廃業・再チャレンジ枠で公募要領のPDFが分かれており、専門家活用枠にいたっては通常版・100億企業特例・小規模売り手支援類型の3種類が存在します。
そのため、「事業承継・M&A補助金の対象経費一覧」という単一の表は存在しません。自社がどの枠・どの類型で申請するのかを先に確定させ、その要領の経費区分に沿って見積を分解する、というのが正しい順序です。
枠と経費区分の対応関係
| 枠・類型 | 対象経費の大枠 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 承継を契機とした取組に要する経費（公募要領9章に規定。被承継者に支払う譲受費用は対象外） |
| 専門家活用枠 | 謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料の6区分 |
| PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用費用 |
| PMI推進枠 事業統合投資類型 | 設備費、外注費、委託費（統合作業の外部委託等） |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費の7区分 |
もう一点、経費区分より前に確認すべきことがあります。それは「対象となる事業者か」「対象となる承継・M&Aか」という入口の要件です。中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠し、みなし大企業・みなし同一法人（親会社が議決権の50%超を持つ子会社等）は対象外です。社会福祉法人・医療法人・一般社団法人・一般財団法人・学校法人・農事組合法人・組合等の法人格、および法人格のない任意団体も対象外とされています。ここに該当すると、どれだけ経費区分を精査しても申請そのものができません。
枠そのものの選び方は4つの枠の違い、金額の考え方は補助率と上限額で整理しています。
全枠共通の大原則（ここを外すと区分以前の問題になる）
経費区分の話に入る前に、どの枠でも共通して適用される原則があります。実務で最も損失が大きくなるのはこの部分の理解不足です。
| 原則 | 内容 | 外した場合 |
|---|
| 交付決定後に着手すること | 原則、交付決定日以降の契約・発注かつ支払いが完了しているものだけが対象経費 | 交付決定前に着手した経費は全額対象外 |
| 採択と交付決定は別物 | 採択は交付申請をする権利の保障であり、交付決定ではない | 採択通知で発注してしまうと対象外になる |
| 実費弁済（精算払い） | 先に支払い、実績報告と額の確定を経て後払い | 見積より安く済めば実費分のみの支払い |
| 売上原価は対象外 | 売上原価に相当する経費は全枠共通で対象外 | 仕入や材料費の計上は認められない |
| 国の他補助金との重複禁止 | 同一・類似内容で国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金の交付を受けている、または受けることが決まっている事業は対象外 | 交付決定後に判明した場合は取消しの対象 |
| 申請書類作成の代行 | 行政書士（行政書士法人を含む）以外の者が有償で申請書類の作成を代行することは行政書士法違反の可能性がある | 交付決定後に発覚した場合は取消しの対象 |
とくに1行目は毎回のように問題になります。M&Aの交渉や設備の発注は「思い立ったときに動く」性質のものなので、補助金のスケジュールと実務のスケジュールが噛み合わないことが起きがちです。16次公募では交付決定日が2027年1月下旬以降に順次と予定されており、公募申請から交付決定までに3か月前後かかる前提で計画を組む必要があります。
公的医療保険・介護保険等との関係
公的医療保険・介護保険の診療報酬・介護報酬、固定価格買取制度等との重複も対象外とされています（報酬事業の対象設備と完全に別事業所で分離できる場合の例外はあります）。クリニック・調剤薬局・介護事業所の承継では、この点を最初に確認してください。
もうひとつ見落とされやすいのが消費税の扱いです。交付規程では、消費税の仕入控除税額が補助事業完了後に確定した場合、追加の報告や返還の対象になり得るとされています。補助金は税抜経理を前提に精算されるという点を、経理担当者と早い段階で共有しておいてください。
また、事務局が補助金額を確定する際には書類審査に加えて現地調査等が行われることがあります。見積書・契約書・発注書・納品書・請求書・振込記録という一連の証憑がそろっていないと、対象経費として認められた区分であっても確定額から落とされることがあります。区分の議論と同じくらい、証憑の整合性が重要になります。
交付決定前の契約についての考え方は交付決定前の契約はどこまで許されるかで詳しく扱っています。
専門家活用枠の対象経費（6区分）
M&Aによる第三者承継で使う専門家活用枠の対象経費は、次の6区分です。廃業費を併用申請する場合は、これに廃業・再チャレンジ枠の7区分が加わります。
| 区分 | 想定される内容 | 注意点 |
|---|
| 謝金 | 専門家への謝礼 | 交付決定後の支出であること |
| 旅費 | M&Aに係る移動費用 | 補助事業に直接必要な範囲に限られる |
| 外注費 | 業務の外部委託 | 委託費との区分を要領に沿って整理する |
| 委託費 | FA業務・仲介業務に係る相談料、着手金、中間報酬、成功報酬、DD費用等 | FA・仲介業務は登録M&A支援機関への支払いのみが対象 |
| システム利用料 | M&Aマッチングプラットフォーム等の利用料 | 交付決定後の利用分であること |
| 保険料 | 表明保証保険の保険料 | 買い手・売り手の重複加入は不可 |
| （廃業費併用時）廃業支援費ほか7区分 | 廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リース解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費 | 上乗せは最大300万円（小規模売り手支援類型は150万円） |
専門家活用枠でM&Aを進める場合、金額の中心を占めるのは委託費です。そして、この委託費こそが最も厳しい条件のかかっている区分でもあります。次のセクションで詳しく見ていきます。
枠全体の要件は専門家活用枠の対象と上限、売り手側の使い方は売り手が使える補助金、買い手側は買い手が使える補助金にまとめています。
FA・仲介手数料は登録M&A支援機関への支払いだけが対象
専門家活用枠の委託費のうち、FA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象経費となります。未登録の業者に支払った費用は、金額の大小にかかわらず全額が対象外です。
相見積りにも登録が必要
相見積りを取る相手も登録FA・仲介業者である必要があります。さらに、相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外とされています（16次公募 専門家活用枠 よくある質問 Q9）。「付き合いのある業者に頼みたい」という理由で高い方を選ぶと、その費用は補助対象になりません。
中間報酬・成功報酬が対象になるタイミング
成功報酬や中間報酬は、支払った事実があれば対象になるわけではありません。報酬の根拠となる出来事が、いつ起きたかが問われます。
| 報酬の種類 | 根拠となる出来事 | 対象となる条件 |
|---|
| 着手金・相談料 | 専門家との契約締結 | 登録FA・仲介業者との契約であること |
| 中間報酬 | 交渉相手との基本合意書の締結 | 補助事業期間内に、かつ専門家契約の締結後に行われていること |
| 成功報酬 | 最終契約の締結 | 補助事業期間内に、かつ専門家契約の締結後に行われていること |
すでに基本合意や最終契約を結んだ後で専門家と契約した場合、その専門家への報酬は原則として対象外になります。覚書等で契約日を補助事業期間内に延長するといった行為も原則として認められません。「話がまとまってきたから補助金を使おう」という順序では間に合わない、という点は最初に押さえておくべきです。
登録状況の確認方法
M&A支援機関登録制度は中小企業庁が運営しており、登録支援機関のデータベースは公式サイトで検索できます。「中小M&Aガイドライン」（第3版）の遵守宣言をした登録機関には第3版対応の表示があります。契約前に必ず検索し、登録されていることを確認してください。制度の詳細は登録M&A支援機関とはで解説しています。手数料そのものの扱いはM&A仲介手数料と補助金にもまとめています。
DD費用と表明保証保険の扱い
専門家活用枠の中でも、DD費用と保険料はルールが独立しているため個別に確認が必要です。
DD（デュー・ディリジェンス）費用
| 項目 | 内容 |
|---|
| 上乗せ額 | 通常版の買い手・売り手支援類型で、600万円の上限に最大200万円を上乗せ（合計800万円） |
| 買い手支援類型での位置づけ | DDの実施が実質的に必須化されている |
| 自社実施の場合 | 専門家に依頼せず自社で実施した場合、DD費用は補助対象経費に計上できない |
| 売り手側 | DDの実施・費用計上は可能だが、実務上のケースは限定的とされる |
| クロージング未成立時 | 補助上限額が縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費となる |
| PMI推進枠での扱い | PMI推進枠ではDDの実施が加点事由。ただし事業統合投資類型ではDD費用は対象外 |
表明保証保険の保険料
保険料の区分では、表明保証保険の保険料が対象になります。買い手支援類型では買い手が手配した保険料、売り手支援類型では売り手が手配した保険料が対象です。同一案件で買い手と売り手が重複して加入することはできません。どちらが手配するかを交渉の早い段階で決めておく必要があります。詳しくは表明保証保険と補助金で扱っています。
DD費用を計上するなら順序を守る
- 登録M&A支援機関または専門家と、交付決定後に契約する
- 相見積りを取り、最低価格を提示した相手を選ぶ
- DDの実施内容と成果物を記録に残す（実績報告で確認される）
- クロージングに至らなかった場合の上限縮小を織り込んでおく
PMI推進枠の対象経費（類型を間違えると全額対象外）
PMI推進枠はPMI専門家活用類型と事業統合投資類型に分かれており、対象経費の性格がまったく異なります。とくに事業統合投資類型の対象外経費は、M&A関連費用を扱う際に必ず確認すべき項目です。
| 類型 | 対象経費 | 対象外 |
|---|
| PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用費用 | 設備投資そのもの（事業統合投資類型の管轄） |
| 事業統合投資類型 | 設備費、外注費、委託費（統合作業の外部委託等） | 委託費のうちM&A仲介手数料、DD費用、M&Aコンサルティング費用、PMI専門家への手数料 |
つまり、M&A後に「製造ラインを統合する設備を入れ、同時にPMIの専門家にも入ってもらう」という場合、設備は事業統合投資類型、専門家費用はPMI専門家活用類型または専門家活用枠、というように費用の出どころを分けて申請する必要があります。1つの類型にまとめて計上することはできません。
PMI専門家の要件
PMI専門家活用類型で費用を計上できる専門家は、金融機関（関連会社を含む）または弁護士・公認会計士・税理士・中小企業診断士・経営コンサルタント等とされています。なお、不正が発覚した場合は所属先の名称に加えて専門家個人名が公表される取扱いになっています。
そもそも対象にならないM&A
PMI推進枠では、グループ内の事業再編、物品・不動産等のみの売買、親族間の事業承継、被承継者・株主と承継者が同族関係者または支配関係にある法人間の取引は対象外です。譲渡価格0円や株価1円など取引価格の合理性が確認できない取引、事業譲渡で有機的一体の経営資源（設備・従業員・顧客等）の引継ぎが行われていない場合も対象外とされています。経費の議論に入る前に、対象となるM&Aかどうかを確認してください。
PMI推進枠の全体像はPMI推進枠とはにまとめています。
廃業・再チャレンジ枠の対象経費（7区分）
廃業に伴う費用は7つの区分で定められています。承継やM&Aに伴って一部の事業所をたたむ場合は、主となる枠に上乗せする併用申請として計上します。
| 区分 | 内容 | 実務上の例 |
|---|
| 廃業支援費 | 司法書士への登記申請手続きに係る経費 | 解散・清算結了の登記申請の代理手数料 |
| 在庫廃棄費 | 商品在庫の処分費用 | 売れ残り在庫の産業廃棄物処理費用 |
| 解体費 | 建物・設備の解体費用 | 作業場の付帯設備の撤去、機械の解体搬出 |
| 原状回復費 | 賃借物件の原状回復費用 | 店舗の内装撤去 |
| リースの解約費 | リース契約の解約に伴う費用 | オペレーティングリースの中途解約に係る費用 |
| 土壌汚染調査費 | 土地の返還・売却に必要な調査費用 | 工場跡地の土壌汚染状況調査 |
| 移転・移設費 | 設備等の移転・移設費用 | 残す事業の設備を別拠点へ移設する費用 |
対象外になりやすいのは次の2点です。商品在庫等を売却して対価を得る場合の処分費は対象外で、廃棄するのか換金するのかで結論が変わります。またファイナンスリース取引の解約に伴う解約金・違約金、リース資産の売買費用は対象外です。契約書を確認し、ファイナンスリースかオペレーティングリースかを先に切り分けてください。
枠の詳細は廃業・再チャレンジ枠とは、廃業費の範囲は廃業費用と補助金の対象範囲で扱っています。
事業承継促進枠で対象外と明記されている費用
事業承継促進枠は、5年以内に親族内承継・従業員承継等を予定している中小企業者等が、承継を契機とした取組を行う場合の枠です。対象経費は公募要領9章に定められています。ここでは、公募要領・FAQで明確に示されている点だけを整理します。
| 論点 | 公募要領・FAQで確認できる内容 |
|---|
| 被承継者への支払い | 事業承継に際して被承継者に支払う譲受費用（土地・資産の購入費用等）は補助対象経費とならない（9章） |
| 事業計画書への記載 | 事業承継計画書に補助対象設備の投資計画を明示する必要はない（FAQで明確に否定されている） |
| 生産性向上要件 | 補助事業期間を含む5年間の計画で、付加価値額または1人当たり付加価値額の伸び率を年3%以上向上させる計画であること。付加価値額は営業利益＋人件費＋減価償却費 |
| M&Aによる第三者承継 | 事業承継促進枠の対象外。M&Aは専門家活用枠の管轄 |
| 廃業費の併用 | 承継に伴う一部廃業は併用申請で最大300万円を上乗せ |
1行目は誤解が多い部分です。事業承継そのものにかかる株式の取得費用や、被承継者から資産を買い取る費用は補助対象になりません。この枠が支援するのは「承継を契機として、承継後の事業をどう伸ばすか」という取組であって、承継の対価そのものではない、と理解してください。
経費区分の詳細は要領9章で確認する
事業承継促進枠の経費区分の詳細は、16次公募 事業承継促進枠 公募要領の9章に記載されています。本記事では公募要領・FAQで明確に確認できた内容のみを掲載しており、区分名の網羅的な一覧は掲載していません。申請前に必ず公募要領本体をご確認ください。
枠の要件全体は事業承継促進枠の対象と要件、事業計画書の書き方は事業計画書の書き方で解説しています。
横断的な対象外リスト（全枠共通の禁止事項）
枠をまたいで共通する対象外・禁止事項をまとめます。見積の段階でこのリストと突き合わせておくと、後戻りを防げます。
| 対象外となるもの | 該当する枠 |
|---|
| 売上原価に相当する経費 | 全枠 |
| 交付決定前に契約・発注・支払いを行った経費 | 全枠 |
| 国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業 | 全枠 |
| 公的医療保険・介護保険の診療報酬・介護報酬、固定価格買取制度等と重複するもの | 全枠 |
| 被承継者に支払う譲受費用（土地・資産の購入費用等） | 事業承継促進枠 |
| M&A支援機関登録制度に未登録の業者へのFA・仲介費用 | 専門家活用枠 |
| 相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合の費用 | 専門家活用枠 |
| 専門家契約の締結前に基本合意・最終契約を結んでいた場合の中間報酬・成功報酬 | 専門家活用枠 |
| 自社で実施したDDの費用 | 専門家活用枠 |
| M&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料 | PMI推進枠 事業統合投資類型 |
| 商品在庫等を売却して対価を得る場合の処分費 | 廃業費全般 |
| ファイナンスリース取引の解約金・違約金、リース資産の売買費用 | 廃業費全般 |
加点未達が他の補助金にも波及する
加点事由を申請して交付決定を受けたにもかかわらず、賃上げ等の要件が事業化状況報告で未達だった場合、未達の報告から18か月間、中小企業庁が所管する他の補助金の申請で正当な理由なく大幅に減点される取扱いがあります。対象にはものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、IT導入支援事業、小規模事業者持続化補助金、事業再構築補助金、新事業進出補助金、中小企業省力化投資補助事業などが挙げられています。
見積を取る前にやっておく区分の切り分け
対象経費でつまずく原因の多くは、見積の取り方にあります。1枚の見積書に対象経費と対象外経費が混ざっていると、実績報告の段階で切り分けができず、まるごと認められないという事態になりかねません。
| 手順 | やること | 目的 |
|---|
| 1 | 申請する枠・類型を確定する | 適用される経費区分の表を1つに絞る |
| 2 | 費用を区分名ごとに分解する | 実績報告での照合を容易にする |
| 3 | FA・仲介業者の登録状況を確認する | 未登録業者への支払いを避ける |
| 4 | 相見積りを取り、最低価格の相手を選ぶ | 相見積り要件を満たす |
| 5 | 見積書を区分別に分けて発行してもらう | 対象・対象外の混在を防ぐ |
| 6 | 交付決定日以降に契約・発注する | 着手時期の要件を満たす |
| 7 | 支払いの証憑を区分別に保管する | 実績報告と5年間の保存義務に備える |
証拠書類は事業化状況報告の報告年度終了後5年間の保存義務があります。実績報告は補助事業完了日から30日経過した日、または交付決定通知書に記載された補助事業完了期限日から10日経過した日のいずれか早い方までに提出する必要があり、期限に間に合わないと原則として交付決定が取り消されます。
認定経営革新等支援機関への相談は早めに
どの枠でも認定経営革新等支援機関による確認書の発行が必要です。締切直前は確認依頼が集中して間に合わない場合があると公募要領でも注意喚起されています。経費区分の切り分けについても、確認書を依頼する専門家と早い段階ですり合わせておくと手戻りが減ります。
必要書類の全体像は枠別の必要書類、確認書の取り方は認定支援機関の確認書で解説しています。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事は16次公募の各枠公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）およびよくある質問に基づいています。経費区分の詳細・全文は公募要領本体をご確認ください。制度内容は変更される場合がありますので、申請前に必ず各公式サイトで最新情報をご確認ください。
