会社を売る側が使える補助金｜売り手支援類型と小規模特例

売り手が使えるのは専門家活用枠の「売り手支援類型」

後継者が見つからず、会社や事業を第三者へ譲り渡すことを考え始めたとき、費用面の不安は小さくありません。仲介会社への着手金や成功報酬、資料の整備、専門家への相談料が積み上がるからです。事業承継・M&A補助金には、この売り手側の費用を支援する枠があります。専門家活用枠の売り手支援類型（Ⅱ型）です。

状況	使う枠・類型
会社・事業を第三者へ譲り渡す（通常）	専門家活用枠 売り手支援類型（Ⅱ型・通常版）
小規模事業者等が譲り渡す	専門家活用枠 小規模売り手支援類型
譲り渡しに伴い一部の事業を廃業する	廃業・再チャレンジ枠（併用申請・上乗せ）
M&Aで譲り渡せなかったので廃業する	廃業・再チャレンジ枠（再チャレンジ申請・単独）
親族や従業員へ引き継ぐ	事業承継促進枠（M&Aは対象外）

注意したいのは、事業承継促進枠との違いです。事業承継促進枠は親族内承継・従業員承継のための枠で、M&Aによる第三者承継は対象外です。第三者へ売却するなら専門家活用枠、という整理を最初に押さえてください。

枠の全体像は4つの枠の違い、第三者承継全体の整理は第三者承継（M&A）の補助金で扱っています。

売り手が使える2つの類型と上限額

売り手が選べるのは、通常版の売り手支援類型と、小規模売り手支援類型の2つです。それぞれ別の公募要領があり、上限額の体系も独立しています。

項目	売り手支援類型（Ⅱ型・通常版）	小規模売り手支援類型
対象	経営資源を譲り渡す予定の中小企業等	小規模事業者等の売り手
補助率	1/2または2/3以内（条件により分岐）	2/3以内
補助下限額	50万円	下限なし
補助上限額	600万円	450万円
DD費用の上乗せ	+200万円（合計800万円）	上乗せ区分なし
廃業費の併用	+300万円	+150万円
クロージング不成立時の上限	300万円（原則DD費用のみ）	50万円（原則DD費用のみ）

小規模事業者等の定義は、製造業その他が従業員20人以下、商業（卸売業・小売業）・サービス業が従業員5人以下、宿泊業・娯楽業が従業員20人以下です。この基準に当てはまる売り手は、通常版と小規模売り手支援類型のどちらを選ぶかという判断が生じます。

選び方の考え方はシンプルです。補助率が2/3になる条件（次のセクション）に該当し、かつ費用総額が大きい場合は、上限600万円（DD費用があれば800万円）の通常版のほうが有利になり得ます。一方、費用総額が小さく、補助率2/3の条件に該当しない場合は、下限額がなく一律2/3の小規模売り手支援類型が使いやすい設計です。通常版には補助下限額50万円がある点にも注意してください。

補助率が2/3になる条件と、1/2との差

売り手支援類型（通常版）の補助率は、次のいずれかに該当する場合に2/3以内になります。

条件	内容
①営業利益率の低下	物価高等の影響で営業利益率が直近事業年度またはその前年同時期と比べて低下している
②赤字	直近決算期の営業利益または経常利益が赤字である
いずれにも該当しない場合	補助率は1/2以内

この分岐は金額に直接響きます。以下は補助対象経費600万円の場合の計算の考え方です。モデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。

項目	補助率2/3の場合	補助率1/2の場合	小規模売り手支援類型（2/3）
補助対象経費	600万円	600万円	600万円
補助率を乗じた額	400万円	300万円	400万円
適用される上限額	600万円	600万円	450万円
補助見込額	400万円	300万円	400万円
自己負担の目安	200万円	300万円	200万円

補助率の判定は決算数値に基づきます。申請前に直近の決算書を確認し、どちらの補助率で申請することになるのかを把握しておいてください。また、補助金は精算払い（実費弁済）です。採択されても、まず自社で全額を支払い、実績報告と補助金額の確定を経てから交付されます。見積より安く済んだ場合は実費分のみが交付され、超過交付があれば返還命令の対象となり、未納の場合は年利10.95%の延滞金が課されます。

金額の全体像は補助率と上限額で扱っています。

売り手が計上できる経費（6区分）

専門家活用枠の対象経費は、謝金・旅費・外注費・委託費・システム利用料・保険料の6区分です。廃業費を併用申請する場合は、これに廃業・再チャレンジ枠の7区分が加わります。

区分	売り手側での想定	注意点
謝金	専門家への謝礼	交付決定後の支出であること
旅費	買い手候補との面談等に係る移動費用	補助事業に直接必要な範囲に限られる
外注費	業務の外部委託	委託費との区分を要領に沿って整理する
委託費	FA業務・仲介業務に係る相談料、着手金、中間報酬、成功報酬、DD費用等	FA・仲介業務は登録M&A支援機関への支払いのみが対象
システム利用料	M&Aマッチングプラットフォーム等の利用料	交付決定後の利用分であること
保険料	売り手が手配した表明保証保険の保険料	同一案件で買い手と売り手の重複加入は不可
（廃業費併用時）廃業支援費ほか7区分	廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リース解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費	通常版は+300万円、小規模売り手支援類型は+150万円

売り手にとって中心になるのは委託費、つまり仲介会社やFAへの手数料です。ここにM&A支援機関登録制度への登録という条件がかかっています。FA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象です。未登録の業者に支払った費用は全額が対象外になります。

なお、売り手側でもDDを実施し費用を計上することは可能ですが、実務上のケースは限定的とされています。DD費用の扱いはデューデリジェンス費用と補助金、手数料の扱いはFA・仲介手数料の扱いで扱っています。

契約のタイミングを外すと全額が対象外になる

売り手側の相談でもっとも多いのが、すでに仲介会社と契約してしまった後に補助金を知るというケースです。原則として、交付決定日以降の契約・発注かつ補助事業期間内に支払いが完了しているものだけが補助対象経費になります。

場面	補助金との関係
交付決定前に仲介契約を締結し着手金を支払った	原則として対象外
採択通知を受けた段階で契約した	採択は交付申請の権利の保障であり交付決定ではないため原則対象外
専門家契約の締結前に基本合意書を締結していた	中間報酬は原則対象外
専門家契約の締結前に最終契約を締結していた	成功報酬は原則対象外
覚書等で契約日を補助事業期間内に延長した	原則として認められない
補助事業期間内に支払いが終わらない	対象外。補助事業期間は2027年1月下旬予定から14か月以内

中間報酬・成功報酬については、その根拠となる基本合意書の締結や最終契約の締結が、補助事業期間内かつ専門家契約の締結後に行われている必要があります。専門家契約の締結が交渉の進み具合より後になると、単なる契約の遅滞と判断されて対象外になり得るとされています。

売却の相談を始めた段階で補助金の利用を検討しているなら、仲介会社との契約書に署名する前に、その業者が登録M&A支援機関かどうかと、公募のスケジュールを確認してください。16次公募では交付決定が2027年1月下旬以降に順次と予定されています。交渉自体は進めつつ、費用の発生する契約は交付決定後に行うという設計が必要です。

交付決定前の契約についての考え方は交付決定前の契約はどこまで許されるかで詳しく扱っています。

譲り渡せなかった場合の受け皿

売り手にとって現実的なリスクは、買い手が見つからない、あるいは条件が折り合わずに交渉が終わることです。事業承継・M&A補助金には、この場合の規定と受け皿が用意されています。

まず、補助事業期間内にクロージング（経営資源の引継ぎ）が実現しなかった場合、補助上限額は通常版で300万円、小規模売り手支援類型で50万円に縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費となります。

次に、M&Aで事業を譲り渡せなかった場合の受け皿として、廃業・再チャレンジ枠の再チャレンジ申請（単独申請）があります。

項目	再チャレンジ申請（単独）	併用申請
対象	M&Aで事業を譲り渡せなかった中小企業者等の株主・個人事業主が、新たなチャレンジのため既存事業を廃業する場合	専門家活用枠等と同時に申請し、M&Aに伴い既存事業の一部を廃業する場合
補助率	補助対象経費の2/3以内	他補助事業枠の補助率に従う
補助下限額	50万円（補助対象経費75万円未満は受付不可）	50万円
補助上限額	300万円	300万円（小規模売り手支援類型との併用は150万円）
申請形態	廃業する対象会社と、議決権の過半数を有する支配株主または株主代表による共同申請	該当する主枠への上乗せ。別申請は不要
その他の要件	廃業後の再チャレンジ事業計画を作成し、認定支援機関の確認を受けること	—

廃業費の対象経費は、廃業支援費（司法書士への登記申請手続き経費）、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費の7区分です。ただし、商品在庫等を売却して対価を得る場合の処分費は対象外、ファイナンスリース取引の解約に伴う解約金・違約金やリース資産の売買費用も対象外とされています。また、廃業費用のみで300万円を申請することはできず、事業費側の申請とセットであることが前提です。

実質同一株主による複数申請で内容が実質同一の場合、合計の補助額は300万円が上限になります。廃業・再チャレンジ枠の詳細は廃業・再チャレンジ枠、廃業費の範囲は廃業費用と補助金で扱っています。

申請の要件と手順

売り手が専門家活用枠に申請する場合の手順を整理します。

段階	やること	つまずきやすい点
1. 類型の決定	通常版の売り手支援類型か、小規模売り手支援類型かを決める	同一公募回で重複申請はできない
2. 補助率の確認	直近決算の営業利益率・損益から2/3か1/2かを判定する	決算数値に基づく判定
3. 支援機関の確認	依頼するFA・仲介業者がM&A支援機関登録制度に登録されているか確認する	未登録業者への支払いは全額対象外
4. 相見積りの取得	登録FA・仲介業者から相見積りを取る	最低価格を提示していない業者を選ぶと対象外
5. GビズIDプライムの取得	Jグランツ以外からの申請は受け付けられない	取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度かかる
6. 認定経営革新等支援機関の確認書	計画内容の確認を受ける	締切直前は依頼が間に合わないことがある
7. 公募申請	2026年10月2日〜11月6日17時（16次公募）	受付開始前に書類をそろえておく
8. 採択・交付申請・交付決定	採択は2026年12月下旬以降、交付決定は2027年1月下旬以降の予定	採択と交付決定は別物
9. 補助事業の実施	交付決定日以降に契約・発注し、期間内に支払いを完了する	補助事業期間は2027年1月下旬予定から14か月以内
10. 実績報告・額の確定・精算払請求	様式第6で報告し、確定後に様式第7で請求	実費弁済のため見積より安ければ実費分のみ
11. 事業化状況報告	専門家活用枠は補助事業完了後3年間（合計4回）	毎事業年度終了後90日以内に様式第12で提出

審査は資格審査と書面審査の2段階で、書面審査の着眼点は取組の目的・必要性、取組の実現可能性、取組の収益性、取組の継続性の4点です。専門家活用枠では、小規模事業者等に該当すること自体が加点事由とされています。審査結果（不採択理由）についての個別の問い合わせには事務局は一切応じません。

また、中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠し、親会社が議決権の50%超を持つ子会社等のみなし大企業・みなし同一法人は対象外です。社会福祉法人・医療法人・一般社団法人・一般財団法人・学校法人・農事組合法人・組合等の法人格、法人格のない任意団体も対象外とされています。過去に経営資源引継ぎ補助金や事業承継・引継ぎ補助金の交付を受け、かつ事業化状況報告の実施義務を履行していない場合は、今回の申請自体ができません。

申請全体の流れは申請の流れ、必要書類は枠別の必要書類で扱っています。

16次公募のスケジュールと採択の実績

16次公募（令和7年度補正予算）の日程は次のとおりです。すべて事務局が公表している予定であり、確定次第更新されます。

項目	時期
公募要領開示・サイト開設	2026年9月4日（金）
説明会申込受付	2026年9月9日（水）〜10月7日（水）17時まで
説明会	2026年10月9日（金）14時からオンライン開催
公募申請受付期間	2026年10月2日（金）〜2026年11月6日（金）17時まで
採択日	2026年12月下旬以降 順次（予定）
交付申請受付期間	2027年1月上旬〜2027年11月中旬（予定）
交付決定日	2027年1月下旬以降 順次（予定）
事業実施期間	交付決定日〜2028年3月中旬（予定）
実績報告期間	2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定）
補助金交付手続き	2027年10月上旬以降 順次（予定）

専門家活用枠の申請・採択の実績は次のとおりです。売り手と買い手を分けた内訳は公表されていません。

公募回	専門家活用枠 申請件数	専門家活用枠 採択件数	全枠合計の採択率
11次（2025年5月9日〜6月6日受付・専門家活用枠のみ実施）	590件	359件	60.8%
12次（2025年8月22日〜9月19日受付）	436件	266件	61.0%
13次（2025年10月31日〜11月28日受付）	267件	163件	60.9%
14次（2026年2月27日〜4月3日受付）	299件	180件	60.7%

専門家活用枠については、補助事業の特性に鑑み採択者を非公表とする扱いが複数の公募回で明記されています。売却を検討していることが外部に知られたくないという売り手の事情にも配慮された運用と言えます。日程の詳細は16次公募のスケジュール、採択率の推移は採択率の推移で確認できます。

売却を考え始めたときの相談先

売却は一度きりの意思決定であり、相談相手を間違えると取り返しがつきません。まずは公的な窓口を使うのが安全です。

相談先・制度	役割
事業承継・引継ぎ支援センター	全国47都道府県（東京都のみ本部と多摩地域の2拠点で計48拠点）に設置された国の公的相談窓口。親族内承継・第三者承継の両方に対応
M&A支援機関登録制度の登録支援機関	FA・仲介業務の委託先。補助対象経費とするには登録が前提。中小M&Aガイドライン（第3版）遵守宣言をした機関には第3版対応の表示がある
認定経営革新等支援機関	税理士・中小企業診断士等。申請に必要な確認書を発行する
都道府県の上乗せ補助金	本補助金の採択事業者を対象に自己負担額の一部を追加補助する制度がある都道府県がある

レーマン方式は、M&Aの報酬体系としてよく使われる方式です。M&A支援機関登録制度のサイトでは、譲渡額（または移動総資産額）5億円以下が5%、5億円超10億円以下が4%、以降段階的に逓減する例が示されています。実際の料率や最低手数料は業者によって異なるため、契約前に必ず書面で確認してください。

都道府県の上乗せ制度については、熊本県の中小・小規模事業者生産性・売上げ向上後押し事業補助金（自己負担額の最大1/10を上限200万円まで軽減、令和7年9月4日以降に最低賃金を超える賃上げをしていること等が条件）や、高知県の事業承継等推進事業費補助金・事業承継奨励給付金といった例が中小機構の紹介ページで挙げられています。全都道府県を網羅した一次資料は確認できていないため、お住まいの都道府県に上乗せ制度があるかどうかは各県の公式サイトで確認してください。

センターの使い方は事業承継・引継ぎ支援センター、後継者がいない場合の選択肢の整理は後継者不在のときの選択肢で扱っています。

出典・参考情報

• 事業承継・M&A補助金事務局「令和7年度補正予算 事業承継・M&A補助金（14次公募〜）」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 専門家活用枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 専門家活用枠 よくある質問」（2026年9月11日閲覧）
• 同「16次公募 廃業・再チャレンジ枠 公募要領ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 同「令和6年度補正予算 事業承継・M&A補助金（11次公募〜）」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業庁「M&A支援機関登録制度」および「登録支援機関を通じた中小M&Aの集計結果」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業基盤整備機構「事業承継・引継ぎ支援センター一覧」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業基盤整備機構「補助金活用ナビ 事業承継・M&A補助金」（2026年9月11日閲覧）

最終更新日: 2026年9月11日。本記事は16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局公表情報に基づいています。日程・要件は変更される場合がありますので、必ず各公式サイトで最新情報を確認してください。譲渡に伴う税務上の取扱い、事業承継税制、日本政策金融公庫の融資については一次情報を確認できていないため、具体的な数値には触れていません。本記事のシミュレーションはモデルケースであり、採択や補助額を保証するものではありません。