函館市の事業承継・M&A補助金2026｜枠と相談窓口
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公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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公募中 9件
函館市の事業承継・M&A補助金 2026年最新情報
この記事の結論
函館市で事業承継・M&A補助金を使うなら、承継の相手（親族・従業員・第三者）と費用の時期で申請する枠が決まります。補助率は1/3〜2/3、電子申請はJグランツのみ、16次公募の申請締切は2026年11月6日です。まずは北海道の事業承継・引継ぎ支援センターで無料相談してください。
函館市で事業承継・M&A補助金の相談先を探すなら、まず函館商工会議所に問い合わせましょう。水産加工や観光・宿泊などの事業者にとって、承継方法や時期に応じた枠選びが最初の課題です。事業承継・M&A補助金は、親族内・従業員承継なら事業承継促進枠を検討します。第三者承継は専門家活用枠、統合はPMI推進枠が検討対象です。承継に伴う一部廃業では、廃業・再チャレンジ枠の併用も確認します。16次公募要領は公開済みです。2026年9月11日時点で申請受付は始まっていません。受付予定は2026年10月2日〜11月6日17:00です。説明会は2026年10月9日にオンラインで開催され、申込は9月9日〜10月7日17:00までです。交付決定前の契約・発注・支払いは補助対象外のため、早めの準備が大切です。身近な相談先は函館商工会議所です。
| 申請枠 | 補助上限 | 補助率 | 主な対象 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 上限800万〜1,000万円 | 1/3〜2/3 | 親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。 |
| 専門家活用枠 | 上限600万〜800万円（要件を満たす場合は最大2,000万円） | 1/3〜2/3 | 第三者へのM&A（譲渡・譲受）に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。 |
| PMI推進枠 | 公募要領で確認 | 1/3〜2/3 | M&Aの成立後に行う経営統合（PMI）の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 原則300万円 | 1/3〜2/3 | 事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。 |
函館市の相談窓口
函館市の事業者が事業承継・M&Aの相談に使える窓口です。事業承継・M&A補助金の申請前に、承継の型と使える枠をここで確認しておくと手戻りがありません。
4つの申請枠と函館市での使い分け
4つの枠は「誰に引き継ぐか」「いつの費用か」で分かれます。承継前後の設備投資なら事業承継促進枠、M&Aの専門家費用なら専門家活用枠、成立後の経営統合ならPMI推進枠、たたむ費用なら廃業・再チャレンジ枠です。
専門家活用枠を使う前に
専門家活用枠では、M&A支援機関登録制度に登録された事業者（登録M&A支援機関）への費用であることが要件になる場合があります。契約前に登録の有無を公式の登録リストで確認してください。
事業承継促進枠を函館市で使う場合
補助上限：上限800万〜1,000万円 補助率：1/3〜2/3
親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。
対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わります。申請前に公募要領で確認し、判断に迷う場合は北海道の事業承継・引継ぎ支援センターに相談してください。
専門家活用枠を函館市で使う場合
補助上限：上限600万〜800万円（要件を満たす場合は最大2,000万円） 補助率：1/3〜2/3
第三者へのM&A（譲渡・譲受）に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。
対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わります。申請前に公募要領で確認し、判断に迷う場合は北海道の事業承継・引継ぎ支援センターに相談してください。
PMI推進枠を函館市で使う場合
補助上限：公募要領で確認 補助率：1/3〜2/3
M&Aの成立後に行う経営統合（PMI）の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。
対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わります。申請前に公募要領で確認し、判断に迷う場合は北海道の事業承継・引継ぎ支援センターに相談してください。
廃業・再チャレンジ枠を函館市で使う場合
補助上限：原則300万円 補助率：1/3〜2/3
事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。
対象経費の範囲と必要書類は公募回ごとに変わります。申請前に公募要領で確認し、判断に迷う場合は北海道の事業承継・引継ぎ支援センターに相談してください。
函館市の業種別 事業承継のポイント
函館市の主要産業（水産加工・観光・宿泊・造船・鉄工）で、事業承継・M&Aのときに問題になりやすい点をまとめます。
函館市の水産加工：事業承継で使える枠
函館市の水産加工で承継を検討する際は、加工設備、仕入れの体制、出荷先との契約を整理しましょう。親族内・従業員承継なら、事業承継促進枠の対象です。承継予定者は経営権と所有権の両方を引き継ぐ必要があります。M&Aによる第三者承継はこの枠の対象外です。書面審査では取組の目的・必要性、実現可能性、収益性、継続性が確認されます。契約や発注は交付決定後に行うことが原則です。採択と交付決定は別の手続きである点も押さえておきましょう。
函館市の観光・宿泊：事業承継で使える枠
函館市の観光・宿泊で承継を検討する際は、施設の運営体制、予約や取引先との契約、季節ごとの人員体制を整理しましょう。第三者への譲渡・譲受を伴うM&Aでは、専門家活用枠を検討します。FA・仲介業務に係る委託費は、M&A支援機関登録制度に登録された業者による支援に限り補助対象です。相見積りも登録業者から取る必要があり、最低価格を提示していない業者を選ぶと補助対象外になります。買い手支援類型はDD費用を200万円上乗せできます。契約の締結時期が交渉の進み具合より遅れないよう注意しましょう。
函館市の造船・鉄工：事業承継で使える枠
函館市の造船・鉄工で承継を検討する際は、設備の稼働状況、受注先との関係、技能の引継ぎを整理しましょう。M&A後の統合を進める段階では、PMI推進枠を検討します。計画策定の専門家費用はPMI専門家活用類型、設備やシステムの統合投資は事業統合投資類型が対象です。事業統合投資類型では、M&A仲介手数料やDD費用、PMI専門家への手数料は対象外です。グループ内の事業再編や親族間の承継は、対象になる事業再編・統合とはみなされません。対象要件を確認してから計画を立てましょう。
函館市独自の中小企業支援制度（公式サイトで確認済み）
函館市が実施している中小企業向けの支援制度のうち、公式サイトで内容を確認できたものです。事業承継・M&A補助金とは別制度ですが、承継後の投資に使えることがあります。
| 制度名 | 補助額 | 補助率 | 対象 | 担当・出典 |
|---|
創業バックアップ助成金（函館市創業支援事業）
受付状況：令和8年度募集は令和8年4月1日〜5月15日で終了（例年春募集・単年度制） | 一般枠：上限300万円／若者枠（35歳未満）：上限100万円（審査により決定額が申請額を下回る場合あり） | 審査により決定（対象経費の一部を助成。固定料率の明記なし） | 函館地域に事業拠点を設け、年度内に創業するか創業から5年以内の個人または中小企業者で、具体的な事業計画を有する者 | 函館市経済部工業振興課（事務局：函館市産業支援センター＝公益財団法人函館地域産業振興財団）
0138-34-2561（産業支援センター）／0138-34-2600（財団産業支援課）
公式
2026-09-10 確認 |
函館市特産品開発支援事業補助金
受付状況：【募集終了】令和8年度は令和8年4月1日〜4月15日受付、5月21日審査会実施済み（7件申請中6件を交付決定候補として選定） | 補助対象経費の3分の2以内、上限500万円（千円未満切り捨て） | 2/3以内 | 市内に事務所・事業所を有する食品関連中小企業者等が行う新商品開発の機械等設備導入・パッケージデザイン・商標登録等 | 函館市経済部食産業振興課
0138-21-3310
公式
2026-09-10 確認 |
函館市海外向け展示商談会等出展補助金
受付状況：受付中（令和8年4月1日〜令和9年2月28日。予算上限に達し次第終了） | 開催地が海外の場合は上限40万円、国内の場合は上限20万円 | 1/2以内 | 市内に事務所・事業所を有する中小企業者等（個人除く）が道外で開催される海外販路拡大目的の展示商談会等に出展する事業 | 函館市経済部食産業振興課（貿易担当）
0138-21-3452
公式
2026-09-10 確認 |
函館市EC活用支援事業補助金
受付状況：終了（令和7年度募集は令和7年4月1日〜9月30日で終了。令和8年度の募集情報は公式サイトに掲載なし） | 補助対象経費の2分の1以内、上限50万円（千円未満切り捨て） | 1/2以内 | 市内食品関連事業者（1年以上継続営業）が行う自社製造・加工食品を販売するECサイトの開設・リニューアル | 函館市経済部食産業振興課
0138-21-3310／0138-21-3314
公式
2026-09-10 確認 |
函館市DX・生産性向上補助金（設備導入補助金／生産性向上支援型）
受付状況：令和8年度の補助金事業（今年度分）は募集終了（4月20日〜6月30日）。前提となる専門家派遣事業（生産性向上支援型）は令和8年12月25日まで受付中 | 上限1,000万円 | 補助対象経費の1/2以内 | 市内中小企業等が工場等の生産現場で導入する機械装置（産業用ロボットを含む）・工具器具（測定工具・検査工具・電子計算機・デジタル複合機等）・専用ソフトウェア等 | 函館市経済部工業振興課
0138-21-3350
公式
2026-09-10 確認 |
函館市DX・生産性向上補助金（DX環境整備補助金／DX推進支援型）
受付状況：令和8年度の補助金事業（今年度分）は募集終了（4月20日〜6月30日）。前提となる専門家派遣事業（DX推進支援型）は令和8年12月25日まで受付中 | 上限250万円 | 補助対象経費の1/2以内 | 市内中小企業等が導入するソフトウェア・ITツール・サーバー、クラウドサービス利用費等 | 函館市経済部工業振興課
0138-21-3350
公式
2026-09-10 確認 |
函館市企業立地の促進に関する条例に基づく助成制度
受付状況：受付中（常時。工場等の工事着手60日前〜着手後30日以内に事前申請が必要） | 投資額・雇用増加数に応じた複数の補助類型（令和7年度より工場賃借料も対象、BPOサービス業を対象業種に追加）。具体額は個別協議・要問合せ | 補助類型ごとに異なる（詳細は要問合せ） | 函館市内に工場等を新設・増設する事業者（投資額・増加雇用者数が要件） | 函館市経済部企業立地推進課
0138-21-3321
公式
2026-09-10 確認 |
中小企業等経営強化法に基づく先端設備等導入計画（固定資産税の特例軽減）
受付状況：受付中（導入促進基本計画の計画期間：令和7年4月1日〜令和9年3月31日） | 固定資産税の課税標準の特例軽減（軽減率は函館市導入促進基本計画・国の制度改正に基づく。補助金ではなく税制優遇） | 税制優遇（補助率の概念なし） | 労働生産性を計画期間中に年平均3%以上向上させる先端設備等（機械装置、測定工具・検査工具、器具備品、建物附属設備、ソフトウェア）を市内で導入する中小企業者（全業種対象） | 函館市経済部工業振興課
0138-21-3350
公式
2026-09-10 確認 |
中小・小規模企業デジタル技術導入等緊急支援事業費補助金
受付状況：終了（令和7年3月19日〜5月19日で募集終了。令和8年度は後継事業「中小・小規模企業賃上げ環境整備等支援事業費補助金」を実施中） | 上限200万円または300万円（申請する枠により異なる） | 補助対象経費の1/2以内または3/4以内（申請する枠により異なる） | 道内の中小・小規模企業等（みなし大企業を除く）が行うデジタル技術を活用した生産性向上等の経営改善の取組（業種限定なし・水産加工業限定ではない） | 北海道経済部地域経済局中小企業課経営支援係
011-204-5331
公式
2026-09-10 確認 |
中小・小規模企業省エネルギー環境整備緊急対策事業助成金
受付状況：終了（令和6年度で終了。令和7年度は同事業の実施予定なしと公式発表） | 上限100万円 | 1/2または3/4（売上高が一定以上減少している場合は3/4） | 道内の中小・小規模企業等（個人事業者含む）が実施する省エネ設備への入替（太陽光発電・蓄電池等の再エネ設備導入に限定した制度ではない） | 北海道経済部地域経済局中小企業課小規模企業係
011-206-0494
公式
2026-09-10 確認 |
国の補助金と自治体の制度は、同一の経費に重ねて受けることはできません。経費を分けて申請できるかどうかは、それぞれの窓口に事前に確認してください。
函館市で申請するときのコツ
函館市で申請する事業者からよく出る論点をまとめました。
- 北海道事業承継・引継ぎ支援センターへ早期に相談しましょう。後継者の有無や承継方法が未定でも、事業と経営の課題を整理して伝えることが出発点です。
- 専門家活用枠のFA・仲介業務の委託費は、M&A支援機関登録制度の登録業者による支援に限り対象です。依頼前に登録状況を確認しましょう。
- 16次公募の申請受付は2026年10月2日〜11月6日17:00の予定です。公募要領は公開済みですが、2026年9月11日時点では受付前です。
- 電子申請はJグランツのみです。GビズIDプライムを準備しましょう。取得は1〜2週間、混雑時は3週間程度が目安のため、早めに手続きを進めます。
申請前に必ず確認すること
- 電子申請はJグランツのみです。GビズIDプライムのアカウントを先に取得してください。
- 交付決定の前に契約・発注した費用は対象外です。
- 16次公募の申請締切は2026年11月6日です。補助上限と対象経費は公募回ごとに変わるため、最新の公募要領で確認してください。
北海道全体の事業承継・M&A補助金情報
北海道全体の窓口一覧、県独自の上乗せ制度、採択の状況は都道府県別ガイドで解説しています。
函館市の主要業種別ガイド
函館市の主要産業（水産加工・観光・宿泊・造船・鉄工）向けの事業承継ガイドです。
北海道の他の市区町村ガイド
北海道内の他の市区町村のガイドもあわせてご覧ください。
函館市での申請に役立つ記事
制度の全体像と申請の手順は、以下の記事で詳しく解説しています。
出典・参考リンク
本ページの制度情報は以下の公式情報にもとづいています（2026-09-10 確認）。補助上限・対象経費・締切は公募回ごとに変わるため、申請前に必ず公式の公募要領をご確認ください。
補助金の申請・手続きを専門家に任せる
補助金は申請書類の作成や事業計画の策定に専門知識が必要です。採択率を高めたい方は、申請代行・申請サポートの専門家への相談も有効です。
