目次

食品製造業の事業承継・M&A補助金|対象経費と申請のポイント

専門家1 専門家2 専門家3

補助金の申請、プロに任せませんか?

事業承継・M&Aに詳しい税理士・中小企業診断士が無料で診断します

無料相談

食品製造の事業承継・M&A補助金 2026年ガイド

この記事の結論

食品製造の事業承継・M&Aでは、承継の相手と費用の時期で使う枠が変わります。補助率は1/3〜2/3、電子申請はJグランツのみ、16次公募の申請締切は2026年11月6日です。対象経費の区分は公募要領の表記どおりに整理してから申請してください。

食品製造業は製法や品質管理のノウハウが属人化しやすく、職人としての技術継承と主要取引先との関係維持が承継の実務上の焦点になります。製造現場で経験を積んだ従業員が代表を引き継ぐ場合は事業承継促進枠、廃業を検討する同業者をM&Aで譲り受けて設備や取引先を統合する場合は専門家活用枠、統合後の製造ライン一本化にはPMI推進枠が選択肢になります。老朽化した製造設備の更新は生産性向上要件の裏付けとなる投資です。食品衛生法上の許可の承継手続きは本補助金の要件とは別に保健所や専門家への確認が必要で、譲り受ける工場建物そのものの購入費用や、対価を得て売却する在庫の処分費は補助対象外である点にも注意が必要です。また、PMI推進枠(事業統合投資類型)ではM&A仲介手数料やDD費用は対象外となるため、専門家活用枠との役割分担を事前に整理しておくことが重要です。

申請枠補助上限補助率主な対象
事業承継促進枠上限800万〜1,000万円1/3〜2/3親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。
専門家活用枠上限600万〜800万円(要件を満たす場合は最大2,000万円)1/3〜2/3第三者へのM&A(譲渡・譲受)に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。
PMI推進枠公募要領で確認1/3〜2/3M&Aの成立後に行う経営統合(PMI)の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。
廃業・再チャレンジ枠原則300万円1/3〜2/3事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。

食品製造で使える対象経費と申請枠

食品製造の事業承継・M&Aで実際に相談の多い対象経費と、その使い方です。区分名は公募要領の表記に合わせています。金額は公募回ごとに変わるため、最新の公募要領で確認してください。

事業承継促進枠:食品製造での使い方

製造現場で技術を磨いてきた従業員が代表を引き継ぐ

審査で効く理由

製法や品質管理のノウハウを維持したまま経営権を移せます

承継前の設備投資:食品製造での使い方

老朽化した製造ラインや冷蔵・殺菌設備を更新し生産性を高める

審査で効く理由

付加価値額の伸び率要件に対応する具体的な投資として示せます

専門家活用枠(買い手支援):食品製造での使い方

廃業を検討する同業の食品製造業者を譲り受け、製造設備や取引先を統合する

審査で効く理由

DD費用の上乗せで製造設備の状態や許認可の確認に活用できます

PMI推進枠:食品製造での使い方

統合後、製造ラインやIT・会計システムを一本化する設備投資を行う

審査で効く理由

事業統合投資類型は経営統合効果を高める設備投資を対象とします

デューデリジェンス費用:食品製造での使い方

譲り受け予定先の食品衛生法上の許可状況や取引先との契約を専門家に確認する

審査で効く理由

許認可の有効性・取引継続性は承継後の事業継続に直結するため重点確認事項になります

食品製造の事業計画で書くべき観点

食品製造で審査を通す事業計画には、次の観点を数字と根拠つきで書き込んでください。

  1. 製法・品質管理のノウハウを承継後どう維持するか
  2. 製造設備への投資でどのように生産能力・付加価値額を高めるか
  3. 承継予定者が製造現場でどのような実務経験を積んできたか
  4. 主要取引先(卸・小売等)との関係を承継後どう維持するか
  5. 食品衛生法上の許可等の取り扱いをどのタイミングで整理するか(専門家確認前提)
専門家1 専門家2 専門家3

補助金の申請、プロに任せませんか?

事業承継・M&Aに詳しい税理士・中小企業診断士が無料で診断します

無料相談

食品製造で対象外になりやすい経費・不備

食品製造の申請で対象外と判断されやすい経費・書類の不備です。事前に潰しておくと差し戻しを避けられます。

つまずきやすい点

  • 交付決定前に発注・契約・支払いした製造設備の費用は対象外
  • 譲り受ける工場建物や土地そのものの購入費用は補助対象外
  • 原材料・製品在庫を売却して対価を得る場合、その処分費は対象外
  • PMI推進枠(事業統合投資類型)ではM&A仲介手数料・DD費用は対象外(専門家活用枠側で計上)

共通の注意点

交付決定の前に契約・発注した費用は対象外です。見積の取得までは進めて構いませんが、契約は交付決定を待ってください。

専門家活用枠では、M&A支援機関登録制度に登録された事業者(登録M&A支援機関)への費用であることが要件になる場合があります。契約前に登録の有無を公式の登録リストで確認してください。

食品製造の申請前チェックリスト

食品製造で申請するときに揃えるものです。書類の不足は差し戻しの最大の原因です。

申請前チェックリスト

  • GビズIDプライムアカウント
  • 認定経営革新等支援機関による確認書
  • 直近3期分の決算書・申告書
  • 食品衛生法上の許可等を示す資料
  • 承継予定者の製造現場での実務経験を示す書類
  • 製造設備・改修工事の見積書

GビズIDプライムは最初に取得する

電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行には時間がかかるため、16次公募の申請締切(2026年11月6日)から逆算して最初に手続きしてください。

食品製造の申請の流れ

食品製造が事業承継・M&A補助金を申請するときの一般的な流れです。詳細は公募回ごとの公募要領に従ってください。

  1. 事業承継・引継ぎ支援センターや顧問税理士に相談し、承継の型(親族内・従業員・第三者M&A・廃業)を固める
  2. 承継の型と費用の時期から、4つの枠のどれで申請するかを決める
  3. GビズIDプライムのアカウントを取得する
  4. 公募要領を読み、対象経費の区分ごとに見積を取得する
  5. 事業計画・必要書類を作成し、Jグランツから電子申請する
  6. 採択・交付決定を受けてから契約・発注する
  7. 事業を実施し、実績報告書を提出して補助金を受け取る

直近の採択実績

14次公募では申請512件に対して311件が採択され、採択率は60.7%でした(2026年5月15日発表)。

食品製造でよく使われる枠と経費については、それぞれの解説ページもあわせてご覧ください。

制度の全体像と申請の手順は、以下の記事で詳しく解説しています。

出典・参考リンク

本ページの制度情報は以下の公式情報にもとづいています(2026-09-10 確認)。補助上限・対象経費・締切は公募回ごとに変わるため、申請前に必ず公式の公募要領をご確認ください。

よくある質問(FAQ)

A承継前の設備投資は事業承継促進枠、M&A後の統合に伴う設備投資はPMI推進枠(事業統合投資類型)の対象になり得ます。
A許可の承継手続きは本補助金とは別の行政手続きです。保健所など所管窓口や専門家に確認してください。
A廃業に伴う在庫廃棄費は対象になり得ますが、売却して対価を得る場合の処分費は対象外です。
Aできません。事業統合投資類型ではM&A仲介手数料・DD費用・PMI専門家への手数料は対象外で、これらは専門家活用枠やPMI専門家活用類型側で申請します。
A承継予定者の実務経験や研修計画など、具体的な取り組みを記載することが実現可能性の説明として重要です。根拠のない数値目標は避けてください。
A電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行には時間がかかるため、16次公募の申請締切(2026年11月6日)から逆算して早めに取得してください。
専門家1 専門家2 専門家3 専門家4

無料で専門家に相談できます

税理士・中小企業診断士・行政書士・M&A支援機関が、承継の型に合った申請枠を診断し、申請をサポートします。

相談・診断は完全無料 申請実績豊富な専門家が対応 最短翌日に折り返し連絡

本記事の監修

齊木祐介(株式会社ASI 代表取締役)

AI・ロボティクスの導入支援、補助金・助成金の活用支援、専門メディアの運営など複数事業を統括。実務で得た知見をもとに、本サイトの情報を監修しています(運営:株式会社ASI)。

補助金の申請・手続きを専門家に任せる

補助金は申請書類の作成や事業計画の策定に専門知識が必要です。採択率を高めたい方は、申請代行・申請サポートの専門家への相談も有効です。

最新の問い合わせ・相談 もっと見る(過去の相談)→
事業承継・M&A補助金のことなら
専門家チーム 専門家 専門家 事業承継・M&Aをお考えの方 専門家に無料相談する 専門家 専門家 地域・業種から選べる お近くの専門家を探す