東京の事業承継・M&A補助金2026｜相談窓口と多摩の拠点
申請実務
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
事業承継・引継ぎ支援センターは、国が全国47都道府県に設置している公的な相談窓口です。親族内承継・従業員承継・第三者承継（M&A）のいずれにも対応します。
東京だけが2拠点。丸の内と立川
事業承継・引継ぎ支援センターは、国が全国47都道府県に設置している公的な相談窓口です。親族内承継・従業員承継・第三者承継（M&A）のいずれにも対応します。設置拠点の総数は48で、東京都のみ本部と多摩地域の2拠点体制になっています。
| 項目 | 東京都事業承継・引継ぎ支援センター | 東京都多摩地域事業承継・引継ぎ支援センター |
|---|
| 所在地 | 〒100-0005 東京都千代田区丸の内3-2-2 丸の内二重橋ビル6F | 〒190-0012 東京都立川市曙町2-38-5 立川ビジネスセンタービル12階 |
| 電話 | 03-3283-7555 | 042-595-9510 |
| ウェブサイト | jigyo-hikitsugi.go.jp | tama-hikitsugi.jp |
| 扱う相談 | 親族内承継、従業員承継、第三者承継（M&A） | 親族内承継、従業員承継、第三者承継（M&A） |
区部・都心の事業者は丸の内、多摩地域の事業者は立川という選び方が自然です。多摩の拠点は立川ビジネスセンタービル12階にあり、立川商工会議所と同じ建物に置かれています。どちらの拠点に相談するか、予約が必要かは、各センターの案内にしたがってください。
センターへの相談は加点事由につながる
- 事業承継促進枠の加点事由に、事業承継・引継ぎ支援センターまたは中小機構地域本部の支援を受けた事業承継計画書の策定が挙げられています。
- この加点は事業承継促進枠のみのもので、専門家活用枠の加点事由には含まれていません。
- 加点は採択を保証するものではありません。審査は資格審査と書面審査の2段階で行われます。
センターそのものの使い方は事業承継・引継ぎ支援センターの使い方で整理しています。
東京都内8つの商工会議所
地域の経営相談の入口としては商工会議所があります。東京都内には8つの商工会議所が設置されており、そのうち7つが多摩地域にあります。
東京商工会議所は23区全体を所管し、丸の内二重橋ビルにあります。東京都事業承継・引継ぎ支援センターと同じ丸の内3-2-2の建物です。
商工会議所が置かれていない市町村では商工会が窓口になります。所在地の商工会は東京都商工会連合会のサイトで探せます。なお、各商工会議所・商工会が認定経営革新等支援機関に認定されているかは組織ごとに異なるため、確認書の発行を依頼できるかは直接お問い合わせください。
目的別に、どこへ相談すればよいか
東京は相談先の選択肢が多く、かえって迷いやすい地域です。目的別に整理します。
| やりたいこと | 主な相談先 | 理由 |
|---|
| 誰に継ぐかがまだ決まっていない | 東京都事業承継・引継ぎ支援センター（多摩地域は立川の拠点） | 親族内承継・第三者承継の双方を扱う公的窓口。事業承継計画書の策定支援は加点事由にもなる |
| 後継者がいないので譲り先を探したい | 同センター、登録M&A支援機関 | 第三者承継の相談に対応。仲介・FA費用を補助対象にするには登録M&A支援機関の利用が前提 |
| 身近な経営相談から始めたい | 所在地の商工会議所・商工会 | 23区は東京商工会議所、多摩地域は7つの商工会議所が地域の窓口 |
| 確認書を発行してもらいたい | 認定経営革新等支援機関（税理士・中小企業診断士等） | 全枠で確認書の発行が必要。締切直前は依頼が集中する |
| 公募要領の解釈を確かめたい | 事業承継・M&A補助金事務局 | 枠ごとの公募要領とよくある質問が公開されている |
| 申請書類の作成を有償で任せたい | 行政書士（法人を含む） | 行政書士以外の者が有償で申請書類作成を代行することは行政書士法違反の可能性があり、交付決定後に発覚した場合は取消しの対象 |
東京には仲介会社やコンサルティング会社が集中しており、「補助金の申請を代行します」という営業を受ける機会も多い地域です。最後の行にあるとおり、有償の申請書類作成代行は行政書士の業務です。依頼先の資格を確認してください。費用感と選び方は申請代行の費用と注意点で整理しています。
M&Aの仲介・FAについては、M&A支援機関登録制度への登録の有無が決定的です。専門家活用枠では、委託費のうちFA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は登録されたFA・仲介業者が支援したものに限り補助対象で、未登録業者への支払いは全額対象外になります。さらに相見積りの相手も登録業者である必要があり、相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合も対象外です。
4つの枠と補助上限額
相談に行く前に制度の全体像を押さえておくと、話が早く進みます。事業承継・M&A補助金には4つの枠があり、それぞれ別の公募要領があります。使う枠は被承継者と承継予定者の関係で決まります。
| 枠・類型 | 対象になる承継 | 補助率 | 補助上限額 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 親族内承継・従業員承継等（M&Aによる第三者承継は対象外） | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 専門家活用枠 買い手支援類型 | 経営資源を譲り受ける中小企業等 | 2/3以内 | 600万円（DD費用上乗せで800万円） |
| 専門家活用枠 売り手支援類型 | 経営資源を譲り渡す中小企業等 | 1/2または2/3以内 | 600万円（DD費用上乗せで800万円） |
| 専門家活用枠 買い手支援類型（100億企業特例） | 将来売上高100億円を目指す買い手 | 1,000万円以下は1/2、1,000万円超2,000万円までは1/3 | 2,000万円 |
| 専門家活用枠 小規模売り手支援類型 | 小規模事業者等の売り手 | 2/3以内 | 450万円 |
| PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用 | 1/2以内 | 150万円 |
| PMI推進枠 事業統合投資類型 | IT・会計システムの統合等、統合効果を高める設備投資 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 廃業・再チャレンジ枠 | M&Aで譲り渡せなかった場合の廃業、または他枠との併用による一部廃業 | 単独申請は2/3以内、併用申請は他枠の補助率 | 300万円 |
補助率を分ける小規模事業者等の定義は、製造業その他が常時使用する従業員20人以下、商業（卸売業・小売業）・サービス業が5人以下、宿泊業・娯楽業が20人以下です。東京は小売業・サービス業の事業者が多く、その場合は5人以下という厳しい基準になります。従業員数を先に数えてください。枠ごとの違いは4つの枠の違い、金額の一覧は補助率と上限額にまとめています。
申請できる事業者にも制限があります。中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠しており、親会社が議決権の50%超を持つ子会社等（みなし大企業・みなし同一法人）は対象外です。また社会福祉法人・医療法人・一般社団法人・一般財団法人・学校法人・農事組合法人・組合等の法人格、および法人格のない任意団体も対象外とされています。
補助対象になる費用と、ならない費用
対象経費は枠ごとに別の公募要領で定められています。全体像は次のとおりです。
| 枠・類型 | 対象経費の大枠 |
|---|
| 事業承継促進枠 | 承継を契機とした取組に要する経費（公募要領9章に規定。被承継者に支払う譲受費用は対象外） |
| 専門家活用枠 | 謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料の6区分 |
| PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用費用 |
| PMI推進枠 事業統合投資類型 | 設備費、外注費、委託費（統合作業の外部委託等） |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 廃業支援費、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費の7区分 |
どの枠でも対象外になるもの
- 被承継者に支払う譲受費用（土地・資産購入費用等）。現経営者個人から会社が不動産や設備を買い取る代金はここに当たります。
- 売上原価に相当する経費。仕入や材料費は全枠共通で対象外です。
- 交付決定日より前に契約・発注・支払いをした費用。採択は交付申請をする権利が保障された段階であり、交付決定ではありません。
- 国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業。公的医療保険・介護保険の診療報酬・介護報酬、固定価格買取制度等との重複も対象外です。
- 未登録のFA・M&A仲介業者へ支払った手数料（専門家活用枠）。
- PMI推進枠の事業統合投資類型におけるM&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料。これらはPMI専門家活用類型または専門家活用枠の側で申請します。
廃業・再チャレンジ枠には、さらに細かい除外があります。商品在庫等を売却して対価を得る場合の処分費は対象外、ファイナンスリース取引の解約に伴う解約金・違約金とリース資産の売買費用も対象外です。都心のテナントで営業している事業者にとって現実的な計上対象は、原状回復費や解体費、設備の移転・移設費になります。ただし廃業費用のみで300万円を申請することはできず、事業費側の申請とセットであることが前提です。枠別の詳細は対象経費の一覧をご覧ください。
東京都の採択件数・上乗せ制度について確認できること
「東京は競争が激しいから採択されにくいのではないか」という質問を受けることがあります。ここは事実だけを書きます。
公開されているデータと、されていないデータ
- 事務局が公表しているのは枠別の申請件数・採択件数の集計値のみです。都道府県別・業種別の採択件数を示す公開データは見当たりません。
- 専門家活用枠・廃業再チャレンジ枠・PMI推進枠は、複数の公募回で「補助事業の特性に鑑み、採択者を非公表とする」と明記されています。採択企業の一覧は存在しません。
- 本補助金の採択事業者を対象に都道府県が自己負担額の一部を追加補助する制度は存在し、中小機構の紹介ページでは熊本県と高知県の例が挙げられています。ただし全都道府県を網羅した一次資料は確認できておらず、東京都に同種の上乗せ制度があるかは本記事作成時点（2026年9月11日）で公式に確認できていません。
制度全体の採択実績は次のとおりです。地域による有利不利を示すデータはありません。
| 公募回 | 申請件数 | 採択件数 | 採択率 |
|---|
| 11次（2025年7月11日採択・専門家活用枠のみ実施） | 590件 | 359件 | 60.8% |
| 12次（2025年10月27日採択） | 742件 | 453件 | 61.0% |
| 13次（2026年1月15日採択） | 481件 | 293件 | 60.9% |
| 14次（2026年5月15日採択） | 512件 | 311件 | 60.7% |
4回続けて60.7〜61.0%で推移しており、おおむね6割という水準です。12次の内訳は事業承継促進枠が申請250件に対し採択152件、専門家活用枠が436件に対し266件、PMI推進枠が55件に対し34件、廃業・再チャレンジ枠が1件に対し1件でした。推移の詳細は採択率の推移で整理しています。
東京都および各区市町村の独自制度については、都や区市の公式サイトで直接ご確認ください。本記事では、公式に確認できていない制度を推測で記載することはしません。
手続きで詰まりやすい4つのポイント
相談先が決まっても、手続きで止まることがあります。実務上のボトルネックを整理します。
| ポイント | 内容 | 対策 |
|---|
| GビズIDプライムアカウント | Jグランツによる電子申請のみで、それ以外の方法では受け付けない。取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度かかる | 枠の検討と並行して取得手続きを始める |
| 認定経営革新等支援機関の確認書 | 全枠で必要。事業承継促進枠と廃業・再チャレンジ枠は事業承継・再チャレンジの蓋然性、専門家活用枠とPMI推進枠は計画内容を確認する | 締切直前は依頼が集中して間に合わない場合があると要領が注意喚起している。早めに依頼する |
| 直近3期分の決算・申告 | 事業承継促進枠では公募申請時点で3期分の決算・申告を完了していることが必要（個人事業主は開業届提出から5年経過） | 顧問税理士と申告状況を確認する |
| 専門家契約と交渉の順序 | 中間報酬の根拠となる基本合意書、成功報酬の根拠となる最終契約の締結が、補助事業期間内かつ専門家契約の締結後である必要がある | 話がまとまってから仲介会社を立てる順序では対象外になり得る。契約の順序を先に設計する |
確認書の取り方は認定支援機関の確認書、電子申請の準備はJグランツとGビズID、交付決定前の扱いは交付決定前の契約の扱いで詳しく説明しています。
もうひとつ、過去の補助金との関係も確認してください。経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金の交付を受けていて事業化状況報告の義務を履行していない場合、今回の申請自体ができません。事業化状況報告は様式第12を毎事業年度終了後90日以内に提出するもので、提出期間は事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型が補助事業完了後5年間（合計6回）、専門家活用枠とPMI専門家活用類型が3年間（合計4回）、廃業・再チャレンジ枠が1年間（合計2回）です。報告義務は事業化状況報告にまとめています。
16次公募の日程と、相談から申請までの動き方
16次公募（令和7年度補正予算）のスケジュールは次のとおりです。公募要領は2026年9月4日に先行開示されており、2026年9月11日時点では申請受付はまだ始まっていません。
| 項目 | 時期 |
|---|
| 公募要領開示・サイト開設 | 2026年9月4日(金) |
| 説明会申込受付 | 2026年9月9日(水)〜10月7日(水)17:00まで |
| 説明会（オンライン） | 2026年10月9日(金)14:00〜 |
| 公募申請受付期間 | 2026年10月2日(金)〜11月6日(金)17:00まで |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） |
| 交付申請受付期間 | 2027年1月上旬〜11月中旬（予定） |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜2028年3月中旬（予定） |
| 実績報告期間 | 2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定） |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） |
説明会はオンライン（Microsoft Teamsタウンホール形式）で、専門家活用枠、PMI推進枠、事業承継促進枠、廃業・再チャレンジ枠の順に説明されます。申込受付は2026年10月7日(水)17:00までです。
| 時期 | やること |
|---|
| いま（2026年9月） | 東京都事業承継・引継ぎ支援センター（多摩地域は立川の拠点）または所在地の商工会議所へ相談。枠を決める。GビズIDプライムの取得手続きを始める |
| 2026年9月〜10月上旬 | 説明会に申し込む。認定経営革新等支援機関に確認書の発行を依頼する。決算・申告の状況を確認する |
| 2026年10月 | 事業計画を作る。専門家活用枠なら登録M&A支援機関から相見積りを取る |
| 2026年11月6日(金)17:00まで | Jグランツで公募申請する |
| 2026年12月下旬以降 | 採択結果を待つ。採択後も交付決定までは発注しない |
補助事業期間は2027年1月（下旬予定）から14か月以内を想定と各枠の要領に明記されています。「予定」と注記された項目は変更される場合がありますので、公式サイトで最新の日程を確認してください。全体の工程は申請の流れ、日程の詳細は16次公募のスケジュールをご覧ください。
補助金は実費弁済方式（精算払い）の後払いです。補助事業の完了後に実績報告（様式第6）を提出し、事務局の書類審査等を経て額が確定し、精算払請求書（様式第7）を提出して支払われます。16次公募の補助金交付手続きは2027年10月上旬以降 順次（予定）とされており、それまでの資金は自社で立て替えることになります。都心の賃料や人件費を抱えたまま長期間立て替えることになりますので、資金繰りを含めて計画してください。
相談の前に整理しておきたい6つの論点
窓口へ行く前に自社の状況を整理しておくと、相談の密度が上がります。最初に確認されるのは、おおむね次の6点です。
| 論点 | 確認すること |
|---|
| 誰に継ぐか | 親族・従業員・第三者のいずれか。これで枠が決まる（事業承継促進枠はM&Aによる第三者承継が対象外） |
| いつまでに継ぐか | 事業承継促進枠は公募申請受付終了日から5年後まで（16次公募なら2026年11月6日から2031年11月5日まで）に承継を完了する蓋然性が必要 |
| 株式をどう動かすか | 経営権と所有権（株式・持分等）の両方が移ることが要件。代表者の交代だけでは対象にならない |
| 従業員は何人か | 小規模事業者等の判定で補助率が1/2か2/3かが変わる。商業・サービス業は5人以下が基準 |
| 法人格・資本関係 | 対象外の法人格に当たらないか。親会社が議決権50%超を持つ子会社等でないか |
| 過去の補助金の報告状況 | 経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金の交付を受けていて事業化状況報告の義務を履行していない場合、今回の申請自体ができない |
審査の仕組みも知っておくと計画が書きやすくなります。審査は資格審査（対象者・対象事業・補助上限額等の適合確認）と書面審査（外部有識者で構成される審査委員会）の2段階で、書面審査の着眼点は【取組の目的・必要性】【取組の実現可能性】【取組の収益性】【取組の継続性】の4つです。審査結果や不採択理由についての個別の問い合わせに事務局は一切応じないとされており、選考に係る審査料も徴収されません。
事業承継促進枠の加点事由には、中小企業の会計に関する基本要領・指針の適用、経営力向上計画の認定・経営革新計画の承認・先端設備等導入計画の認定、地域おこし協力隊、地域未来牽引企業、健康経営優良法人、サイバーセキュリティお助け隊サービス利用、事業継続力強化計画の認定、アトツギ甲子園出場者、ワーク・ライフ・バランス推進、賃上げ表明、成長加速マッチングサービス会員登録、そして事業承継・引継ぎ支援センターまたは中小機構地域本部の支援を受けた事業承継計画書策定などが挙げられています。16次公募では米国の追加関税措置により大きな影響を受けていることも事業承継促進枠の加点事由として新たに加えられました。加点の全体像は加点事由と審査の観点をご覧ください。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事の金額・日程・要件は16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局サイトの記載にもとづきます。窓口の所在地・電話番号・ウェブサイトは2026年9月11日時点で取得した公式ディレクトリの情報です。移転や番号変更の可能性がありますので、訪問前に各窓口の公式サイトでご確認ください。スケジュールには事務局が「予定」と注記しているものが含まれ、変更される場合があります。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。
