事業承継・M&A補助金とは｜4つの枠と対象・上限を解説
制度・仕組み
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
事業承継・M&A補助金は、中小企業者等が事業を引き継ぐ場面で生じる費用を国が補助する制度です。ここでいう「引き継ぐ」には幅があります。
事業承継・M&A補助金とは何か
事業承継・M&A補助金は、中小企業者等が事業を引き継ぐ場面で生じる費用を国が補助する制度です。ここでいう「引き継ぐ」には幅があります。社長が息子や娘に代を譲る親族内承継、長年勤めた従業員に譲る従業員承継、外部の会社に売却する第三者承継（M&A）、そして買い手として他社の事業を譲り受ける場合。さらに、M&Aで譲り渡せなかった事業を畳んで再挑戦する場合も対象に含まれます。
この補助金でカバーされる場面
- 親族や従業員に事業を引き継ぎ、あわせて設備投資などの新しい取組を行う
- M&Aの相手探しや交渉のために、登録されたM&A支援機関や専門家に費用を払う
- M&Aの後、買った事業と自社を統合していく取組（PMI）を進める
- 承継やM&Aに伴って一部の事業を廃業する、または譲り渡せずに廃業して再挑戦する
現在実施されているのは令和7年度補正予算による16次公募です。公募要領は2026年9月4日に開示され、申請受付は2026年10月2日(金)から2026年11月6日(金)17:00まで。2026年9月11日時点ではまだ受付が始まっていません。要領だけが先に公開されている状態なので、この期間は準備にあてる時間だと考えてください。
申請はJグランツによる電子申請のみです。紙の郵送では受け付けられません。Jグランツを使うにはGビズIDプライムアカウントが必要で、取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度かかります。「まず何をすればいいか」と聞かれたら、答えはGビズIDの取得と枠の確認です。
名前が変わっている。「事業承継・引継ぎ補助金」を探して来た方へ
検索すると「事業承継・引継ぎ補助金」「事業承継補助金」「経営資源引継ぎ補助金」といった呼び名が混在して出てきます。これは名称が実際に変わってきたためです。中小企業基盤整備機構の紹介ページには「事業承継・引継ぎ補助金は令和6年度から『事業承継・M&A補助金』に名称が変わりました」と明記されています。
| 予算 | 公募回 | そのときの名称 |
|---|
| 令和2年度第3次補正予算 | 一次・二次公募 | 事業承継・引継ぎ補助金 |
| 令和3年度当初予算 | 公募実施 | 事業承継・引継ぎ補助金 |
| 令和3年度補正予算 | 1次〜4次公募 | 事業承継・引継ぎ補助金 |
| 令和4年度第2次補正予算 | 5次・6次公募 | 事業承継・引継ぎ補助金 |
| 令和5年度補正予算 | 7次〜10次公募 | 事業承継・引継ぎ補助金 |
| 令和6年度補正予算 | 11次〜13次公募 | 事業承継・M&A補助金（改称） |
| 令和7年度補正予算 | 14次〜16次公募 | 事業承継・M&A補助金 |
なお、事務局のFAQには「過去の『経営資源引継ぎ補助金』または『事業承継・引継ぎ補助金』において補助金の交付を受けた方は」という記述があり、事務局自身が2つの旧称を認識しています。どの回がどちらの呼称だったかを一次資料で厳密に特定することはできなかったため、本記事では「令和6年度（11次公募）から事業承継・M&A補助金に改称された」という確定部分のみを示しています。
枠の構成も変わっています。令和2年度から令和5年度（1次〜10次公募）は「経営革新事業」「専門家活用事業」「廃業・再チャレンジ事業」の3本立てで、経営革新事業には創業支援型・経営者交代型・M&A型の3類型がありました。現在の「事業承継促進枠」は経営革新事業を再編したもので、かつてあった創業支援型は現行の事業承継促進枠には存在しません。沿革の詳細は名称変更の沿革で扱っています。
4つの枠を一言で理解する
最初の分かれ道は「どの枠で申請するか」です。承継のしかたによって、使える枠が決まります。
| 枠 | 一言でいうと | こんな人向け |
|---|
| 事業承継促進枠 | 親族や従業員への承継とセットで新しい取組をする | 5年以内に子や従業員へ代を譲る予定があり、承継を機に設備投資などを考えている経営者 |
| 専門家活用枠 | M&Aの専門家に払う費用を補助する | 会社や事業を売りたい、または買いたい経営者。買い手支援類型と売り手支援類型がある |
| PMI推進枠 | M&Aの後の統合作業を支援する | M&Aで事業を譲り受け、統合を進めたい買い手 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 畳む費用を補助する | M&Aで譲り渡せず廃業して再挑戦する人、または承継・M&Aに伴い一部の事業を畳む人 |
最も多い勘違い
「事業承継促進枠」という名前から、M&Aによる第三者承継もここで申請できると考えてしまう方がいます。事業承継促進枠はM&Aによる第三者承継を対象としていません。対象は親族内承継・従業員承継等（事業再生を伴うものを含む）です。M&Aは専門家活用枠の管轄です。
PMI推進枠には2つの類型があります。PMI計画の策定・実行に係る専門家の費用を補助するPMI専門家活用類型と、製造ラインやIT・会計システムの統合など経営統合の効果を高める設備投資を補助する事業統合投資類型です。統合に必要なのが人の知恵なのか設備なのかで、選ぶ類型が変わります。
廃業・再チャレンジ枠は少し特殊で、2つの申請形態があります。M&Aで事業を譲り渡せなかった中小企業者等の株主・個人事業主が新たな挑戦のために廃業する「再チャレンジ申請（単独申請）」と、他の枠と同時に申請する「併用申請」です。併用申請の場合、廃業・再チャレンジ枠への別申請は不要で、主となる枠への上乗せとして処理されます。枠ごとの詳しい比較は4つの枠の違いをご覧ください。
誰が使えるか。対象外になる法人格に注意
対象は中小企業者等です。中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠しており、業種ごとに資本金・従業員数の基準があります。ただし、法人格によっては最初から対象外になるものがあるので、そこを先に確認してください。
| 区分 | 取扱い |
|---|
| 中小企業者等（中小企業基本法第2条に準拠） | 対象 |
| 個人事業主 | 対象（事業承継促進枠では被承継者と承継予定者の共同申請が必須） |
| みなし大企業・みなし同一法人（親会社が議決権の50%超を持つ子会社等） | 対象外 |
| 社会福祉法人・医療法人 | 対象外 |
| 一般社団法人・一般財団法人・学校法人 | 対象外 |
| 農事組合法人・組合等の法人格 | 対象外 |
| 法人格のない任意団体 | 対象外 |
事業承継促進枠には、さらに固有の条件があります。公募申請時点で対象会社が3期分の決算・申告を完了していること（個人事業主は開業届の提出から5年経過していること）。そして承継予定者が、法人の場合は「役員として3年以上の経験」「継続3年以上雇用され業務に従事」「役員経験と従業員経験の通算3年以上」「被承継者の親族（六親等内の血族・配偶者・三親等内の姻族）であり対象会社の代表経験が無い者」のいずれかに該当することです。
また、承継では経営権と所有権（株式・持分等）の両方が被承継者から承継者へ移転する必要があります。代表者の肩書だけを替えて株式は先代が持ったまま、という形は「実質的な事業承継が行われた」とみなされません。
過去の補助金との関係も確認が必要です。経営資源引継ぎ補助金または事業承継・引継ぎ補助金の交付を受けており、かつ事業化状況報告の実施義務を履行していない場合は、本補助金への申請自体ができません。
いくらもらえるか。枠と類型で上限が変わる
補助金には補助率（かかった費用の何割を補助するか）と補助上限額（いくらまで出るか）、そして補助下限額（これ未満は申請できない）があります。枠ごとに整理します。
| 枠・類型 | 補助率 | 下限額 | 上限額 |
|---|
| 事業承継促進枠（小規模事業者等以外） | 1/2以内 | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 事業承継促進枠（小規模事業者等） | 2/3以内 | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 専門家活用枠 買い手支援類型（通常） | 2/3以内 | 50万円 | 600万円（DD費用の上乗せで800万円） |
| 専門家活用枠 売り手支援類型（通常） | 1/2または2/3以内 | 50万円 | 600万円（DD費用の上乗せで800万円） |
| 専門家活用枠 買い手支援類型（100億企業特例） | 1,000万円以下は1/2、超過分は1/3 | 50万円 | 2,000万円 |
| 専門家活用枠 小規模売り手支援類型 | 2/3以内 | なし | 450万円 |
| PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | 1/2以内 | 50万円 | 150万円 |
| PMI推進枠 事業統合投資類型 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 廃業・再チャレンジ枠（単独申請） | 2/3以内 | 50万円 | 300万円 |
| 廃業・再チャレンジ枠（併用申請） | 他の枠の補助率に従う | 50万円 | 300万円 |
ここでいう小規模事業者等とは、製造業その他が従業員20人以下、商業（卸売・小売）・サービス業が従業員5人以下、宿泊業・娯楽業が従業員20人以下の事業者です。同じ枠でも、小規模事業者等に該当すれば補助率が1/2から2/3に上がります。
売り手支援類型の補助率が2/3になるのは、①物価高等の影響で営業利益率が直近事業年度またはその前年同時期比で低下している、②直近決算期の営業利益または経常利益が赤字、のいずれかに該当する場合です。該当しなければ1/2以内となります。
専門家活用枠では、補助事業期間内にM&Aのクロージング（経営資源の引継ぎ）が実現しなかった場合、上限額が通常版と100億企業特例で300万円、小規模売り手支援類型で50万円に縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費になります。金額の考え方は補助率と上限額で詳しく扱っています。
何に使えるか。補助対象になる費用
補助対象経費は枠ごとに定められています。「承継にかかった費用なら何でも」ではありません。
| 枠・類型 | 主な補助対象経費 |
|---|
| 専門家活用枠 | 謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料（表明保証保険） |
| PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用費用 |
| PMI推進枠 事業統合投資類型 | 設備費、外注費、委託費（製造ラインやIT・会計システムの統合等） |
| 廃業・再チャレンジ枠（併用時も同様） | 廃業支援費（司法書士への登記申請手続き経費）、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費 |
逆に、対象外とされているものも明確です。特に間違えやすいのが次の点です。
| 対象外 | 補足 |
|---|
| 被承継者に支払う譲受費用（土地・資産の購入費用等） | 事業承継促進枠。承継の代金そのものは補助されません |
| 売上原価に相当する経費 | 全枠共通 |
| M&A支援機関登録制度に未登録の業者へのFA・仲介手数料 | 専門家活用枠。登録業者への支払いのみが対象 |
| M&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料 | PMI推進枠 事業統合投資類型では対象外（他の枠・類型の管轄） |
| 商品在庫等を売却して対価を得る場合の処分費 | 廃業費全般 |
| ファイナンスリース取引の解約金・違約金、リース資産の売買費用 | 廃業費全般 |
| 国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業 | 全枠共通。交付決定後に判明した場合は取消しの対象 |
| 交付決定前に契約・発注した経費 | 全枠共通 |
「M&Aの仲介会社に払う手数料は補助されるのか」という質問は非常に多いのですが、答えは登録されたFA・仲介業者への支払いに限り対象です。委託費のうちFA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、M&A支援機関登録制度に登録された業者が支援したものだけが補助対象になります。契約前に登録の有無を確認してください。詳細は対象経費で扱っています。
いつ申請できるか。16次公募のスケジュール
この補助金は通年で受け付けているわけではなく、決められた公募期間にだけ申請できます。16次公募の日程は次のとおりです（事務局サイトの事業スケジュール欄。予定を含みます）。
| 項目 | 時期 |
|---|
| 公募要領開示・サイト開設 | 2026年9月4日(金) |
| 説明会申込受付 | 2026年9月9日(水)〜10月7日(水)17:00 |
| 説明会（オンライン） | 2026年10月9日(金)14:00〜 |
| 公募申請受付期間 | 2026年10月2日(金)〜11月6日(金)17:00 |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） |
| 交付申請受付期間 | 2027年1月上旬〜11月中旬（予定） |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜2028年3月中旬（予定） |
| 実績報告期間 | 2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定） |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） |
説明会は2026年10月9日ですが、申請受付の開始は10月2日です。説明会を聞いてから準備を始めると実質的な作業期間は1か月を切ります。説明会は専門家活用枠、PMI推進枠、事業承継促進枠、廃業・再チャレンジ枠の順に説明され、各パートは15分から55分程度とされています。
参考までに、直近の公募回の受付期間は、15次が2026年6月19日〜7月24日、14次が2026年2月27日〜4月3日でした。おおむね年に数回のペースで公募が行われてきています。日程の詳細は16次公募の締切と日程を参照してください。
申請から入金までの流れ。補助金は後払い
初めての方が最も驚くのが、採択されてもすぐにお金が入らないことです。この補助金は実費弁済方式（精算払い）で、実際に支払った額を報告し、確定した額が後から支払われます。
| ステップ | 何をするか | この時点でお金は |
|---|
| 1. 準備 | 枠の選定、GビズID取得、認定経営革新等支援機関の確認書取得、事業計画の作成 | 出ません |
| 2. 公募申請 | Jグランツで申請（2026年10月2日〜11月6日17:00） | 出ません |
| 3. 採択 | 採択されると交付申請をする権利が保障されます | 出ません |
| 4. 交付申請 | Jグランツで補助対象経費の内訳等を提出 | 出ません |
| 5. 交付決定 | 交付決定通知書が発出されます | 出ません。ここから経費の支出が可能に |
| 6. 補助事業の実施 | 2027年1月下旬（予定）から14か月以内を想定 | 自己資金で立て替えます |
| 7. 実績報告 | 様式第6を提出。書類審査・現地調査等を経て額が確定 | まだ出ません |
| 8. 精算払請求 | 様式第7を提出 | ここで支払われます |
| 9. 事業化状況報告 | 様式第12を毎事業年度終了後90日以内に提出（枠により1〜5年間） | — |
資金繰りの前提を間違えない
- 補助対象になるのは、原則として交付決定日以降の契約・発注、かつ支払いが完了しているものだけです。
- 費用はいったん全額を自社で負担します。補助金はその後に入ります。
- 見積より安く済んだ場合は実費分のみが交付されます。超過交付があった場合は返還命令の対象で、未納の場合は年利10.95%の延滞金が定められています。
実績報告の期限は、補助事業完了日から30日を経過した日、または交付決定通知書に記載された補助事業完了期限日から10日を経過した日のいずれか早い方です。正当な理由なく実績報告を期限までに提出しない場合、原則として交付決定は取り消されます。全工程は申請の流れで詳しく解説しています。
はじめての方が誤解しやすい8つのこと
問い合わせでよく行き違いが起きる点を、要領の記載にもとづいて整理しました。
| よくある誤解 | 実際 |
|---|
| 事業承継促進枠でM&Aもできる | 事業承継促進枠はM&Aによる第三者承継が対象外。M&Aは専門家活用枠 |
| 専門家活用枠の上限は一律800万円 | 通常版600万円（DD費用上乗せで800万円）、100億企業特例2,000万円、小規模売り手支援類型450万円の3系統 |
| 採択されればお金がもらえる | 採択は交付申請をする権利の保障。交付決定、事業実施、実績報告、額の確定を経て後払い |
| 先に契約しておいて後から申請できる | 交付決定前の契約・発注・支払いは原則として対象外 |
| どのM&A仲介会社に払っても補助対象 | M&A支援機関登録制度に登録された業者への支払いのみが対象 |
| 代表者を交代させれば承継とみなされる | 経営権と所有権の両方の移転が必要。いずれの移転も伴わない代表者交代のみは対象外 |
| 専門家活用枠の採択企業一覧を見られる | 複数の公募回で「補助事業の特性に鑑み採択者を非公表とする」と事務局が明記 |
| 承継の代金（株式の買取代金など）が補助される | 被承継者に支払う譲受費用は補助対象外 |
もうひとつ、申請書類の作成代行についての注意があります。行政書士（行政書士法人を含む）以外の者が有償で申請書類の作成を代行することは行政書士法違反となる可能性があり、交付決定後に発覚した場合は交付決定の取消し対象とされています。支援を依頼する場合は、どこまでを誰が担うのかを契約時に整理してください。申請代行の費用と注意点もあわせてご覧ください。
採択率については、11次60.8%、12次61.0%、13次60.9%、14次60.7%と4回連続で約6割が公表されています。決して全員が通る制度ではありませんが、極端に狭き門というわけでもありません。
最初の一歩をどこから始めるか
やることの多さに圧倒されるかもしれませんが、初手は3つに絞れます。
今日から着手できること
- 枠を決める。親族・従業員への承継なら事業承継促進枠、M&Aなら専門家活用枠、統合後の取組ならPMI推進枠。
- GビズIDプライムを取得する。1〜2週間、混雑時は3週間程度かかります。
- 相談先を確保する。認定経営革新等支援機関の確認書が必要なので、早い段階で相談を始めます。
相談先として公的な窓口もあります。事業承継・引継ぎ支援センターは国が全国47都道府県（東京都のみ本部と多摩地域の2拠点で計48拠点）に設置した相談窓口で、親族内承継と第三者承継（M&A）の双方に対応します。事業承継促進枠では、センターまたは中小機構地域本部の支援を受けて事業承継計画書を策定したことが加点事由にもなっています。センターの使い方は事業承継・引継ぎ支援センターの相談で扱っています。
M&Aを検討している場合は、M&A支援機関登録制度に登録された業者かどうかを確認できるデータベースが中小企業庁により公開されています。専門家活用枠でFA・仲介手数料を補助対象にするには、登録業者との契約が前提になります。「中小M&Aガイドライン（第3版）」の遵守宣言をした登録機関には、その旨の表示があります。
そのうえで、事業計画の作成に取りかかります。書面審査の着眼点は【取組の目的・必要性】【取組の実現可能性】【取組の収益性】【取組の継続性】の4つです。この4つに答える文書を作ることが、事業計画書の実質的な要求内容です。事業計画書の書き方と必要書類も準備の参考にしてください。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事の金額・日程・要件は16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局サイトの公表内容にもとづきます。スケジュールには事務局が「予定」と注記しているものが含まれ、変更される場合があります。申請前に各公式サイトで最新情報をご確認ください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。
