農業法人の事業承継・M&A補助金2026｜法人格の壁と枠選び
申請実務
公開: 2026年9月11日
更新: 2026年9月11日
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この記事の結論
農業経営の法人化には複数の形があります。株式会社、合同会社、そして農事組合法人です。
最初の関門は法人格。農事組合法人は対象外
農業経営の法人化には複数の形があります。株式会社、合同会社、そして農事組合法人です。事業承継・M&A補助金を検討するなら、ここが最初の分岐点になります。
対象外とされている法人格
- 社会福祉法人、医療法人、一般社団法人・一般財団法人、学校法人、農事組合法人、組合等の法人格
- 法人格のない任意団体
- みなし大企業・みなし同一法人（親会社が議決権の50%超を持つ子会社等）
集落営農を法人化する際に農事組合法人を選んでいる地域は少なくありません。その場合、この補助金は使えないという前提で承継計画を立てる必要があります。一方、株式会社や合同会社として営農している農業法人、そして個人事業として営農している農家は、中小企業者等の要件を満たせば対象になり得ます。
中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠しており、業種別に資本金・従業員数の基準が定められています。自社がどの業種区分で判定されるかを含め、公募申請の前に公募要領で確認してください。
| 経営形態 | この補助金の対象になり得るか | 申請の形 |
|---|
| 株式会社・合同会社形態の農業法人 | 中小企業者等の要件を満たせば対象 | 法人として申請（代表者交代） |
| 個人事業として営農する農家 | 要件を満たせば対象 | 被承継者と承継予定者の共同申請（事業譲渡） |
| 農事組合法人 | 対象外 | ー |
| 法人格のない任意組織・集落営農組織 | 対象外 | ー |
誰に継ぐかで枠が決まる
法人格の確認が済んだら、次は枠の選択です。事業承継・M&A補助金は4つの枠に分かれ、それぞれ別の公募要領があります。被承継者と承継予定者の関係で使う枠が決まります。
| 承継のかたち | 使う枠 | 補助率 | 補助上限額 |
|---|
| 子や親族が経営を継ぐ | 事業承継促進枠 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 従業員（研修生あがりの社員など）が継ぐ | 事業承継促進枠 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
| 他の農業法人・企業に経営を譲る | 専門家活用枠 売り手支援類型 | 1/2または2/3以内 | 600万円（DD費用上乗せで800万円） |
| 他の農業経営を譲り受ける | 専門家活用枠 買い手支援類型 | 2/3以内 | 600万円（DD費用上乗せで800万円） |
| 譲り受けた経営と自社を統合する | PMI推進枠 | 1/2以内（事業統合投資類型の小規模事業者等は2/3以内） | 専門家活用類型150万円／事業統合投資類型800万円 |
| 継ぎ手が見つからず営農をやめる | 廃業・再チャレンジ枠 | 2/3以内（単独申請） | 300万円 |
重要なのは、事業承継促進枠はM&Aによる第三者承継を対象外としている点です。親族でも従業員でもない第三者に経営を譲る場合は専門家活用枠の管轄になります。地域の担い手に経営を託すという話であっても、その担い手が親族でも自社の従業員でもないなら、事業承継促進枠では申請できません。枠ごとの違いは4つの枠の違いで整理しています。
事業承継促進枠の要件を農業の実態に当てはめる
事業承継促進枠は、5年以内に親族内承継・従業員承継等（事業再生を伴うものを含む）を予定している中小企業者等が対象です。承継予定者と会社の双方に要件があります。
継ぐ人の要件
| 経営形態 | 承継予定者の要件 |
|---|
| 法人 | ①対象会社の役員として3年以上の経験、②対象会社に継続3年以上雇用され業務に従事、③役員経験と従業員経験の通算3年以上、④被承継者の親族（六親等内の血族・配偶者・三親等内の姻族）であり対象会社の代表経験が無い者、のいずれか |
| 個人事業主 | 継続3年以上の雇用経験者、または被承継者の親族（代表経験無し） |
農業法人では、新規就農者を雇用して数年育ててから経営を任せるという流れが珍しくありません。その場合、②または③の要件に当てはまるかを勤務年数で確認してください。3年に満たない場合は、要件を満たす時期を待って申請するという判断もあり得ます。事業承継の対象期間は公募申請受付終了日から5年後まで（16次公募なら2026年11月6日から2031年11月5日まで）ですので、承継の時期に一定の幅はあります。
経営体の側の要件
- 公募申請時点で対象会社が3期分の決算・申告を完了していること。個人事業主の場合は開業届の提出から5年経過していること。
- 経営権と所有権（株式・持分等）の両方が被承継者から承継者へ譲渡されること。代表者の交代だけで株式を渡さない場合は対象になりません。
- 承継完了の蓋然性が高いことについて、認定経営革新等支援機関の確認を受けること。
個人事業として営農している農家が子に事業を引き継ぐ場合、法人のような代表者交代ではなく、廃業と開業を伴う事業譲渡というかたちになります。この場合は被承継者と承継予定者の共同申請が必須です。親子どちらか一方だけでは申請できません。
生産性向上要件と賃上げ要件
事業承継促進枠では、補助事業期間を含む5年間の計画で付加価値額または1人当たり付加価値額の伸び率を年3%向上させる計画であることが求められます。付加価値額は営業利益に人件費と減価償却費を加えたものと定義されています。作付面積を増やすだけの計画ではなく、単収の改善、規格外品の加工による歩留まり向上、出荷先の組み替えによる単価改善など、付加価値の増え方を説明できる計画にする必要があります。
上限額を800万円から1,000万円へ引き上げる賃上げ要件は、補助事業完了日を含む事業年度から翌年度にかけて従業員1人当たり給与支給総額の上昇率3%以上を達成し、公募申請時までに全従業員・役員へ表明していることです。未達成の場合は引き上げ額（最大200万円）の返還を求められます。季節雇用の比率が高い経営体では、給与支給総額の計算方法を事前に確認しておいてください。800万円を超えて1,000万円までの部分は補助率が一律1/2以内である点も押さえておきましょう。
小規模事業者等の判定と、対象にならない費用
補助率が1/2か2/3かを分けるのが小規模事業者等の判定です。16次公募の公募要領における定義は次の3区分です。
| 業種区分 | 常時使用する従業員の基準 |
|---|
| 製造業その他 | 20人以下 |
| 商業（卸売業・小売業）・サービス業 | 5人以下 |
| 宿泊業・娯楽業 | 20人以下 |
農業法人が自社製品の直売所や観光農園、農家レストランを併営している場合、どの区分で判定されるかが補助率に直結します。自社の業種区分は公募要領の記載にしたがって判定してください。区分の当てはめに迷う場合は、認定経営革新等支援機関や事務局への確認をおすすめします。
次に、対象にならない費用です。枠ごとに対象経費の区分が定められていますが、農業の承継で特に注意すべきものを挙げます。
| 費用 | 扱い | 根拠 |
|---|
| 被承継者に支払う農地・ハウス・機械の購入代金 | 対象外 | 事業承継に際して被承継者に支払う譲受費用（土地・資産購入費用等）は補助対象経費とならない |
| 種苗費・肥料費・飼料費など売上原価に相当する経費 | 対象外 | 売上原価に相当する経費は全枠共通で対象外 |
| 交付決定日より前に契約・発注・支払いをした費用 | 対象外 | 原則として交付決定日以降の契約・発注かつ支払いが完了しているものだけが対象 |
| 国（独立行政法人を含む）の他の補助金と同一・類似内容で重複する事業 | 対象外 | 交付決定後に判明した場合は取消しの対象 |
| 未登録のFA・M&A仲介業者へ支払った手数料 | 対象外 | M&A支援機関登録制度に登録された業者への支払いのみが対象（専門家活用枠） |
農林水産分野の補助金との重複に注意
- 国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する事業は対象外です。農業分野には国の補助事業が多く存在するため、同じ機械・同じ施設を別の補助事業でも申請していないかを、申請前に必ず棚卸ししてください。
- 交付決定後に重複が判明した場合は交付決定の取消しの対象になります。
事業承継促進枠の補助対象経費は「承継を契機とした取組に要する経費」として公募要領9章に規定されています。個別の経費区分の可否は要領で確認してください。対象経費の全体像は枠別の対象経費にまとめています。
第三者に経営を譲る場合の専門家活用枠
親族にも従業員にも継ぎ手がいない場合、他の農業法人や異業種の企業に経営を譲るという選択肢があります。この第三者承継で使うのが専門家活用枠です。
| 類型 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | DD費用上乗せ | 廃業費併用 |
|---|
| 買い手支援類型（Ⅰ型・通常） | 2/3以内 | 50万円 | 600万円 | 200万円（合計800万円） | 300万円 |
| 売り手支援類型（Ⅱ型・通常） | 1/2または2/3以内 | 50万円 | 600万円 | 200万円（合計800万円） | 300万円 |
| 買い手支援類型（100億企業特例） | 1,000万円以下は1/2、1,000万円超2,000万円までは1/3 | 50万円 | 2,000万円 | ー | 300万円 |
| 小規模売り手支援類型 | 2/3以内 | なし | 450万円 | ー | 150万円 |
売り手支援類型の補助率が2/3になるのは、①物価高等の影響で営業利益率が直近事業年度またはその前年同時期と比べて低下している、②直近決算期の営業利益または経常利益が赤字である、のいずれかに該当する場合です。資材価格や燃料費の上昇で利益率が下がっている経営体は、①の該当可能性を決算書で確認してください。
対象経費は謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料（表明保証保険）の6区分です。このうちFA業務・仲介業務に係る相談料・着手金・中間報酬・成功報酬等は、M&A支援機関登録制度に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象です。相見積りの相手も登録業者である必要があり、相見積りで最低価格を提示していない業者を選んだ場合は補助対象外とされています。登録の有無はM&A支援機関登録制度のサイトで確認できます。
もうひとつ重要なのが報酬の時点です。中間報酬の根拠となる基本合意書の締結、成功報酬の根拠となる最終契約の締結が、補助事業期間内に、かつ専門家契約の締結後に行われている必要があります。すでに話がまとまりかけている相手と、あとから補助金を使うために専門家契約を結ぶ、という順序では対象外になり得ます。
なお、補助事業期間内に経営資源引継ぎ（クロージング）が実現しなかった場合、上限額は通常版と100億企業特例で300万円、小規模売り手支援類型で50万円に縮小され、原則としてDD費用のみが補助対象経費になります。売り手側の進め方は売り手が使う補助金、買い手側は買い手が使う補助金を参照してください。
譲り受けた後の統合とPMI推進枠
農業経営を譲り受けたあと、栽培管理の記録方法、出荷規格、会計システム、労務管理をどう揃えるか。この統合工程に使えるのがPMI推進枠です。
| 類型 | 対象 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 |
|---|
| PMI専門家活用類型 | PMI計画の策定・実行に係る専門家活用費用 | 1/2以内 | 50万円 | 150万円 |
| 事業統合投資類型 | 製造ラインやIT・会計システムの統合等、経営統合効果を高める設備投資 | 1/2以内（小規模事業者等は2/3以内） | 100万円 | 800万円（賃上げ要件達成で1,000万円） |
対象となるM&Aには要件があります。公募申請時点でM&Aのクロージング日から3年以内の取組であること（単独申請の場合）、被承継者・承継者間で事業再編・事業統合が実施済または実施予定であることです。そして、次のものは対象外とされています。
- グループ内の事業再編
- 物品・不動産等のみの売買
- 親族間の事業承継
- 同族関係者間・支配関係のある法人間の取引
- 承継後に承継者側の議決権が過半数に達しない場合（吸収分割・事業譲渡を除く）
- 譲渡価格0円や株価1円など取引価格の合理性が確認できない取引
- 休眠会社・事業実態が無い会社でのM&A
農業での引継ぎは、農地や施設の権利だけが動いて人が動かないという形になりがちです。しかしPMI推進枠では、事業譲渡の場合に有機的一体の経営資源（設備・従業員・顧客等）の引継ぎが必要で、不動産業以外でも原則として常時使用する従業員1名以上の引継ぎが必要とされています。農地と機械だけを引き継ぎ、働き手は引き継がないという取引は、対象となるM&Aに当たらない可能性があります。
また、事業統合投資類型ではM&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料は対象外です。これらはPMI専門家活用類型または専門家活用枠の側で申請します。専門家活用枠の買い手支援類型とPMI専門家活用類型は同一公募回での同時申請が可能で、買収費用と統合費用を別枠で積み上げられます。
営農をやめる場合の廃業・再チャレンジ枠
継ぎ手が見つからず営農をやめる場合、あるいは承継やM&Aに伴って一部の部門をたたむ場合に使えるのが廃業・再チャレンジ枠です。
| 申請形態 | どんなとき | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 |
|---|
| 再チャレンジ申請（単独） | M&Aで事業を譲り渡せなかった会社の株主・個人事業主が、新たな挑戦のため既存事業を廃業する場合 | 2/3以内 | 50万円 | 300万円 |
| 併用申請 | 事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠と同時に申請し、承継やM&Aに伴って既存事業や譲り受けた事業の一部を廃業する場合 | 他の補助事業枠の補助率に従う | 50万円 | 300万円 |
対象経費は、廃業支援費（司法書士への登記申請手続き経費）、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費、移転・移設費の7区分です。農業では、老朽化したハウスや畜舎の解体費、借りていた施設の原状回復費、機械の移転・移設費、そして土壌汚染調査費が現実的な計上対象になります。
在庫とリースの扱い
- 商品在庫等を売却して対価を得る場合の処分費は対象外です。収穫物や資材を売却処分する場合の費用は在庫廃棄費に計上できません。
- ファイナンスリース取引の解約に伴う解約金・違約金、リース資産の売買費用は対象外です。リースで導入した農業機械の解約金は補助されません。
- 廃業費用のみで300万円を申請することはできません。事業費側の申請とセットであることが前提です。
再チャレンジ申請を単独で行う場合は、廃業する対象会社と、議決権の過半数を有する支配株主または株主代表による共同申請が必要です。廃業後の再チャレンジ事業計画を作成し、認定経営革新等支援機関の確認を受けることも必要になります。単独申請では補助対象経費が75万円未満の申請は受け付けられません（2/3を掛けて下限50万円を下回るため）。廃業費の範囲は廃業費用と補助金で詳しく整理しています。
補助金の外にある農業固有の確認事項
事業承継・M&A補助金は、あくまで承継に伴う取組の費用を補助する制度です。農地や施設の権利をどう動かすか、許可や届出が必要かといった論点は、この補助金の要件とは別に確認する必要があります。
| 確認する対象 | 論点 | 相談先の例 |
|---|
| 農地の権利移動 | 承継の方法によって必要な手続きが異なる場合があります | 市町村の農業担当窓口、農業委員会 |
| 各種の許可・認定 | 法人の代表者交代と、事業譲渡・合併では取扱いが異なる場合があります | 都道府県・市町村の農政担当部署 |
| 施設・機械の名義 | 株式譲渡では所有者が変わらず、事業譲渡では個別の移転手続きが必要になります | 司法書士、リース会社 |
| 出荷契約・販売先との取引 | 事業譲渡では相手方の承諾が必要になることがあります | 出荷先、顧問弁護士 |
| 従業員の雇用 | PMI推進枠の対象M&Aでは原則として常時使用する従業員1名以上の引継ぎが必要とされています | 社会保険労務士 |
これらは補助金事務局が審査する事項ではありませんが、事業計画の説得力には直結します。書面審査の着眼点は【取組の目的・必要性】【取組の実現可能性】【取組の収益性】【取組の継続性】の4つとされており、農地や許可の移転見通しを説明できない計画は実現可能性の評価で不利になります。
相談の入口としては、全国47都道府県（東京都のみ本部と多摩地域の2拠点）に設置されている事業承継・引継ぎ支援センターがあります。親族内承継・第三者承継のどちらにも対応する公的窓口です。事業承継促進枠では、事業承継・引継ぎ支援センターまたは中小機構地域本部の支援を受けて事業承継計画書を策定したことが加点事由とされています。加点の全体像は加点事由と審査の観点で確認してください。
16次公募の日程と申請までの段取り
16次公募（令和7年度補正予算）のスケジュールは次のとおりです。公募要領は2026年9月4日に先行開示されており、2026年9月11日時点では申請受付はまだ始まっていません。
| 項目 | 時期 |
|---|
| 公募要領開示・サイト開設 | 2026年9月4日(金) |
| 説明会申込受付 | 2026年9月9日(水)〜10月7日(水)17:00まで |
| 説明会（オンライン） | 2026年10月9日(金)14:00〜 |
| 公募申請受付期間 | 2026年10月2日(金)〜11月6日(金)17:00まで |
| 採択日 | 2026年12月下旬以降 順次（予定） |
| 交付申請受付期間 | 2027年1月上旬〜11月中旬（予定） |
| 交付決定日 | 2027年1月下旬以降 順次（予定） |
| 事業実施期間 | 交付決定日〜2028年3月中旬（予定） |
| 実績報告期間 | 2027年6月上旬〜2028年3月下旬（予定） |
| 補助金交付手続き | 2027年10月上旬以降 順次（予定） |
「予定」と注記された項目は変更される場合があります。農繁期と重なる時期の作業量を見込んで、逆算で準備を進めてください。
| 順番 | やること | 目安 |
|---|
| 1 | 法人格を確認する（農事組合法人は対象外） | すぐ |
| 2 | 枠を決める（誰に継ぐかを確定） | ー |
| 3 | GビズIDプライムアカウントを取得する | 1〜2週間、混雑時は3週間程度 |
| 4 | 認定経営革新等支援機関に確認書の発行を依頼する | 締切直前は混雑するため早めに |
| 5 | 直近3期分の決算・申告書類を揃える（個人は開業届から5年経過の確認） | ー |
| 6 | 他の国の補助事業との重複がないか棚卸しする | ー |
| 7 | Jグランツで公募申請する | 2026年11月6日(金)17:00まで |
申請はJグランツによる電子申請のみで、それ以外の方法では受け付けられません。GビズIDプライムアカウントの取得と認定経営革新等支援機関の確認書の2つが、実務上のボトルネックになりやすい部分です。電子申請の準備はJグランツとGビズID、確認書は認定支援機関の確認書をご覧ください。
採択実績は、11次60.8%（590件中359件）、12次61.0%（742件中453件）、13次60.9%（481件中293件）、14次60.7%（512件中311件）と、4回続けておおむね6割で推移しています。ただし業種別・都道府県別の採択件数は公開されておらず、農業分野の採択率を示す一次データはありません。
出典・参考情報
最終更新日: 2026年9月11日。本記事の金額・日程・要件は16次公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局サイトの記載にもとづきます。スケジュールには事務局が「予定」と注記しているものが含まれ、変更される場合があります。農地の権利移動や各種許認可に関する記述は一般的な確認事項の整理であり、個別の取扱いは市町村の農業担当窓口および専門家にご確認ください。申請前に必ず各公式サイトで最新情報をご確認ください。本記事は採択や補助額を保証するものではありません。
