事業承継税制と補助金の違い｜納税猶予と補助は別制度

2つは目的も仕組みも違う制度です

事業承継の相談でよく混同されるのが、事業承継税制と事業承継・M&A補助金です。どちらも国の中小企業支援ですが、支援の中身はまったく異なります。

項目	事業承継税制	事業承継・M&A補助金
支援の形	相続税・贈与税の納税猶予	補助対象経費の一部を補助（精算払い）
お金の動き	納めるはずの税の納付を先送りする	支出した経費の一部が後から交付される
種類	法人版事業承継税制・個人版事業承継税制	事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠・廃業再チャレンジ枠
手続きの土台	経営承継円滑化法に基づく都道府県知事の認定	公募申請（Jグランツ）と交付申請
本記事で数値を扱うか	扱わない（国税庁・中小企業庁で要確認）	扱う（16次公募要領に基づく）

事業承継税制は税の制度であり、所管も手続きの流れも補助金とは別系統です。補助金の公募要領を読んでも税制のことは書かれていませんし、税制の認定を受けても補助金が有利になるわけではありません。

違いを並べて確認する

もう少し具体的に並べると、判断すべき場面が見えてきます。

観点	事業承継税制	事業承継・M&A補助金
誰が負担する費用に効くか	承継者（後継者）が負う相続税・贈与税	承継やM&Aの過程で会社が支出する経費
タイミング	株式・事業用資産の移転（贈与・相続）に合わせる	公募回ごとの申請期間に合わせる
申請の窓口	経営承継円滑化法に基づく都道府県知事の認定を経る	Jグランツ（GビズIDプライムが必須）
第三者へのM&A	制度の性質上、親族内・従業員への承継が中心	専門家活用枠で買い手・売り手の双方を支援
廃業	対象外	廃業・再チャレンジ枠がある
継続的な義務	猶予の継続には一定の要件の継続が必要（内容は公式サイトで要確認）	事業化状況報告（枠により補助事業完了後1〜5年）
専門家の関与	税理士等	認定経営革新等支援機関の確認書が必須

整理すると、事業承継税制は「株式や事業用資産を渡すときの税負担」に効く制度、事業承継・M&A補助金は「渡すまでに会社が使うお金」に効く制度です。対象となるお金の種類が違うため、両者は競合しません。

手続きの重さも異なります。補助金の側では、GビズIDプライムアカウントの取得（1〜2週間、混雑時は3週間程度）が前提で、Jグランツ以外からの申請は受け付けられません。あわせて認定経営革新等支援機関による確認書の発行が必要で、事業承継促進枠と廃業・再チャレンジ枠では承継や再チャレンジの蓋然性、専門家活用枠とPMI推進枠では計画内容の確認が行われます。申請締切の直前に依頼しても間に合わない場合があると公募要領の注意書きに明記されています。

また、補助対象になる法人格にも制限があります。中小企業者等の定義は中小企業基本法第2条に準拠し、みなし大企業やみなし同一法人（親会社が議決権の50%超を持つ子会社等）は対象外です。社会福祉法人・医療法人・一般社団法人・一般財団法人・学校法人・農事組合法人・組合等の法人格、および法人格のない任意団体も対象外とされています。税制側の適用対象とは範囲が異なるため、自社がどちらの制度の対象になるかを個別に確認してください。

補助金側でわかっていること（16次公募）

補助金側は公募要領が公開されているため、金額条件を具体的に示せます。16次公募（令和7年度補正予算・公募要領Ver.1.0・2026年9月4日開示）の主な枠は次のとおりです。

枠・類型	補助率	補助下限額	補助上限額
事業承継促進枠（通常）	2分の1以内	100万円	800万円（賃上げ要件達成で1,000万円）
事業承継促進枠（小規模事業者等）	3分の2以内	100万円	800万円（賃上げ要件達成で1,000万円）
専門家活用枠 買い手支援類型（通常）	3分の2以内	50万円	600万円（DD費用上乗せで800万円）
専門家活用枠 売り手支援類型（通常）	2分の1または3分の2以内	50万円	600万円（DD費用上乗せで800万円）
専門家活用枠 買い手支援類型（100億企業特例）	1,000万円以下は2分の1、1,000万円超〜2,000万円は3分の1	50万円	2,000万円
専門家活用枠 小規模売り手支援類型	3分の2以内	なし	450万円
PMI推進枠 PMI専門家活用類型	2分の1以内	50万円	150万円
PMI推進枠 事業統合投資類型	2分の1以内（小規模事業者等は3分の2以内）	100万円	800万円（賃上げ要件達成で1,000万円）
廃業・再チャレンジ枠（単独申請）	3分の2以内	50万円	300万円

親族内承継・従業員承継で使うのは事業承継促進枠です。公募申請時点で対象会社が3期分の決算・申告を完了していること、経営権と所有権の両方が被承継者から承継者へ譲渡されること、事業承継対象期間（公募申請受付終了日から5年後まで。16次公募なら2026年11月6日から2031年11月5日まで）に承継を完了する蓋然性が高いことが求められます。

補助対象にならない支出

金額条件と同じくらい重要なのが、何が補助対象経費にならないかです。税制を検討している場面で特に関係するのは、承継そのものに伴う対価が対象外である点です。

支出	扱い
事業承継に際して被承継者に支払う譲受費用（土地・資産の購入費用等）	補助対象経費とならない
売上原価に相当する経費	全枠共通で対象外
交付決定前に契約・発注・支払いを行った経費	原則として対象外
未登録のFA・M&A仲介業者への支払い	専門家活用枠で全額対象外
PMI推進枠 事業統合投資類型でのM&A仲介手数料・DD費用・M&Aコンサルティング費用・PMI専門家への手数料	対象外（他の枠・類型で申請する経費）
国の他の補助金・助成金と同一・類似内容で重複する経費	対象外

株式の取得価額や事業用資産の購入対価は補助対象外です。つまり、承継そのものにかかるお金は補助金では賄えません。ここに効くのが税制側の納税猶予という整理になります。

枠ごとの詳細は4つの枠の違いと補助率と上限額、経費区分は枠別の対象経費で解説しています。

税制側について、本記事が書くこと・書かないこと

この記事では、事業承継税制の数値を一切掲載していません。理由は、記事作成時点で国税庁・中小企業庁の該当ページを一次情報として取得できなかったためです。数値を推測で補うことは、読者が実際の手続きで損をする原因になります。

項目	本記事の扱い	確認先
制度の枠組み（納税猶予であること）	記載する	ー
法人版・個人版の2種類があること	記載する	ー
経営承継円滑化法に基づく都道府県知事の認定が必要なこと	記載する	ー
猶予される税額の割合	記載しない	国税庁・中小企業庁
特例措置の適用期限・計画の提出期限	記載しない	国税庁・中小企業庁
雇用確保要件などの継続要件	記載しない	国税庁・中小企業庁
猶予が打ち切られる事由と利子税	記載しない	国税庁・税理士
対象となる資産・株式の範囲	記載しない	国税庁・中小企業庁

なお、補助金の側では税制に関する記述は公募要領・よくある質問のいずれにも見当たりません。補助金の審査で税制の認定が評価されるといった仕組みも、16次公募の加点事由の一覧には含まれていません。

併用できるのか

結論から言うと、16次公募の公募要領・よくある質問には、事業承継税制との併用を制限する記述は見当たりません。ただしこれは「禁止する記述がない」という意味であり、事務局が併用を明示的に認めた一次資料を確認できたわけではありません。併用を前提に計画を立てる場合は、事務局と税理士の双方に確認してください。

補助金側で明確に定められている「重複できないもの」は次のとおりです。

重複の相手	扱い
国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金	同一・類似内容で重複する事業は対象外。交付決定後に判明した場合は取消しの対象
公的医療保険・介護保険の診療報酬・介護報酬	重複は対象外
固定価格買取制度	重複は対象外
事業承継促進枠と専門家活用枠・PMI推進枠	同一公募回での申請は不可
専門家活用枠の通常版と100億企業特例	同一公募回での重複申請は不可
小規模売り手支援類型と通常の売り手支援類型	同一公募回での重複申請は不可
廃業・再チャレンジ枠と他の3枠	併用可能（併用時は別申請不要。主枠への上乗せとして処理）

この一覧に税制は登場しません。禁止されているのは「他の補助金・助成金との重複」であり、納税猶予は補助金でも助成金でもないためです。制度の性質から見ても、税制は承継者の税負担、補助金は会社の支出という別の対象に働きます。

補助金同士の併用可否は持続化補助金との併用、省力化投資・新事業進出補助金との併用で個別に整理しています。

承継の形ごとの使い分け

どちらの制度を軸にするかは、承継の形で変わります。

承継の形	補助金の枠	税制の関わり方
親族内承継	事業承継促進枠	株式・事業用資産の贈与・相続に伴う税負担が論点になるため、税制の検討対象になりやすい
従業員承継	事業承継促進枠	株式の取得方法により論点が変わるため、税理士と個別に確認が必要
第三者承継（M&A・売り手）	専門家活用枠 売り手支援類型・小規模売り手支援類型	株式譲渡の対価を受け取る形になるため、納税猶予とは性質が異なる
第三者承継（M&A・買い手）	専門家活用枠 買い手支援類型・100億企業特例	買い手側の税務は承継税制とは別の論点
M&A後の統合	PMI推進枠	ー
廃業	廃業・再チャレンジ枠	対象外

親族内承継・従業員承継を考えている場合は、補助金（事業承継促進枠）と税制の両方が視野に入ります。一方、M&Aで第三者に譲り渡す場合は、補助金は専門家活用枠、税務は譲渡所得等の論点になり、事業承継税制の出番とは限りません。

承継形態別の解説は親族内承継、従業員承継、第三者承継とM&Aを参照してください。

手続きの順序と時間軸

2つの制度は、動く時間軸が違います。補助金は公募回に縛られ、税制は資産移転のタイミングに縛られます。

時期	補助金側で起きること
2026年9月4日	16次公募の公募要領開示・サイト開設
2026年9月9日〜10月7日 17:00	説明会の申込受付
2026年10月9日 14:00〜	説明会（オンライン）
2026年10月2日〜11月6日 17:00	公募申請受付期間
2026年12月下旬以降	採択日（順次・予定）
2027年1月上旬〜11月中旬	交付申請受付期間（予定）
2027年1月下旬以降	交付決定日（順次・予定）。この日以降の契約・発注・支払いが補助対象
交付決定日〜2028年3月中旬	事業実施期間（予定）
2027年6月上旬〜2028年3月下旬	実績報告期間（予定）
2027年10月上旬以降	補助金交付手続き（順次・予定）

注目してほしいのは、公募申請から補助金の入金まで1年以上かかるという点です。補助金は精算払い（実費弁済方式）で、事業を完了して実績報告を提出し、事務局が交付すべき補助金の額を確定してからの支払いになります。承継のスケジュールを補助金の入金に合わせて組むことはできません。

誰に相談すればよいか

2つの制度は所管も専門家も異なるため、窓口を分けて考えると迷いません。

相談したいこと	相談先	費用の目安
事業承継税制の適用可否・税額	税理士、国税庁、中小企業庁	税理士への相談は有償が一般的
経営承継円滑化法の認定手続き	都道府県の担当課	ー
承継全体の進め方・後継者や譲渡先の相談	事業承継・引継ぎ支援センター（全国48拠点）	公的窓口
補助金の確認書発行	認定経営革新等支援機関（税理士・中小企業診断士等）	機関により異なる
M&Aの相手探し・交渉	登録M&A支援機関（登録FA・仲介業者）	専門家活用枠で委託費が補助対象（登録機関への支払いのみ）
補助金申請書類の作成代行	行政書士（行政書士法人を含む）	行政書士以外の者による有償代行は行政書士法違反の可能性

税制と補助金の両方を検討する場合、税理士が認定経営革新等支援機関を兼ねていることも多く、その場合は窓口を1つにまとめられます。ただし確認書の発行には内容の確認作業が必要で、申請締切の直前では間に合わない場合があると公募要領の注意書きに明記されています。

センターの連絡先一覧は事業承継・引継ぎ支援センターの使い方、確認書の取り方は認定支援機関の確認書で解説しています。

公式情報の確認チェックリスト

2つの制度をあわせて検討するときに、最低限そろえておきたい確認事項を並べます。税制側は数値を自分の目で確認することが前提です。

確認項目	どこで確認するか
事業承継税制の現行要件・猶予割合・期限	国税庁および中小企業庁の公式サイト、または税理士
経営承継円滑化法の認定申請の窓口と様式	会社所在地の都道府県の担当課
補助金の公募要領（該当する枠のもの）	事業承継・M&A補助金事務局の公式サイト
補助金のよくある質問（該当する枠のもの）	同上
申請受付期間と採択・交付決定の予定日	同上（事業スケジュール欄）
GビズIDプライムの取得状況	GビズIDの公式サイト。取得に1〜2週間、混雑時は3週間程度
認定経営革新等支援機関の確認書の依頼先と所要日数	依頼先の機関
都道府県の上乗せ補助制度の有無	各都道府県の公式サイト

よくある誤解を整理する

2つの制度が混同されるとき、決まって出てくる思い込みがあります。公募要領で確認できる範囲で整理します。

よくある思い込み	実際
事業承継税制を使うと補助金が使えなくなる	補助金側で重複が禁止されているのは国の他の補助金・助成金であり、納税猶予は含まれていません
補助金で株式の取得費用を賄える	被承継者に支払う譲受費用は補助対象経費になりません
採択されればすぐ入金される	精算払い（実費弁済方式）です。16次公募の補助金交付手続きは2027年10月上旬以降の予定です
採択されたので設備を発注してよい	採択は交付申請をする権利の保障であり交付決定ではありません。原則として交付決定日以降の契約・発注かつ支払いだけが対象です
事業承継促進枠でM&Aによる第三者承継もできる	事業承継促進枠はM&Aによる第三者承継を対象外としています。M&Aは専門家活用枠です
専門家活用枠の補助上限は一律である	通常版600万円（DD費用上乗せで800万円）、100億企業特例2,000万円、小規模売り手支援類型450万円の3系統に分かれます
代表者を交代すれば事業承継促進枠の対象になる	経営権と所有権のいずれの移転も伴わない代表者交代のみは対象外とされています

不採択になりやすい点は不採択の理由、よくある質問の総集編はよくある質問にまとめています。

出典・参考情報

• 事業承継・M&A補助金事務局「令和7年度補正予算 事業承継・M&A補助金（14次公募〜）」（16次公募 事業スケジュール・2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「16次公募 事業承継促進枠 公募要領等ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「16次公募 事業承継促進枠 よくある質問」（2026年9月11日閲覧）
• 事業承継・M&A補助金事務局「16次公募 専門家活用枠 公募要領等ダウンロード」（2026年9月4日開示・2026年9月11日閲覧）
• 中小企業基盤整備機構「事業承継・引継ぎポータル」（2026年9月11日閲覧）
• 中小企業基盤整備機構「補助金活用ナビ 事業承継・M&A補助金」（都道府県の上乗せ補助金の例・2026年9月11日閲覧）
• 事業承継税制（法人版・個人版）および経営承継円滑化法の要件・数値は、国税庁および中小企業庁の公式サイトでご確認ください。本記事では一次情報を確認できた範囲に限って記載しています。

最終更新日: 2026年9月11日。本記事のうち補助金に関する記載は16次公募の公募要領（Ver.1.0・2026年9月4日開示）および事務局公表情報に基づいています。事業承継税制については制度の枠組みのみを記載し、猶予割合・期限・継続要件などの数値は掲載していません。税制の適用可否は個別事情により異なりますので、必ず税理士および公式サイトでご確認ください。本記事は採択や税務上の取扱いを保証するものではありません。