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小売店の事業承継・M&A補助金2026|対象経費と申請枠

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小売店の事業承継・M&A補助金 2026年ガイド

この記事の結論

小売店の事業承継・M&Aでは、承継の相手と費用の時期で使う枠が変わります。補助率は1/3〜2/3、電子申請はJグランツのみ、16次公募の申請締切は2026年11月6日です。対象経費の区分は公募要領の表記どおりに整理してから申請してください。

小売店は商店街や地域の店舗を中心に、店主の高齢化と後継者不在が同時に進みやすい業種です。事業承継・M&A補助金には、親族内・従業員承継を支援する事業承継促進枠、店舗の譲渡・譲受を支援する専門家活用枠、統合後の店舗運営を支援するPMI推進枠、廃業に伴う費用を補う廃業・再チャレンジ枠の4つがあります。小売店の承継では、顧客基盤や仕入先との関係といった経営資源をどう具体的に事業計画へ落とし込めるかが審査のポイントになります。近隣店舗をM&Aで譲り受けて店舗網を広げるケースや、閉店にともなう在庫処分・原状回復の費用まで、対象経費を業種の実情にあわせて押さえておくと計画を立てやすくなります。対象経費の区分名は公募要領の表記に沿って整理し、見積りは複数社からできるだけ早めに取得しておくと交渉や比較検討がしやすくなります。

申請枠補助上限補助率主な対象
事業承継促進枠上限800万〜1,000万円1/3〜2/3親族内承継・従業員承継など、既存の事業を引き継いだ後の設備投資や新たな取り組みを支援する枠です。
専門家活用枠上限600万〜800万円(要件を満たす場合は最大2,000万円)1/3〜2/3第三者へのM&A(譲渡・譲受)に伴う専門家への費用を支援する枠です。買い手側・売り手側それぞれの類型があります。
PMI推進枠公募要領で確認1/3〜2/3M&Aの成立後に行う経営統合(PMI)の取り組みを支援する枠です。補助上限は公募回ごとに公募要領で確認してください。
廃業・再チャレンジ枠原則300万円1/3〜2/3事業の廃業に伴う費用や、廃業後の再チャレンジを支援する枠です。他の枠と併用する類型もあります。

小売店で使える対象経費と申請枠

小売店の事業承継・M&Aで実際に相談の多い対象経費と、その使い方です。区分名は公募要領の表記に合わせています。金額は公募回ごとに変わるため、最新の公募要領で確認してください。

事業承継促進枠:小売店での使い方

商店街の小売店を、長年勤めた従業員や店主の子が引き継ぐ場面

審査で効く理由

承継予定者の実務経験や親族関係の要件を満たすことを示しやすいため

専門家活用枠(買い手支援類型):小売店での使い方

近隣の同業店舗を譲り受け、店舗網と顧客基盤を拡大する場面

審査で効く理由

経営資源(顧客・仕入先・立地)の引継ぎを具体的に説明でき、DD等の専門家費用の必要性を示しやすいため

委託費:小売店での使い方

店舗の譲渡先探しや条件交渉を登録M&A支援機関のFAに依頼する場面

審査で効く理由

登録支援機関への支払いのみが対象経費となるため、選定の妥当性を示せば必要性を説明しやすい

在庫廃棄費:小売店での使い方

承継先が見つからなかった店舗の売れ残り商品を処分して閉店する場面

審査で効く理由

廃業・再チャレンジ枠の対象経費として、処分の実費を具体的に説明できるため(売却して対価を得る場合は対象外)

PMI推進枠(事業統合投資類型):小売店での使い方

譲り受けた店舗のPOSレジや在庫管理システムを自社システムに統合する場面

審査で効く理由

経営統合の効果を高める投資として位置づけやすいため

小売店の事業計画で書くべき観点

小売店で審査を通す事業計画には、次の観点を数字と根拠つきで書き込んでください。

  1. 承継予定者の店舗運営への関与実績(勤務年数・担当業務)を具体的に書く。
  2. 顧客基盤・仕入先との関係など、小売業特有の経営資源の引継ぎ計画を明記する。
  3. 承継後5年間の付加価値額の伸び率3%/年を、売場改善や取扱商品の見直し計画とあわせて示す。
  4. M&Aの場合は店舗ごとの収益性を整理し、統合後の収益計画を具体的に記載する。
  5. 賃上げ要件を満たす場合は、パート・アルバイトを含む処遇改善計画と表明状況を記載する。
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小売店で対象外になりやすい経費・不備

小売店の申請で対象外と判断されやすい経費・書類の不備です。事前に潰しておくと差し戻しを避けられます。

つまずきやすい点

  • 交付決定前に店舗什器やシステムを発注・契約すると対象外になる。
  • 商品在庫を売却して対価を得る場合の処分費は対象外になる。
  • 店舗や土地・建物のみを保有する事業の譲渡(物品・不動産等のみの承継)は実質的な事業承継と認められない場合がある。
  • 未登録のFA・仲介業者への委託費(相見積りで最安値を提示していない業者を選んだ場合を含む)は対象外になる。

共通の注意点

交付決定の前に契約・発注した費用は対象外です。見積の取得までは進めて構いませんが、契約は交付決定を待ってください。

専門家活用枠では、M&A支援機関登録制度に登録された事業者(登録M&A支援機関)への費用であることが要件になる場合があります。契約前に登録の有無を公式の登録リストで確認してください。

小売店の申請前チェックリスト

小売店で申請するときに揃えるものです。書類の不足は差し戻しの最大の原因です。

申請前チェックリスト

  • 直近3期分の決算書・確定申告書
  • 店舗の賃貸借契約書・在庫台帳
  • 承継予定者の勤務実績や親族関係を確認できる資料
  • 認定経営革新等支援機関による確認書
  • GビズIDプライムアカウント
  • 対象経費の見積書(システム・委託費・在庫処分費等)

GビズIDプライムは最初に取得する

電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行には時間がかかるため、16次公募の申請締切(2026年11月6日)から逆算して最初に手続きしてください。

小売店の申請の流れ

小売店が事業承継・M&A補助金を申請するときの一般的な流れです。詳細は公募回ごとの公募要領に従ってください。

  1. 事業承継・引継ぎ支援センターや顧問税理士に相談し、承継の型(親族内・従業員・第三者M&A・廃業)を固める
  2. 承継の型と費用の時期から、4つの枠のどれで申請するかを決める
  3. GビズIDプライムのアカウントを取得する
  4. 公募要領を読み、対象経費の区分ごとに見積を取得する
  5. 事業計画・必要書類を作成し、Jグランツから電子申請する
  6. 採択・交付決定を受けてから契約・発注する
  7. 事業を実施し、実績報告書を提出して補助金を受け取る

直近の採択実績

14次公募では申請512件に対して311件が採択され、採択率は60.7%でした(2026年5月15日発表)。

小売店でよく使われる枠と経費については、それぞれの解説ページもあわせてご覧ください。

制度の全体像と申請の手順は、以下の記事で詳しく解説しています。

出典・参考リンク

本ページの制度情報は以下の公式情報にもとづいています(2026-09-10 確認)。補助上限・対象経費・締切は公募回ごとに変わるため、申請前に必ず公式の公募要領をご確認ください。

よくある質問(FAQ)

A承継予定者が対象会社に継続3年以上雇用され業務に従事していれば、従業員承継として事業承継促進枠の対象です。
A経営資源を譲り受ける側は専門家活用枠(買い手支援類型)が対象です。
A在庫廃棄費は廃業・再チャレンジ枠の対象経費ですが、売却して対価を得る場合の処分費は対象外です。
A物品・不動産等のみを保有する事業の承継は、実質的な事業承継と認められない例として挙げられています。
A補助上限額は公募要領で枠ごとに定められており、店舗数に応じて増額される規定は本ページの情報源では確認できません。最新の公募要領で確認してください。
A電子申請はJグランツのみで受け付けられ、GビズIDプライムのアカウントが必要です。アカウントの発行には時間がかかるため、16次公募の申請締切(2026年11月6日)から逆算して早めに取得してください。
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本記事の監修

齊木祐介(株式会社ASI 代表取締役)

AI・ロボティクスの導入支援、補助金・助成金の活用支援、専門メディアの運営など複数事業を統括。実務で得た知見をもとに、本サイトの情報を監修しています(運営:株式会社ASI)。

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